# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.078 0.016 0.008 0.077 0.060 0.096 0.100 0.002 0.001 0.004 0.559 2 T 0.037 0.007 0.002 0.043 0.033 0.064 0.080 0.001 0.001 0.003 0.729 3 T 0.046 0.009 0.002 0.067 0.051 0.089 0.103 0.001 0.001 0.005 0.627 4 D 0.020 0.008 0.001 0.044 0.020 0.029 0.317 0.001 0.001 0.006 0.555 5 Q 0.158 0.021 0.002 0.091 0.033 0.069 0.173 0.001 0.001 0.016 0.435 6 N 0.066 0.046 0.003 0.084 0.038 0.049 0.385 0.002 0.001 0.018 0.309 7 H 0.159 0.018 0.004 0.095 0.022 0.037 0.200 0.005 0.001 0.019 0.441 8 F 0.137 0.052 0.021 0.235 0.057 0.080 0.096 0.004 0.001 0.009 0.310 9 S 0.029 0.027 0.007 0.238 0.101 0.117 0.142 0.003 0.001 0.014 0.321 10 G 0.010 0.010 0.004 0.057 0.023 0.033 0.055 0.004 0.001 0.003 0.802 11 G 0.147 0.014 0.007 0.183 0.042 0.147 0.057 0.005 0.001 0.005 0.393 12 T 0.135 0.006 0.013 0.049 0.021 0.025 0.105 0.001 0.001 0.003 0.644 13 S 0.004 0.002 0.001 0.009 0.003 0.011 0.332 0.001 0.001 0.001 0.637 14 I 0.027 0.017 0.002 0.070 0.003 0.023 0.127 0.001 0.001 0.007 0.723 15 E 0.002 0.050 0.001 0.001 0.002 0.002 0.600 0.001 0.001 0.005 0.338 16 Q 0.034 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.001 0.001 0.004 0.107 17 L 0.024 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 18 K 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 19 Q 0.002 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 W 0.048 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.006 21 F 0.274 0.547 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.001 0.001 0.015 22 G 0.369 0.159 0.126 0.006 0.001 0.003 0.005 0.217 0.001 0.003 0.110 23 D 0.068 0.018 0.461 0.013 0.001 0.001 0.042 0.030 0.001 0.001 0.365 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.986 25 N 0.019 0.012 0.008 0.047 0.037 0.070 0.255 0.001 0.001 0.005 0.547 26 K 0.180 0.016 0.005 0.035 0.013 0.022 0.128 0.001 0.001 0.007 0.595 27 S 0.150 0.033 0.003 0.034 0.047 0.083 0.132 0.001 0.001 0.007 0.511 28 E 0.047 0.035 0.001 0.025 0.031 0.046 0.142 0.001 0.001 0.006 0.666 29 Q 0.080 0.054 0.002 0.022 0.045 0.091 0.150 0.004 0.001 0.004 0.548 30 R 0.188 0.078 0.004 0.027 0.087 0.117 0.115 0.005 0.001 0.007 0.371 31 N 0.071 0.081 0.006 0.021 0.061 0.073 0.117 0.008 0.001 0.006 0.555 32 A 0.082 0.037 0.005 0.019 0.057 0.104 0.094 0.006 0.001 0.009 0.586 33 G 0.144 0.021 0.006 0.024 0.042 0.059 0.120 0.009 0.001 0.023 0.551 34 N 0.231 0.007 0.025 0.019 0.018 0.025 0.202 0.004 0.001 0.008 0.460 35 I 0.152 0.007 0.011 0.070 0.131 0.151 0.085 0.001 0.001 0.005 0.387 36 T 0.016 0.003 0.003 0.079 0.115 0.198 0.141 0.001 0.001 0.003 0.441 37 L 0.022 0.003 0.001 0.094 0.191 0.361 0.045 0.001 0.001 0.002 0.280 38 D 0.012 0.006 0.001 0.088 0.224 0.325 0.104 0.001 0.001 0.004 0.237 39 S 0.026 0.008 0.001 0.059 0.223 0.308 0.093 0.001 0.001 0.006 0.274 40 Y 0.023 0.011 0.001 0.061 0.192 0.329 0.068 0.001 0.001 0.004 0.310 41 T 0.032 0.008 0.002 0.049 0.194 0.320 0.120 0.001 0.001 0.006 0.267 42 W 0.035 0.012 0.002 0.042 0.172 0.241 0.078 0.001 0.001 0.003 0.413 43 V 0.026 0.015 0.001 0.034 0.204 0.326 0.072 0.001 0.001 0.003 0.318 44 K 0.025 0.016 0.001 0.023 0.115 0.183 0.133 0.002 0.001 0.004 0.499 45 D 0.072 0.011 0.001 0.020 0.055 0.108 0.121 0.003 0.001 0.014 0.594 46 G 0.355 0.006 0.012 0.022 0.038 0.050 0.116 0.003 0.001 0.018 0.380 47 A 0.173 0.004 0.013 0.047 0.130 0.111 0.149 0.002 0.001 0.006 0.366 48 V 0.022 0.001 0.004 0.049 0.191 0.299 0.067 0.001 0.001 0.002 0.364 49 I 0.009 0.001 0.001 0.047 0.306 0.604 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 50 N 0.007 0.001 0.001 0.117 0.281 0.435 0.035 0.001 0.001 0.001 0.122 51 A 0.002 0.001 0.001 0.104 0.398 0.464 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.150 0.269 0.500 0.016 0.001 0.001 0.001 0.062 53 L 0.002 0.001 0.001 0.141 0.298 0.467 0.019 0.001 0.001 0.002 0.070 54 Y 0.004 0.002 0.001 0.081 0.242 0.433 0.053 0.001 0.001 0.002 0.181 55 K 0.006 0.002 0.001 0.041 0.065 0.139 0.160 0.001 0.001 0.004 0.583 56 N 0.022 0.003 0.001 0.021 0.031 0.065 0.390 0.001 0.001 0.013 0.453 57 S 0.361 0.005 0.003 0.025 0.026 0.034 0.136 0.001 0.001 0.067 0.342 58 T 0.067 0.011 0.010 0.022 0.023 0.025 0.358 0.001 0.001 0.010 0.473 59 V 0.061 0.030 0.007 0.087 0.130 0.274 0.154 0.001 0.001 0.010 0.247 60 A 0.031 0.095 0.002 0.076 0.144 0.334 0.062 0.001 0.001 0.004 0.251 61 R 0.018 0.180 0.001 0.062 0.189 0.258 0.054 0.002 0.001 0.002 0.233 62 S 0.036 0.295 0.002 0.055 0.133 0.193 0.050 0.005 0.001 0.003 0.229 63 I 0.076 0.341 0.005 0.050 0.111 0.191 0.042 0.007 0.001 0.004 0.173 64 S 0.080 0.298 0.011 0.031 0.067 0.093 0.073 0.012 0.001 0.007 0.328 65 N 0.146 0.153 0.013 0.027 0.027 0.052 0.057 0.019 0.001 0.016 0.490 66 F 0.201 0.169 0.039 0.029 0.021 0.040 0.127 0.017 0.001 0.006 0.351 67 S 0.149 0.156 0.022 0.038 0.032 0.038 0.161 0.011 0.001 0.011 0.381 68 F 0.100 0.149 0.025 0.028 0.024 0.037 0.085 0.009 0.001 0.007 0.537 69 S 0.104 0.155 0.015 0.040 0.039 0.081 0.186 0.006 0.001 0.007 0.368 70 R 0.065 0.083 0.004 0.026 0.019 0.036 0.081 0.006 0.001 0.013 0.667 71 E 0.069 0.116 0.012 0.014 0.016 0.033 0.273 0.004 0.001 0.007 0.456 72 A 0.270 0.144 0.005 0.018 0.023 0.026 0.257 0.007 0.001 0.010 0.240 73 K 0.230 0.239 0.009 0.018 0.020 0.031 0.044 0.019 0.001 0.005 0.384 74 I 0.121 0.204 0.079 0.047 0.051 0.087 0.065 0.008 0.001 0.004 0.334 75 G 0.062 0.132 0.015 0.073 0.073 0.092 0.112 0.007 0.001 0.004 0.429 76 K 0.058 0.088 0.003 0.038 0.025 0.064 0.026 0.005 0.001 0.004 0.689 77 E 0.033 0.072 0.005 0.023 0.018 0.024 0.269 0.004 0.001 0.004 0.549 78 D 0.134 0.058 0.003 0.013 0.007 0.017 0.506 0.005 0.001 0.007 0.249 79 Y 0.272 0.250 0.015 0.038 0.009 0.020 0.029 0.005 0.001 0.009 0.353 80 D 0.017 0.241 0.014 0.026 0.051 0.041 0.254 0.002 0.001 0.006 0.346 81 E 0.168 0.150 0.005 0.024 0.016 0.028 0.258 0.008 0.001 0.009 0.334 82 L 0.251 0.528 0.004 0.024 0.024 0.041 0.019 0.008 0.001 0.002 0.098 83 K 0.060 0.483 0.016 0.041 0.134 0.062 0.092 0.008 0.001 0.004 0.100 84 I 0.014 0.134 0.008 0.020 0.039 0.031 0.047 0.017 0.001 0.001 0.691 85 G 0.191 0.087 0.005 0.046 0.055 0.271 0.020 0.028 0.001 0.006 0.289 86 E 0.432 0.025 0.071 0.016 0.013 0.013 0.077 0.005 0.001 0.002 0.346 87 S 0.008 0.007 0.004 0.006 0.007 0.012 0.322 0.001 0.001 0.001 0.632 88 Y 0.030 0.027 0.003 0.033 0.006 0.037 0.072 0.001 0.001 0.006 0.787 89 K 0.004 0.051 0.001 0.002 0.002 0.003 0.471 0.001 0.001 0.003 0.463 90 K 0.037 0.121 0.001 0.001 0.001 0.002 0.660 0.001 0.001 0.006 0.172 91 V 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 92 V 0.001 0.985 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 93 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 94 K 0.025 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.006 95 L 0.234 0.634 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.001 0.001 0.020 96 G 0.495 0.140 0.047 0.005 0.002 0.004 0.005 0.186 0.001 0.006 0.111 97 E 0.069 0.011 0.694 0.009 0.002 0.001 0.041 0.014 0.001 0.001 0.160 98 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.985 99 D 0.017 0.008 0.006 0.069 0.051 0.085 0.178 0.001 0.001 0.003 0.584 100 V 0.077 0.016 0.002 0.072 0.026 0.034 0.120 0.001 0.001 0.005 0.648 101 L 0.091 0.047 0.002 0.121 0.098 0.175 0.085 0.001 0.001 0.010 0.369 102 S 0.068 0.095 0.002 0.089 0.104 0.149 0.122 0.001 0.001 0.009 0.361 103 Q 0.062 0.097 0.002 0.048 0.075 0.120 0.088 0.005 0.001 0.004 0.500 104 S 0.119 0.138 0.006 0.047 0.126 0.160 0.090 0.008 0.001 0.005 0.302 105 M 0.114 0.081 0.008 0.032 0.066 0.091 0.107 0.009 0.001 0.006 0.486 106 S 0.122 0.085 0.013 0.027 0.068 0.112 0.154 0.009 0.001 0.006 0.403 107 S 0.072 0.028 0.004 0.015 0.021 0.037 0.100 0.006 0.001 0.014 0.703 108 D 0.078 0.017 0.011 0.013 0.012 0.023 0.212 0.004 0.001 0.014 0.614 109 K 0.191 0.016 0.011 0.021 0.018 0.030 0.271 0.002 0.001 0.020 0.419 110 E 0.085 0.023 0.006 0.022 0.039 0.040 0.277 0.002 0.001 0.015 0.492 111 E 0.130 0.034 0.008 0.039 0.084 0.135 0.158 0.002 0.001 0.009 0.403 112 M 0.126 0.056 0.007 0.063 0.184 0.279 0.063 0.002 0.001 0.005 0.213 113 Q 0.036 0.022 0.003 0.060 0.292 0.391 0.047 0.001 0.001 0.003 0.144 114 T 0.010 0.018 0.002 0.043 0.288 0.432 0.025 0.001 0.001 0.001 0.179 115 V 0.007 0.010 0.001 0.048 0.312 0.568 0.013 0.001 0.001 0.001 0.040 116 W 0.005 0.021 0.001 0.037 0.338 0.311 0.037 0.001 0.001 0.001 0.248 117 S 0.006 0.019 0.001 0.036 0.360 0.509 0.016 0.001 0.001 0.001 0.053 118 S 0.031 0.022 0.001 0.032 0.102 0.214 0.085 0.004 0.001 0.007 0.501 119 G 0.117 0.010 0.007 0.036 0.039 0.069 0.116 0.009 0.001 0.030 0.566 120 I 0.309 0.011 0.040 0.032 0.031 0.052 0.146 0.002 0.001 0.008 0.370 121 K 0.021 0.006 0.003 0.027 0.032 0.040 0.142 0.002 0.001 0.008 0.720 122 T 0.039 0.005 0.004 0.023 0.034 0.064 0.144 0.002 0.001 0.005 0.679 123 K 0.135 0.006 0.002 0.027 0.024 0.047 0.082 0.001 0.001 0.003 0.673 124 S 0.065 0.007 0.002 0.025 0.048 0.076 0.225 0.001 0.001 0.008 0.544 125 S 0.070 0.004 0.002 0.021 0.028 0.040 0.079 0.001 0.001 0.009 0.746 126 S 0.042 0.003 0.002 0.025 0.038 0.050 0.198 0.001 0.001 0.005 0.635 127 A 0.129 0.004 0.002 0.037 0.216 0.249 0.116 0.001 0.001 0.007 0.240 128 T 0.035 0.003 0.002 0.050 0.254 0.375 0.071 0.001 0.001 0.005 0.205 129 I 0.010 0.001 0.001 0.028 0.365 0.542 0.010 0.001 0.001 0.001 0.041 130 E 0.005 0.001 0.001 0.049 0.299 0.588 0.015 0.001 0.001 0.001 0.043 131 L 0.001 0.001 0.001 0.015 0.491 0.462 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 132 Y 0.001 0.001 0.001 0.029 0.306 0.633 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 133 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.409 0.561 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 134 E 0.002 0.001 0.001 0.022 0.288 0.484 0.053 0.001 0.001 0.001 0.149 135 N 0.012 0.002 0.001 0.028 0.200 0.348 0.127 0.001 0.001 0.014 0.269 136 G 0.089 0.003 0.002 0.034 0.119 0.193 0.212 0.001 0.001 0.073 0.274 137 L 0.224 0.003 0.008 0.029 0.072 0.071 0.320 0.001 0.001 0.018 0.255 138 L 0.025 0.005 0.003 0.035 0.194 0.284 0.099 0.001 0.001 0.004 0.350 139 K 0.015 0.003 0.001 0.025 0.233 0.622 0.021 0.001 0.001 0.001 0.080 140 N 0.010 0.008 0.001 0.020 0.262 0.362 0.062 0.001 0.001 0.001 0.273 141 K 0.026 0.009 0.001 0.026 0.180 0.426 0.039 0.001 0.001 0.002 0.291 142 T 0.019 0.012 0.001 0.024 0.148 0.199 0.198 0.001 0.001 0.005 0.392 143 Q 0.140 0.016 0.002 0.034 0.087 0.175 0.163 0.002 0.001 0.015 0.366 144 K 0.054 0.044 0.005 0.018 0.036 0.046 0.371 0.003 0.001 0.011 0.412 145 D 0.126 0.026 0.005 0.024 0.044 0.070 0.137 0.007 0.001 0.060 0.500 146 L 0.217 0.028 0.044 0.029 0.036 0.077 0.088 0.002 0.001 0.006 0.472 147 E 0.016 0.011 0.002 0.023 0.037 0.049 0.309 0.001 0.001 0.009 0.542