# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.046 0.005 0.084 0.048 0.074 0.082 0.005 0.655 2 T 0.015 0.006 0.047 0.050 0.072 0.062 0.003 0.745 3 T 0.021 0.005 0.045 0.036 0.081 0.054 0.003 0.754 4 D 0.022 0.008 0.020 0.021 0.049 0.336 0.004 0.540 5 Q 0.118 0.015 0.031 0.020 0.055 0.155 0.007 0.600 6 N 0.056 0.051 0.034 0.040 0.040 0.333 0.010 0.436 7 H 0.188 0.034 0.033 0.021 0.036 0.116 0.027 0.545 8 F 0.226 0.089 0.152 0.035 0.062 0.086 0.018 0.331 9 S 0.052 0.069 0.137 0.055 0.087 0.160 0.013 0.426 10 G 0.034 0.029 0.050 0.015 0.034 0.058 0.013 0.768 11 G 0.311 0.032 0.084 0.020 0.022 0.059 0.058 0.414 12 T 0.293 0.007 0.187 0.011 0.013 0.225 0.014 0.250 13 S 0.021 0.008 0.030 0.011 0.024 0.313 0.003 0.589 14 I 0.011 0.015 0.018 0.005 0.069 0.041 0.001 0.839 15 E 0.009 0.011 0.006 0.002 0.007 0.282 0.002 0.681 16 Q 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.873 0.002 0.096 17 L 0.106 0.759 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.124 18 K 0.003 0.924 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.059 19 Q 0.037 0.803 0.005 0.005 0.005 0.005 0.018 0.121 20 W 0.429 0.416 0.006 0.004 0.004 0.005 0.066 0.069 21 F 0.184 0.539 0.058 0.024 0.019 0.010 0.056 0.109 22 G 0.098 0.202 0.156 0.023 0.029 0.037 0.119 0.336 23 D 0.112 0.033 0.129 0.033 0.027 0.090 0.013 0.563 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 25 N 0.011 0.004 0.028 0.025 0.064 0.262 0.004 0.602 26 K 0.252 0.005 0.016 0.009 0.013 0.095 0.008 0.602 27 S 0.103 0.026 0.015 0.027 0.043 0.164 0.004 0.618 28 E 0.094 0.037 0.017 0.039 0.055 0.141 0.005 0.613 29 Q 0.128 0.070 0.018 0.037 0.066 0.156 0.009 0.515 30 R 0.145 0.098 0.021 0.071 0.131 0.105 0.017 0.412 31 N 0.067 0.093 0.020 0.054 0.080 0.104 0.025 0.556 32 A 0.085 0.052 0.020 0.039 0.052 0.084 0.033 0.635 33 G 0.174 0.038 0.029 0.065 0.048 0.091 0.077 0.478 34 N 0.320 0.006 0.040 0.036 0.056 0.164 0.026 0.350 35 I 0.099 0.005 0.092 0.131 0.176 0.134 0.006 0.357 36 T 0.022 0.003 0.054 0.209 0.332 0.096 0.003 0.281 37 L 0.013 0.003 0.082 0.218 0.373 0.038 0.002 0.272 38 D 0.009 0.004 0.059 0.241 0.420 0.065 0.002 0.201 39 S 0.013 0.003 0.038 0.199 0.409 0.064 0.003 0.271 40 Y 0.019 0.006 0.034 0.209 0.363 0.077 0.003 0.289 41 T 0.021 0.007 0.035 0.226 0.280 0.103 0.006 0.323 42 W 0.042 0.010 0.028 0.136 0.250 0.074 0.005 0.455 43 V 0.037 0.017 0.028 0.179 0.345 0.093 0.007 0.295 44 K 0.028 0.013 0.016 0.068 0.114 0.125 0.014 0.621 45 D 0.057 0.019 0.013 0.044 0.046 0.104 0.046 0.671 46 G 0.325 0.012 0.024 0.060 0.027 0.078 0.131 0.343 47 A 0.336 0.002 0.077 0.078 0.108 0.260 0.021 0.118 48 V 0.028 0.001 0.048 0.233 0.359 0.100 0.004 0.229 49 I 0.007 0.001 0.046 0.339 0.575 0.016 0.001 0.016 50 N 0.001 0.001 0.033 0.367 0.466 0.011 0.001 0.122 51 A 0.001 0.001 0.040 0.378 0.565 0.003 0.001 0.013 52 Q 0.002 0.001 0.054 0.362 0.537 0.009 0.001 0.036 53 L 0.002 0.001 0.051 0.349 0.501 0.014 0.001 0.082 54 Y 0.004 0.001 0.061 0.198 0.543 0.049 0.001 0.142 55 K 0.005 0.002 0.025 0.036 0.109 0.086 0.004 0.733 56 N 0.036 0.005 0.018 0.022 0.033 0.123 0.020 0.743 57 S 0.361 0.004 0.014 0.015 0.012 0.116 0.030 0.448 58 T 0.055 0.008 0.059 0.029 0.037 0.207 0.007 0.597 59 V 0.046 0.031 0.067 0.110 0.291 0.219 0.005 0.231 60 A 0.063 0.111 0.075 0.127 0.321 0.101 0.004 0.199 61 R 0.034 0.158 0.050 0.113 0.198 0.072 0.008 0.367 62 S 0.079 0.259 0.061 0.073 0.121 0.078 0.018 0.310 63 I 0.141 0.290 0.051 0.051 0.141 0.065 0.024 0.238 64 S 0.076 0.291 0.034 0.045 0.075 0.086 0.028 0.364 65 N 0.135 0.146 0.028 0.024 0.042 0.056 0.037 0.532 66 F 0.293 0.145 0.045 0.022 0.036 0.109 0.029 0.322 67 S 0.126 0.131 0.041 0.031 0.047 0.254 0.027 0.343 68 F 0.116 0.153 0.051 0.032 0.045 0.074 0.017 0.513 69 S 0.084 0.117 0.034 0.032 0.049 0.243 0.018 0.424 70 R 0.100 0.061 0.028 0.013 0.027 0.099 0.021 0.651 71 E 0.126 0.104 0.032 0.014 0.028 0.259 0.017 0.419 72 A 0.284 0.133 0.067 0.051 0.050 0.154 0.038 0.223 73 K 0.165 0.057 0.038 0.025 0.031 0.049 0.020 0.615 74 I 0.086 0.047 0.283 0.085 0.123 0.070 0.009 0.297 75 G 0.028 0.042 0.055 0.070 0.137 0.175 0.006 0.488 76 K 0.028 0.038 0.038 0.029 0.126 0.027 0.004 0.710 77 E 0.021 0.026 0.017 0.016 0.036 0.307 0.005 0.571 78 D 0.120 0.037 0.006 0.007 0.012 0.404 0.017 0.395 79 Y 0.238 0.339 0.019 0.012 0.030 0.042 0.010 0.309 80 D 0.037 0.281 0.024 0.030 0.040 0.210 0.015 0.363 81 E 0.182 0.163 0.017 0.017 0.026 0.097 0.031 0.467 82 L 0.337 0.383 0.043 0.020 0.035 0.026 0.024 0.132 83 K 0.052 0.388 0.178 0.090 0.079 0.045 0.017 0.150 84 I 0.012 0.087 0.059 0.017 0.031 0.031 0.010 0.752 85 G 0.142 0.135 0.098 0.043 0.058 0.044 0.041 0.438 86 E 0.297 0.024 0.087 0.015 0.016 0.162 0.023 0.376 87 S 0.046 0.019 0.032 0.011 0.016 0.302 0.008 0.566 88 Y 0.033 0.028 0.024 0.007 0.040 0.050 0.003 0.815 89 K 0.010 0.017 0.006 0.003 0.008 0.382 0.003 0.572 90 K 0.041 0.035 0.001 0.001 0.002 0.638 0.003 0.278 91 V 0.052 0.773 0.002 0.003 0.005 0.010 0.002 0.154 92 V 0.003 0.908 0.003 0.004 0.010 0.007 0.001 0.063 93 E 0.011 0.869 0.003 0.006 0.009 0.005 0.006 0.091 94 K 0.109 0.737 0.005 0.006 0.008 0.006 0.030 0.099 95 L 0.054 0.791 0.015 0.016 0.011 0.005 0.030 0.078 96 G 0.152 0.268 0.058 0.027 0.029 0.028 0.186 0.252 97 E 0.075 0.025 0.079 0.023 0.017 0.048 0.010 0.722 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.015 0.005 0.032 0.031 0.059 0.117 0.004 0.737 100 V 0.163 0.007 0.026 0.013 0.015 0.051 0.007 0.718 101 L 0.185 0.032 0.080 0.071 0.139 0.121 0.004 0.368 102 S 0.100 0.064 0.051 0.138 0.168 0.148 0.006 0.325 103 Q 0.090 0.064 0.037 0.049 0.111 0.062 0.008 0.578 104 S 0.116 0.107 0.040 0.107 0.173 0.116 0.013 0.328 105 M 0.099 0.069 0.021 0.063 0.100 0.092 0.019 0.536 106 S 0.120 0.095 0.026 0.068 0.131 0.109 0.021 0.430 107 S 0.087 0.034 0.011 0.021 0.044 0.105 0.019 0.679 108 D 0.099 0.027 0.008 0.015 0.021 0.125 0.021 0.684 109 K 0.168 0.022 0.015 0.015 0.025 0.221 0.021 0.511 110 E 0.070 0.042 0.024 0.056 0.049 0.254 0.019 0.486 111 E 0.064 0.028 0.041 0.055 0.100 0.133 0.013 0.566 112 M 0.040 0.039 0.061 0.165 0.231 0.110 0.005 0.350 113 Q 0.018 0.018 0.073 0.316 0.355 0.042 0.005 0.172 114 T 0.014 0.014 0.053 0.236 0.405 0.026 0.003 0.250 115 V 0.011 0.008 0.075 0.353 0.480 0.016 0.003 0.055 116 W 0.010 0.012 0.035 0.269 0.404 0.030 0.002 0.238 117 S 0.011 0.015 0.047 0.264 0.541 0.027 0.003 0.092 118 S 0.019 0.015 0.027 0.145 0.206 0.069 0.009 0.510 119 G 0.108 0.010 0.015 0.063 0.112 0.118 0.030 0.542 120 I 0.318 0.011 0.030 0.062 0.078 0.155 0.014 0.332 121 K 0.022 0.015 0.022 0.070 0.073 0.154 0.010 0.634 122 T 0.058 0.016 0.019 0.056 0.096 0.111 0.012 0.633 123 K 0.089 0.019 0.028 0.045 0.061 0.206 0.014 0.537 124 S 0.054 0.012 0.017 0.034 0.048 0.288 0.021 0.527 125 S 0.083 0.014 0.026 0.037 0.050 0.139 0.025 0.627 126 S 0.050 0.007 0.019 0.039 0.047 0.315 0.022 0.501 127 A 0.197 0.005 0.043 0.128 0.140 0.239 0.026 0.222 128 T 0.119 0.002 0.031 0.144 0.360 0.186 0.005 0.153 129 I 0.010 0.001 0.029 0.413 0.511 0.019 0.001 0.017 130 E 0.002 0.001 0.016 0.376 0.574 0.007 0.001 0.024 131 L 0.001 0.001 0.011 0.435 0.542 0.002 0.001 0.010 132 Y 0.001 0.001 0.039 0.342 0.572 0.006 0.001 0.040 133 F 0.001 0.001 0.024 0.475 0.463 0.009 0.001 0.028 134 E 0.003 0.001 0.050 0.166 0.530 0.056 0.002 0.193 135 N 0.004 0.001 0.029 0.054 0.133 0.167 0.012 0.600 136 G 0.094 0.005 0.037 0.120 0.043 0.126 0.065 0.511 137 L 0.500 0.001 0.010 0.012 0.051 0.377 0.004 0.046 138 L 0.033 0.001 0.019 0.339 0.344 0.094 0.001 0.168 139 K 0.007 0.002 0.016 0.348 0.589 0.018 0.001 0.021 140 N 0.004 0.003 0.017 0.315 0.464 0.018 0.001 0.178 141 K 0.008 0.004 0.020 0.193 0.514 0.031 0.002 0.228 142 T 0.015 0.009 0.010 0.132 0.346 0.236 0.004 0.248 143 Q 0.081 0.020 0.018 0.064 0.235 0.178 0.012 0.392 144 K 0.061 0.049 0.020 0.052 0.075 0.280 0.010 0.453 145 D 0.069 0.037 0.011 0.021 0.034 0.176 0.017 0.635 146 L 0.241 0.082 0.028 0.034 0.072 0.076 0.012 0.454 147 E 0.032 0.066 0.026 0.047 0.079 0.196 0.011 0.543