# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.071 0.565 0.231 0.036 0.038 0.031 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 2 T 0.111 0.269 0.356 0.060 0.050 0.084 0.015 0.002 0.049 0.002 0.002 3 T 0.215 0.410 0.172 0.056 0.099 0.020 0.007 0.002 0.015 0.003 0.001 4 D 0.164 0.174 0.233 0.178 0.051 0.106 0.044 0.007 0.036 0.005 0.002 5 Q 0.275 0.318 0.192 0.103 0.045 0.025 0.012 0.002 0.023 0.003 0.001 6 N 0.353 0.085 0.179 0.202 0.048 0.036 0.059 0.014 0.013 0.008 0.003 7 H 0.108 0.238 0.182 0.178 0.069 0.046 0.109 0.023 0.036 0.011 0.001 8 F 0.051 0.428 0.357 0.049 0.022 0.033 0.016 0.002 0.038 0.002 0.001 9 S 0.080 0.239 0.431 0.105 0.054 0.047 0.018 0.001 0.021 0.003 0.001 10 G 0.040 0.024 0.161 0.050 0.140 0.019 0.089 0.101 0.010 0.365 0.001 11 G 0.081 0.019 0.140 0.033 0.138 0.019 0.036 0.083 0.009 0.442 0.001 12 T 0.242 0.104 0.285 0.176 0.143 0.022 0.005 0.002 0.006 0.015 0.001 13 S 0.197 0.149 0.428 0.059 0.095 0.032 0.004 0.001 0.014 0.020 0.001 14 I 0.993 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 K 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.947 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.876 0.002 0.003 0.114 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.228 0.007 0.025 0.699 0.002 0.001 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 22 G 0.046 0.003 0.030 0.027 0.029 0.004 0.221 0.468 0.002 0.170 0.001 23 D 0.018 0.205 0.577 0.008 0.037 0.018 0.003 0.001 0.132 0.001 0.001 24 P 0.118 0.004 0.813 0.015 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 25 N 0.158 0.131 0.279 0.190 0.045 0.056 0.055 0.053 0.027 0.004 0.002 26 K 0.104 0.353 0.306 0.104 0.056 0.033 0.008 0.002 0.029 0.002 0.001 27 S 0.120 0.363 0.303 0.065 0.091 0.029 0.006 0.002 0.016 0.004 0.001 28 E 0.172 0.339 0.247 0.070 0.095 0.047 0.007 0.002 0.018 0.003 0.001 29 Q 0.225 0.309 0.215 0.093 0.053 0.055 0.013 0.002 0.030 0.004 0.001 30 R 0.287 0.266 0.208 0.096 0.073 0.021 0.013 0.004 0.025 0.007 0.001 31 N 0.226 0.150 0.186 0.169 0.059 0.060 0.081 0.021 0.032 0.015 0.001 32 A 0.195 0.093 0.247 0.326 0.025 0.021 0.065 0.006 0.015 0.006 0.002 33 G 0.028 0.004 0.012 0.016 0.042 0.002 0.087 0.626 0.001 0.181 0.001 34 N 0.041 0.181 0.260 0.185 0.077 0.051 0.145 0.014 0.038 0.007 0.001 35 I 0.028 0.560 0.332 0.024 0.020 0.018 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 36 T 0.039 0.467 0.368 0.014 0.041 0.041 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 37 L 0.088 0.463 0.286 0.027 0.074 0.036 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 38 D 0.142 0.343 0.254 0.072 0.086 0.053 0.012 0.002 0.032 0.003 0.002 39 S 0.110 0.410 0.197 0.060 0.151 0.024 0.015 0.005 0.019 0.008 0.001 40 Y 0.140 0.347 0.270 0.071 0.076 0.040 0.019 0.004 0.029 0.003 0.001 41 T 0.091 0.542 0.170 0.050 0.097 0.020 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 42 W 0.106 0.381 0.295 0.038 0.069 0.069 0.012 0.004 0.023 0.003 0.001 43 V 0.185 0.248 0.400 0.046 0.023 0.055 0.007 0.001 0.029 0.002 0.002 44 K 0.336 0.164 0.151 0.193 0.042 0.031 0.043 0.008 0.023 0.008 0.002 45 D 0.036 0.037 0.076 0.371 0.032 0.020 0.371 0.031 0.019 0.006 0.001 46 G 0.025 0.022 0.060 0.035 0.073 0.008 0.157 0.503 0.006 0.112 0.001 47 A 0.064 0.352 0.398 0.090 0.053 0.016 0.010 0.002 0.009 0.005 0.001 48 V 0.009 0.737 0.133 0.020 0.074 0.011 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 49 I 0.004 0.807 0.091 0.005 0.080 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 50 N 0.003 0.763 0.160 0.004 0.040 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 51 A 0.001 0.895 0.066 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 52 Q 0.002 0.850 0.088 0.001 0.033 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 53 L 0.014 0.626 0.222 0.011 0.042 0.061 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 54 Y 0.030 0.367 0.290 0.026 0.116 0.066 0.011 0.002 0.083 0.008 0.001 55 K 0.498 0.068 0.230 0.089 0.033 0.034 0.019 0.007 0.007 0.009 0.006 56 N 0.114 0.039 0.063 0.468 0.029 0.026 0.219 0.021 0.017 0.005 0.001 57 S 0.263 0.114 0.155 0.095 0.107 0.021 0.121 0.081 0.018 0.025 0.001 58 T 0.391 0.212 0.260 0.046 0.027 0.044 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 59 V 0.403 0.275 0.197 0.037 0.018 0.051 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 60 A 0.687 0.094 0.119 0.034 0.019 0.027 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 61 R 0.768 0.065 0.074 0.044 0.020 0.015 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 62 S 0.655 0.105 0.093 0.080 0.024 0.022 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 63 I 0.554 0.135 0.153 0.087 0.014 0.030 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 64 S 0.588 0.058 0.105 0.143 0.024 0.023 0.041 0.004 0.010 0.003 0.001 65 N 0.218 0.050 0.059 0.321 0.050 0.049 0.184 0.045 0.016 0.007 0.001 66 F 0.278 0.193 0.205 0.171 0.033 0.041 0.045 0.006 0.023 0.003 0.001 67 S 0.374 0.194 0.189 0.107 0.047 0.045 0.019 0.003 0.017 0.003 0.001 68 F 0.297 0.154 0.197 0.193 0.050 0.060 0.018 0.004 0.022 0.005 0.001 69 S 0.340 0.136 0.229 0.152 0.058 0.031 0.017 0.002 0.024 0.009 0.001 70 R 0.644 0.074 0.094 0.096 0.038 0.016 0.019 0.006 0.005 0.006 0.002 71 E 0.349 0.128 0.144 0.240 0.042 0.033 0.041 0.006 0.014 0.003 0.002 72 A 0.181 0.347 0.243 0.096 0.059 0.017 0.029 0.005 0.020 0.003 0.001 73 K 0.139 0.309 0.352 0.042 0.017 0.075 0.023 0.001 0.039 0.001 0.002 74 I 0.045 0.493 0.301 0.088 0.014 0.037 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 75 G 0.029 0.131 0.421 0.007 0.240 0.047 0.008 0.003 0.055 0.058 0.001 76 K 0.844 0.005 0.123 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 77 E 0.887 0.014 0.024 0.045 0.008 0.007 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 78 D 0.613 0.032 0.030 0.283 0.011 0.013 0.008 0.003 0.006 0.001 0.001 79 Y 0.889 0.025 0.033 0.029 0.004 0.007 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 80 D 0.936 0.007 0.017 0.029 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.722 0.025 0.025 0.176 0.006 0.012 0.027 0.004 0.003 0.001 0.001 82 L 0.295 0.138 0.433 0.095 0.003 0.013 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 83 K 0.343 0.129 0.309 0.066 0.018 0.068 0.029 0.001 0.036 0.001 0.001 84 I 0.171 0.169 0.236 0.325 0.027 0.028 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 85 G 0.034 0.007 0.034 0.019 0.066 0.016 0.082 0.589 0.005 0.147 0.001 86 E 0.256 0.244 0.252 0.127 0.079 0.026 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 87 S 0.168 0.190 0.435 0.056 0.057 0.058 0.005 0.001 0.020 0.009 0.002 88 Y 0.954 0.004 0.024 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.987 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.983 0.003 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.979 0.004 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 V 0.988 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.965 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.924 0.004 0.003 0.061 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 95 L 0.201 0.007 0.036 0.720 0.002 0.002 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 96 G 0.025 0.002 0.015 0.020 0.018 0.002 0.226 0.578 0.001 0.114 0.001 97 E 0.017 0.243 0.585 0.007 0.036 0.014 0.004 0.001 0.091 0.002 0.001 98 P 0.146 0.005 0.776 0.014 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.032 99 D 0.247 0.166 0.232 0.142 0.056 0.052 0.041 0.038 0.021 0.003 0.001 100 V 0.184 0.321 0.243 0.082 0.056 0.062 0.010 0.002 0.036 0.001 0.002 101 L 0.187 0.391 0.242 0.077 0.038 0.039 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 102 S 0.177 0.367 0.208 0.056 0.111 0.049 0.007 0.001 0.022 0.003 0.001 103 Q 0.313 0.282 0.165 0.078 0.077 0.047 0.009 0.002 0.024 0.003 0.001 104 S 0.224 0.282 0.241 0.104 0.073 0.029 0.013 0.002 0.029 0.004 0.001 105 M 0.233 0.162 0.242 0.133 0.076 0.058 0.047 0.013 0.023 0.011 0.001 106 S 0.204 0.200 0.308 0.137 0.056 0.030 0.026 0.005 0.022 0.011 0.001 107 S 0.309 0.131 0.190 0.156 0.083 0.028 0.041 0.021 0.012 0.027 0.001 108 D 0.122 0.093 0.173 0.193 0.063 0.062 0.211 0.032 0.033 0.016 0.002 109 K 0.295 0.164 0.252 0.138 0.041 0.026 0.048 0.013 0.015 0.006 0.002 110 E 0.148 0.361 0.249 0.089 0.066 0.035 0.026 0.005 0.020 0.002 0.001 111 E 0.065 0.545 0.230 0.048 0.048 0.037 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 112 M 0.048 0.639 0.164 0.031 0.081 0.020 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 113 Q 0.025 0.672 0.103 0.027 0.131 0.021 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 114 T 0.007 0.813 0.064 0.005 0.086 0.010 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 115 V 0.008 0.854 0.067 0.003 0.051 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 116 W 0.046 0.526 0.244 0.014 0.064 0.070 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 117 S 0.160 0.425 0.170 0.056 0.098 0.041 0.008 0.002 0.034 0.005 0.001 118 S 0.180 0.126 0.220 0.247 0.085 0.026 0.082 0.008 0.018 0.007 0.001 119 G 0.032 0.014 0.046 0.028 0.070 0.013 0.166 0.494 0.007 0.129 0.001 120 I 0.120 0.252 0.480 0.085 0.021 0.017 0.007 0.001 0.015 0.002 0.001 121 K 0.154 0.133 0.337 0.154 0.044 0.079 0.048 0.013 0.025 0.011 0.004 122 T 0.119 0.225 0.236 0.122 0.128 0.042 0.054 0.023 0.030 0.020 0.001 123 K 0.229 0.123 0.252 0.161 0.058 0.059 0.051 0.021 0.025 0.018 0.003 124 S 0.121 0.202 0.311 0.138 0.071 0.040 0.039 0.008 0.050 0.017 0.002 125 S 0.318 0.111 0.289 0.146 0.037 0.032 0.029 0.008 0.012 0.010 0.006 126 S 0.192 0.162 0.212 0.217 0.078 0.025 0.056 0.021 0.020 0.016 0.002 127 A 0.084 0.372 0.239 0.125 0.108 0.010 0.030 0.011 0.012 0.007 0.001 128 T 0.010 0.668 0.167 0.035 0.060 0.016 0.023 0.002 0.018 0.001 0.001 129 I 0.001 0.840 0.130 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 130 E 0.002 0.759 0.186 0.002 0.021 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 131 L 0.001 0.848 0.091 0.001 0.032 0.009 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 132 Y 0.005 0.785 0.109 0.002 0.052 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 133 F 0.037 0.437 0.306 0.015 0.093 0.074 0.004 0.002 0.026 0.005 0.001 134 E 0.328 0.361 0.120 0.086 0.057 0.018 0.006 0.002 0.012 0.008 0.002 135 N 0.018 0.022 0.040 0.500 0.021 0.012 0.365 0.007 0.013 0.003 0.001 136 G 0.003 0.003 0.009 0.004 0.029 0.001 0.107 0.765 0.002 0.077 0.001 137 L 0.045 0.385 0.496 0.022 0.017 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 138 L 0.026 0.298 0.576 0.020 0.011 0.048 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 139 K 0.061 0.558 0.209 0.026 0.097 0.024 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 140 N 0.093 0.237 0.327 0.072 0.100 0.075 0.023 0.004 0.059 0.005 0.002 141 K 0.210 0.345 0.227 0.080 0.071 0.030 0.008 0.005 0.019 0.004 0.001 142 T 0.138 0.383 0.207 0.101 0.094 0.039 0.013 0.002 0.017 0.005 0.001 143 Q 0.358 0.166 0.184 0.095 0.067 0.057 0.029 0.010 0.019 0.011 0.003 144 K 0.392 0.194 0.117 0.193 0.034 0.019 0.028 0.004 0.014 0.004 0.001 145 D 0.098 0.078 0.107 0.268 0.053 0.087 0.218 0.038 0.044 0.008 0.001 146 L 0.327 0.161 0.292 0.125 0.022 0.027 0.024 0.003 0.015 0.003 0.001 147 E 0.468 0.115 0.183 0.124 0.033 0.030 0.022 0.005 0.012 0.006 0.002