# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.095 0.258 0.098 0.025 0.245 0.025 0.027 0.068 0.051 0.065 0.043 2 T 0.205 0.176 0.073 0.015 0.321 0.014 0.017 0.052 0.030 0.041 0.058 3 T 0.077 0.237 0.099 0.019 0.170 0.036 0.058 0.144 0.092 0.040 0.028 4 D 0.169 0.160 0.083 0.026 0.222 0.023 0.051 0.085 0.033 0.087 0.061 5 Q 0.094 0.137 0.045 0.040 0.169 0.028 0.035 0.144 0.169 0.084 0.055 6 N 0.022 0.060 0.095 0.137 0.034 0.120 0.113 0.187 0.125 0.086 0.021 7 H 0.105 0.106 0.049 0.024 0.131 0.013 0.048 0.105 0.065 0.292 0.061 8 F 0.151 0.186 0.056 0.028 0.263 0.017 0.017 0.054 0.047 0.094 0.086 9 S 0.033 0.115 0.193 0.176 0.051 0.124 0.065 0.107 0.081 0.036 0.019 10 G 0.028 0.056 0.047 0.059 0.051 0.036 0.083 0.174 0.230 0.199 0.037 11 G 0.058 0.091 0.061 0.026 0.073 0.018 0.026 0.086 0.075 0.424 0.061 12 T 0.020 0.416 0.250 0.015 0.098 0.013 0.023 0.079 0.026 0.044 0.016 13 S 0.046 0.600 0.186 0.002 0.083 0.001 0.002 0.042 0.009 0.011 0.016 14 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.741 0.245 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.069 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.032 0.007 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.032 0.002 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.101 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.875 0.093 0.005 0.001 20 W 0.008 0.007 0.010 0.002 0.008 0.007 0.205 0.614 0.081 0.049 0.009 21 F 0.030 0.392 0.102 0.017 0.089 0.017 0.078 0.124 0.050 0.079 0.021 22 G 0.027 0.021 0.025 0.051 0.016 0.030 0.045 0.086 0.072 0.471 0.157 23 D 0.044 0.314 0.300 0.037 0.159 0.009 0.017 0.042 0.026 0.034 0.019 24 P 0.068 0.219 0.070 0.036 0.135 0.051 0.071 0.133 0.105 0.057 0.055 25 N 0.083 0.100 0.092 0.059 0.114 0.032 0.057 0.103 0.089 0.188 0.082 26 K 0.099 0.203 0.098 0.019 0.206 0.013 0.023 0.107 0.076 0.096 0.059 27 S 0.104 0.234 0.086 0.017 0.221 0.023 0.028 0.108 0.063 0.068 0.048 28 E 0.103 0.173 0.091 0.018 0.201 0.017 0.030 0.154 0.089 0.071 0.052 29 Q 0.094 0.113 0.044 0.023 0.175 0.036 0.047 0.233 0.111 0.079 0.044 30 R 0.068 0.287 0.135 0.032 0.114 0.033 0.063 0.141 0.063 0.042 0.022 31 N 0.078 0.037 0.066 0.038 0.064 0.036 0.060 0.158 0.068 0.259 0.137 32 A 0.033 0.416 0.178 0.065 0.107 0.031 0.053 0.045 0.037 0.026 0.010 33 G 0.028 0.046 0.068 0.273 0.031 0.125 0.046 0.038 0.047 0.213 0.084 34 N 0.137 0.192 0.071 0.047 0.236 0.011 0.026 0.031 0.034 0.125 0.089 35 I 0.154 0.217 0.041 0.004 0.516 0.006 0.007 0.014 0.011 0.011 0.020 36 T 0.195 0.196 0.028 0.006 0.499 0.008 0.015 0.014 0.007 0.007 0.026 37 L 0.377 0.121 0.016 0.005 0.376 0.007 0.006 0.009 0.008 0.011 0.064 38 D 0.152 0.152 0.067 0.040 0.292 0.071 0.063 0.034 0.018 0.051 0.059 39 S 0.290 0.146 0.044 0.016 0.352 0.009 0.011 0.020 0.016 0.031 0.065 40 Y 0.141 0.222 0.083 0.032 0.312 0.030 0.022 0.025 0.026 0.049 0.057 41 T 0.163 0.218 0.068 0.018 0.361 0.015 0.022 0.019 0.019 0.047 0.052 42 W 0.199 0.218 0.070 0.014 0.350 0.012 0.017 0.024 0.016 0.026 0.053 43 V 0.181 0.143 0.124 0.069 0.172 0.057 0.074 0.063 0.032 0.034 0.051 44 K 0.041 0.058 0.104 0.287 0.047 0.152 0.103 0.075 0.067 0.042 0.023 45 D 0.028 0.051 0.075 0.425 0.029 0.127 0.065 0.045 0.051 0.086 0.019 46 G 0.080 0.042 0.043 0.064 0.066 0.027 0.019 0.027 0.047 0.469 0.115 47 A 0.102 0.268 0.057 0.009 0.351 0.018 0.052 0.034 0.030 0.047 0.032 48 V 0.340 0.082 0.006 0.002 0.518 0.005 0.013 0.004 0.004 0.005 0.022 49 I 0.206 0.077 0.005 0.003 0.676 0.008 0.009 0.002 0.001 0.002 0.012 50 N 0.368 0.027 0.002 0.001 0.579 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 51 A 0.280 0.071 0.008 0.001 0.605 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 52 Q 0.231 0.104 0.007 0.002 0.614 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 53 L 0.284 0.141 0.014 0.009 0.354 0.006 0.005 0.003 0.003 0.018 0.164 54 Y 0.107 0.175 0.282 0.124 0.156 0.053 0.027 0.013 0.007 0.018 0.039 55 K 0.016 0.040 0.035 0.057 0.026 0.081 0.199 0.279 0.223 0.031 0.013 56 N 0.041 0.125 0.120 0.065 0.067 0.040 0.024 0.071 0.072 0.336 0.040 57 S 0.044 0.202 0.089 0.016 0.094 0.023 0.032 0.162 0.103 0.181 0.054 58 T 0.095 0.196 0.041 0.005 0.206 0.008 0.033 0.247 0.083 0.052 0.033 59 V 0.204 0.099 0.013 0.008 0.205 0.012 0.016 0.256 0.098 0.036 0.054 60 A 0.080 0.075 0.021 0.013 0.158 0.028 0.032 0.443 0.098 0.028 0.024 61 R 0.061 0.062 0.021 0.006 0.107 0.016 0.038 0.507 0.115 0.049 0.018 62 S 0.059 0.052 0.021 0.007 0.085 0.009 0.045 0.489 0.115 0.091 0.026 63 I 0.079 0.066 0.027 0.014 0.115 0.018 0.036 0.365 0.153 0.088 0.038 64 S 0.035 0.163 0.070 0.034 0.075 0.050 0.101 0.297 0.104 0.051 0.019 65 N 0.073 0.056 0.031 0.020 0.078 0.016 0.047 0.203 0.092 0.300 0.083 66 F 0.078 0.196 0.068 0.014 0.197 0.014 0.025 0.176 0.106 0.088 0.040 67 S 0.091 0.122 0.049 0.016 0.165 0.029 0.054 0.265 0.099 0.068 0.041 68 F 0.073 0.094 0.044 0.022 0.107 0.026 0.062 0.267 0.149 0.115 0.040 69 S 0.085 0.121 0.093 0.035 0.153 0.036 0.046 0.213 0.089 0.093 0.039 70 R 0.040 0.114 0.050 0.017 0.081 0.026 0.059 0.317 0.167 0.100 0.029 71 E 0.082 0.117 0.047 0.014 0.125 0.016 0.037 0.197 0.143 0.165 0.058 72 A 0.068 0.229 0.058 0.009 0.218 0.017 0.043 0.166 0.097 0.065 0.030 73 K 0.201 0.134 0.026 0.006 0.302 0.010 0.033 0.123 0.040 0.061 0.065 74 I 0.120 0.273 0.065 0.021 0.297 0.028 0.028 0.042 0.023 0.055 0.050 75 G 0.091 0.435 0.179 0.011 0.224 0.005 0.004 0.012 0.003 0.010 0.026 76 K 0.019 0.028 0.008 0.004 0.031 0.009 0.018 0.412 0.403 0.054 0.014 77 E 0.007 0.023 0.016 0.005 0.016 0.018 0.086 0.611 0.172 0.041 0.004 78 D 0.038 0.039 0.009 0.004 0.035 0.004 0.015 0.336 0.095 0.386 0.038 79 Y 0.054 0.023 0.008 0.008 0.064 0.007 0.010 0.449 0.238 0.103 0.035 80 D 0.003 0.010 0.010 0.013 0.004 0.028 0.029 0.665 0.221 0.017 0.002 81 E 0.014 0.014 0.005 0.005 0.026 0.005 0.035 0.471 0.142 0.272 0.010 82 L 0.060 0.087 0.029 0.005 0.110 0.005 0.022 0.410 0.167 0.079 0.026 83 K 0.058 0.073 0.077 0.009 0.096 0.026 0.039 0.450 0.091 0.048 0.032 84 I 0.009 0.359 0.066 0.012 0.034 0.025 0.132 0.220 0.113 0.025 0.005 85 G 0.029 0.022 0.030 0.030 0.022 0.018 0.030 0.104 0.051 0.508 0.157 86 E 0.021 0.366 0.178 0.011 0.107 0.008 0.020 0.149 0.057 0.063 0.020 87 S 0.064 0.452 0.134 0.006 0.090 0.006 0.009 0.139 0.022 0.034 0.044 88 Y 0.006 0.012 0.004 0.002 0.011 0.003 0.003 0.708 0.232 0.014 0.004 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.898 0.090 0.002 0.001 90 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.929 0.053 0.011 0.001 91 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.942 0.047 0.003 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.891 0.101 0.001 0.001 93 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.852 0.099 0.004 0.001 94 K 0.010 0.005 0.007 0.002 0.009 0.009 0.202 0.607 0.078 0.058 0.014 95 L 0.018 0.594 0.122 0.014 0.068 0.010 0.056 0.055 0.023 0.031 0.010 96 G 0.025 0.015 0.028 0.101 0.012 0.039 0.031 0.047 0.042 0.441 0.221 97 E 0.026 0.375 0.312 0.050 0.120 0.009 0.016 0.031 0.020 0.029 0.013 98 P 0.098 0.191 0.063 0.032 0.144 0.038 0.042 0.105 0.107 0.092 0.088 99 D 0.063 0.133 0.118 0.044 0.122 0.034 0.052 0.157 0.127 0.106 0.043 100 V 0.116 0.186 0.059 0.009 0.240 0.009 0.030 0.160 0.083 0.071 0.038 101 L 0.176 0.159 0.046 0.012 0.233 0.022 0.025 0.116 0.077 0.064 0.072 102 S 0.117 0.191 0.073 0.017 0.281 0.028 0.039 0.116 0.057 0.044 0.036 103 Q 0.147 0.107 0.030 0.012 0.214 0.017 0.033 0.171 0.113 0.096 0.060 104 S 0.097 0.166 0.064 0.019 0.219 0.024 0.052 0.165 0.081 0.075 0.037 105 M 0.121 0.152 0.066 0.020 0.174 0.022 0.058 0.141 0.073 0.111 0.063 106 S 0.083 0.175 0.116 0.050 0.155 0.036 0.042 0.113 0.088 0.097 0.045 107 S 0.030 0.182 0.111 0.088 0.060 0.075 0.095 0.162 0.112 0.067 0.020 108 D 0.071 0.081 0.073 0.032 0.112 0.019 0.038 0.104 0.095 0.297 0.077 109 K 0.090 0.266 0.093 0.013 0.181 0.016 0.030 0.108 0.098 0.072 0.034 110 E 0.076 0.215 0.087 0.014 0.181 0.029 0.071 0.128 0.062 0.089 0.048 111 E 0.287 0.152 0.024 0.007 0.308 0.010 0.030 0.059 0.032 0.037 0.052 112 M 0.196 0.139 0.019 0.008 0.466 0.022 0.024 0.052 0.019 0.020 0.036 113 Q 0.266 0.093 0.011 0.005 0.512 0.011 0.020 0.028 0.011 0.013 0.030 114 T 0.281 0.071 0.010 0.002 0.588 0.002 0.002 0.008 0.003 0.005 0.028 115 V 0.197 0.143 0.018 0.005 0.546 0.009 0.015 0.018 0.005 0.012 0.032 116 W 0.326 0.104 0.032 0.012 0.293 0.008 0.015 0.039 0.018 0.030 0.123 117 S 0.093 0.098 0.087 0.125 0.141 0.090 0.094 0.112 0.050 0.055 0.054 118 S 0.018 0.171 0.116 0.247 0.038 0.102 0.144 0.076 0.042 0.032 0.013 119 G 0.048 0.029 0.071 0.139 0.043 0.023 0.011 0.027 0.027 0.434 0.147 120 I 0.073 0.243 0.125 0.030 0.190 0.019 0.031 0.095 0.094 0.067 0.034 121 K 0.076 0.154 0.132 0.071 0.105 0.070 0.071 0.073 0.062 0.116 0.069 122 T 0.084 0.138 0.150 0.107 0.129 0.034 0.048 0.093 0.076 0.098 0.045 123 K 0.068 0.114 0.092 0.075 0.087 0.054 0.066 0.133 0.111 0.150 0.050 124 S 0.096 0.152 0.259 0.073 0.136 0.047 0.024 0.052 0.052 0.074 0.035 125 S 0.049 0.082 0.045 0.028 0.069 0.047 0.117 0.219 0.234 0.081 0.029 126 S 0.116 0.092 0.052 0.018 0.114 0.024 0.039 0.051 0.060 0.345 0.090 127 A 0.134 0.218 0.029 0.006 0.402 0.020 0.067 0.028 0.019 0.038 0.039 128 T 0.361 0.074 0.004 0.003 0.488 0.006 0.019 0.004 0.004 0.007 0.030 129 I 0.209 0.048 0.003 0.002 0.722 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 130 E 0.307 0.018 0.001 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 131 L 0.279 0.076 0.007 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 132 Y 0.191 0.106 0.004 0.002 0.636 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.049 133 F 0.313 0.133 0.138 0.055 0.150 0.009 0.006 0.008 0.009 0.020 0.160 134 E 0.008 0.006 0.016 0.101 0.010 0.214 0.357 0.193 0.074 0.013 0.009 135 N 0.012 0.312 0.160 0.314 0.029 0.045 0.047 0.016 0.021 0.038 0.007 136 G 0.017 0.017 0.049 0.169 0.014 0.033 0.006 0.015 0.022 0.478 0.179 137 L 0.038 0.514 0.132 0.006 0.233 0.003 0.010 0.017 0.014 0.017 0.016 138 L 0.439 0.107 0.016 0.005 0.279 0.008 0.008 0.016 0.019 0.012 0.091 139 K 0.076 0.228 0.100 0.098 0.181 0.092 0.058 0.073 0.034 0.028 0.034 140 N 0.173 0.180 0.093 0.015 0.302 0.010 0.014 0.081 0.042 0.037 0.052 141 K 0.065 0.086 0.046 0.014 0.097 0.043 0.062 0.267 0.176 0.113 0.031 142 T 0.066 0.325 0.110 0.013 0.170 0.010 0.036 0.136 0.054 0.056 0.024 143 Q 0.084 0.060 0.037 0.021 0.101 0.024 0.029 0.242 0.137 0.156 0.108 144 K 0.013 0.386 0.156 0.039 0.055 0.044 0.080 0.139 0.056 0.025 0.008 145 D 0.068 0.032 0.027 0.022 0.049 0.013 0.020 0.071 0.042 0.466 0.189 146 L 0.068 0.316 0.109 0.018 0.215 0.010 0.014 0.101 0.075 0.052 0.023 147 E 0.072 0.204 0.113 0.028 0.157 0.046 0.051 0.189 0.064 0.041 0.035