# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.313 0.203 0.188 0.164 0.104 0.026 0.002 2 T 0.569 0.307 0.083 0.030 0.009 0.002 0.001 3 T 0.206 0.214 0.288 0.207 0.069 0.015 0.001 4 D 0.226 0.330 0.258 0.142 0.035 0.008 0.001 5 Q 0.059 0.092 0.195 0.328 0.236 0.086 0.004 6 N 0.296 0.374 0.189 0.100 0.033 0.008 0.001 7 H 0.143 0.306 0.289 0.179 0.065 0.017 0.001 8 F 0.059 0.059 0.092 0.236 0.345 0.185 0.025 9 S 0.159 0.301 0.248 0.180 0.082 0.027 0.002 10 G 0.236 0.299 0.189 0.151 0.078 0.042 0.005 11 G 0.107 0.184 0.239 0.229 0.163 0.071 0.007 12 T 0.065 0.105 0.163 0.236 0.259 0.149 0.024 13 S 0.081 0.154 0.209 0.195 0.197 0.137 0.029 14 I 0.087 0.152 0.242 0.281 0.172 0.061 0.006 15 E 0.513 0.379 0.074 0.023 0.009 0.002 0.001 16 Q 0.143 0.297 0.269 0.210 0.064 0.015 0.001 17 L 0.041 0.045 0.090 0.201 0.382 0.223 0.019 18 K 0.094 0.252 0.314 0.249 0.076 0.015 0.001 19 Q 0.455 0.408 0.094 0.031 0.010 0.002 0.001 20 W 0.072 0.149 0.252 0.333 0.158 0.035 0.001 21 F 0.087 0.117 0.209 0.270 0.247 0.068 0.002 22 G 0.348 0.361 0.186 0.074 0.026 0.004 0.001 23 D 0.466 0.322 0.136 0.058 0.015 0.002 0.001 24 P 0.439 0.257 0.157 0.101 0.041 0.006 0.001 25 N 0.615 0.259 0.085 0.031 0.009 0.001 0.001 26 K 0.569 0.274 0.105 0.040 0.011 0.001 0.001 27 S 0.474 0.276 0.158 0.069 0.019 0.003 0.001 28 E 0.475 0.262 0.166 0.074 0.020 0.003 0.001 29 Q 0.593 0.247 0.110 0.038 0.010 0.001 0.001 30 R 0.484 0.238 0.173 0.080 0.021 0.003 0.001 31 N 0.592 0.271 0.093 0.034 0.009 0.002 0.001 32 A 0.449 0.263 0.162 0.091 0.028 0.007 0.001 33 G 0.450 0.273 0.156 0.084 0.029 0.007 0.001 34 N 0.414 0.343 0.154 0.063 0.020 0.006 0.001 35 I 0.113 0.129 0.202 0.271 0.210 0.069 0.007 36 T 0.146 0.316 0.238 0.170 0.090 0.036 0.003 37 L 0.053 0.081 0.149 0.261 0.253 0.177 0.026 38 D 0.104 0.238 0.237 0.215 0.138 0.061 0.008 39 S 0.067 0.125 0.166 0.257 0.228 0.135 0.022 40 Y 0.041 0.079 0.120 0.199 0.302 0.225 0.034 41 T 0.079 0.215 0.233 0.222 0.154 0.085 0.011 42 W 0.048 0.078 0.144 0.261 0.285 0.162 0.023 43 V 0.155 0.235 0.254 0.207 0.106 0.040 0.004 44 K 0.257 0.230 0.217 0.173 0.090 0.031 0.003 45 D 0.528 0.300 0.102 0.045 0.018 0.006 0.001 46 G 0.221 0.241 0.203 0.174 0.107 0.046 0.008 47 A 0.056 0.118 0.183 0.242 0.222 0.152 0.027 48 V 0.020 0.050 0.106 0.182 0.277 0.285 0.079 49 I 0.003 0.009 0.021 0.046 0.178 0.476 0.266 50 N 0.006 0.016 0.044 0.092 0.198 0.353 0.291 51 A 0.001 0.003 0.005 0.012 0.072 0.447 0.461 52 Q 0.007 0.054 0.142 0.268 0.255 0.201 0.073 53 L 0.004 0.017 0.053 0.151 0.340 0.371 0.063 54 Y 0.037 0.157 0.272 0.281 0.191 0.058 0.004 55 K 0.216 0.339 0.196 0.142 0.078 0.028 0.002 56 N 0.199 0.326 0.244 0.144 0.067 0.019 0.002 57 S 0.113 0.240 0.289 0.266 0.067 0.022 0.002 58 T 0.033 0.103 0.207 0.284 0.244 0.118 0.012 59 V 0.022 0.033 0.049 0.127 0.279 0.386 0.104 60 A 0.018 0.057 0.107 0.192 0.257 0.296 0.073 61 R 0.031 0.087 0.137 0.215 0.233 0.205 0.091 62 S 0.023 0.061 0.084 0.137 0.261 0.305 0.129 63 I 0.031 0.074 0.120 0.190 0.236 0.250 0.098 64 S 0.050 0.104 0.168 0.225 0.210 0.190 0.053 65 N 0.117 0.199 0.223 0.214 0.137 0.090 0.020 66 F 0.088 0.080 0.118 0.205 0.283 0.196 0.031 67 S 0.253 0.333 0.199 0.114 0.066 0.032 0.003 68 F 0.127 0.166 0.233 0.259 0.154 0.056 0.004 69 S 0.400 0.322 0.153 0.080 0.035 0.009 0.001 70 R 0.368 0.281 0.183 0.116 0.042 0.010 0.001 71 E 0.502 0.301 0.114 0.053 0.023 0.006 0.001 72 A 0.237 0.318 0.216 0.156 0.059 0.013 0.001 73 K 0.102 0.374 0.335 0.141 0.040 0.007 0.001 74 I 0.024 0.055 0.148 0.340 0.309 0.120 0.005 75 G 0.032 0.112 0.253 0.323 0.224 0.055 0.001 76 K 0.234 0.385 0.234 0.114 0.030 0.004 0.001 77 E 0.491 0.430 0.059 0.016 0.004 0.001 0.001 78 D 0.105 0.325 0.272 0.234 0.056 0.008 0.001 79 Y 0.025 0.060 0.221 0.373 0.272 0.048 0.001 80 D 0.442 0.445 0.091 0.018 0.004 0.001 0.001 81 E 0.314 0.423 0.203 0.052 0.007 0.001 0.001 82 L 0.069 0.066 0.175 0.366 0.276 0.047 0.001 83 K 0.375 0.353 0.186 0.069 0.016 0.002 0.001 84 I 0.630 0.297 0.049 0.016 0.006 0.001 0.001 85 G 0.536 0.364 0.074 0.020 0.006 0.001 0.001 86 E 0.219 0.267 0.237 0.198 0.069 0.009 0.001 87 S 0.274 0.300 0.268 0.105 0.045 0.008 0.001 88 Y 0.099 0.139 0.312 0.318 0.114 0.017 0.001 89 K 0.672 0.300 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 90 K 0.223 0.432 0.201 0.120 0.022 0.003 0.001 91 V 0.033 0.054 0.118 0.232 0.412 0.147 0.005 92 V 0.081 0.243 0.355 0.261 0.054 0.007 0.001 93 E 0.532 0.376 0.072 0.017 0.004 0.001 0.001 94 K 0.091 0.202 0.325 0.295 0.077 0.010 0.001 95 L 0.056 0.079 0.174 0.303 0.315 0.072 0.002 96 G 0.330 0.395 0.184 0.065 0.022 0.004 0.001 97 E 0.363 0.328 0.183 0.095 0.027 0.005 0.001 98 P 0.421 0.279 0.158 0.096 0.039 0.007 0.001 99 D 0.496 0.275 0.147 0.063 0.017 0.003 0.001 100 V 0.404 0.296 0.188 0.081 0.025 0.005 0.001 101 L 0.188 0.167 0.214 0.240 0.151 0.037 0.002 102 S 0.349 0.290 0.177 0.114 0.055 0.014 0.001 103 Q 0.418 0.302 0.166 0.081 0.025 0.007 0.001 104 S 0.331 0.243 0.204 0.141 0.065 0.015 0.001 105 M 0.307 0.292 0.210 0.128 0.050 0.012 0.001 106 S 0.268 0.198 0.258 0.184 0.074 0.017 0.001 107 S 0.653 0.234 0.076 0.027 0.008 0.001 0.001 108 D 0.719 0.200 0.055 0.019 0.005 0.001 0.001 109 K 0.479 0.262 0.148 0.080 0.026 0.005 0.001 110 E 0.436 0.382 0.113 0.046 0.018 0.005 0.001 111 E 0.049 0.135 0.202 0.292 0.214 0.098 0.010 112 M 0.016 0.052 0.110 0.214 0.314 0.264 0.029 113 Q 0.014 0.049 0.135 0.262 0.256 0.232 0.051 114 T 0.003 0.007 0.016 0.032 0.159 0.499 0.286 115 V 0.004 0.015 0.031 0.067 0.193 0.389 0.301 116 W 0.005 0.018 0.031 0.082 0.209 0.396 0.259 117 S 0.016 0.064 0.134 0.247 0.276 0.220 0.043 118 S 0.058 0.158 0.286 0.271 0.156 0.067 0.005 119 G 0.142 0.252 0.255 0.215 0.097 0.037 0.002 120 I 0.164 0.152 0.260 0.238 0.142 0.042 0.002 121 K 0.505 0.257 0.143 0.070 0.019 0.005 0.001 122 T 0.661 0.249 0.063 0.019 0.006 0.001 0.001 123 K 0.514 0.271 0.126 0.068 0.018 0.003 0.001 124 S 0.455 0.307 0.141 0.063 0.027 0.006 0.001 125 S 0.313 0.292 0.223 0.128 0.036 0.008 0.001 126 S 0.286 0.426 0.190 0.062 0.028 0.006 0.001 127 A 0.050 0.167 0.210 0.341 0.181 0.047 0.003 128 T 0.004 0.048 0.181 0.335 0.276 0.146 0.010 129 I 0.001 0.005 0.009 0.037 0.194 0.645 0.110 130 E 0.002 0.034 0.188 0.473 0.221 0.077 0.005 131 L 0.001 0.004 0.008 0.025 0.163 0.678 0.121 132 Y 0.002 0.024 0.150 0.341 0.321 0.148 0.013 133 F 0.003 0.018 0.061 0.221 0.379 0.291 0.027 134 E 0.121 0.404 0.256 0.134 0.071 0.014 0.001 135 N 0.339 0.419 0.144 0.069 0.024 0.005 0.001 136 G 0.203 0.374 0.231 0.143 0.043 0.007 0.001 137 L 0.079 0.237 0.298 0.260 0.102 0.023 0.001 138 L 0.067 0.083 0.165 0.264 0.300 0.114 0.006 139 K 0.163 0.301 0.285 0.170 0.068 0.013 0.001 140 N 0.257 0.342 0.232 0.114 0.046 0.009 0.001 141 K 0.222 0.287 0.263 0.165 0.055 0.009 0.001 142 T 0.368 0.286 0.170 0.110 0.055 0.011 0.001 143 Q 0.416 0.268 0.195 0.094 0.023 0.003 0.001 144 K 0.762 0.208 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 145 D 0.613 0.294 0.070 0.019 0.003 0.001 0.001 146 L 0.202 0.098 0.251 0.296 0.132 0.019 0.001 147 E 0.751 0.215 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001