# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.107 0.057 0.074 0.108 0.143 0.168 0.117 0.081 0.056 0.051 0.022 0.010 0.005 0.002 2 T 0.198 0.139 0.159 0.148 0.144 0.077 0.056 0.030 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 3 T 0.165 0.071 0.086 0.127 0.131 0.138 0.097 0.070 0.045 0.040 0.017 0.007 0.003 0.001 4 D 0.222 0.173 0.140 0.158 0.129 0.068 0.046 0.027 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 5 Q 0.097 0.067 0.085 0.122 0.132 0.138 0.117 0.105 0.061 0.042 0.022 0.007 0.003 0.001 6 N 0.358 0.191 0.130 0.113 0.076 0.055 0.035 0.020 0.011 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 7 H 0.258 0.167 0.157 0.131 0.115 0.065 0.043 0.026 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 8 F 0.065 0.039 0.053 0.094 0.146 0.180 0.152 0.127 0.062 0.046 0.021 0.009 0.004 0.001 9 S 0.192 0.162 0.170 0.144 0.117 0.083 0.060 0.035 0.017 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 10 G 0.122 0.071 0.097 0.131 0.165 0.152 0.099 0.062 0.043 0.034 0.013 0.007 0.002 0.001 11 G 0.138 0.090 0.093 0.131 0.175 0.128 0.084 0.065 0.052 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 12 T 0.184 0.141 0.122 0.178 0.120 0.095 0.063 0.047 0.025 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 13 S 0.146 0.138 0.126 0.158 0.133 0.129 0.075 0.033 0.041 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 14 I 0.065 0.075 0.125 0.158 0.160 0.162 0.112 0.060 0.049 0.018 0.013 0.002 0.001 0.001 15 E 0.666 0.241 0.070 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.304 0.327 0.223 0.082 0.043 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.018 0.015 0.025 0.102 0.199 0.245 0.180 0.127 0.074 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 18 K 0.199 0.316 0.209 0.178 0.063 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.803 0.167 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.070 0.108 0.173 0.181 0.269 0.125 0.050 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.046 0.050 0.121 0.137 0.240 0.157 0.156 0.068 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.475 0.208 0.101 0.086 0.067 0.037 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 D 0.453 0.200 0.139 0.107 0.055 0.024 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 P 0.239 0.124 0.144 0.163 0.157 0.092 0.038 0.019 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 25 N 0.427 0.206 0.150 0.092 0.064 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.410 0.145 0.123 0.119 0.096 0.053 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 S 0.313 0.154 0.137 0.148 0.124 0.062 0.030 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 E 0.358 0.163 0.127 0.142 0.110 0.050 0.022 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.453 0.188 0.121 0.109 0.066 0.032 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.402 0.175 0.142 0.120 0.080 0.043 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.485 0.175 0.125 0.090 0.062 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.300 0.146 0.134 0.143 0.134 0.067 0.033 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 33 G 0.345 0.165 0.126 0.133 0.102 0.061 0.033 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 34 N 0.285 0.194 0.174 0.126 0.099 0.053 0.032 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 35 I 0.067 0.042 0.063 0.115 0.155 0.181 0.139 0.099 0.054 0.052 0.020 0.007 0.004 0.001 36 T 0.070 0.087 0.097 0.141 0.180 0.131 0.102 0.070 0.049 0.033 0.023 0.011 0.003 0.003 37 L 0.021 0.013 0.022 0.041 0.061 0.109 0.123 0.135 0.124 0.148 0.103 0.062 0.029 0.010 38 D 0.037 0.038 0.049 0.092 0.101 0.099 0.118 0.130 0.121 0.082 0.063 0.045 0.016 0.010 39 S 0.010 0.009 0.013 0.022 0.035 0.063 0.083 0.173 0.158 0.162 0.138 0.082 0.038 0.013 40 Y 0.019 0.019 0.024 0.045 0.066 0.098 0.105 0.168 0.134 0.136 0.088 0.057 0.031 0.011 41 T 0.050 0.063 0.079 0.119 0.127 0.110 0.116 0.094 0.092 0.065 0.047 0.025 0.007 0.006 42 W 0.030 0.030 0.051 0.089 0.120 0.165 0.148 0.130 0.108 0.071 0.036 0.015 0.005 0.002 43 V 0.086 0.106 0.126 0.150 0.155 0.134 0.087 0.066 0.049 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 44 K 0.141 0.133 0.143 0.161 0.152 0.095 0.062 0.053 0.030 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 45 D 0.238 0.216 0.183 0.132 0.102 0.054 0.032 0.020 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 46 G 0.127 0.145 0.141 0.148 0.141 0.110 0.076 0.050 0.031 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 47 A 0.037 0.050 0.074 0.116 0.170 0.157 0.142 0.096 0.064 0.046 0.031 0.009 0.004 0.003 48 V 0.016 0.024 0.032 0.067 0.102 0.140 0.158 0.135 0.116 0.079 0.074 0.031 0.016 0.011 49 I 0.006 0.004 0.009 0.017 0.026 0.046 0.085 0.107 0.160 0.159 0.164 0.125 0.056 0.034 50 N 0.002 0.003 0.006 0.013 0.027 0.040 0.071 0.200 0.158 0.156 0.147 0.087 0.059 0.030 51 A 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.018 0.044 0.078 0.146 0.209 0.248 0.166 0.068 52 Q 0.006 0.007 0.015 0.040 0.063 0.069 0.122 0.157 0.163 0.146 0.085 0.069 0.029 0.029 53 L 0.005 0.004 0.006 0.014 0.025 0.054 0.069 0.122 0.165 0.182 0.180 0.107 0.049 0.018 54 Y 0.018 0.036 0.060 0.122 0.144 0.186 0.155 0.114 0.090 0.039 0.020 0.009 0.004 0.003 55 K 0.074 0.111 0.107 0.151 0.180 0.112 0.085 0.068 0.053 0.031 0.018 0.007 0.002 0.001 56 N 0.117 0.166 0.193 0.143 0.141 0.101 0.062 0.034 0.025 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 57 S 0.229 0.191 0.154 0.132 0.108 0.072 0.046 0.032 0.019 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 58 T 0.127 0.099 0.128 0.135 0.174 0.133 0.092 0.056 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 59 V 0.057 0.034 0.044 0.080 0.141 0.147 0.137 0.145 0.100 0.060 0.029 0.015 0.008 0.002 60 A 0.095 0.084 0.082 0.140 0.134 0.127 0.120 0.088 0.054 0.035 0.023 0.011 0.004 0.002 61 R 0.233 0.171 0.152 0.115 0.092 0.072 0.058 0.039 0.028 0.015 0.016 0.007 0.002 0.001 62 S 0.105 0.063 0.079 0.109 0.139 0.146 0.121 0.091 0.064 0.042 0.025 0.011 0.004 0.002 63 I 0.059 0.061 0.092 0.129 0.169 0.145 0.125 0.092 0.065 0.036 0.015 0.007 0.003 0.001 64 S 0.144 0.088 0.094 0.133 0.141 0.134 0.095 0.067 0.044 0.035 0.014 0.006 0.003 0.001 65 N 0.209 0.153 0.162 0.143 0.131 0.075 0.054 0.030 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 66 F 0.111 0.066 0.089 0.146 0.155 0.160 0.111 0.065 0.040 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 67 S 0.252 0.177 0.154 0.140 0.119 0.065 0.042 0.024 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 68 F 0.196 0.099 0.110 0.148 0.139 0.111 0.076 0.057 0.029 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 69 S 0.348 0.194 0.137 0.112 0.086 0.051 0.032 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 70 R 0.248 0.140 0.144 0.143 0.138 0.077 0.043 0.029 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 71 E 0.186 0.147 0.156 0.164 0.152 0.082 0.052 0.026 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 72 A 0.192 0.085 0.098 0.125 0.128 0.148 0.087 0.061 0.033 0.025 0.013 0.003 0.002 0.001 73 K 0.160 0.101 0.120 0.163 0.205 0.096 0.063 0.052 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 74 I 0.068 0.031 0.044 0.097 0.135 0.166 0.121 0.142 0.083 0.068 0.024 0.013 0.007 0.001 75 G 0.117 0.121 0.123 0.227 0.180 0.116 0.059 0.021 0.023 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 76 K 0.441 0.190 0.129 0.114 0.058 0.028 0.017 0.007 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 77 E 0.584 0.263 0.106 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.364 0.265 0.155 0.089 0.069 0.036 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.060 0.073 0.093 0.221 0.288 0.121 0.071 0.041 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 80 D 0.688 0.225 0.056 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.371 0.263 0.218 0.071 0.048 0.017 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.068 0.033 0.061 0.127 0.235 0.196 0.139 0.098 0.024 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 83 K 0.318 0.208 0.206 0.118 0.086 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 I 0.353 0.107 0.099 0.149 0.123 0.089 0.039 0.018 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 85 G 0.393 0.196 0.132 0.124 0.093 0.035 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.582 0.188 0.108 0.073 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.509 0.238 0.125 0.065 0.035 0.019 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.147 0.112 0.148 0.209 0.186 0.109 0.048 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 89 K 0.757 0.190 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.455 0.317 0.165 0.040 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.046 0.030 0.050 0.120 0.234 0.248 0.142 0.081 0.041 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 92 V 0.149 0.227 0.192 0.239 0.123 0.035 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.829 0.149 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.126 0.187 0.246 0.154 0.175 0.071 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.042 0.033 0.079 0.109 0.215 0.183 0.189 0.109 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 96 G 0.264 0.187 0.137 0.136 0.133 0.081 0.033 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.456 0.166 0.127 0.108 0.067 0.035 0.021 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 98 P 0.220 0.129 0.147 0.157 0.156 0.089 0.043 0.022 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 99 D 0.323 0.167 0.141 0.121 0.094 0.072 0.039 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 100 V 0.248 0.121 0.115 0.137 0.148 0.093 0.057 0.035 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 101 L 0.119 0.075 0.092 0.135 0.151 0.136 0.108 0.088 0.046 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 102 S 0.282 0.153 0.132 0.124 0.111 0.080 0.048 0.031 0.017 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 103 Q 0.268 0.151 0.158 0.139 0.117 0.065 0.044 0.025 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 104 S 0.209 0.103 0.114 0.142 0.142 0.122 0.076 0.044 0.024 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 105 M 0.210 0.159 0.160 0.163 0.132 0.079 0.049 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 106 S 0.277 0.135 0.128 0.154 0.126 0.083 0.045 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 107 S 0.455 0.230 0.145 0.090 0.046 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 D 0.441 0.209 0.140 0.096 0.062 0.028 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.302 0.202 0.160 0.142 0.096 0.050 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 110 E 0.371 0.210 0.145 0.098 0.072 0.047 0.026 0.015 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 111 E 0.065 0.071 0.091 0.143 0.199 0.140 0.105 0.078 0.051 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 112 M 0.016 0.015 0.023 0.049 0.075 0.113 0.144 0.217 0.131 0.106 0.058 0.031 0.015 0.005 113 Q 0.013 0.017 0.025 0.046 0.081 0.102 0.111 0.165 0.136 0.120 0.083 0.061 0.025 0.016 114 T 0.006 0.004 0.007 0.013 0.021 0.040 0.058 0.094 0.130 0.182 0.180 0.161 0.072 0.031 115 V 0.014 0.014 0.024 0.047 0.061 0.086 0.119 0.122 0.153 0.120 0.109 0.076 0.031 0.022 116 W 0.009 0.011 0.017 0.037 0.055 0.098 0.115 0.139 0.147 0.129 0.134 0.062 0.027 0.017 117 S 0.025 0.028 0.037 0.061 0.094 0.136 0.139 0.143 0.133 0.083 0.064 0.032 0.016 0.007 118 S 0.085 0.114 0.122 0.168 0.152 0.109 0.093 0.062 0.040 0.025 0.019 0.007 0.003 0.001 119 G 0.207 0.174 0.165 0.132 0.114 0.079 0.053 0.029 0.027 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 120 I 0.158 0.126 0.144 0.161 0.151 0.115 0.065 0.040 0.021 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 121 K 0.388 0.223 0.142 0.105 0.072 0.033 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.339 0.170 0.167 0.125 0.097 0.052 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.436 0.192 0.125 0.106 0.073 0.035 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 S 0.349 0.206 0.153 0.118 0.079 0.043 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 125 S 0.290 0.191 0.158 0.126 0.098 0.064 0.035 0.019 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 126 S 0.144 0.146 0.143 0.149 0.154 0.102 0.071 0.039 0.026 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 127 A 0.034 0.032 0.053 0.096 0.132 0.156 0.153 0.125 0.083 0.068 0.040 0.015 0.008 0.004 128 T 0.016 0.025 0.034 0.066 0.122 0.142 0.144 0.149 0.107 0.075 0.060 0.035 0.015 0.011 129 I 0.005 0.003 0.006 0.011 0.017 0.039 0.070 0.094 0.124 0.174 0.187 0.162 0.078 0.031 130 E 0.009 0.013 0.027 0.055 0.083 0.087 0.127 0.165 0.150 0.112 0.080 0.052 0.021 0.018 131 L 0.005 0.003 0.005 0.009 0.017 0.039 0.043 0.102 0.130 0.183 0.205 0.143 0.084 0.032 132 Y 0.013 0.015 0.022 0.064 0.092 0.094 0.141 0.181 0.160 0.105 0.048 0.039 0.015 0.010 133 F 0.011 0.018 0.025 0.062 0.082 0.130 0.134 0.155 0.150 0.112 0.074 0.030 0.012 0.004 134 E 0.097 0.121 0.127 0.151 0.152 0.128 0.082 0.046 0.054 0.017 0.016 0.005 0.002 0.001 135 N 0.159 0.211 0.186 0.160 0.114 0.065 0.045 0.023 0.017 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 136 G 0.430 0.238 0.147 0.067 0.050 0.033 0.016 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.124 0.116 0.148 0.168 0.205 0.102 0.063 0.040 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 138 L 0.071 0.039 0.049 0.094 0.167 0.169 0.148 0.133 0.066 0.043 0.013 0.005 0.002 0.001 139 K 0.217 0.174 0.180 0.165 0.117 0.067 0.040 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 140 N 0.488 0.129 0.100 0.087 0.072 0.047 0.032 0.018 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 141 K 0.202 0.144 0.154 0.164 0.151 0.077 0.049 0.030 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 142 T 0.282 0.138 0.129 0.124 0.104 0.092 0.059 0.036 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.334 0.166 0.171 0.125 0.103 0.048 0.026 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 144 K 0.572 0.147 0.093 0.079 0.050 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.377 0.201 0.147 0.111 0.092 0.036 0.017 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 L 0.107 0.056 0.072 0.143 0.169 0.171 0.119 0.090 0.035 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 147 E 0.447 0.223 0.138 0.085 0.051 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001