# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.009 0.023 0.656 0.006 0.008 0.008 0.002 0.002 0.053 0.094 0.014 0.060 0.064 2 T 0.004 0.012 0.742 0.005 0.015 0.010 0.002 0.001 0.021 0.058 0.016 0.033 0.083 3 T 0.006 0.027 0.356 0.022 0.162 0.045 0.004 0.003 0.045 0.091 0.122 0.033 0.084 4 D 0.004 0.012 0.428 0.024 0.102 0.037 0.002 0.002 0.042 0.119 0.131 0.058 0.039 5 Q 0.005 0.016 0.346 0.018 0.190 0.036 0.003 0.002 0.042 0.113 0.137 0.015 0.078 6 N 0.006 0.018 0.327 0.035 0.046 0.033 0.005 0.002 0.044 0.190 0.187 0.067 0.040 7 H 0.026 0.046 0.310 0.012 0.041 0.028 0.018 0.012 0.095 0.140 0.060 0.094 0.120 8 F 0.036 0.040 0.421 0.010 0.012 0.020 0.018 0.035 0.168 0.068 0.019 0.048 0.105 9 S 0.010 0.017 0.566 0.016 0.022 0.023 0.010 0.012 0.068 0.094 0.055 0.074 0.034 10 G 0.004 0.016 0.355 0.011 0.049 0.036 0.005 0.005 0.048 0.205 0.214 0.012 0.042 11 G 0.002 0.009 0.409 0.005 0.022 0.045 0.001 0.001 0.025 0.302 0.154 0.013 0.012 12 T 0.002 0.027 0.479 0.001 0.016 0.064 0.001 0.001 0.020 0.322 0.045 0.013 0.011 13 S 0.001 0.014 0.771 0.001 0.010 0.080 0.001 0.001 0.007 0.074 0.008 0.003 0.032 14 I 0.001 0.001 0.022 0.001 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 20 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.900 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 0.001 0.001 21 F 0.001 0.002 0.029 0.001 0.010 0.471 0.001 0.001 0.001 0.041 0.440 0.002 0.003 22 G 0.001 0.007 0.341 0.001 0.008 0.118 0.001 0.001 0.002 0.130 0.384 0.005 0.004 23 D 0.001 0.009 0.713 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.002 0.210 0.032 0.008 0.004 24 P 0.001 0.020 0.404 0.002 0.039 0.048 0.001 0.001 0.006 0.117 0.347 0.002 0.014 25 N 0.001 0.018 0.355 0.005 0.045 0.029 0.001 0.001 0.020 0.217 0.288 0.016 0.006 26 K 0.001 0.022 0.604 0.003 0.050 0.033 0.001 0.001 0.017 0.149 0.062 0.011 0.049 27 S 0.002 0.037 0.546 0.007 0.034 0.040 0.001 0.001 0.026 0.116 0.065 0.036 0.088 28 E 0.004 0.039 0.406 0.017 0.053 0.064 0.002 0.001 0.014 0.119 0.118 0.079 0.084 29 Q 0.009 0.046 0.333 0.014 0.073 0.066 0.003 0.001 0.015 0.117 0.112 0.059 0.151 30 R 0.011 0.050 0.381 0.014 0.045 0.044 0.002 0.001 0.015 0.111 0.111 0.088 0.128 31 N 0.005 0.021 0.444 0.010 0.037 0.033 0.001 0.001 0.008 0.117 0.199 0.054 0.071 32 A 0.003 0.014 0.182 0.016 0.045 0.026 0.001 0.001 0.005 0.165 0.492 0.023 0.028 33 G 0.002 0.009 0.121 0.012 0.015 0.011 0.001 0.001 0.003 0.234 0.557 0.021 0.013 34 N 0.010 0.023 0.435 0.014 0.015 0.011 0.002 0.001 0.008 0.228 0.127 0.041 0.086 35 I 0.051 0.036 0.377 0.015 0.007 0.010 0.008 0.003 0.033 0.080 0.017 0.181 0.182 36 T 0.130 0.025 0.157 0.020 0.006 0.011 0.020 0.007 0.045 0.021 0.012 0.183 0.364 37 L 0.169 0.015 0.138 0.061 0.014 0.015 0.027 0.009 0.034 0.020 0.018 0.195 0.284 38 D 0.152 0.008 0.156 0.085 0.016 0.021 0.031 0.007 0.042 0.032 0.030 0.193 0.226 39 S 0.161 0.009 0.147 0.036 0.027 0.023 0.027 0.006 0.052 0.043 0.040 0.163 0.266 40 Y 0.169 0.014 0.171 0.046 0.019 0.021 0.021 0.004 0.038 0.056 0.047 0.156 0.238 41 T 0.128 0.023 0.169 0.029 0.015 0.010 0.012 0.002 0.023 0.052 0.025 0.314 0.198 42 W 0.063 0.033 0.240 0.013 0.012 0.008 0.007 0.002 0.017 0.059 0.034 0.091 0.421 43 V 0.020 0.021 0.497 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.012 0.079 0.043 0.152 0.144 44 K 0.006 0.009 0.223 0.015 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.214 0.391 0.045 0.069 45 D 0.001 0.001 0.029 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.826 0.009 0.006 46 G 0.005 0.007 0.108 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.391 0.426 0.019 0.026 47 A 0.068 0.013 0.274 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.079 0.018 0.275 0.249 48 V 0.348 0.005 0.029 0.013 0.001 0.001 0.017 0.002 0.014 0.002 0.001 0.077 0.491 49 I 0.557 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.040 0.002 0.007 0.001 0.001 0.290 0.067 50 N 0.707 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.054 0.002 0.003 0.001 0.001 0.033 0.186 51 A 0.664 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.057 0.002 0.003 0.001 0.001 0.208 0.058 52 Q 0.642 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.040 0.004 0.009 0.001 0.001 0.061 0.236 53 L 0.416 0.006 0.023 0.023 0.002 0.002 0.031 0.005 0.012 0.007 0.005 0.228 0.240 54 Y 0.099 0.005 0.201 0.058 0.008 0.007 0.008 0.002 0.017 0.079 0.090 0.224 0.202 55 K 0.012 0.003 0.073 0.020 0.022 0.015 0.001 0.001 0.005 0.174 0.619 0.018 0.039 56 N 0.006 0.007 0.129 0.011 0.026 0.019 0.001 0.001 0.003 0.363 0.400 0.020 0.014 57 S 0.013 0.022 0.320 0.009 0.049 0.100 0.002 0.001 0.007 0.246 0.097 0.058 0.076 58 T 0.064 0.060 0.193 0.014 0.038 0.190 0.015 0.005 0.031 0.055 0.054 0.048 0.232 59 V 0.102 0.040 0.131 0.040 0.028 0.208 0.023 0.007 0.028 0.035 0.042 0.155 0.162 60 A 0.110 0.013 0.151 0.030 0.037 0.210 0.013 0.004 0.020 0.038 0.041 0.122 0.210 61 R 0.054 0.011 0.087 0.026 0.080 0.418 0.012 0.004 0.014 0.036 0.072 0.065 0.121 62 S 0.048 0.018 0.118 0.023 0.116 0.371 0.008 0.007 0.018 0.047 0.077 0.065 0.084 63 I 0.042 0.016 0.185 0.023 0.135 0.279 0.004 0.003 0.012 0.074 0.102 0.054 0.070 64 S 0.017 0.009 0.211 0.020 0.067 0.183 0.002 0.001 0.014 0.119 0.281 0.043 0.032 65 N 0.015 0.013 0.230 0.014 0.052 0.130 0.002 0.001 0.011 0.136 0.331 0.019 0.045 66 F 0.024 0.023 0.433 0.008 0.036 0.095 0.003 0.002 0.014 0.164 0.083 0.055 0.059 67 S 0.025 0.028 0.410 0.008 0.034 0.119 0.004 0.002 0.023 0.113 0.063 0.069 0.102 68 F 0.019 0.049 0.233 0.011 0.096 0.188 0.005 0.003 0.020 0.082 0.125 0.036 0.135 69 S 0.011 0.018 0.339 0.033 0.065 0.156 0.003 0.001 0.018 0.104 0.130 0.064 0.059 70 R 0.006 0.011 0.236 0.011 0.099 0.177 0.001 0.001 0.021 0.148 0.212 0.030 0.048 71 E 0.003 0.012 0.293 0.010 0.124 0.155 0.001 0.001 0.012 0.101 0.235 0.012 0.043 72 A 0.006 0.020 0.327 0.010 0.090 0.150 0.002 0.001 0.018 0.168 0.098 0.072 0.038 73 K 0.011 0.024 0.370 0.005 0.042 0.172 0.003 0.001 0.024 0.119 0.083 0.036 0.111 74 I 0.010 0.076 0.433 0.005 0.022 0.145 0.004 0.002 0.034 0.118 0.052 0.040 0.060 75 G 0.002 0.004 0.839 0.001 0.006 0.035 0.001 0.001 0.007 0.048 0.005 0.024 0.028 76 K 0.001 0.002 0.051 0.001 0.116 0.755 0.001 0.001 0.001 0.015 0.050 0.001 0.008 77 E 0.001 0.001 0.015 0.002 0.268 0.648 0.001 0.001 0.001 0.010 0.051 0.002 0.002 78 D 0.001 0.002 0.037 0.001 0.190 0.689 0.001 0.001 0.002 0.014 0.049 0.002 0.012 79 Y 0.001 0.002 0.069 0.002 0.076 0.758 0.001 0.001 0.002 0.015 0.067 0.002 0.007 80 D 0.001 0.002 0.033 0.004 0.060 0.714 0.001 0.001 0.003 0.030 0.143 0.004 0.006 81 E 0.003 0.005 0.037 0.002 0.099 0.635 0.001 0.001 0.004 0.027 0.159 0.005 0.022 82 L 0.006 0.022 0.130 0.004 0.041 0.639 0.002 0.002 0.007 0.043 0.069 0.010 0.024 83 K 0.007 0.017 0.202 0.003 0.052 0.498 0.002 0.003 0.012 0.070 0.088 0.034 0.013 84 I 0.001 0.005 0.056 0.003 0.046 0.234 0.001 0.001 0.011 0.042 0.588 0.002 0.011 85 G 0.001 0.003 0.103 0.003 0.010 0.104 0.001 0.001 0.002 0.147 0.622 0.003 0.002 86 E 0.001 0.012 0.488 0.001 0.016 0.191 0.001 0.001 0.003 0.235 0.036 0.008 0.009 87 S 0.001 0.022 0.471 0.001 0.009 0.341 0.001 0.001 0.011 0.089 0.016 0.004 0.035 88 Y 0.001 0.001 0.063 0.001 0.006 0.899 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.002 89 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 94 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.002 0.003 95 L 0.003 0.003 0.028 0.003 0.014 0.537 0.001 0.001 0.001 0.028 0.366 0.011 0.007 96 G 0.001 0.005 0.307 0.003 0.005 0.134 0.001 0.001 0.002 0.146 0.373 0.012 0.012 97 E 0.001 0.006 0.677 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.003 0.201 0.058 0.020 0.008 98 P 0.001 0.015 0.578 0.003 0.017 0.042 0.001 0.001 0.006 0.146 0.157 0.004 0.031 99 D 0.002 0.018 0.503 0.012 0.045 0.050 0.001 0.001 0.023 0.157 0.108 0.057 0.023 100 V 0.008 0.022 0.361 0.008 0.102 0.121 0.004 0.002 0.038 0.074 0.063 0.027 0.170 101 L 0.017 0.028 0.213 0.029 0.097 0.181 0.011 0.005 0.053 0.036 0.074 0.063 0.192 102 S 0.037 0.017 0.180 0.028 0.088 0.181 0.009 0.003 0.025 0.051 0.062 0.216 0.103 103 Q 0.068 0.024 0.147 0.025 0.081 0.161 0.011 0.004 0.021 0.063 0.081 0.052 0.264 104 S 0.059 0.027 0.231 0.021 0.041 0.086 0.006 0.002 0.018 0.086 0.096 0.220 0.106 105 M 0.023 0.033 0.342 0.014 0.036 0.060 0.003 0.001 0.011 0.107 0.172 0.049 0.149 106 S 0.007 0.021 0.387 0.007 0.025 0.032 0.001 0.001 0.005 0.180 0.233 0.056 0.045 107 S 0.002 0.011 0.170 0.007 0.017 0.019 0.001 0.001 0.002 0.217 0.515 0.014 0.024 108 D 0.001 0.008 0.122 0.004 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.271 0.547 0.012 0.010 109 K 0.007 0.016 0.372 0.013 0.020 0.021 0.001 0.001 0.003 0.235 0.202 0.027 0.082 110 E 0.036 0.033 0.263 0.034 0.023 0.035 0.003 0.001 0.012 0.142 0.066 0.175 0.177 111 E 0.125 0.012 0.095 0.034 0.013 0.035 0.012 0.002 0.017 0.019 0.030 0.134 0.471 112 M 0.350 0.006 0.037 0.058 0.005 0.017 0.032 0.006 0.018 0.006 0.010 0.161 0.293 113 Q 0.496 0.002 0.010 0.020 0.002 0.010 0.043 0.003 0.006 0.003 0.004 0.300 0.102 114 T 0.687 0.002 0.005 0.009 0.001 0.005 0.034 0.004 0.004 0.001 0.002 0.051 0.196 115 V 0.643 0.002 0.007 0.016 0.001 0.008 0.018 0.003 0.005 0.002 0.002 0.235 0.058 116 W 0.500 0.009 0.028 0.014 0.003 0.013 0.018 0.005 0.010 0.008 0.010 0.072 0.312 117 S 0.260 0.014 0.118 0.034 0.014 0.027 0.011 0.002 0.009 0.049 0.049 0.297 0.116 118 S 0.026 0.008 0.077 0.031 0.023 0.021 0.001 0.001 0.006 0.115 0.579 0.039 0.074 119 G 0.003 0.010 0.089 0.009 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.179 0.646 0.020 0.015 120 I 0.005 0.039 0.481 0.004 0.025 0.013 0.001 0.001 0.005 0.274 0.055 0.049 0.049 121 K 0.005 0.065 0.449 0.006 0.015 0.017 0.001 0.001 0.010 0.180 0.095 0.042 0.115 122 T 0.003 0.065 0.317 0.009 0.039 0.018 0.001 0.001 0.006 0.198 0.249 0.051 0.044 123 K 0.002 0.022 0.463 0.007 0.025 0.011 0.001 0.001 0.003 0.187 0.202 0.027 0.049 124 S 0.003 0.020 0.368 0.010 0.049 0.009 0.001 0.001 0.004 0.231 0.225 0.035 0.044 125 S 0.003 0.010 0.190 0.012 0.031 0.005 0.001 0.001 0.003 0.221 0.457 0.028 0.041 126 S 0.014 0.010 0.239 0.032 0.019 0.002 0.001 0.001 0.004 0.225 0.323 0.043 0.089 127 A 0.099 0.010 0.206 0.032 0.009 0.002 0.003 0.001 0.007 0.102 0.072 0.286 0.171 128 T 0.420 0.003 0.040 0.015 0.001 0.001 0.015 0.002 0.012 0.005 0.006 0.050 0.430 129 I 0.714 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.021 0.002 0.006 0.001 0.001 0.177 0.063 130 E 0.772 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.052 0.002 0.002 0.001 0.001 0.043 0.121 131 L 0.777 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.116 0.050 132 Y 0.757 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.050 0.162 133 F 0.529 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.002 0.001 0.190 0.245 134 E 0.361 0.002 0.029 0.050 0.003 0.001 0.007 0.002 0.006 0.034 0.097 0.252 0.155 135 N 0.012 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.878 0.016 0.015 136 G 0.023 0.005 0.090 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.381 0.425 0.027 0.037 137 L 0.060 0.020 0.212 0.004 0.003 0.005 0.005 0.001 0.005 0.065 0.019 0.446 0.157 138 L 0.236 0.018 0.034 0.005 0.002 0.006 0.017 0.001 0.005 0.005 0.005 0.044 0.624 139 K 0.218 0.006 0.030 0.089 0.002 0.011 0.008 0.001 0.004 0.006 0.004 0.545 0.077 140 N 0.138 0.004 0.032 0.014 0.005 0.013 0.006 0.001 0.003 0.013 0.009 0.078 0.683 141 K 0.151 0.008 0.075 0.023 0.025 0.060 0.015 0.001 0.006 0.023 0.048 0.237 0.329 142 T 0.125 0.022 0.118 0.034 0.080 0.073 0.010 0.003 0.016 0.052 0.089 0.182 0.198 143 Q 0.070 0.017 0.169 0.019 0.126 0.065 0.003 0.001 0.005 0.097 0.175 0.125 0.130 144 K 0.014 0.013 0.127 0.017 0.077 0.052 0.001 0.001 0.006 0.132 0.481 0.036 0.045 145 D 0.007 0.023 0.207 0.007 0.029 0.028 0.001 0.001 0.005 0.232 0.390 0.038 0.033 146 L 0.006 0.035 0.635 0.004 0.016 0.019 0.001 0.001 0.008 0.162 0.033 0.023 0.057 147 E 0.003 0.018 0.693 0.006 0.013 0.026 0.001 0.001 0.010 0.122 0.021 0.048 0.038