# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.030 0.026 0.002 0.054 0.086 0.086 0.101 0.005 0.001 0.037 0.572 2 T 0.114 0.022 0.002 0.053 0.058 0.088 0.107 0.007 0.001 0.105 0.443 3 T 0.051 0.027 0.005 0.045 0.046 0.043 0.125 0.004 0.001 0.050 0.602 4 D 0.170 0.038 0.002 0.038 0.030 0.065 0.103 0.010 0.001 0.046 0.496 5 Q 0.151 0.013 0.001 0.037 0.029 0.047 0.115 0.005 0.001 0.073 0.528 6 N 0.013 0.008 0.001 0.080 0.051 0.063 0.147 0.001 0.001 0.053 0.582 7 H 0.018 0.007 0.002 0.069 0.056 0.131 0.118 0.003 0.001 0.056 0.539 8 F 0.082 0.007 0.002 0.053 0.065 0.062 0.112 0.006 0.001 0.070 0.540 9 S 0.074 0.005 0.001 0.070 0.045 0.046 0.104 0.003 0.001 0.081 0.570 10 G 0.016 0.012 0.001 0.058 0.023 0.028 0.126 0.001 0.001 0.024 0.712 11 G 0.014 0.079 0.001 0.077 0.026 0.040 0.115 0.002 0.001 0.029 0.617 12 T 0.014 0.475 0.002 0.024 0.025 0.025 0.070 0.004 0.001 0.035 0.325 13 S 0.015 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.019 14 I 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 15 E 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 16 Q 0.007 0.939 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.025 0.016 17 L 0.068 0.682 0.064 0.003 0.007 0.006 0.007 0.014 0.023 0.080 0.046 18 K 0.228 0.174 0.196 0.005 0.017 0.014 0.038 0.036 0.079 0.073 0.139 19 Q 0.522 0.047 0.006 0.003 0.004 0.012 0.026 0.021 0.007 0.017 0.334 20 W 0.118 0.004 0.002 0.013 0.007 0.006 0.102 0.006 0.002 0.038 0.701 21 F 0.004 0.004 0.004 0.017 0.005 0.008 0.233 0.001 0.002 0.010 0.712 22 G 0.085 0.013 0.002 0.008 0.005 0.011 0.075 0.013 0.001 0.014 0.774 23 D 0.622 0.009 0.001 0.008 0.007 0.006 0.062 0.015 0.001 0.033 0.237 24 P 0.027 0.011 0.001 0.016 0.005 0.006 0.123 0.001 0.001 0.023 0.787 25 N 0.085 0.037 0.001 0.051 0.011 0.024 0.098 0.005 0.001 0.049 0.640 26 K 0.078 0.034 0.001 0.030 0.022 0.031 0.087 0.008 0.001 0.042 0.666 27 S 0.067 0.032 0.002 0.042 0.047 0.054 0.095 0.005 0.001 0.077 0.578 28 E 0.058 0.031 0.002 0.041 0.056 0.084 0.105 0.004 0.001 0.058 0.562 29 Q 0.061 0.025 0.003 0.037 0.042 0.049 0.125 0.004 0.001 0.074 0.579 30 R 0.076 0.014 0.005 0.024 0.036 0.045 0.108 0.004 0.002 0.070 0.617 31 N 0.192 0.019 0.002 0.014 0.025 0.036 0.098 0.005 0.001 0.052 0.558 32 A 0.072 0.006 0.001 0.017 0.028 0.042 0.110 0.002 0.001 0.060 0.662 33 G 0.014 0.009 0.001 0.035 0.054 0.083 0.180 0.001 0.001 0.035 0.588 34 N 0.011 0.011 0.001 0.051 0.090 0.280 0.091 0.001 0.001 0.041 0.423 35 I 0.010 0.006 0.001 0.042 0.246 0.227 0.086 0.001 0.001 0.058 0.324 36 T 0.020 0.012 0.001 0.058 0.233 0.333 0.054 0.001 0.001 0.048 0.240 37 L 0.026 0.005 0.001 0.042 0.172 0.228 0.063 0.001 0.001 0.079 0.384 38 D 0.016 0.007 0.001 0.066 0.230 0.309 0.069 0.001 0.001 0.043 0.259 39 S 0.013 0.006 0.001 0.040 0.145 0.407 0.051 0.001 0.001 0.025 0.312 40 Y 0.014 0.005 0.001 0.052 0.249 0.325 0.057 0.001 0.001 0.026 0.270 41 T 0.009 0.004 0.001 0.057 0.193 0.331 0.082 0.001 0.001 0.028 0.293 42 W 0.026 0.005 0.003 0.038 0.114 0.191 0.139 0.002 0.001 0.052 0.430 43 V 0.308 0.006 0.002 0.024 0.066 0.086 0.074 0.004 0.001 0.041 0.387 44 K 0.218 0.004 0.001 0.011 0.019 0.028 0.118 0.001 0.001 0.036 0.564 45 D 0.011 0.002 0.001 0.013 0.032 0.070 0.125 0.001 0.001 0.028 0.719 46 G 0.003 0.002 0.001 0.027 0.070 0.200 0.138 0.001 0.001 0.032 0.528 47 A 0.002 0.001 0.001 0.024 0.238 0.615 0.023 0.001 0.001 0.014 0.083 48 V 0.001 0.001 0.001 0.021 0.296 0.499 0.022 0.001 0.001 0.028 0.133 49 I 0.001 0.001 0.001 0.064 0.472 0.402 0.011 0.001 0.001 0.011 0.039 50 N 0.001 0.001 0.001 0.049 0.290 0.565 0.019 0.001 0.001 0.018 0.059 51 A 0.001 0.001 0.001 0.055 0.399 0.466 0.011 0.001 0.001 0.021 0.046 52 Q 0.002 0.001 0.001 0.038 0.263 0.565 0.036 0.001 0.001 0.030 0.063 53 L 0.033 0.007 0.001 0.050 0.186 0.340 0.045 0.001 0.001 0.123 0.215 54 Y 0.161 0.010 0.001 0.060 0.067 0.088 0.108 0.002 0.001 0.107 0.397 55 K 0.011 0.029 0.001 0.019 0.024 0.037 0.116 0.001 0.001 0.035 0.728 56 N 0.014 0.087 0.001 0.012 0.031 0.056 0.125 0.001 0.001 0.048 0.625 57 S 0.035 0.292 0.001 0.026 0.090 0.159 0.044 0.004 0.001 0.105 0.242 58 T 0.021 0.123 0.001 0.015 0.090 0.123 0.059 0.003 0.001 0.274 0.292 59 V 0.026 0.550 0.003 0.019 0.081 0.063 0.030 0.002 0.001 0.098 0.127 60 A 0.051 0.165 0.002 0.030 0.065 0.081 0.041 0.002 0.001 0.410 0.151 61 R 0.025 0.166 0.019 0.021 0.081 0.102 0.070 0.003 0.005 0.281 0.228 62 S 0.176 0.257 0.012 0.013 0.043 0.075 0.064 0.009 0.005 0.087 0.259 63 I 0.301 0.073 0.007 0.016 0.027 0.041 0.058 0.015 0.003 0.141 0.318 64 S 0.050 0.058 0.003 0.029 0.024 0.030 0.138 0.004 0.002 0.065 0.596 65 N 0.037 0.061 0.003 0.030 0.020 0.040 0.136 0.006 0.001 0.084 0.583 66 F 0.050 0.057 0.008 0.041 0.051 0.034 0.141 0.010 0.003 0.090 0.516 67 S 0.123 0.088 0.007 0.037 0.035 0.047 0.117 0.010 0.003 0.072 0.459 68 F 0.139 0.057 0.005 0.023 0.023 0.032 0.084 0.010 0.002 0.055 0.570 69 S 0.136 0.032 0.006 0.034 0.028 0.036 0.099 0.008 0.003 0.067 0.551 70 R 0.143 0.042 0.005 0.029 0.020 0.038 0.120 0.008 0.002 0.044 0.550 71 E 0.062 0.017 0.003 0.030 0.028 0.039 0.112 0.009 0.001 0.040 0.659 72 A 0.037 0.015 0.001 0.059 0.041 0.051 0.125 0.004 0.001 0.025 0.640 73 K 0.014 0.024 0.002 0.112 0.037 0.061 0.141 0.003 0.001 0.028 0.578 74 I 0.012 0.059 0.005 0.049 0.039 0.029 0.201 0.008 0.001 0.031 0.565 75 G 0.293 0.520 0.002 0.011 0.009 0.011 0.018 0.030 0.002 0.013 0.090 76 K 0.508 0.334 0.001 0.008 0.004 0.004 0.011 0.013 0.001 0.023 0.094 77 E 0.023 0.614 0.008 0.013 0.007 0.006 0.036 0.005 0.003 0.027 0.258 78 D 0.109 0.666 0.010 0.006 0.004 0.015 0.023 0.036 0.005 0.036 0.089 79 Y 0.326 0.438 0.008 0.007 0.013 0.013 0.025 0.029 0.003 0.040 0.099 80 D 0.040 0.264 0.010 0.033 0.059 0.041 0.058 0.007 0.003 0.067 0.418 81 E 0.033 0.082 0.030 0.037 0.062 0.102 0.087 0.015 0.010 0.101 0.441 82 L 0.286 0.051 0.017 0.015 0.028 0.037 0.080 0.022 0.009 0.063 0.392 83 K 0.333 0.008 0.003 0.013 0.014 0.013 0.060 0.009 0.002 0.057 0.487 84 I 0.023 0.013 0.001 0.012 0.009 0.010 0.096 0.001 0.001 0.013 0.822 85 G 0.019 0.069 0.001 0.015 0.011 0.019 0.094 0.002 0.001 0.023 0.747 86 E 0.021 0.322 0.002 0.013 0.021 0.021 0.091 0.005 0.001 0.037 0.467 87 S 0.008 0.934 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.042 88 Y 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 89 K 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 90 K 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 91 V 0.013 0.829 0.035 0.002 0.009 0.006 0.003 0.003 0.008 0.070 0.020 92 V 0.133 0.249 0.280 0.005 0.019 0.022 0.018 0.021 0.105 0.084 0.063 93 E 0.597 0.065 0.012 0.004 0.006 0.020 0.020 0.016 0.013 0.020 0.227 94 K 0.133 0.005 0.002 0.011 0.008 0.008 0.081 0.005 0.002 0.034 0.712 95 L 0.004 0.003 0.002 0.013 0.004 0.006 0.203 0.001 0.001 0.010 0.751 96 G 0.047 0.016 0.001 0.005 0.002 0.006 0.094 0.008 0.001 0.013 0.806 97 E 0.436 0.051 0.001 0.006 0.006 0.004 0.070 0.017 0.001 0.027 0.382 98 P 0.075 0.036 0.001 0.014 0.006 0.007 0.137 0.003 0.001 0.094 0.629 99 D 0.061 0.090 0.002 0.061 0.012 0.023 0.099 0.004 0.001 0.155 0.493 100 V 0.063 0.079 0.003 0.054 0.026 0.038 0.085 0.007 0.001 0.103 0.540 101 L 0.083 0.084 0.004 0.056 0.050 0.073 0.069 0.009 0.001 0.114 0.457 102 S 0.070 0.045 0.001 0.041 0.067 0.086 0.073 0.005 0.001 0.097 0.514 103 Q 0.049 0.025 0.002 0.044 0.054 0.059 0.110 0.003 0.001 0.125 0.527 104 S 0.048 0.015 0.004 0.036 0.041 0.052 0.147 0.004 0.002 0.087 0.563 105 M 0.102 0.012 0.002 0.018 0.023 0.033 0.121 0.005 0.001 0.055 0.628 106 S 0.173 0.012 0.001 0.014 0.020 0.029 0.098 0.004 0.001 0.046 0.602 107 S 0.044 0.012 0.001 0.009 0.014 0.018 0.101 0.001 0.001 0.025 0.774 108 D 0.046 0.030 0.001 0.014 0.023 0.046 0.112 0.002 0.001 0.050 0.676 109 K 0.027 0.023 0.001 0.013 0.049 0.065 0.133 0.001 0.001 0.070 0.619 110 E 0.021 0.016 0.001 0.026 0.094 0.148 0.103 0.002 0.001 0.147 0.444 111 E 0.018 0.025 0.001 0.031 0.143 0.231 0.080 0.001 0.001 0.081 0.390 112 M 0.011 0.020 0.001 0.054 0.224 0.292 0.056 0.001 0.001 0.064 0.277 113 Q 0.005 0.010 0.001 0.062 0.230 0.435 0.034 0.001 0.001 0.071 0.154 114 T 0.003 0.006 0.001 0.077 0.225 0.356 0.058 0.001 0.001 0.128 0.145 115 V 0.004 0.011 0.003 0.123 0.286 0.291 0.068 0.001 0.001 0.080 0.133 116 W 0.054 0.023 0.002 0.098 0.150 0.286 0.070 0.004 0.001 0.073 0.239 117 S 0.159 0.021 0.001 0.092 0.099 0.139 0.066 0.005 0.001 0.081 0.336 118 S 0.032 0.013 0.001 0.070 0.071 0.099 0.117 0.002 0.001 0.042 0.551 119 G 0.063 0.008 0.001 0.059 0.041 0.122 0.096 0.005 0.001 0.079 0.525 120 I 0.068 0.003 0.001 0.035 0.047 0.046 0.118 0.004 0.001 0.048 0.630 121 K 0.037 0.002 0.001 0.032 0.039 0.047 0.116 0.001 0.001 0.047 0.677 122 T 0.029 0.002 0.001 0.017 0.022 0.030 0.136 0.001 0.001 0.041 0.721 123 K 0.093 0.004 0.001 0.015 0.025 0.035 0.115 0.002 0.001 0.036 0.673 124 S 0.134 0.002 0.001 0.009 0.015 0.026 0.147 0.001 0.001 0.066 0.600 125 S 0.033 0.002 0.001 0.014 0.038 0.069 0.145 0.001 0.001 0.047 0.651 126 S 0.009 0.001 0.001 0.019 0.044 0.151 0.132 0.001 0.001 0.030 0.614 127 A 0.003 0.001 0.001 0.032 0.221 0.434 0.059 0.001 0.001 0.020 0.230 128 T 0.001 0.001 0.001 0.020 0.211 0.525 0.029 0.001 0.001 0.032 0.181 129 I 0.001 0.001 0.001 0.049 0.381 0.468 0.022 0.001 0.001 0.015 0.065 130 E 0.001 0.001 0.001 0.080 0.325 0.490 0.019 0.001 0.001 0.016 0.070 131 L 0.001 0.001 0.001 0.086 0.382 0.443 0.018 0.001 0.001 0.022 0.048 132 Y 0.002 0.002 0.001 0.095 0.217 0.482 0.093 0.001 0.001 0.030 0.077 133 F 0.147 0.014 0.001 0.065 0.128 0.308 0.039 0.001 0.001 0.078 0.219 134 E 0.550 0.015 0.001 0.028 0.030 0.037 0.064 0.002 0.001 0.021 0.254 135 N 0.008 0.016 0.001 0.015 0.020 0.055 0.073 0.001 0.001 0.016 0.797 136 G 0.007 0.009 0.001 0.019 0.077 0.226 0.104 0.001 0.001 0.086 0.471 137 L 0.017 0.016 0.001 0.039 0.254 0.413 0.034 0.002 0.001 0.044 0.180 138 L 0.009 0.007 0.001 0.025 0.307 0.196 0.056 0.001 0.001 0.084 0.314 139 K 0.011 0.039 0.001 0.043 0.346 0.278 0.059 0.001 0.001 0.038 0.182 140 N 0.066 0.144 0.001 0.037 0.122 0.283 0.060 0.002 0.001 0.050 0.236 141 K 0.100 0.050 0.008 0.026 0.204 0.303 0.050 0.004 0.001 0.061 0.193 142 T 0.206 0.028 0.004 0.011 0.058 0.184 0.114 0.006 0.001 0.040 0.349 143 Q 0.371 0.009 0.002 0.014 0.031 0.074 0.052 0.005 0.001 0.035 0.406 144 K 0.043 0.002 0.001 0.018 0.032 0.029 0.135 0.001 0.001 0.015 0.724 145 D 0.014 0.003 0.001 0.013 0.021 0.058 0.079 0.001 0.001 0.013 0.797 146 L 0.012 0.003 0.001 0.009 0.041 0.027 0.138 0.001 0.001 0.018 0.752 147 E 0.030 0.012 0.001 0.044 0.075 0.115 0.120 0.002 0.001 0.039 0.562