# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.069 0.034 0.024 0.048 0.059 0.075 0.145 0.141 0.164 0.137 0.105 2 T 0.121 0.135 0.070 0.177 0.138 0.098 0.104 0.061 0.046 0.030 0.019 3 T 0.078 0.050 0.043 0.080 0.096 0.104 0.145 0.121 0.121 0.093 0.069 4 D 0.210 0.252 0.064 0.170 0.113 0.064 0.059 0.033 0.018 0.010 0.006 5 Q 0.073 0.045 0.026 0.084 0.098 0.102 0.146 0.125 0.128 0.102 0.071 6 N 0.348 0.141 0.066 0.142 0.095 0.063 0.066 0.038 0.022 0.013 0.007 7 H 0.086 0.158 0.093 0.293 0.160 0.090 0.062 0.028 0.018 0.009 0.006 8 F 0.007 0.006 0.007 0.009 0.015 0.025 0.064 0.097 0.188 0.237 0.344 9 S 0.054 0.218 0.087 0.237 0.193 0.092 0.054 0.029 0.019 0.011 0.006 10 G 0.238 0.109 0.073 0.144 0.109 0.083 0.093 0.067 0.043 0.026 0.015 11 G 0.361 0.111 0.034 0.115 0.082 0.082 0.093 0.049 0.035 0.023 0.015 12 T 0.029 0.022 0.010 0.034 0.048 0.052 0.113 0.160 0.205 0.161 0.166 13 S 0.027 0.193 0.065 0.128 0.129 0.084 0.096 0.093 0.076 0.065 0.046 14 I 0.019 0.025 0.027 0.103 0.184 0.193 0.226 0.106 0.067 0.028 0.021 15 E 0.855 0.051 0.047 0.031 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.012 0.022 0.027 0.141 0.148 0.187 0.256 0.101 0.064 0.027 0.015 17 L 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.006 0.022 0.057 0.190 0.297 0.411 18 K 0.006 0.022 0.102 0.181 0.237 0.197 0.155 0.054 0.026 0.015 0.005 19 Q 0.008 0.050 0.752 0.134 0.037 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 20 W 0.016 0.013 0.020 0.051 0.086 0.180 0.292 0.201 0.076 0.044 0.021 21 F 0.052 0.045 0.029 0.048 0.045 0.053 0.121 0.166 0.188 0.154 0.101 22 G 0.182 0.074 0.109 0.118 0.119 0.091 0.141 0.077 0.046 0.027 0.015 23 D 0.180 0.230 0.277 0.192 0.071 0.025 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 24 P 0.145 0.068 0.037 0.080 0.100 0.108 0.200 0.126 0.071 0.040 0.024 25 N 0.361 0.290 0.073 0.122 0.061 0.034 0.025 0.015 0.009 0.005 0.003 26 K 0.137 0.129 0.076 0.167 0.138 0.109 0.117 0.063 0.034 0.019 0.010 27 S 0.342 0.170 0.084 0.132 0.086 0.057 0.057 0.033 0.019 0.013 0.006 28 E 0.277 0.179 0.083 0.170 0.099 0.067 0.064 0.030 0.017 0.009 0.004 29 Q 0.160 0.167 0.096 0.179 0.114 0.087 0.083 0.053 0.030 0.022 0.009 30 R 0.088 0.087 0.064 0.141 0.133 0.140 0.143 0.089 0.059 0.039 0.017 31 N 0.227 0.268 0.124 0.176 0.086 0.050 0.035 0.019 0.009 0.005 0.002 32 A 0.099 0.095 0.054 0.117 0.116 0.124 0.136 0.101 0.072 0.055 0.030 33 G 0.375 0.148 0.047 0.106 0.084 0.064 0.077 0.047 0.027 0.016 0.008 34 N 0.300 0.199 0.077 0.196 0.096 0.050 0.037 0.021 0.013 0.008 0.004 35 I 0.024 0.017 0.015 0.030 0.046 0.095 0.165 0.148 0.183 0.165 0.113 36 T 0.083 0.234 0.081 0.271 0.159 0.073 0.048 0.026 0.014 0.007 0.004 37 L 0.007 0.006 0.010 0.022 0.039 0.091 0.150 0.164 0.197 0.181 0.132 38 D 0.128 0.141 0.083 0.206 0.160 0.098 0.089 0.047 0.027 0.014 0.008 39 S 0.028 0.028 0.031 0.081 0.084 0.096 0.157 0.140 0.149 0.130 0.077 40 Y 0.018 0.015 0.014 0.035 0.049 0.110 0.168 0.133 0.183 0.172 0.103 41 T 0.127 0.165 0.079 0.228 0.142 0.082 0.081 0.043 0.029 0.016 0.008 42 W 0.016 0.010 0.015 0.028 0.044 0.071 0.139 0.163 0.183 0.169 0.163 43 V 0.110 0.204 0.072 0.179 0.135 0.088 0.088 0.051 0.035 0.025 0.014 44 K 0.187 0.185 0.056 0.155 0.114 0.091 0.091 0.053 0.034 0.022 0.013 45 D 0.497 0.211 0.035 0.100 0.058 0.034 0.028 0.017 0.010 0.006 0.004 46 G 0.356 0.137 0.032 0.122 0.087 0.066 0.073 0.052 0.037 0.025 0.014 47 A 0.078 0.091 0.040 0.125 0.127 0.139 0.160 0.098 0.072 0.045 0.026 48 V 0.013 0.029 0.032 0.082 0.110 0.143 0.149 0.125 0.130 0.106 0.082 49 I 0.004 0.007 0.012 0.018 0.030 0.070 0.154 0.164 0.232 0.193 0.116 50 N 0.018 0.042 0.046 0.195 0.188 0.122 0.142 0.096 0.073 0.044 0.033 51 A 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.011 0.035 0.087 0.192 0.266 0.392 52 Q 0.035 0.076 0.057 0.263 0.258 0.123 0.094 0.046 0.027 0.012 0.009 53 L 0.003 0.004 0.008 0.010 0.020 0.018 0.069 0.153 0.173 0.206 0.336 54 Y 0.049 0.173 0.090 0.226 0.189 0.114 0.071 0.035 0.025 0.018 0.010 55 K 0.386 0.221 0.066 0.151 0.070 0.040 0.033 0.015 0.010 0.005 0.003 56 N 0.306 0.095 0.040 0.112 0.088 0.090 0.096 0.066 0.051 0.034 0.020 57 S 0.094 0.159 0.053 0.199 0.150 0.113 0.114 0.054 0.035 0.017 0.011 58 T 0.012 0.013 0.017 0.021 0.030 0.045 0.076 0.105 0.194 0.206 0.281 59 V 0.008 0.011 0.019 0.052 0.091 0.114 0.192 0.172 0.149 0.102 0.088 60 A 0.034 0.046 0.086 0.121 0.103 0.093 0.136 0.108 0.119 0.098 0.056 61 R 0.025 0.035 0.055 0.155 0.182 0.157 0.149 0.097 0.069 0.044 0.031 62 S 0.071 0.092 0.060 0.121 0.101 0.107 0.154 0.110 0.086 0.066 0.031 63 I 0.028 0.033 0.030 0.101 0.127 0.158 0.192 0.127 0.097 0.069 0.039 64 S 0.244 0.149 0.125 0.136 0.091 0.075 0.078 0.046 0.030 0.018 0.008 65 N 0.123 0.136 0.091 0.240 0.148 0.097 0.089 0.038 0.022 0.011 0.006 66 F 0.014 0.007 0.009 0.011 0.018 0.031 0.087 0.114 0.203 0.226 0.280 67 S 0.102 0.222 0.142 0.263 0.159 0.054 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 68 F 0.041 0.031 0.055 0.084 0.110 0.132 0.207 0.146 0.094 0.061 0.039 69 S 0.174 0.140 0.101 0.168 0.132 0.090 0.084 0.048 0.028 0.021 0.013 70 R 0.085 0.145 0.082 0.167 0.140 0.120 0.135 0.066 0.035 0.018 0.008 71 E 0.218 0.137 0.090 0.194 0.138 0.073 0.066 0.043 0.023 0.014 0.006 72 A 0.087 0.042 0.049 0.079 0.082 0.121 0.234 0.131 0.093 0.057 0.025 73 K 0.078 0.188 0.230 0.324 0.121 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 74 I 0.005 0.002 0.007 0.005 0.015 0.022 0.070 0.131 0.188 0.210 0.344 75 G 0.014 0.186 0.149 0.188 0.156 0.093 0.089 0.053 0.035 0.025 0.012 76 K 0.108 0.087 0.146 0.212 0.181 0.117 0.094 0.031 0.016 0.006 0.002 77 E 0.824 0.057 0.066 0.037 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.031 0.171 0.093 0.235 0.150 0.123 0.128 0.043 0.017 0.007 0.002 79 Y 0.004 0.003 0.007 0.012 0.035 0.065 0.166 0.204 0.193 0.175 0.136 80 D 0.110 0.110 0.539 0.160 0.053 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 81 E 0.012 0.057 0.430 0.310 0.123 0.040 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 82 L 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.011 0.050 0.093 0.194 0.260 0.379 83 K 0.034 0.223 0.250 0.255 0.140 0.056 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 84 I 0.041 0.073 0.338 0.182 0.132 0.101 0.074 0.034 0.015 0.008 0.004 85 G 0.574 0.133 0.067 0.081 0.048 0.031 0.038 0.017 0.007 0.003 0.002 86 E 0.245 0.071 0.043 0.084 0.079 0.100 0.174 0.096 0.062 0.031 0.012 87 S 0.068 0.485 0.154 0.161 0.067 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 88 Y 0.014 0.015 0.023 0.060 0.124 0.188 0.304 0.147 0.076 0.032 0.017 89 K 0.845 0.053 0.070 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.024 0.068 0.159 0.376 0.205 0.090 0.057 0.015 0.005 0.002 0.001 91 V 0.002 0.002 0.006 0.004 0.007 0.009 0.037 0.087 0.217 0.327 0.303 92 V 0.005 0.020 0.080 0.163 0.201 0.221 0.193 0.065 0.029 0.017 0.004 93 E 0.001 0.022 0.871 0.081 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.017 0.017 0.039 0.069 0.111 0.241 0.305 0.139 0.037 0.018 0.006 95 L 0.032 0.026 0.024 0.032 0.033 0.046 0.124 0.182 0.213 0.168 0.122 96 G 0.234 0.066 0.105 0.093 0.105 0.082 0.133 0.083 0.049 0.030 0.018 97 E 0.131 0.180 0.292 0.228 0.097 0.032 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 98 P 0.050 0.031 0.023 0.037 0.060 0.092 0.224 0.167 0.141 0.102 0.071 99 D 0.334 0.256 0.090 0.163 0.078 0.034 0.020 0.011 0.007 0.004 0.002 100 V 0.113 0.104 0.079 0.177 0.146 0.115 0.119 0.074 0.038 0.022 0.012 101 L 0.033 0.029 0.028 0.062 0.077 0.103 0.157 0.143 0.152 0.129 0.087 102 S 0.129 0.139 0.092 0.183 0.135 0.098 0.109 0.056 0.033 0.018 0.008 103 Q 0.079 0.075 0.126 0.209 0.155 0.118 0.104 0.059 0.037 0.024 0.012 104 S 0.059 0.038 0.042 0.067 0.077 0.106 0.180 0.136 0.131 0.103 0.062 105 M 0.075 0.097 0.062 0.165 0.143 0.119 0.146 0.088 0.057 0.032 0.016 106 S 0.129 0.126 0.089 0.107 0.095 0.096 0.127 0.080 0.067 0.052 0.030 107 S 0.333 0.227 0.079 0.155 0.092 0.042 0.035 0.018 0.010 0.006 0.003 108 D 0.468 0.283 0.045 0.086 0.040 0.026 0.024 0.013 0.008 0.005 0.003 109 K 0.290 0.164 0.044 0.145 0.117 0.080 0.069 0.042 0.025 0.015 0.009 110 E 0.417 0.210 0.069 0.133 0.072 0.039 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 111 E 0.029 0.041 0.046 0.125 0.136 0.171 0.180 0.113 0.079 0.055 0.024 112 M 0.011 0.021 0.029 0.056 0.074 0.126 0.201 0.159 0.152 0.119 0.052 113 Q 0.010 0.029 0.061 0.149 0.148 0.154 0.169 0.111 0.085 0.058 0.026 114 T 0.005 0.007 0.024 0.029 0.040 0.079 0.143 0.148 0.204 0.195 0.126 115 V 0.006 0.011 0.018 0.050 0.073 0.096 0.159 0.165 0.177 0.141 0.103 116 W 0.002 0.003 0.008 0.013 0.020 0.030 0.075 0.132 0.220 0.238 0.258 117 S 0.006 0.008 0.013 0.032 0.054 0.086 0.144 0.142 0.195 0.172 0.147 118 S 0.065 0.062 0.056 0.139 0.149 0.114 0.158 0.110 0.077 0.043 0.028 119 G 0.087 0.050 0.033 0.100 0.104 0.121 0.166 0.116 0.099 0.075 0.049 120 I 0.023 0.019 0.011 0.034 0.040 0.074 0.141 0.129 0.190 0.173 0.167 121 K 0.185 0.179 0.046 0.143 0.128 0.088 0.100 0.058 0.036 0.024 0.013 122 T 0.193 0.127 0.045 0.112 0.095 0.097 0.108 0.070 0.064 0.051 0.037 123 K 0.401 0.198 0.035 0.118 0.078 0.047 0.049 0.030 0.019 0.015 0.010 124 S 0.287 0.201 0.025 0.111 0.083 0.066 0.070 0.056 0.042 0.037 0.022 125 S 0.148 0.177 0.028 0.122 0.126 0.114 0.109 0.072 0.047 0.035 0.022 126 S 0.228 0.115 0.044 0.149 0.139 0.113 0.087 0.055 0.032 0.025 0.014 127 A 0.056 0.053 0.036 0.093 0.098 0.175 0.218 0.116 0.087 0.050 0.020 128 T 0.021 0.048 0.029 0.157 0.156 0.140 0.158 0.100 0.094 0.055 0.042 129 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.048 0.195 0.292 0.432 130 E 0.013 0.085 0.087 0.361 0.304 0.092 0.032 0.012 0.007 0.003 0.003 131 L 0.003 0.001 0.006 0.005 0.012 0.013 0.042 0.122 0.171 0.218 0.406 132 Y 0.010 0.022 0.017 0.117 0.171 0.170 0.184 0.127 0.086 0.051 0.046 133 F 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.010 0.047 0.097 0.207 0.240 0.380 134 E 0.059 0.245 0.134 0.272 0.163 0.067 0.032 0.013 0.008 0.005 0.003 135 N 0.262 0.139 0.063 0.161 0.119 0.085 0.089 0.038 0.026 0.012 0.007 136 G 0.761 0.092 0.020 0.049 0.026 0.016 0.017 0.010 0.005 0.003 0.002 137 L 0.076 0.127 0.045 0.208 0.158 0.123 0.132 0.062 0.040 0.017 0.012 138 L 0.009 0.012 0.015 0.014 0.023 0.032 0.072 0.105 0.188 0.231 0.299 139 K 0.036 0.097 0.140 0.264 0.222 0.116 0.073 0.028 0.014 0.006 0.003 140 N 0.209 0.138 0.229 0.180 0.090 0.054 0.049 0.025 0.013 0.008 0.004 141 K 0.063 0.049 0.047 0.124 0.137 0.154 0.172 0.107 0.073 0.049 0.025 142 T 0.140 0.235 0.088 0.160 0.093 0.073 0.090 0.058 0.034 0.022 0.007 143 Q 0.062 0.084 0.106 0.178 0.155 0.151 0.130 0.065 0.036 0.023 0.009 144 K 0.368 0.180 0.203 0.131 0.058 0.027 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 145 D 0.198 0.238 0.109 0.208 0.105 0.059 0.049 0.020 0.008 0.003 0.002 146 L 0.021 0.018 0.018 0.021 0.034 0.049 0.120 0.144 0.196 0.181 0.198 147 E 0.369 0.237 0.124 0.155 0.071 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001