# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.097 0.013 0.005 0.069 0.094 0.128 0.088 0.002 0.001 0.004 0.500 2 T 0.018 0.005 0.001 0.057 0.051 0.078 0.069 0.001 0.001 0.001 0.718 3 T 0.034 0.009 0.002 0.088 0.093 0.153 0.074 0.001 0.001 0.004 0.543 4 D 0.025 0.010 0.002 0.080 0.056 0.090 0.232 0.001 0.001 0.009 0.496 5 Q 0.104 0.017 0.008 0.068 0.052 0.098 0.205 0.001 0.001 0.028 0.418 6 N 0.087 0.017 0.006 0.072 0.051 0.079 0.297 0.001 0.001 0.030 0.360 7 H 0.147 0.012 0.008 0.050 0.042 0.055 0.188 0.002 0.001 0.017 0.479 8 F 0.128 0.029 0.018 0.154 0.089 0.110 0.082 0.003 0.001 0.008 0.379 9 S 0.015 0.009 0.003 0.137 0.094 0.085 0.121 0.001 0.001 0.002 0.533 10 G 0.017 0.006 0.002 0.067 0.045 0.067 0.053 0.001 0.001 0.003 0.740 11 G 0.097 0.012 0.007 0.118 0.077 0.174 0.123 0.002 0.001 0.023 0.368 12 T 0.182 0.016 0.007 0.052 0.032 0.048 0.237 0.002 0.001 0.016 0.408 13 S 0.040 0.020 0.003 0.017 0.016 0.028 0.267 0.001 0.001 0.003 0.606 14 I 0.009 0.019 0.001 0.010 0.005 0.019 0.105 0.001 0.001 0.001 0.830 15 E 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.005 0.417 0.001 0.001 0.002 0.546 16 Q 0.062 0.065 0.001 0.002 0.001 0.001 0.607 0.001 0.001 0.002 0.260 17 L 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 18 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 Q 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 20 W 0.086 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.013 21 F 0.211 0.613 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.127 0.001 0.001 0.029 22 G 0.180 0.225 0.359 0.002 0.001 0.002 0.010 0.136 0.001 0.001 0.084 23 D 0.096 0.076 0.164 0.009 0.009 0.005 0.037 0.028 0.001 0.001 0.575 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 25 N 0.020 0.005 0.005 0.016 0.014 0.040 0.382 0.001 0.001 0.005 0.512 26 K 0.484 0.017 0.005 0.010 0.007 0.008 0.080 0.001 0.001 0.021 0.367 27 S 0.085 0.080 0.008 0.025 0.020 0.021 0.163 0.001 0.001 0.007 0.589 28 E 0.060 0.022 0.005 0.025 0.026 0.039 0.160 0.001 0.001 0.014 0.647 29 Q 0.118 0.045 0.004 0.043 0.036 0.070 0.150 0.002 0.001 0.022 0.511 30 R 0.115 0.056 0.007 0.060 0.070 0.085 0.201 0.004 0.001 0.012 0.390 31 N 0.057 0.055 0.009 0.053 0.070 0.082 0.163 0.005 0.001 0.008 0.498 32 A 0.083 0.050 0.026 0.049 0.062 0.093 0.082 0.003 0.001 0.014 0.538 33 G 0.057 0.014 0.004 0.035 0.039 0.060 0.241 0.001 0.001 0.014 0.534 34 N 0.229 0.006 0.009 0.023 0.031 0.033 0.198 0.001 0.001 0.019 0.450 35 I 0.223 0.012 0.015 0.057 0.086 0.098 0.062 0.001 0.001 0.006 0.441 36 T 0.009 0.004 0.003 0.083 0.109 0.114 0.234 0.001 0.001 0.002 0.441 37 L 0.024 0.005 0.003 0.079 0.170 0.254 0.049 0.001 0.001 0.004 0.411 38 D 0.012 0.011 0.001 0.100 0.204 0.314 0.133 0.001 0.001 0.006 0.219 39 S 0.034 0.011 0.003 0.063 0.138 0.253 0.161 0.001 0.001 0.011 0.326 40 Y 0.048 0.030 0.004 0.106 0.164 0.300 0.089 0.001 0.001 0.009 0.249 41 T 0.020 0.014 0.002 0.053 0.245 0.338 0.086 0.001 0.001 0.006 0.233 42 W 0.017 0.013 0.004 0.034 0.183 0.296 0.043 0.002 0.001 0.005 0.401 43 V 0.011 0.007 0.006 0.028 0.267 0.496 0.044 0.001 0.001 0.003 0.137 44 K 0.016 0.004 0.001 0.023 0.087 0.114 0.069 0.001 0.001 0.003 0.682 45 D 0.040 0.004 0.004 0.024 0.062 0.100 0.072 0.001 0.001 0.013 0.682 46 G 0.278 0.001 0.005 0.023 0.035 0.051 0.145 0.001 0.001 0.036 0.425 47 A 0.247 0.001 0.004 0.035 0.068 0.047 0.270 0.001 0.001 0.009 0.319 48 V 0.016 0.001 0.002 0.046 0.191 0.246 0.087 0.001 0.001 0.002 0.411 49 I 0.002 0.001 0.001 0.029 0.337 0.571 0.013 0.001 0.001 0.001 0.048 50 N 0.001 0.001 0.001 0.086 0.230 0.463 0.032 0.001 0.001 0.001 0.188 51 A 0.001 0.001 0.001 0.074 0.414 0.459 0.006 0.001 0.001 0.001 0.046 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.097 0.369 0.384 0.024 0.001 0.001 0.001 0.124 53 L 0.001 0.001 0.001 0.076 0.281 0.468 0.034 0.001 0.001 0.001 0.138 54 Y 0.002 0.001 0.001 0.064 0.205 0.355 0.130 0.001 0.001 0.002 0.242 55 K 0.003 0.001 0.001 0.021 0.022 0.058 0.103 0.001 0.001 0.003 0.790 56 N 0.048 0.001 0.001 0.022 0.016 0.028 0.276 0.001 0.001 0.026 0.582 57 S 0.398 0.002 0.002 0.008 0.008 0.008 0.121 0.001 0.001 0.014 0.438 58 T 0.050 0.017 0.003 0.027 0.025 0.032 0.359 0.001 0.001 0.005 0.481 59 V 0.039 0.033 0.003 0.036 0.147 0.230 0.243 0.001 0.001 0.006 0.262 60 A 0.023 0.089 0.003 0.054 0.179 0.310 0.085 0.001 0.001 0.004 0.253 61 R 0.023 0.110 0.003 0.060 0.185 0.281 0.059 0.002 0.001 0.003 0.274 62 S 0.055 0.152 0.004 0.046 0.139 0.262 0.063 0.004 0.001 0.003 0.274 63 I 0.111 0.218 0.006 0.046 0.099 0.256 0.036 0.006 0.001 0.003 0.218 64 S 0.092 0.257 0.007 0.045 0.080 0.176 0.070 0.009 0.001 0.004 0.259 65 N 0.215 0.119 0.012 0.023 0.029 0.055 0.077 0.012 0.001 0.007 0.452 66 F 0.380 0.149 0.035 0.029 0.032 0.051 0.062 0.012 0.001 0.008 0.242 67 S 0.076 0.066 0.012 0.028 0.038 0.050 0.203 0.008 0.001 0.004 0.516 68 F 0.080 0.085 0.024 0.033 0.039 0.066 0.120 0.007 0.001 0.006 0.539 69 S 0.064 0.116 0.013 0.056 0.048 0.081 0.165 0.005 0.001 0.011 0.440 70 R 0.072 0.057 0.006 0.028 0.020 0.026 0.172 0.002 0.001 0.008 0.608 71 E 0.122 0.086 0.014 0.041 0.023 0.040 0.184 0.003 0.001 0.014 0.473 72 A 0.178 0.088 0.011 0.069 0.057 0.072 0.194 0.003 0.001 0.011 0.315 73 K 0.128 0.094 0.010 0.052 0.045 0.072 0.112 0.005 0.001 0.006 0.476 74 I 0.118 0.139 0.028 0.147 0.086 0.134 0.081 0.008 0.001 0.006 0.253 75 G 0.046 0.083 0.006 0.077 0.090 0.101 0.136 0.006 0.001 0.004 0.452 76 K 0.050 0.029 0.005 0.025 0.023 0.063 0.030 0.001 0.001 0.002 0.773 77 E 0.014 0.027 0.002 0.029 0.008 0.030 0.368 0.001 0.001 0.005 0.515 78 D 0.279 0.031 0.003 0.005 0.004 0.007 0.434 0.001 0.001 0.008 0.227 79 Y 0.233 0.304 0.011 0.009 0.004 0.008 0.057 0.003 0.001 0.004 0.367 80 D 0.028 0.243 0.007 0.008 0.009 0.019 0.126 0.003 0.001 0.002 0.555 81 E 0.115 0.227 0.003 0.008 0.004 0.007 0.166 0.007 0.001 0.003 0.460 82 L 0.218 0.610 0.010 0.011 0.012 0.017 0.014 0.013 0.001 0.002 0.094 83 K 0.036 0.728 0.011 0.012 0.018 0.020 0.019 0.021 0.001 0.001 0.135 84 I 0.069 0.582 0.024 0.010 0.009 0.014 0.019 0.024 0.001 0.002 0.246 85 G 0.299 0.187 0.022 0.028 0.019 0.042 0.035 0.043 0.001 0.011 0.315 86 E 0.364 0.063 0.076 0.012 0.009 0.009 0.067 0.008 0.001 0.004 0.387 87 S 0.007 0.008 0.003 0.007 0.003 0.004 0.131 0.001 0.001 0.001 0.837 88 Y 0.015 0.015 0.004 0.005 0.005 0.011 0.082 0.001 0.001 0.001 0.862 89 K 0.008 0.063 0.001 0.003 0.003 0.009 0.311 0.001 0.001 0.003 0.599 90 K 0.040 0.073 0.001 0.003 0.002 0.003 0.468 0.001 0.001 0.002 0.408 91 V 0.032 0.830 0.002 0.002 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.098 92 V 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 93 E 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 94 K 0.021 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.013 95 L 0.133 0.764 0.011 0.001 0.002 0.002 0.002 0.066 0.001 0.001 0.019 96 G 0.272 0.194 0.138 0.004 0.004 0.006 0.009 0.236 0.001 0.001 0.136 97 E 0.065 0.052 0.589 0.005 0.007 0.004 0.020 0.015 0.001 0.001 0.242 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.025 0.002 0.003 0.020 0.027 0.059 0.093 0.001 0.001 0.001 0.770 100 V 0.312 0.017 0.003 0.027 0.013 0.021 0.080 0.001 0.001 0.010 0.517 101 L 0.184 0.087 0.007 0.055 0.031 0.073 0.127 0.002 0.001 0.006 0.428 102 S 0.144 0.079 0.011 0.097 0.070 0.126 0.106 0.003 0.001 0.011 0.352 103 Q 0.102 0.069 0.002 0.064 0.036 0.069 0.056 0.002 0.001 0.005 0.595 104 S 0.095 0.126 0.006 0.089 0.098 0.139 0.097 0.007 0.001 0.008 0.334 105 M 0.087 0.064 0.008 0.035 0.051 0.082 0.103 0.009 0.001 0.008 0.554 106 S 0.072 0.095 0.039 0.047 0.078 0.132 0.138 0.010 0.001 0.014 0.375 107 S 0.098 0.031 0.009 0.022 0.038 0.047 0.151 0.005 0.001 0.009 0.590 108 D 0.050 0.017 0.008 0.013 0.013 0.012 0.194 0.002 0.001 0.012 0.679 109 K 0.182 0.027 0.027 0.018 0.027 0.032 0.203 0.002 0.001 0.048 0.433 110 E 0.043 0.014 0.007 0.014 0.029 0.031 0.504 0.001 0.001 0.025 0.334 111 E 0.111 0.022 0.012 0.028 0.125 0.103 0.216 0.001 0.001 0.015 0.366 112 M 0.031 0.060 0.007 0.049 0.243 0.313 0.092 0.001 0.001 0.005 0.198 113 Q 0.009 0.034 0.002 0.061 0.309 0.420 0.056 0.001 0.001 0.001 0.105 114 T 0.006 0.017 0.001 0.055 0.345 0.488 0.015 0.001 0.001 0.001 0.072 115 V 0.006 0.013 0.001 0.032 0.426 0.437 0.013 0.001 0.001 0.001 0.071 116 W 0.003 0.007 0.001 0.035 0.315 0.528 0.012 0.001 0.001 0.001 0.098 117 S 0.004 0.009 0.002 0.035 0.328 0.522 0.025 0.001 0.001 0.001 0.073 118 S 0.016 0.021 0.002 0.036 0.177 0.373 0.057 0.001 0.001 0.006 0.310 119 G 0.054 0.008 0.005 0.041 0.087 0.213 0.161 0.002 0.001 0.029 0.402 120 I 0.323 0.011 0.024 0.037 0.048 0.070 0.148 0.002 0.001 0.019 0.319 121 K 0.012 0.006 0.001 0.034 0.035 0.051 0.154 0.001 0.001 0.003 0.702 122 T 0.032 0.004 0.005 0.021 0.063 0.090 0.090 0.001 0.001 0.010 0.683 123 K 0.113 0.010 0.004 0.033 0.035 0.066 0.097 0.002 0.001 0.013 0.628 124 S 0.030 0.003 0.003 0.022 0.018 0.020 0.288 0.001 0.001 0.009 0.607 125 S 0.137 0.006 0.006 0.021 0.033 0.035 0.206 0.001 0.001 0.028 0.528 126 S 0.089 0.005 0.009 0.030 0.053 0.061 0.278 0.001 0.001 0.050 0.424 127 A 0.122 0.003 0.005 0.033 0.208 0.182 0.179 0.001 0.001 0.019 0.249 128 T 0.015 0.001 0.002 0.073 0.170 0.201 0.184 0.001 0.001 0.005 0.349 129 I 0.006 0.001 0.001 0.046 0.391 0.511 0.011 0.001 0.001 0.001 0.032 130 E 0.001 0.001 0.001 0.171 0.258 0.458 0.037 0.001 0.001 0.001 0.075 131 L 0.001 0.001 0.001 0.094 0.466 0.397 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 132 Y 0.001 0.001 0.001 0.072 0.463 0.388 0.011 0.001 0.001 0.001 0.064 133 F 0.001 0.001 0.001 0.049 0.306 0.545 0.011 0.001 0.001 0.001 0.088 134 E 0.001 0.001 0.001 0.043 0.269 0.486 0.055 0.001 0.001 0.001 0.145 135 N 0.002 0.001 0.001 0.042 0.054 0.140 0.116 0.001 0.001 0.010 0.635 136 G 0.280 0.001 0.002 0.028 0.049 0.069 0.149 0.001 0.001 0.112 0.308 137 L 0.282 0.003 0.002 0.020 0.016 0.016 0.302 0.001 0.001 0.010 0.349 138 L 0.035 0.012 0.002 0.054 0.137 0.260 0.119 0.001 0.001 0.003 0.377 139 K 0.016 0.013 0.001 0.030 0.235 0.441 0.090 0.001 0.001 0.004 0.169 140 N 0.038 0.025 0.002 0.048 0.156 0.267 0.063 0.001 0.001 0.005 0.395 141 K 0.056 0.037 0.004 0.053 0.145 0.248 0.077 0.002 0.001 0.005 0.371 142 T 0.040 0.037 0.003 0.037 0.079 0.132 0.330 0.002 0.001 0.009 0.331 143 Q 0.190 0.068 0.009 0.036 0.064 0.130 0.145 0.004 0.001 0.019 0.336 144 K 0.127 0.157 0.012 0.036 0.053 0.102 0.166 0.005 0.001 0.013 0.328 145 D 0.163 0.071 0.007 0.024 0.026 0.039 0.198 0.006 0.001 0.009 0.457 146 L 0.341 0.114 0.024 0.033 0.029 0.056 0.058 0.007 0.001 0.009 0.330 147 E 0.047 0.060 0.006 0.038 0.043 0.071 0.273 0.004 0.001 0.006 0.453