# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.049 0.016 0.067 0.141 0.175 0.054 0.006 0.491 2 T 0.024 0.009 0.038 0.113 0.180 0.067 0.004 0.565 3 T 0.030 0.008 0.054 0.164 0.204 0.074 0.003 0.463 4 D 0.025 0.013 0.039 0.107 0.154 0.179 0.005 0.477 5 Q 0.072 0.022 0.043 0.075 0.094 0.187 0.011 0.496 6 N 0.073 0.023 0.031 0.052 0.065 0.420 0.015 0.320 7 H 0.171 0.014 0.034 0.025 0.042 0.224 0.022 0.469 8 F 0.104 0.034 0.175 0.129 0.129 0.108 0.011 0.310 9 S 0.021 0.017 0.114 0.073 0.084 0.186 0.005 0.500 10 G 0.013 0.008 0.068 0.015 0.054 0.037 0.003 0.801 11 G 0.138 0.014 0.111 0.031 0.092 0.159 0.021 0.434 12 T 0.212 0.015 0.116 0.059 0.032 0.200 0.007 0.359 13 S 0.013 0.011 0.013 0.007 0.011 0.197 0.002 0.745 14 I 0.016 0.041 0.016 0.012 0.033 0.128 0.002 0.753 15 E 0.002 0.034 0.003 0.001 0.002 0.418 0.001 0.541 16 Q 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.936 0.001 0.043 17 L 0.034 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 18 K 0.002 0.993 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 20 W 0.055 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 21 F 0.099 0.699 0.005 0.003 0.003 0.002 0.151 0.038 22 G 0.166 0.181 0.216 0.013 0.010 0.014 0.201 0.199 23 D 0.108 0.037 0.370 0.058 0.011 0.092 0.016 0.307 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 25 N 0.041 0.009 0.035 0.027 0.056 0.266 0.006 0.560 26 K 0.332 0.007 0.019 0.014 0.015 0.113 0.006 0.493 27 S 0.120 0.031 0.018 0.042 0.055 0.268 0.011 0.455 28 E 0.122 0.026 0.015 0.030 0.042 0.157 0.012 0.596 29 Q 0.114 0.048 0.023 0.040 0.058 0.232 0.015 0.469 30 R 0.126 0.076 0.037 0.081 0.113 0.152 0.018 0.398 31 N 0.081 0.068 0.027 0.057 0.083 0.151 0.017 0.515 32 A 0.069 0.050 0.034 0.048 0.069 0.112 0.018 0.600 33 G 0.108 0.032 0.035 0.039 0.064 0.138 0.030 0.556 34 N 0.172 0.025 0.036 0.045 0.049 0.238 0.034 0.401 35 I 0.149 0.024 0.075 0.119 0.112 0.097 0.016 0.408 36 T 0.036 0.015 0.059 0.126 0.157 0.254 0.006 0.347 37 L 0.023 0.010 0.067 0.262 0.318 0.053 0.003 0.264 38 D 0.016 0.015 0.077 0.220 0.374 0.093 0.003 0.201 39 S 0.026 0.014 0.055 0.172 0.286 0.125 0.005 0.317 40 Y 0.038 0.018 0.063 0.209 0.391 0.070 0.007 0.204 41 T 0.031 0.014 0.037 0.258 0.275 0.129 0.006 0.249 42 W 0.022 0.012 0.044 0.223 0.315 0.046 0.006 0.332 43 V 0.017 0.017 0.036 0.203 0.396 0.109 0.006 0.216 44 K 0.026 0.015 0.029 0.117 0.180 0.179 0.009 0.445 45 D 0.022 0.008 0.015 0.026 0.056 0.055 0.016 0.804 46 G 0.248 0.007 0.021 0.025 0.042 0.131 0.157 0.369 47 A 0.478 0.005 0.047 0.107 0.052 0.179 0.034 0.099 48 V 0.023 0.005 0.084 0.156 0.216 0.135 0.006 0.376 49 I 0.002 0.001 0.015 0.454 0.506 0.009 0.001 0.013 50 N 0.002 0.001 0.056 0.269 0.578 0.012 0.001 0.082 51 A 0.001 0.001 0.048 0.422 0.500 0.006 0.001 0.022 52 Q 0.002 0.001 0.104 0.286 0.558 0.010 0.001 0.038 53 L 0.002 0.001 0.079 0.310 0.489 0.013 0.001 0.105 54 Y 0.001 0.001 0.066 0.259 0.569 0.035 0.001 0.068 55 K 0.006 0.002 0.049 0.037 0.111 0.128 0.003 0.664 56 N 0.037 0.005 0.044 0.043 0.099 0.169 0.037 0.566 57 S 0.518 0.004 0.016 0.012 0.017 0.101 0.050 0.284 58 T 0.065 0.020 0.100 0.074 0.073 0.170 0.007 0.492 59 V 0.017 0.021 0.084 0.133 0.329 0.179 0.003 0.234 60 A 0.027 0.034 0.061 0.139 0.290 0.077 0.002 0.369 61 R 0.017 0.067 0.064 0.086 0.231 0.076 0.003 0.456 62 S 0.055 0.133 0.044 0.054 0.119 0.137 0.010 0.448 63 I 0.100 0.305 0.044 0.052 0.126 0.051 0.019 0.303 64 S 0.083 0.282 0.031 0.044 0.079 0.132 0.023 0.327 65 N 0.152 0.208 0.029 0.025 0.039 0.086 0.049 0.411 66 F 0.278 0.187 0.069 0.038 0.050 0.050 0.038 0.292 67 S 0.078 0.193 0.049 0.067 0.050 0.207 0.021 0.335 68 F 0.103 0.186 0.039 0.056 0.084 0.076 0.020 0.435 69 S 0.119 0.158 0.053 0.037 0.052 0.158 0.026 0.398 70 R 0.122 0.086 0.044 0.044 0.035 0.121 0.025 0.523 71 E 0.105 0.060 0.059 0.024 0.034 0.177 0.026 0.516 72 A 0.130 0.077 0.104 0.091 0.080 0.116 0.017 0.384 73 K 0.071 0.046 0.084 0.052 0.088 0.081 0.012 0.565 74 I 0.063 0.037 0.146 0.114 0.141 0.049 0.004 0.446 75 G 0.026 0.045 0.120 0.064 0.111 0.208 0.005 0.421 76 K 0.015 0.017 0.017 0.026 0.047 0.024 0.002 0.852 77 E 0.016 0.047 0.030 0.020 0.048 0.305 0.004 0.529 78 D 0.155 0.042 0.004 0.005 0.007 0.568 0.015 0.203 79 Y 0.367 0.395 0.017 0.008 0.019 0.016 0.028 0.150 80 D 0.039 0.384 0.018 0.018 0.017 0.222 0.013 0.289 81 E 0.203 0.173 0.015 0.013 0.019 0.109 0.034 0.434 82 L 0.204 0.382 0.120 0.043 0.057 0.018 0.017 0.159 83 K 0.030 0.331 0.077 0.109 0.055 0.158 0.011 0.228 84 I 0.036 0.173 0.078 0.022 0.053 0.022 0.009 0.606 85 G 0.137 0.188 0.209 0.034 0.078 0.041 0.031 0.281 86 E 0.170 0.076 0.099 0.069 0.037 0.097 0.012 0.440 87 S 0.021 0.065 0.023 0.016 0.022 0.200 0.006 0.647 88 Y 0.024 0.108 0.018 0.014 0.042 0.088 0.004 0.701 89 K 0.008 0.096 0.005 0.005 0.010 0.340 0.002 0.534 90 K 0.010 0.093 0.001 0.001 0.001 0.733 0.001 0.160 91 V 0.014 0.952 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.023 92 V 0.001 0.991 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 93 E 0.004 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 94 K 0.023 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 95 L 0.059 0.807 0.003 0.003 0.003 0.002 0.103 0.022 96 G 0.196 0.329 0.089 0.010 0.013 0.008 0.226 0.129 97 E 0.094 0.052 0.484 0.044 0.014 0.078 0.019 0.214 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.043 0.011 0.056 0.064 0.110 0.161 0.004 0.551 100 V 0.199 0.022 0.068 0.037 0.044 0.109 0.005 0.516 101 L 0.096 0.069 0.044 0.104 0.189 0.109 0.007 0.382 102 S 0.073 0.078 0.031 0.096 0.162 0.204 0.008 0.349 103 Q 0.113 0.100 0.030 0.060 0.109 0.105 0.018 0.465 104 S 0.159 0.142 0.043 0.107 0.138 0.093 0.028 0.290 105 M 0.086 0.099 0.026 0.052 0.066 0.104 0.021 0.544 106 S 0.090 0.107 0.026 0.100 0.141 0.183 0.028 0.326 107 S 0.074 0.035 0.015 0.024 0.035 0.134 0.020 0.663 108 D 0.061 0.025 0.016 0.023 0.025 0.258 0.026 0.565 109 K 0.192 0.025 0.024 0.022 0.024 0.175 0.042 0.496 110 E 0.088 0.036 0.028 0.052 0.042 0.442 0.015 0.297 111 E 0.088 0.052 0.043 0.109 0.150 0.215 0.014 0.328 112 M 0.039 0.045 0.062 0.266 0.416 0.039 0.005 0.128 113 Q 0.012 0.026 0.064 0.343 0.456 0.025 0.002 0.072 114 T 0.012 0.019 0.052 0.350 0.447 0.014 0.002 0.104 115 V 0.006 0.010 0.044 0.393 0.499 0.009 0.001 0.038 116 W 0.006 0.013 0.047 0.274 0.483 0.023 0.002 0.153 117 S 0.007 0.013 0.042 0.323 0.500 0.036 0.003 0.077 118 S 0.022 0.011 0.038 0.105 0.254 0.076 0.009 0.486 119 G 0.063 0.009 0.027 0.064 0.123 0.239 0.028 0.447 120 I 0.280 0.011 0.034 0.108 0.118 0.141 0.027 0.280 121 K 0.026 0.014 0.023 0.096 0.111 0.168 0.006 0.557 122 T 0.033 0.011 0.020 0.131 0.255 0.124 0.007 0.419 123 K 0.068 0.013 0.017 0.058 0.112 0.162 0.010 0.561 124 S 0.035 0.010 0.012 0.054 0.066 0.299 0.009 0.514 125 S 0.045 0.008 0.014 0.026 0.038 0.106 0.014 0.748 126 S 0.088 0.010 0.022 0.025 0.032 0.371 0.033 0.418 127 A 0.307 0.008 0.044 0.119 0.079 0.270 0.032 0.141 128 T 0.100 0.011 0.127 0.131 0.175 0.239 0.017 0.201 129 I 0.005 0.001 0.045 0.511 0.403 0.013 0.001 0.022 130 E 0.002 0.001 0.129 0.298 0.502 0.020 0.001 0.047 131 L 0.001 0.001 0.058 0.400 0.513 0.003 0.001 0.025 132 Y 0.001 0.001 0.202 0.269 0.472 0.022 0.001 0.033 133 F 0.001 0.001 0.062 0.386 0.390 0.010 0.001 0.150 134 E 0.001 0.001 0.098 0.207 0.540 0.073 0.001 0.079 135 N 0.009 0.001 0.041 0.049 0.113 0.259 0.006 0.522 136 G 0.181 0.002 0.035 0.055 0.095 0.138 0.101 0.392 137 L 0.255 0.003 0.019 0.028 0.020 0.471 0.020 0.183 138 L 0.013 0.004 0.035 0.254 0.243 0.043 0.002 0.405 139 K 0.004 0.004 0.034 0.218 0.605 0.067 0.001 0.067 140 N 0.012 0.007 0.022 0.213 0.340 0.049 0.001 0.356 141 K 0.023 0.023 0.038 0.139 0.356 0.075 0.003 0.343 142 T 0.041 0.030 0.013 0.088 0.136 0.381 0.007 0.304 143 Q 0.137 0.088 0.024 0.086 0.165 0.102 0.034 0.364 144 K 0.096 0.094 0.024 0.044 0.064 0.251 0.021 0.406 145 D 0.098 0.064 0.022 0.026 0.035 0.302 0.024 0.430 146 L 0.190 0.126 0.061 0.054 0.092 0.055 0.019 0.403 147 E 0.037 0.109 0.040 0.066 0.077 0.225 0.008 0.438