# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.048 0.587 0.206 0.024 0.085 0.020 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 2 T 0.070 0.382 0.311 0.044 0.048 0.095 0.018 0.002 0.025 0.002 0.003 3 T 0.072 0.546 0.167 0.048 0.118 0.020 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 4 D 0.111 0.169 0.223 0.140 0.053 0.190 0.064 0.008 0.032 0.007 0.004 5 Q 0.208 0.320 0.166 0.154 0.054 0.025 0.038 0.003 0.029 0.002 0.001 6 N 0.230 0.192 0.193 0.160 0.062 0.035 0.080 0.015 0.020 0.010 0.003 7 H 0.124 0.307 0.237 0.137 0.075 0.037 0.048 0.005 0.027 0.002 0.002 8 F 0.063 0.463 0.329 0.048 0.024 0.031 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 9 S 0.089 0.324 0.371 0.069 0.033 0.030 0.031 0.002 0.043 0.005 0.003 10 G 0.037 0.040 0.209 0.058 0.153 0.034 0.113 0.152 0.008 0.190 0.005 11 G 0.054 0.071 0.157 0.050 0.269 0.027 0.051 0.208 0.005 0.105 0.003 12 T 0.096 0.332 0.354 0.058 0.084 0.043 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 13 S 0.085 0.141 0.452 0.022 0.064 0.152 0.004 0.001 0.075 0.004 0.001 14 I 0.976 0.001 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.986 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.988 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.991 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.983 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.941 0.002 0.005 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.085 0.008 0.014 0.856 0.003 0.004 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 22 G 0.047 0.008 0.043 0.048 0.040 0.012 0.307 0.332 0.004 0.157 0.001 23 D 0.018 0.135 0.605 0.009 0.023 0.030 0.006 0.001 0.167 0.005 0.001 24 P 0.422 0.002 0.483 0.019 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 25 N 0.356 0.052 0.101 0.303 0.026 0.034 0.060 0.053 0.012 0.003 0.001 26 K 0.286 0.281 0.219 0.114 0.041 0.015 0.015 0.002 0.023 0.001 0.001 27 S 0.330 0.188 0.278 0.096 0.034 0.032 0.013 0.003 0.019 0.004 0.004 28 E 0.353 0.233 0.187 0.114 0.042 0.031 0.013 0.003 0.019 0.002 0.002 29 Q 0.374 0.206 0.150 0.146 0.041 0.032 0.017 0.003 0.027 0.002 0.002 30 R 0.267 0.249 0.215 0.154 0.053 0.014 0.019 0.004 0.021 0.003 0.002 31 N 0.167 0.160 0.258 0.110 0.052 0.071 0.070 0.025 0.059 0.024 0.005 32 A 0.187 0.158 0.289 0.208 0.032 0.011 0.080 0.004 0.022 0.006 0.005 33 G 0.036 0.011 0.044 0.022 0.078 0.004 0.071 0.491 0.003 0.238 0.001 34 N 0.067 0.147 0.230 0.260 0.074 0.051 0.113 0.038 0.013 0.005 0.003 35 I 0.024 0.551 0.307 0.027 0.054 0.018 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 36 T 0.051 0.486 0.317 0.034 0.026 0.062 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 37 L 0.043 0.583 0.246 0.030 0.045 0.033 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 38 D 0.131 0.396 0.183 0.083 0.113 0.045 0.020 0.004 0.020 0.003 0.002 39 S 0.059 0.483 0.160 0.055 0.186 0.014 0.014 0.002 0.025 0.001 0.001 40 Y 0.075 0.468 0.231 0.052 0.092 0.045 0.011 0.002 0.022 0.001 0.002 41 T 0.050 0.664 0.133 0.039 0.065 0.014 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 42 W 0.065 0.399 0.294 0.026 0.077 0.080 0.013 0.002 0.037 0.003 0.002 43 V 0.127 0.380 0.309 0.060 0.046 0.028 0.009 0.001 0.035 0.003 0.003 44 K 0.237 0.181 0.251 0.152 0.037 0.028 0.046 0.010 0.033 0.018 0.008 45 D 0.019 0.051 0.071 0.307 0.046 0.010 0.415 0.051 0.016 0.012 0.002 46 G 0.001 0.007 0.019 0.004 0.045 0.002 0.140 0.663 0.001 0.117 0.001 47 A 0.008 0.414 0.465 0.028 0.055 0.015 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 48 V 0.002 0.713 0.180 0.018 0.069 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 49 I 0.001 0.807 0.058 0.002 0.125 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 50 N 0.001 0.827 0.040 0.001 0.118 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 51 A 0.001 0.859 0.042 0.001 0.089 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 Q 0.001 0.884 0.058 0.001 0.034 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 L 0.002 0.515 0.362 0.003 0.016 0.078 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 54 Y 0.033 0.391 0.281 0.035 0.087 0.076 0.018 0.003 0.054 0.019 0.002 55 K 0.206 0.112 0.254 0.138 0.059 0.023 0.125 0.017 0.020 0.038 0.008 56 N 0.082 0.074 0.106 0.155 0.099 0.022 0.282 0.134 0.014 0.030 0.001 57 S 0.197 0.188 0.363 0.082 0.078 0.021 0.036 0.017 0.009 0.008 0.002 58 T 0.172 0.410 0.285 0.050 0.020 0.047 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 59 V 0.241 0.482 0.166 0.037 0.020 0.033 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 60 A 0.460 0.190 0.203 0.032 0.032 0.052 0.010 0.002 0.014 0.002 0.002 61 R 0.582 0.182 0.079 0.041 0.081 0.011 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 62 S 0.531 0.156 0.163 0.057 0.030 0.036 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 63 I 0.498 0.180 0.084 0.179 0.016 0.017 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 64 S 0.445 0.110 0.121 0.193 0.042 0.014 0.048 0.007 0.012 0.006 0.001 65 N 0.226 0.058 0.066 0.296 0.057 0.037 0.184 0.054 0.012 0.008 0.001 66 F 0.150 0.285 0.334 0.103 0.054 0.029 0.020 0.003 0.020 0.002 0.001 67 S 0.276 0.239 0.291 0.080 0.025 0.048 0.014 0.002 0.019 0.003 0.002 68 F 0.285 0.267 0.197 0.125 0.051 0.035 0.009 0.001 0.026 0.002 0.001 69 S 0.417 0.148 0.173 0.138 0.035 0.030 0.027 0.006 0.020 0.004 0.003 70 R 0.489 0.092 0.122 0.166 0.044 0.014 0.041 0.009 0.016 0.005 0.001 71 E 0.391 0.138 0.186 0.156 0.015 0.028 0.062 0.003 0.018 0.001 0.001 72 A 0.211 0.234 0.347 0.105 0.040 0.022 0.024 0.004 0.010 0.002 0.001 73 K 0.234 0.178 0.334 0.076 0.026 0.072 0.057 0.008 0.010 0.003 0.003 74 I 0.113 0.444 0.293 0.059 0.029 0.037 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 75 G 0.073 0.086 0.466 0.026 0.037 0.226 0.007 0.002 0.060 0.015 0.001 76 K 0.896 0.008 0.064 0.020 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 E 0.950 0.017 0.012 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.355 0.013 0.015 0.576 0.020 0.010 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 79 Y 0.782 0.024 0.062 0.095 0.007 0.005 0.012 0.002 0.010 0.001 0.001 80 D 0.868 0.028 0.032 0.042 0.003 0.004 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 81 E 0.525 0.080 0.056 0.274 0.026 0.018 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 82 L 0.410 0.239 0.211 0.090 0.010 0.018 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 83 K 0.223 0.273 0.340 0.020 0.013 0.063 0.017 0.001 0.047 0.002 0.001 84 I 0.251 0.137 0.340 0.178 0.015 0.029 0.034 0.001 0.012 0.002 0.003 85 G 0.019 0.007 0.032 0.017 0.078 0.010 0.065 0.603 0.002 0.166 0.001 86 E 0.188 0.191 0.415 0.097 0.046 0.032 0.008 0.003 0.015 0.004 0.001 87 S 0.149 0.126 0.415 0.073 0.055 0.114 0.009 0.001 0.049 0.008 0.001 88 Y 0.946 0.003 0.029 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.972 0.005 0.007 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.976 0.008 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.991 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.982 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.952 0.005 0.006 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.291 0.022 0.051 0.582 0.003 0.005 0.034 0.001 0.009 0.001 0.001 96 G 0.063 0.007 0.042 0.049 0.040 0.013 0.260 0.372 0.003 0.149 0.001 97 E 0.021 0.207 0.560 0.010 0.030 0.028 0.005 0.001 0.134 0.004 0.001 98 P 0.242 0.002 0.656 0.017 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 99 D 0.455 0.082 0.158 0.151 0.023 0.030 0.050 0.035 0.012 0.003 0.001 100 V 0.295 0.306 0.254 0.064 0.023 0.032 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 101 L 0.385 0.207 0.224 0.123 0.017 0.023 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 102 S 0.398 0.236 0.150 0.072 0.073 0.027 0.015 0.005 0.018 0.004 0.002 103 Q 0.338 0.290 0.121 0.141 0.055 0.022 0.010 0.001 0.020 0.001 0.001 104 S 0.218 0.296 0.226 0.100 0.080 0.027 0.013 0.003 0.033 0.002 0.001 105 M 0.314 0.194 0.247 0.126 0.026 0.039 0.022 0.003 0.024 0.002 0.002 106 S 0.225 0.245 0.206 0.133 0.075 0.027 0.045 0.007 0.028 0.008 0.002 107 S 0.339 0.125 0.213 0.163 0.051 0.022 0.041 0.015 0.016 0.014 0.003 108 D 0.145 0.092 0.141 0.253 0.054 0.054 0.182 0.043 0.024 0.011 0.002 109 K 0.288 0.175 0.310 0.111 0.026 0.025 0.043 0.007 0.011 0.003 0.001 110 E 0.224 0.264 0.257 0.153 0.022 0.031 0.032 0.005 0.009 0.001 0.001 111 E 0.100 0.500 0.217 0.086 0.041 0.031 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 112 M 0.081 0.558 0.230 0.035 0.062 0.020 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 113 Q 0.095 0.620 0.138 0.038 0.073 0.019 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 114 T 0.018 0.688 0.082 0.009 0.174 0.010 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 115 V 0.015 0.833 0.079 0.005 0.033 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 116 W 0.064 0.440 0.327 0.024 0.048 0.054 0.006 0.001 0.034 0.001 0.001 117 S 0.298 0.279 0.157 0.100 0.056 0.034 0.014 0.003 0.049 0.008 0.002 118 S 0.280 0.080 0.166 0.303 0.025 0.014 0.105 0.004 0.015 0.004 0.004 119 G 0.020 0.004 0.016 0.015 0.065 0.005 0.082 0.598 0.003 0.193 0.001 120 I 0.274 0.180 0.389 0.086 0.021 0.017 0.010 0.002 0.016 0.003 0.003 121 K 0.295 0.112 0.264 0.179 0.031 0.048 0.029 0.008 0.014 0.010 0.008 122 T 0.167 0.168 0.181 0.236 0.116 0.034 0.033 0.022 0.027 0.014 0.002 123 K 0.204 0.170 0.235 0.163 0.039 0.046 0.074 0.018 0.032 0.011 0.006 124 S 0.142 0.275 0.300 0.091 0.063 0.023 0.044 0.010 0.035 0.013 0.003 125 S 0.207 0.162 0.324 0.176 0.034 0.020 0.042 0.009 0.015 0.007 0.005 126 S 0.041 0.239 0.161 0.181 0.148 0.019 0.142 0.038 0.020 0.009 0.002 127 A 0.019 0.335 0.465 0.024 0.124 0.015 0.005 0.003 0.008 0.002 0.001 128 T 0.018 0.663 0.136 0.077 0.077 0.010 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 129 I 0.001 0.802 0.044 0.001 0.146 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 130 E 0.001 0.880 0.043 0.001 0.062 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 131 L 0.001 0.824 0.130 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 132 Y 0.003 0.869 0.057 0.001 0.017 0.040 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 133 F 0.006 0.471 0.348 0.006 0.086 0.035 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 134 E 0.181 0.350 0.179 0.134 0.050 0.049 0.012 0.002 0.033 0.006 0.006 135 N 0.026 0.033 0.058 0.376 0.048 0.013 0.393 0.028 0.014 0.010 0.002 136 G 0.006 0.004 0.013 0.005 0.049 0.002 0.099 0.655 0.001 0.168 0.001 137 L 0.096 0.305 0.467 0.054 0.021 0.032 0.012 0.001 0.009 0.001 0.002 138 L 0.082 0.460 0.337 0.034 0.022 0.043 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 139 K 0.153 0.418 0.246 0.052 0.075 0.030 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 140 N 0.141 0.213 0.253 0.074 0.124 0.099 0.036 0.016 0.028 0.011 0.005 141 K 0.272 0.317 0.175 0.060 0.114 0.024 0.007 0.002 0.025 0.003 0.001 142 T 0.306 0.245 0.188 0.154 0.032 0.036 0.012 0.002 0.023 0.001 0.002 143 Q 0.284 0.236 0.143 0.157 0.064 0.033 0.038 0.007 0.031 0.004 0.002 144 K 0.327 0.163 0.162 0.244 0.044 0.009 0.029 0.004 0.012 0.003 0.002 145 D 0.076 0.064 0.127 0.127 0.056 0.066 0.352 0.084 0.029 0.018 0.002 146 L 0.109 0.192 0.540 0.065 0.021 0.033 0.018 0.002 0.015 0.002 0.001 147 E 0.233 0.243 0.345 0.073 0.025 0.034 0.018 0.005 0.014 0.007 0.002