# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.128 0.276 0.074 0.010 0.341 0.012 0.025 0.034 0.021 0.027 0.052 2 T 0.202 0.210 0.059 0.010 0.346 0.009 0.012 0.026 0.018 0.031 0.077 3 T 0.101 0.216 0.061 0.027 0.260 0.045 0.060 0.086 0.065 0.045 0.035 4 D 0.223 0.090 0.067 0.026 0.237 0.024 0.032 0.067 0.055 0.101 0.078 5 Q 0.104 0.079 0.028 0.019 0.152 0.029 0.037 0.166 0.215 0.128 0.043 6 N 0.067 0.133 0.066 0.051 0.134 0.058 0.076 0.147 0.108 0.115 0.045 7 H 0.161 0.106 0.060 0.026 0.217 0.015 0.025 0.075 0.050 0.162 0.102 8 F 0.212 0.155 0.061 0.025 0.278 0.024 0.033 0.061 0.035 0.055 0.062 9 S 0.056 0.156 0.123 0.113 0.108 0.108 0.081 0.097 0.059 0.060 0.039 10 G 0.041 0.093 0.075 0.161 0.072 0.078 0.092 0.131 0.067 0.138 0.052 11 G 0.083 0.103 0.072 0.038 0.097 0.019 0.026 0.113 0.053 0.301 0.095 12 T 0.030 0.442 0.228 0.013 0.122 0.016 0.014 0.047 0.019 0.035 0.033 13 S 0.109 0.447 0.131 0.003 0.225 0.001 0.001 0.046 0.007 0.010 0.020 14 I 0.003 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.655 0.313 0.008 0.002 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.921 0.064 0.003 0.001 16 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.026 0.009 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.885 0.094 0.015 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.872 0.117 0.002 0.001 19 Q 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.029 0.810 0.106 0.037 0.001 20 W 0.019 0.009 0.009 0.004 0.011 0.009 0.162 0.651 0.060 0.060 0.005 21 F 0.029 0.563 0.118 0.019 0.094 0.012 0.036 0.049 0.028 0.033 0.020 22 G 0.027 0.031 0.045 0.095 0.019 0.041 0.046 0.074 0.077 0.404 0.142 23 D 0.082 0.244 0.346 0.020 0.194 0.005 0.006 0.024 0.022 0.029 0.028 24 P 0.046 0.138 0.032 0.010 0.105 0.037 0.147 0.200 0.223 0.041 0.021 25 N 0.094 0.098 0.065 0.025 0.119 0.036 0.066 0.088 0.088 0.231 0.089 26 K 0.103 0.237 0.051 0.017 0.261 0.015 0.020 0.087 0.070 0.095 0.044 27 S 0.155 0.142 0.088 0.027 0.229 0.023 0.024 0.118 0.074 0.070 0.050 28 E 0.097 0.122 0.057 0.019 0.187 0.027 0.051 0.222 0.110 0.068 0.041 29 Q 0.124 0.081 0.036 0.022 0.178 0.029 0.051 0.192 0.078 0.142 0.067 30 R 0.075 0.189 0.136 0.056 0.139 0.035 0.046 0.144 0.055 0.079 0.046 31 N 0.092 0.084 0.116 0.128 0.106 0.054 0.036 0.142 0.064 0.102 0.075 32 A 0.048 0.230 0.142 0.105 0.079 0.078 0.077 0.098 0.064 0.054 0.024 33 G 0.023 0.052 0.077 0.195 0.025 0.113 0.078 0.055 0.046 0.248 0.087 34 N 0.186 0.143 0.062 0.021 0.243 0.011 0.014 0.032 0.029 0.165 0.095 35 I 0.156 0.293 0.020 0.004 0.437 0.008 0.012 0.016 0.012 0.016 0.026 36 T 0.179 0.203 0.060 0.004 0.484 0.005 0.005 0.007 0.004 0.005 0.045 37 L 0.316 0.125 0.021 0.012 0.383 0.014 0.013 0.031 0.024 0.022 0.039 38 D 0.159 0.096 0.057 0.040 0.227 0.089 0.100 0.066 0.054 0.062 0.049 39 S 0.254 0.119 0.039 0.012 0.356 0.016 0.021 0.031 0.027 0.060 0.066 40 Y 0.178 0.214 0.039 0.015 0.356 0.015 0.019 0.038 0.032 0.041 0.053 41 T 0.131 0.229 0.100 0.010 0.347 0.012 0.017 0.028 0.026 0.026 0.073 42 W 0.191 0.230 0.073 0.014 0.323 0.009 0.018 0.039 0.023 0.037 0.043 43 V 0.179 0.169 0.165 0.052 0.176 0.032 0.044 0.066 0.038 0.034 0.045 44 K 0.027 0.065 0.073 0.220 0.043 0.203 0.102 0.124 0.079 0.048 0.017 45 D 0.006 0.084 0.122 0.405 0.015 0.092 0.186 0.040 0.020 0.021 0.008 46 G 0.015 0.007 0.014 0.037 0.005 0.013 0.007 0.006 0.013 0.720 0.161 47 A 0.072 0.459 0.026 0.003 0.391 0.006 0.009 0.003 0.004 0.011 0.015 48 V 0.432 0.039 0.002 0.001 0.497 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 49 I 0.182 0.100 0.007 0.003 0.682 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 50 N 0.278 0.035 0.004 0.001 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 51 A 0.229 0.103 0.005 0.001 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 52 Q 0.233 0.093 0.014 0.001 0.592 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 53 L 0.368 0.120 0.023 0.014 0.259 0.021 0.015 0.010 0.010 0.043 0.117 54 Y 0.027 0.104 0.208 0.370 0.056 0.105 0.043 0.018 0.019 0.028 0.021 55 K 0.019 0.055 0.047 0.186 0.027 0.151 0.233 0.123 0.072 0.073 0.014 56 N 0.039 0.071 0.065 0.074 0.049 0.035 0.025 0.061 0.087 0.418 0.076 57 S 0.072 0.222 0.036 0.014 0.223 0.018 0.024 0.120 0.135 0.094 0.042 58 T 0.153 0.141 0.039 0.009 0.231 0.013 0.031 0.186 0.068 0.083 0.046 59 V 0.125 0.224 0.050 0.013 0.244 0.014 0.022 0.168 0.045 0.050 0.043 60 A 0.124 0.217 0.058 0.014 0.251 0.015 0.018 0.191 0.053 0.027 0.033 61 R 0.058 0.078 0.023 0.010 0.113 0.019 0.048 0.441 0.137 0.048 0.025 62 S 0.070 0.068 0.029 0.007 0.128 0.012 0.053 0.396 0.118 0.089 0.030 63 I 0.090 0.052 0.021 0.012 0.085 0.020 0.045 0.345 0.167 0.122 0.042 64 S 0.035 0.187 0.086 0.043 0.083 0.055 0.104 0.234 0.097 0.054 0.022 65 N 0.095 0.057 0.029 0.020 0.090 0.021 0.035 0.163 0.095 0.306 0.089 66 F 0.108 0.221 0.044 0.011 0.283 0.012 0.030 0.124 0.067 0.062 0.038 67 S 0.134 0.180 0.079 0.016 0.239 0.019 0.039 0.143 0.047 0.047 0.056 68 F 0.124 0.139 0.056 0.022 0.160 0.026 0.048 0.170 0.089 0.106 0.061 69 S 0.105 0.142 0.068 0.040 0.169 0.045 0.047 0.156 0.092 0.087 0.047 70 R 0.054 0.132 0.067 0.038 0.096 0.046 0.086 0.226 0.136 0.086 0.033 71 E 0.116 0.058 0.027 0.014 0.127 0.018 0.036 0.159 0.141 0.229 0.075 72 A 0.078 0.318 0.033 0.011 0.321 0.016 0.028 0.086 0.050 0.033 0.025 73 K 0.241 0.099 0.035 0.007 0.269 0.010 0.031 0.076 0.030 0.087 0.117 74 I 0.087 0.308 0.104 0.023 0.214 0.019 0.031 0.068 0.030 0.064 0.053 75 G 0.057 0.418 0.234 0.032 0.153 0.008 0.007 0.037 0.014 0.018 0.022 76 K 0.027 0.039 0.010 0.004 0.043 0.008 0.017 0.461 0.336 0.039 0.015 77 E 0.006 0.030 0.028 0.011 0.015 0.030 0.085 0.558 0.169 0.061 0.007 78 D 0.066 0.060 0.017 0.004 0.067 0.005 0.027 0.393 0.088 0.242 0.031 79 Y 0.043 0.031 0.008 0.003 0.048 0.005 0.005 0.503 0.296 0.041 0.016 80 D 0.006 0.014 0.007 0.008 0.010 0.022 0.036 0.726 0.156 0.012 0.003 81 E 0.042 0.015 0.005 0.003 0.065 0.007 0.045 0.524 0.103 0.175 0.016 82 L 0.143 0.121 0.023 0.005 0.254 0.006 0.059 0.296 0.036 0.039 0.018 83 K 0.163 0.090 0.072 0.027 0.172 0.036 0.044 0.229 0.047 0.032 0.089 84 I 0.021 0.478 0.122 0.050 0.073 0.049 0.073 0.073 0.028 0.018 0.013 85 G 0.035 0.013 0.014 0.032 0.021 0.017 0.012 0.043 0.026 0.561 0.226 86 E 0.037 0.458 0.139 0.010 0.158 0.015 0.026 0.074 0.025 0.033 0.026 87 S 0.136 0.371 0.092 0.003 0.239 0.004 0.004 0.062 0.015 0.022 0.051 88 Y 0.017 0.027 0.006 0.003 0.028 0.005 0.004 0.532 0.348 0.021 0.008 89 K 0.002 0.005 0.005 0.002 0.003 0.005 0.011 0.867 0.091 0.007 0.001 90 K 0.007 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.008 0.904 0.044 0.015 0.002 91 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.934 0.041 0.007 0.001 92 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.869 0.107 0.003 0.001 93 E 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.035 0.848 0.080 0.016 0.002 94 K 0.015 0.013 0.010 0.007 0.016 0.011 0.135 0.677 0.050 0.059 0.007 95 L 0.017 0.558 0.140 0.028 0.058 0.018 0.047 0.058 0.028 0.031 0.017 96 G 0.022 0.036 0.054 0.143 0.016 0.033 0.027 0.067 0.060 0.386 0.155 97 E 0.038 0.294 0.406 0.030 0.094 0.007 0.011 0.035 0.026 0.037 0.020 98 P 0.065 0.247 0.062 0.011 0.139 0.025 0.067 0.161 0.139 0.048 0.035 99 D 0.080 0.196 0.070 0.017 0.167 0.032 0.063 0.153 0.087 0.083 0.052 100 V 0.121 0.204 0.034 0.007 0.239 0.009 0.019 0.181 0.077 0.072 0.038 101 L 0.110 0.099 0.036 0.011 0.151 0.021 0.028 0.294 0.129 0.083 0.038 102 S 0.092 0.107 0.035 0.015 0.162 0.021 0.034 0.345 0.118 0.043 0.028 103 Q 0.065 0.057 0.021 0.011 0.095 0.025 0.062 0.335 0.163 0.131 0.035 104 S 0.080 0.160 0.060 0.011 0.205 0.014 0.046 0.200 0.093 0.089 0.041 105 M 0.111 0.126 0.057 0.017 0.146 0.019 0.050 0.189 0.099 0.121 0.067 106 S 0.071 0.146 0.107 0.048 0.105 0.040 0.069 0.156 0.093 0.113 0.051 107 S 0.028 0.188 0.155 0.114 0.066 0.069 0.115 0.121 0.066 0.060 0.019 108 D 0.093 0.064 0.072 0.055 0.083 0.027 0.032 0.101 0.100 0.273 0.100 109 K 0.066 0.141 0.036 0.013 0.159 0.017 0.038 0.171 0.209 0.115 0.034 110 E 0.146 0.126 0.037 0.017 0.225 0.029 0.049 0.124 0.072 0.113 0.061 111 E 0.238 0.130 0.022 0.011 0.384 0.016 0.021 0.057 0.027 0.046 0.049 112 M 0.292 0.093 0.017 0.010 0.452 0.019 0.017 0.038 0.016 0.019 0.028 113 Q 0.275 0.088 0.021 0.010 0.474 0.015 0.018 0.035 0.015 0.015 0.035 114 T 0.253 0.102 0.019 0.005 0.520 0.005 0.010 0.024 0.008 0.011 0.043 115 V 0.192 0.154 0.019 0.002 0.555 0.003 0.006 0.016 0.005 0.007 0.040 116 W 0.285 0.149 0.067 0.007 0.288 0.010 0.020 0.041 0.015 0.018 0.098 117 S 0.094 0.118 0.087 0.077 0.133 0.106 0.066 0.137 0.058 0.057 0.067 118 S 0.020 0.216 0.152 0.184 0.044 0.095 0.102 0.068 0.050 0.052 0.018 119 G 0.035 0.027 0.049 0.115 0.025 0.026 0.010 0.038 0.050 0.483 0.142 120 I 0.082 0.206 0.102 0.028 0.168 0.031 0.057 0.104 0.092 0.094 0.037 121 K 0.100 0.100 0.061 0.098 0.115 0.068 0.052 0.079 0.073 0.164 0.090 122 T 0.039 0.162 0.202 0.220 0.089 0.055 0.055 0.052 0.042 0.062 0.023 123 K 0.079 0.066 0.080 0.098 0.086 0.055 0.080 0.123 0.099 0.178 0.056 124 S 0.095 0.120 0.172 0.084 0.126 0.030 0.021 0.067 0.101 0.131 0.054 125 S 0.049 0.122 0.082 0.053 0.092 0.050 0.139 0.137 0.158 0.090 0.028 126 S 0.171 0.035 0.030 0.023 0.081 0.020 0.025 0.031 0.054 0.376 0.154 127 A 0.083 0.380 0.024 0.011 0.401 0.020 0.028 0.011 0.009 0.017 0.017 128 T 0.370 0.041 0.005 0.002 0.531 0.005 0.005 0.003 0.002 0.010 0.026 129 I 0.228 0.056 0.001 0.001 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 130 E 0.165 0.042 0.003 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 131 L 0.345 0.059 0.004 0.001 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 132 Y 0.238 0.105 0.015 0.002 0.560 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.061 133 F 0.418 0.118 0.056 0.006 0.268 0.007 0.007 0.006 0.004 0.009 0.102 134 E 0.029 0.041 0.035 0.245 0.036 0.353 0.072 0.057 0.034 0.070 0.028 135 N 0.005 0.076 0.092 0.588 0.014 0.105 0.078 0.020 0.010 0.009 0.003 136 G 0.015 0.009 0.015 0.071 0.007 0.035 0.010 0.026 0.033 0.674 0.105 137 L 0.066 0.406 0.079 0.009 0.313 0.012 0.023 0.029 0.017 0.024 0.022 138 L 0.471 0.068 0.014 0.005 0.307 0.006 0.007 0.025 0.015 0.023 0.060 139 K 0.111 0.234 0.094 0.029 0.272 0.054 0.071 0.045 0.024 0.022 0.044 140 N 0.243 0.138 0.052 0.010 0.366 0.012 0.012 0.041 0.016 0.035 0.076 141 K 0.117 0.167 0.032 0.016 0.224 0.024 0.033 0.148 0.093 0.097 0.050 142 T 0.113 0.174 0.107 0.015 0.265 0.019 0.032 0.121 0.053 0.045 0.057 143 Q 0.151 0.072 0.027 0.020 0.127 0.024 0.033 0.227 0.150 0.108 0.061 144 K 0.027 0.186 0.127 0.077 0.071 0.092 0.139 0.117 0.076 0.065 0.023 145 D 0.112 0.061 0.038 0.035 0.091 0.019 0.020 0.071 0.055 0.355 0.143 146 L 0.084 0.220 0.054 0.020 0.208 0.017 0.027 0.136 0.108 0.088 0.038 147 E 0.097 0.173 0.081 0.031 0.170 0.037 0.041 0.171 0.088 0.067 0.046