# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.110 0.071 0.085 0.119 0.158 0.152 0.104 0.099 0.046 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 2 T 0.200 0.168 0.178 0.153 0.110 0.077 0.045 0.028 0.024 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 3 T 0.177 0.108 0.111 0.165 0.146 0.119 0.063 0.054 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 4 D 0.329 0.168 0.252 0.096 0.059 0.037 0.024 0.012 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.166 0.118 0.148 0.167 0.146 0.105 0.060 0.040 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 6 N 0.392 0.181 0.160 0.098 0.058 0.043 0.034 0.013 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 7 H 0.227 0.178 0.160 0.150 0.113 0.085 0.039 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 8 F 0.092 0.069 0.066 0.119 0.155 0.159 0.122 0.108 0.053 0.029 0.014 0.008 0.004 0.001 9 S 0.237 0.158 0.146 0.143 0.108 0.088 0.053 0.031 0.020 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 10 G 0.127 0.075 0.083 0.134 0.160 0.142 0.110 0.079 0.043 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 11 G 0.190 0.118 0.133 0.141 0.140 0.097 0.067 0.047 0.035 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 12 T 0.281 0.142 0.142 0.134 0.119 0.069 0.045 0.036 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 13 S 0.085 0.075 0.091 0.153 0.188 0.138 0.116 0.071 0.054 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 14 I 0.047 0.076 0.114 0.177 0.227 0.156 0.095 0.054 0.038 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 15 E 0.679 0.176 0.090 0.027 0.012 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.206 0.272 0.250 0.149 0.063 0.043 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.017 0.019 0.026 0.097 0.190 0.199 0.235 0.133 0.064 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 18 K 0.104 0.199 0.310 0.181 0.113 0.056 0.019 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.701 0.224 0.040 0.014 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.036 0.063 0.091 0.244 0.261 0.187 0.078 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.041 0.047 0.079 0.151 0.251 0.180 0.123 0.083 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 22 G 0.417 0.184 0.158 0.096 0.066 0.042 0.020 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 D 0.486 0.154 0.176 0.076 0.048 0.029 0.016 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 P 0.281 0.151 0.159 0.146 0.119 0.071 0.044 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.331 0.172 0.202 0.127 0.076 0.048 0.024 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.378 0.176 0.109 0.133 0.098 0.050 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.418 0.188 0.111 0.108 0.075 0.045 0.034 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.437 0.182 0.134 0.097 0.064 0.046 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.550 0.175 0.105 0.066 0.045 0.027 0.020 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.368 0.172 0.123 0.134 0.095 0.056 0.032 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.445 0.163 0.146 0.094 0.068 0.037 0.026 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.336 0.163 0.144 0.120 0.096 0.061 0.042 0.016 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 33 G 0.402 0.165 0.145 0.099 0.068 0.050 0.037 0.012 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 34 N 0.273 0.186 0.149 0.125 0.100 0.075 0.043 0.018 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 35 I 0.057 0.062 0.078 0.133 0.158 0.165 0.112 0.109 0.053 0.035 0.018 0.013 0.005 0.002 36 T 0.111 0.102 0.104 0.149 0.167 0.122 0.088 0.058 0.049 0.028 0.012 0.006 0.002 0.002 37 L 0.035 0.025 0.035 0.057 0.082 0.112 0.110 0.126 0.140 0.105 0.081 0.057 0.029 0.007 38 D 0.102 0.083 0.109 0.104 0.126 0.107 0.104 0.087 0.065 0.045 0.048 0.012 0.004 0.004 39 S 0.036 0.036 0.049 0.075 0.100 0.111 0.103 0.117 0.120 0.098 0.063 0.050 0.029 0.013 40 Y 0.026 0.028 0.032 0.059 0.085 0.116 0.132 0.155 0.132 0.107 0.066 0.038 0.018 0.007 41 T 0.105 0.106 0.118 0.132 0.125 0.117 0.103 0.076 0.051 0.032 0.023 0.007 0.003 0.003 42 W 0.068 0.076 0.088 0.125 0.151 0.142 0.104 0.105 0.060 0.038 0.026 0.011 0.005 0.003 43 V 0.089 0.130 0.125 0.195 0.171 0.111 0.074 0.050 0.028 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 44 K 0.113 0.154 0.151 0.213 0.138 0.103 0.056 0.037 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 45 D 0.263 0.212 0.182 0.124 0.078 0.054 0.045 0.017 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 46 G 0.077 0.144 0.158 0.178 0.146 0.122 0.080 0.043 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 47 A 0.015 0.028 0.036 0.079 0.133 0.165 0.162 0.156 0.099 0.069 0.026 0.019 0.009 0.004 48 V 0.006 0.008 0.014 0.024 0.053 0.079 0.130 0.160 0.183 0.146 0.094 0.058 0.030 0.016 49 I 0.002 0.001 0.003 0.005 0.012 0.024 0.049 0.080 0.156 0.189 0.210 0.163 0.072 0.035 50 N 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.026 0.048 0.089 0.141 0.168 0.183 0.151 0.087 0.078 51 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.038 0.109 0.191 0.240 0.195 0.132 0.054 52 Q 0.004 0.009 0.012 0.029 0.052 0.079 0.126 0.186 0.141 0.132 0.099 0.063 0.032 0.037 53 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 0.036 0.089 0.129 0.191 0.159 0.201 0.081 0.057 0.027 54 Y 0.009 0.031 0.040 0.107 0.133 0.161 0.126 0.138 0.114 0.069 0.033 0.021 0.011 0.007 55 K 0.071 0.121 0.118 0.138 0.112 0.151 0.096 0.062 0.064 0.030 0.025 0.006 0.002 0.002 56 N 0.032 0.065 0.092 0.146 0.179 0.171 0.115 0.080 0.063 0.030 0.015 0.008 0.003 0.002 57 S 0.065 0.082 0.099 0.127 0.162 0.159 0.112 0.082 0.061 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 58 T 0.034 0.026 0.032 0.051 0.086 0.118 0.167 0.176 0.111 0.093 0.058 0.028 0.014 0.005 59 V 0.040 0.033 0.041 0.069 0.108 0.125 0.136 0.156 0.109 0.072 0.054 0.033 0.015 0.009 60 A 0.068 0.052 0.057 0.076 0.094 0.100 0.101 0.106 0.112 0.096 0.064 0.045 0.018 0.010 61 R 0.104 0.095 0.095 0.125 0.139 0.112 0.103 0.093 0.053 0.033 0.031 0.009 0.004 0.004 62 S 0.066 0.060 0.080 0.111 0.158 0.141 0.116 0.097 0.078 0.047 0.027 0.010 0.005 0.003 63 I 0.068 0.074 0.084 0.135 0.168 0.140 0.116 0.095 0.063 0.033 0.014 0.006 0.003 0.002 64 S 0.243 0.159 0.121 0.126 0.104 0.093 0.063 0.035 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 65 N 0.166 0.174 0.159 0.148 0.127 0.106 0.054 0.030 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 66 F 0.079 0.062 0.070 0.112 0.155 0.157 0.124 0.111 0.060 0.033 0.019 0.011 0.006 0.002 67 S 0.244 0.186 0.155 0.140 0.104 0.077 0.046 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 F 0.148 0.101 0.116 0.152 0.161 0.125 0.080 0.057 0.031 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 69 S 0.273 0.166 0.138 0.128 0.112 0.070 0.056 0.023 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 70 R 0.261 0.162 0.163 0.145 0.099 0.085 0.038 0.021 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 71 E 0.248 0.173 0.135 0.133 0.116 0.083 0.057 0.024 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 72 A 0.142 0.116 0.115 0.156 0.153 0.129 0.082 0.050 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 73 K 0.262 0.197 0.154 0.134 0.095 0.082 0.035 0.019 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 I 0.089 0.068 0.073 0.148 0.177 0.153 0.103 0.100 0.044 0.022 0.011 0.008 0.004 0.001 75 G 0.152 0.142 0.172 0.163 0.160 0.097 0.054 0.027 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 76 K 0.279 0.169 0.194 0.131 0.084 0.070 0.037 0.015 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 77 E 0.638 0.132 0.126 0.050 0.030 0.010 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.241 0.198 0.289 0.105 0.069 0.058 0.017 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.068 0.089 0.102 0.225 0.249 0.122 0.076 0.037 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.534 0.268 0.070 0.047 0.027 0.031 0.015 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.321 0.259 0.189 0.087 0.051 0.067 0.015 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.061 0.053 0.061 0.153 0.238 0.197 0.114 0.079 0.027 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 83 K 0.324 0.194 0.204 0.124 0.069 0.045 0.023 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 I 0.241 0.104 0.101 0.157 0.170 0.111 0.064 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 85 G 0.378 0.168 0.195 0.096 0.076 0.039 0.025 0.008 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 86 E 0.543 0.176 0.125 0.071 0.042 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.338 0.165 0.161 0.125 0.090 0.053 0.041 0.010 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.054 0.079 0.107 0.189 0.247 0.165 0.085 0.040 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.616 0.207 0.112 0.032 0.015 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.283 0.307 0.204 0.112 0.047 0.036 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.025 0.027 0.037 0.128 0.212 0.191 0.198 0.111 0.053 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 92 V 0.058 0.129 0.211 0.241 0.197 0.095 0.036 0.015 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.741 0.183 0.040 0.014 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.098 0.119 0.163 0.218 0.192 0.136 0.047 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.043 0.037 0.057 0.109 0.204 0.189 0.160 0.122 0.046 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 96 G 0.276 0.174 0.181 0.141 0.096 0.066 0.033 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.379 0.143 0.148 0.112 0.087 0.055 0.034 0.017 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 98 P 0.156 0.111 0.126 0.156 0.161 0.121 0.078 0.040 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 99 D 0.263 0.146 0.186 0.141 0.099 0.073 0.042 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 100 V 0.201 0.132 0.104 0.151 0.157 0.098 0.072 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 101 L 0.097 0.089 0.083 0.143 0.170 0.138 0.101 0.080 0.050 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 102 S 0.251 0.161 0.150 0.127 0.096 0.082 0.056 0.033 0.022 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 103 Q 0.294 0.176 0.137 0.125 0.093 0.073 0.044 0.025 0.017 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 104 S 0.141 0.109 0.100 0.157 0.161 0.128 0.081 0.058 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 105 M 0.167 0.121 0.127 0.171 0.161 0.099 0.075 0.042 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 106 S 0.299 0.166 0.138 0.137 0.110 0.064 0.042 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 107 S 0.540 0.197 0.106 0.063 0.042 0.024 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 D 0.423 0.211 0.143 0.090 0.055 0.038 0.026 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.406 0.185 0.119 0.106 0.077 0.045 0.042 0.008 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 110 E 0.403 0.199 0.150 0.088 0.056 0.047 0.033 0.009 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.143 0.127 0.118 0.155 0.162 0.127 0.077 0.036 0.027 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 112 M 0.025 0.035 0.053 0.096 0.139 0.164 0.135 0.121 0.096 0.064 0.037 0.022 0.009 0.004 113 Q 0.022 0.025 0.042 0.076 0.135 0.128 0.129 0.143 0.110 0.081 0.054 0.033 0.012 0.008 114 T 0.005 0.005 0.008 0.014 0.029 0.045 0.072 0.102 0.168 0.168 0.155 0.133 0.073 0.024 115 V 0.007 0.007 0.012 0.019 0.037 0.058 0.084 0.132 0.149 0.153 0.165 0.098 0.051 0.029 116 W 0.005 0.007 0.010 0.022 0.046 0.060 0.104 0.139 0.145 0.152 0.133 0.096 0.045 0.036 117 S 0.007 0.012 0.015 0.028 0.048 0.078 0.093 0.128 0.186 0.157 0.124 0.066 0.039 0.020 118 S 0.033 0.052 0.070 0.102 0.107 0.129 0.147 0.159 0.073 0.057 0.046 0.013 0.007 0.005 119 G 0.065 0.096 0.116 0.139 0.126 0.126 0.116 0.082 0.060 0.041 0.021 0.007 0.002 0.002 120 I 0.064 0.087 0.085 0.154 0.140 0.166 0.098 0.097 0.054 0.032 0.011 0.006 0.004 0.001 121 K 0.221 0.192 0.180 0.176 0.095 0.056 0.037 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 122 T 0.274 0.208 0.166 0.149 0.089 0.050 0.031 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.284 0.227 0.159 0.162 0.089 0.036 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 124 S 0.430 0.247 0.138 0.081 0.042 0.030 0.021 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.332 0.194 0.219 0.102 0.062 0.039 0.031 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.133 0.165 0.149 0.149 0.142 0.104 0.084 0.026 0.026 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 127 A 0.022 0.039 0.058 0.105 0.144 0.176 0.142 0.129 0.077 0.056 0.026 0.014 0.007 0.003 128 T 0.007 0.010 0.016 0.043 0.098 0.105 0.138 0.188 0.132 0.106 0.067 0.051 0.024 0.015 129 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.020 0.035 0.061 0.161 0.212 0.145 0.237 0.090 0.024 130 E 0.003 0.004 0.006 0.013 0.031 0.044 0.090 0.128 0.153 0.150 0.200 0.087 0.042 0.051 131 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.027 0.048 0.105 0.191 0.339 0.141 0.091 0.038 132 Y 0.004 0.008 0.010 0.027 0.047 0.080 0.097 0.162 0.147 0.134 0.097 0.074 0.064 0.049 133 F 0.002 0.004 0.005 0.016 0.029 0.060 0.089 0.134 0.194 0.191 0.095 0.115 0.050 0.015 134 E 0.019 0.049 0.073 0.126 0.148 0.165 0.149 0.122 0.083 0.032 0.027 0.005 0.002 0.002 135 N 0.089 0.113 0.190 0.159 0.127 0.120 0.076 0.044 0.045 0.016 0.016 0.004 0.001 0.001 136 G 0.252 0.166 0.228 0.120 0.079 0.057 0.045 0.019 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 137 L 0.078 0.119 0.122 0.189 0.183 0.140 0.075 0.048 0.028 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 138 L 0.053 0.049 0.044 0.088 0.136 0.159 0.166 0.156 0.073 0.042 0.022 0.008 0.003 0.001 139 K 0.157 0.150 0.170 0.158 0.131 0.094 0.057 0.041 0.024 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 140 N 0.217 0.125 0.121 0.142 0.123 0.093 0.065 0.047 0.031 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 141 K 0.176 0.130 0.125 0.188 0.150 0.100 0.057 0.040 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 142 T 0.190 0.117 0.144 0.158 0.160 0.100 0.058 0.035 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.277 0.178 0.161 0.129 0.104 0.062 0.045 0.021 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 144 K 0.589 0.167 0.099 0.061 0.035 0.022 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.454 0.234 0.144 0.066 0.038 0.035 0.017 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 L 0.102 0.085 0.085 0.150 0.193 0.180 0.092 0.063 0.028 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 147 E 0.375 0.187 0.198 0.098 0.060 0.037 0.022 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001