This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 60 NATAA V A 2 61 NATAA T A 3 62 NATAA T A 4 63 NATAA D A 5 64 NATAA Q A 6 65 NATAA N A 7 66 NATAA H A 8 67 NATAA F A 9 68 NATAA S A 10 69 NATAA G A 11 70 NATAA G A 12 71 NATAA T A 13 72 NATAA S A 14 73 NATAA I A 15 74 NATAA E A 16 75 NATAA Q A 17 76 NATAA L A 18 77 NATAA K A 19 78 NATAA Q A 20 79 NATAA W A 21 80 NATAA F A 22 81 NATAA G A 23 82 NATAA D A 24 83 NATRO P A 25 84 NATAA N A 26 85 NATAA K A 27 86 NATAA S A 28 87 NATAA E A 29 88 NATAA Q A 30 89 NATAA R A 31 90 NATAA N A 32 91 NATAA A A 33 92 NATAA G A 34 93 NATAA N A 35 94 NATAA I A 36 95 NATAA T A 37 96 NATAA L A 38 97 NATAA D A 39 98 NATAA S A 40 99 NATAA Y A 41 100 NATAA T A 42 101 NATAA W A 43 102 NATAA V A 44 103 NATAA K A 45 104 NATAA D A 46 105 NATAA G A 47 106 NATAA A A 48 107 NATAA V A 49 108 NATAA I A 50 109 NATAA N A 51 110 NATAA A A 52 111 NATAA Q A 53 112 NATAA L A 54 113 NATAA Y A 55 114 NATAA K A 56 115 NATAA N A 57 116 NATAA S A 58 117 NATAA T A 59 118 NATAA V A 60 119 NATAA A A 61 120 NATAA R A 62 121 NATAA S A 63 122 NATAA I A 64 123 NATAA S A 65 124 NATAA N A 66 125 NATAA F A 67 126 NATAA S A 68 127 NATAA F A 69 128 NATAA S A 70 129 NATAA R A 71 130 NATAA E A 72 131 NATAA A A 73 132 NATAA K A 74 133 NATAA I A 75 134 NATAA G A 76 135 NATAA K A 77 136 NATAA E A 78 137 NATAA D A 79 138 NATAA Y A 80 139 NATAA D A 81 140 NATAA E A 82 141 NATAA L A 83 142 NATAA K A 84 143 NATAA I A 85 144 NATAA G A 86 145 NATAA E A 87 146 NATAA S A 88 147 NATAA Y A 89 148 NATAA K A 90 149 NATAA K A 91 150 NATAA V A 92 151 NATAA V A 93 152 NATAA E A 94 153 NATAA K A 95 154 NATAA L A 96 155 NATAA G A 97 156 NATAA E A 98 157 NATRO P A 99 158 NATAA D A 100 159 NATAA V A 101 160 NATAA L A 102 161 NATAA S A 103 162 NATAA Q A 104 163 NATAA S A 105 164 NATAA M A 106 165 NATAA S A 107 166 NATAA S A 108 167 NATAA D A 109 168 NATAA K A 110 169 NATAA E A 111 170 NATAA E A 112 171 NATAA M A 113 172 NATAA Q A 114 173 NATAA T A 115 174 NATAA V A 116 175 NATAA W A 117 176 NATAA S A 118 177 NATAA S A 119 178 NATAA G A 120 179 NATAA I A 121 180 NATAA K A 122 181 NATAA T A 123 182 NATAA K A 124 183 NATAA S A 125 184 NATAA S A 126 185 NATAA S A 127 186 NATAA A A 128 187 NATAA T A 129 188 NATAA I A 130 189 NATAA E A 131 190 NATAA L A 132 191 NATAA Y A 133 192 NATAA F A 134 193 NATAA E A 135 194 NATAA N A 136 195 NATAA G A 137 196 NATAA L A 138 197 NATAA L A 139 198 NATAA K A 140 199 NATAA N A 141 200 NATAA K A 142 201 NATAA T A 143 202 NATAA Q A 144 203 NATAA K A 145 204 NATAA D A 146 205 NATAA L A 147 206 NATAA E