# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.051 0.003 0.008 0.017 0.022 0.105 0.004 0.001 0.045 0.716 2 S 0.155 0.043 0.008 0.008 0.021 0.023 0.088 0.005 0.002 0.236 0.411 3 M 0.064 0.051 0.003 0.011 0.008 0.013 0.111 0.003 0.001 0.077 0.659 4 K 0.047 0.050 0.003 0.008 0.008 0.014 0.101 0.002 0.001 0.102 0.665 5 K 0.014 0.089 0.002 0.026 0.012 0.036 0.122 0.001 0.001 0.076 0.622 6 T 0.008 0.277 0.001 0.021 0.010 0.033 0.067 0.001 0.001 0.098 0.483 7 K 0.005 0.585 0.001 0.045 0.033 0.038 0.030 0.001 0.001 0.097 0.166 8 N 0.002 0.781 0.001 0.019 0.011 0.033 0.006 0.001 0.001 0.116 0.031 9 W 0.001 0.886 0.001 0.008 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.078 0.012 10 L 0.001 0.819 0.001 0.015 0.007 0.010 0.002 0.001 0.001 0.138 0.006 11 L 0.001 0.162 0.001 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.817 0.003 12 V 0.002 0.797 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.183 0.005 13 F 0.001 0.481 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.501 0.005 14 L 0.002 0.858 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.121 0.006 15 T 0.006 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.074 0.009 16 V 0.014 0.898 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.045 0.014 17 T 0.025 0.790 0.010 0.001 0.002 0.004 0.014 0.003 0.002 0.114 0.036 18 F 0.031 0.771 0.011 0.003 0.002 0.005 0.020 0.005 0.002 0.057 0.094 19 C 0.069 0.554 0.016 0.013 0.007 0.016 0.050 0.010 0.004 0.147 0.114 20 F 0.073 0.183 0.028 0.034 0.027 0.063 0.093 0.012 0.011 0.205 0.270 21 L 0.069 0.069 0.013 0.077 0.059 0.116 0.088 0.008 0.004 0.141 0.357 22 M 0.058 0.025 0.008 0.088 0.109 0.129 0.092 0.006 0.002 0.092 0.391 23 L 0.028 0.008 0.004 0.068 0.114 0.124 0.116 0.003 0.001 0.084 0.450 24 G 0.043 0.012 0.002 0.056 0.059 0.070 0.111 0.003 0.001 0.057 0.584 25 C 0.065 0.020 0.002 0.028 0.044 0.035 0.112 0.005 0.001 0.043 0.646 26 Q 0.047 0.033 0.003 0.015 0.033 0.032 0.115 0.007 0.001 0.048 0.667 27 S 0.112 0.075 0.003 0.010 0.024 0.031 0.088 0.008 0.001 0.054 0.593 28 K 0.140 0.076 0.004 0.011 0.023 0.037 0.086 0.010 0.002 0.060 0.552 29 E 0.114 0.034 0.009 0.012 0.028 0.053 0.095 0.010 0.003 0.072 0.570 30 D 0.191 0.013 0.008 0.012 0.035 0.055 0.078 0.007 0.003 0.058 0.538 31 K 0.160 0.006 0.003 0.010 0.030 0.033 0.077 0.003 0.001 0.042 0.634 32 K 0.061 0.005 0.001 0.011 0.023 0.028 0.096 0.002 0.001 0.025 0.748 33 G 0.029 0.004 0.001 0.006 0.013 0.019 0.108 0.001 0.001 0.019 0.800 34 G 0.007 0.003 0.001 0.008 0.021 0.026 0.142 0.001 0.001 0.025 0.767 35 T 0.010 0.012 0.001 0.015 0.026 0.026 0.124 0.001 0.001 0.073 0.711 36 K 0.073 0.152 0.002 0.022 0.026 0.023 0.100 0.009 0.001 0.048 0.545 37 P 0.149 0.331 0.002 0.008 0.007 0.011 0.057 0.011 0.001 0.055 0.369 38 S 0.056 0.379 0.003 0.015 0.007 0.018 0.052 0.006 0.001 0.044 0.420 39 N 0.071 0.465 0.004 0.012 0.008 0.022 0.044 0.008 0.001 0.055 0.311 40 E 0.097 0.155 0.006 0.017 0.013 0.022 0.065 0.009 0.002 0.356 0.258 41 A 0.065 0.327 0.005 0.013 0.021 0.027 0.083 0.007 0.002 0.112 0.339 42 A 0.051 0.209 0.006 0.012 0.019 0.034 0.069 0.008 0.001 0.205 0.386 43 L 0.040 0.135 0.009 0.022 0.020 0.037 0.113 0.012 0.006 0.147 0.459 44 T 0.095 0.180 0.018 0.011 0.031 0.035 0.069 0.010 0.005 0.158 0.388 45 K 0.107 0.189 0.008 0.012 0.020 0.023 0.068 0.015 0.003 0.052 0.502 46 T 0.220 0.261 0.005 0.005 0.007 0.011 0.063 0.007 0.001 0.055 0.365 47 E 0.026 0.283 0.003 0.008 0.007 0.014 0.076 0.004 0.001 0.026 0.552 48 N 0.073 0.452 0.005 0.006 0.006 0.014 0.052 0.005 0.001 0.049 0.338 49 L 0.102 0.405 0.003 0.012 0.024 0.031 0.066 0.006 0.001 0.045 0.304 50 D 0.047 0.190 0.007 0.020 0.023 0.052 0.071 0.005 0.002 0.156 0.427 51 F 0.075 0.150 0.008 0.028 0.067 0.117 0.083 0.009 0.002 0.084 0.378 52 R 0.149 0.084 0.008 0.028 0.046 0.058 0.069 0.004 0.002 0.157 0.393 53 L 0.024 0.063 0.008 0.022 0.111 0.108 0.083 0.003 0.001 0.048 0.530 54 S 0.086 0.228 0.007 0.019 0.041 0.100 0.064 0.006 0.001 0.039 0.409 55 F 0.146 0.094 0.004 0.019 0.031 0.060 0.088 0.008 0.002 0.059 0.489 56 N 0.031 0.070 0.002 0.053 0.095 0.164 0.096 0.002 0.001 0.047 0.439 57 K 0.010 0.021 0.002 0.076 0.058 0.194 0.084 0.001 0.001 0.113 0.441 58 I 0.006 0.011 0.001 0.187 0.175 0.118 0.101 0.001 0.001 0.154 0.246 59 K 0.017 0.080 0.002 0.281 0.145 0.150 0.040 0.003 0.001 0.088 0.192 60 V 0.041 0.085 0.002 0.089 0.062 0.088 0.083 0.009 0.001 0.079 0.462 61 T 0.048 0.034 0.007 0.100 0.074 0.106 0.088 0.004 0.002 0.260 0.277 62 T 0.030 0.063 0.007 0.092 0.069 0.115 0.091 0.004 0.001 0.118 0.409 63 D 0.152 0.118 0.005 0.051 0.034 0.062 0.119 0.014 0.001 0.076 0.367 64 Q 0.129 0.034 0.006 0.031 0.026 0.049 0.154 0.009 0.003 0.121 0.439 65 N 0.035 0.030 0.007 0.092 0.043 0.102 0.119 0.003 0.002 0.091 0.476 66 H 0.035 0.013 0.005 0.085 0.040 0.089 0.116 0.004 0.001 0.079 0.533 67 F 0.088 0.008 0.003 0.092 0.075 0.062 0.162 0.004 0.001 0.078 0.428 68 S 0.044 0.017 0.002 0.061 0.037 0.048 0.116 0.003 0.001 0.108 0.565 69 G 0.019 0.032 0.001 0.047 0.011 0.022 0.147 0.002 0.001 0.052 0.665 70 G 0.018 0.058 0.001 0.036 0.028 0.027 0.166 0.002 0.001 0.098 0.565 71 T 0.005 0.228 0.001 0.062 0.019 0.033 0.101 0.004 0.001 0.161 0.387 72 S 0.012 0.927 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.016 0.032 73 I 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.027 0.008 74 E 0.002 0.717 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.253 0.016 75 Q 0.008 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.004 76 L 0.058 0.815 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 0.014 0.014 0.010 77 K 0.351 0.079 0.167 0.001 0.001 0.002 0.005 0.089 0.262 0.015 0.030 78 Q 0.514 0.021 0.018 0.002 0.004 0.007 0.025 0.006 0.007 0.017 0.379 79 W 0.075 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.061 0.002 0.001 0.014 0.831 80 F 0.006 0.003 0.004 0.014 0.010 0.009 0.312 0.001 0.001 0.030 0.610 81 G 0.009 0.006 0.001 0.008 0.002 0.004 0.093 0.002 0.001 0.007 0.867 82 D 0.413 0.012 0.001 0.016 0.008 0.006 0.088 0.009 0.001 0.046 0.401 83 P 0.031 0.017 0.001 0.026 0.008 0.010 0.147 0.003 0.001 0.048 0.709 84 N 0.050 0.046 0.002 0.038 0.008 0.024 0.104 0.004 0.001 0.043 0.681 85 K 0.106 0.059 0.002 0.048 0.011 0.025 0.121 0.006 0.001 0.066 0.554 86 S 0.054 0.045 0.004 0.041 0.019 0.032 0.118 0.004 0.001 0.115 0.567 87 E 0.088 0.074 0.003 0.047 0.037 0.078 0.097 0.007 0.001 0.055 0.513 88 Q 0.102 0.022 0.008 0.037 0.029 0.054 0.109 0.005 0.002 0.088 0.545 89 R 0.035 0.006 0.009 0.037 0.075 0.114 0.128 0.003 0.002 0.071 0.520 90 N 0.353 0.016 0.002 0.020 0.025 0.043 0.068 0.005 0.001 0.038 0.429 91 A 0.153 0.004 0.002 0.010 0.021 0.024 0.131 0.002 0.001 0.060 0.593 92 G 0.006 0.007 0.001 0.035 0.044 0.077 0.168 0.001 0.001 0.028 0.634 93 N 0.019 0.011 0.001 0.032 0.057 0.118 0.107 0.001 0.001 0.046 0.607 94 I 0.004 0.003 0.001 0.057 0.250 0.207 0.115 0.001 0.001 0.060 0.303 95 T 0.010 0.032 0.001 0.081 0.129 0.269 0.064 0.002 0.001 0.076 0.337 96 L 0.015 0.012 0.001 0.068 0.168 0.191 0.081 0.001 0.001 0.196 0.267 97 D 0.010 0.020 0.002 0.101 0.183 0.305 0.066 0.001 0.001 0.089 0.224 98 S 0.015 0.029 0.002 0.056 0.159 0.344 0.060 0.002 0.001 0.065 0.269 99 Y 0.038 0.013 0.003 0.067 0.127 0.262 0.079 0.005 0.001 0.071 0.333 100 T 0.045 0.007 0.005 0.053 0.182 0.293 0.063 0.002 0.001 0.082 0.266 101 W 0.034 0.003 0.006 0.031 0.073 0.130 0.071 0.002 0.001 0.054 0.594 102 V 0.347 0.003 0.004 0.014 0.067 0.052 0.074 0.002 0.001 0.059 0.376 103 K 0.197 0.002 0.002 0.010 0.022 0.025 0.095 0.003 0.001 0.056 0.588 104 D 0.014 0.001 0.001 0.018 0.030 0.049 0.127 0.001 0.001 0.037 0.721 105 G 0.007 0.001 0.001 0.026 0.063 0.090 0.130 0.001 0.001 0.061 0.621 106 A 0.001 0.001 0.001 0.064 0.384 0.352 0.047 0.001 0.001 0.036 0.114 107 V 0.001 0.003 0.001 0.127 0.183 0.427 0.031 0.001 0.001 0.049 0.179 108 I 0.001 0.001 0.001 0.076 0.450 0.361 0.020 0.001 0.001 0.014 0.078 109 N 0.002 0.006 0.001 0.205 0.258 0.426 0.011 0.001 0.001 0.029 0.063 110 A 0.004 0.004 0.001 0.135 0.361 0.334 0.021 0.001 0.001 0.057 0.081 111 Q 0.004 0.004 0.004 0.220 0.241 0.325 0.032 0.001 0.001 0.075 0.093 112 L 0.084 0.009 0.006 0.107 0.130 0.220 0.072 0.004 0.001 0.125 0.242 113 Y 0.389 0.007 0.002 0.057 0.034 0.054 0.073 0.006 0.001 0.163 0.216 114 K 0.009 0.021 0.001 0.027 0.017 0.038 0.133 0.001 0.001 0.069 0.683 115 N 0.009 0.109 0.002 0.018 0.040 0.052 0.075 0.002 0.001 0.058 0.635 116 S 0.018 0.310 0.001 0.027 0.155 0.107 0.047 0.004 0.001 0.169 0.162 117 T 0.003 0.206 0.001 0.026 0.051 0.086 0.023 0.001 0.001 0.500 0.101 118 V 0.011 0.511 0.002 0.019 0.076 0.112 0.022 0.004 0.001 0.137 0.104 119 A 0.036 0.178 0.004 0.021 0.068 0.068 0.024 0.002 0.001 0.520 0.078 120 R 0.013 0.065 0.014 0.021 0.053 0.092 0.045 0.002 0.003 0.555 0.136 121 S 0.097 0.282 0.013 0.023 0.031 0.069 0.084 0.010 0.002 0.179 0.210 122 I 0.202 0.110 0.016 0.025 0.016 0.026 0.088 0.023 0.005 0.179 0.310 123 S 0.035 0.077 0.004 0.026 0.034 0.065 0.139 0.003 0.001 0.085 0.531 124 N 0.015 0.077 0.004 0.022 0.016 0.044 0.091 0.002 0.001 0.090 0.638 125 F 0.017 0.089 0.003 0.060 0.088 0.062 0.174 0.003 0.001 0.085 0.418 126 S 0.061 0.307 0.003 0.029 0.035 0.066 0.072 0.007 0.001 0.072 0.348 127 F 0.051 0.176 0.005 0.032 0.024 0.037 0.089 0.006 0.002 0.067 0.511 128 S 0.099 0.111 0.019 0.052 0.037 0.079 0.086 0.010 0.004 0.130 0.372 129 R 0.326 0.132 0.004 0.043 0.025 0.038 0.060 0.014 0.002 0.033 0.324 130 E 0.169 0.050 0.008 0.016 0.015 0.022 0.077 0.008 0.002 0.069 0.565 131 A 0.024 0.033 0.002 0.024 0.043 0.075 0.117 0.002 0.001 0.026 0.653 132 K 0.052 0.058 0.002 0.038 0.017 0.040 0.087 0.003 0.001 0.056 0.645 133 I 0.007 0.033 0.003 0.029 0.057 0.035 0.136 0.002 0.001 0.048 0.649 134 G 0.111 0.540 0.002 0.012 0.015 0.021 0.031 0.017 0.001 0.023 0.227 135 K 0.284 0.365 0.002 0.006 0.005 0.005 0.026 0.008 0.001 0.089 0.208 136 E 0.012 0.527 0.007 0.015 0.007 0.011 0.067 0.005 0.001 0.038 0.310 137 D 0.047 0.766 0.004 0.004 0.004 0.016 0.018 0.010 0.001 0.035 0.095 138 Y 0.314 0.533 0.003 0.005 0.002 0.003 0.016 0.018 0.003 0.030 0.073 139 D 0.061 0.529 0.013 0.006 0.015 0.025 0.042 0.007 0.003 0.040 0.259 140 E 0.088 0.142 0.050 0.020 0.016 0.084 0.057 0.030 0.018 0.124 0.371 141 L 0.476 0.047 0.009 0.021 0.022 0.020 0.073 0.010 0.006 0.049 0.267 142 K 0.113 0.035 0.006 0.014 0.030 0.024 0.068 0.005 0.002 0.047 0.658 143 I 0.017 0.041 0.002 0.010 0.009 0.017 0.100 0.003 0.001 0.040 0.760 144 G 0.078 0.133 0.003 0.015 0.012 0.011 0.114 0.003 0.001 0.060 0.570 145 E 0.013 0.113 0.001 0.013 0.025 0.028 0.120 0.004 0.001 0.051 0.631 146 S 0.023 0.603 0.001 0.012 0.005 0.012 0.032 0.007 0.001 0.059 0.247 147 Y 0.019 0.836 0.001 0.002 0.003 0.003 0.011 0.006 0.001 0.033 0.086 148 K 0.005 0.738 0.003 0.003 0.011 0.011 0.013 0.001 0.001 0.152 0.063 149 K 0.011 0.929 0.002 0.002 0.002 0.007 0.004 0.003 0.001 0.016 0.025 150 V 0.126 0.708 0.012 0.005 0.005 0.009 0.012 0.030 0.009 0.033 0.052 151 V 0.339 0.086 0.205 0.009 0.009 0.020 0.016 0.064 0.106 0.045 0.102 152 E 0.501 0.014 0.008 0.005 0.017 0.031 0.034 0.004 0.003 0.028 0.356 153 K 0.158 0.004 0.002 0.007 0.003 0.005 0.058 0.002 0.001 0.014 0.746 154 L 0.004 0.002 0.002 0.010 0.015 0.015 0.228 0.001 0.001 0.016 0.709 155 G 0.012 0.009 0.001 0.015 0.005 0.009 0.092 0.002 0.001 0.010 0.844 156 E 0.341 0.037 0.001 0.010 0.012 0.008 0.074 0.009 0.001 0.021 0.486 157 P 0.078 0.036 0.001 0.021 0.012 0.016 0.139 0.005 0.001 0.104 0.586 158 D 0.021 0.042 0.002 0.066 0.017 0.052 0.128 0.002 0.001 0.087 0.583 159 V 0.051 0.056 0.002 0.149 0.018 0.045 0.115 0.004 0.001 0.146 0.412 160 L 0.042 0.053 0.004 0.094 0.048 0.066 0.113 0.008 0.002 0.108 0.463 161 S 0.073 0.068 0.004 0.038 0.060 0.105 0.083 0.005 0.001 0.160 0.403 162 Q 0.039 0.032 0.004 0.049 0.049 0.095 0.106 0.005 0.002 0.135 0.485 163 S 0.039 0.024 0.006 0.046 0.073 0.118 0.133 0.004 0.002 0.127 0.427 164 M 0.075 0.017 0.004 0.024 0.054 0.088 0.114 0.005 0.002 0.064 0.552 165 S 0.104 0.013 0.004 0.019 0.032 0.049 0.119 0.002 0.001 0.071 0.586 166 S 0.059 0.020 0.003 0.010 0.012 0.019 0.111 0.002 0.001 0.042 0.722 167 D 0.173 0.068 0.002 0.008 0.014 0.018 0.096 0.004 0.001 0.047 0.570 168 K 0.098 0.065 0.002 0.007 0.018 0.024 0.122 0.004 0.001 0.089 0.571 169 E 0.015 0.032 0.003 0.019 0.049 0.100 0.108 0.001 0.001 0.329 0.342 170 E 0.007 0.082 0.002 0.051 0.081 0.190 0.076 0.002 0.001 0.265 0.242 171 M 0.006 0.116 0.001 0.043 0.212 0.298 0.042 0.002 0.001 0.115 0.165 172 Q 0.004 0.062 0.001 0.033 0.171 0.427 0.024 0.001 0.001 0.144 0.132 173 T 0.003 0.017 0.001 0.087 0.179 0.344 0.024 0.001 0.001 0.276 0.068 174 V 0.002 0.010 0.008 0.148 0.295 0.312 0.020 0.001 0.001 0.152 0.052 175 W 0.085 0.038 0.004 0.163 0.269 0.193 0.044 0.005 0.001 0.075 0.124 176 S 0.173 0.026 0.003 0.058 0.087 0.128 0.076 0.005 0.001 0.110 0.332 177 S 0.015 0.010 0.002 0.061 0.040 0.109 0.143 0.001 0.001 0.093 0.524 178 G 0.029 0.011 0.005 0.080 0.057 0.113 0.139 0.003 0.001 0.078 0.483 179 I 0.039 0.004 0.002 0.022 0.124 0.100 0.154 0.002 0.001 0.044 0.510 180 K 0.067 0.006 0.002 0.029 0.067 0.096 0.107 0.003 0.001 0.089 0.533 181 T 0.077 0.004 0.002 0.017 0.021 0.041 0.119 0.002 0.001 0.073 0.643 182 K 0.075 0.004 0.002 0.023 0.025 0.038 0.150 0.002 0.001 0.051 0.629 183 S 0.097 0.003 0.004 0.014 0.025 0.037 0.126 0.003 0.001 0.068 0.623 184 S 0.039 0.003 0.002 0.042 0.068 0.089 0.144 0.002 0.001 0.075 0.536 185 S 0.016 0.002 0.002 0.040 0.040 0.087 0.146 0.001 0.001 0.081 0.584 186 A 0.002 0.001 0.001 0.114 0.231 0.366 0.079 0.001 0.001 0.044 0.162 187 T 0.001 0.001 0.001 0.151 0.141 0.382 0.064 0.001 0.001 0.030 0.230 188 I 0.001 0.001 0.001 0.071 0.418 0.413 0.025 0.001 0.001 0.009 0.064 189 E 0.001 0.001 0.001 0.174 0.304 0.410 0.014 0.001 0.001 0.021 0.074 190 L 0.001 0.001 0.001 0.060 0.449 0.396 0.018 0.001 0.001 0.018 0.058 191 Y 0.003 0.001 0.002 0.130 0.270 0.400 0.031 0.001 0.001 0.033 0.130 192 F 0.096 0.001 0.001 0.099 0.166 0.216 0.057 0.002 0.001 0.077 0.284 193 E 0.254 0.004 0.001 0.052 0.028 0.043 0.070 0.004 0.001 0.035 0.510 194 N 0.008 0.003 0.001 0.011 0.021 0.022 0.073 0.001 0.001 0.017 0.844 195 G 0.010 0.005 0.002 0.025 0.134 0.076 0.059 0.001 0.001 0.061 0.628 196 L 0.017 0.017 0.001 0.034 0.312 0.285 0.057 0.003 0.001 0.059 0.215 197 L 0.008 0.007 0.001 0.017 0.137 0.162 0.057 0.002 0.001 0.180 0.428 198 K 0.010 0.007 0.001 0.016 0.301 0.306 0.038 0.001 0.001 0.053 0.266 199 N 0.127 0.042 0.002 0.012 0.104 0.147 0.042 0.003 0.001 0.063 0.458 200 K 0.059 0.013 0.007 0.010 0.081 0.078 0.090 0.009 0.004 0.072 0.576 201 T 0.214 0.026 0.007 0.011 0.055 0.074 0.081 0.006 0.002 0.031 0.493 202 Q 0.111 0.009 0.002 0.008 0.021 0.029 0.060 0.002 0.001 0.021 0.737 203 K 0.015 0.003 0.001 0.008 0.037 0.042 0.118 0.001 0.001 0.021 0.753 204 D 0.027 0.007 0.001 0.017 0.041 0.094 0.111 0.001 0.001 0.030 0.669 205 L 0.016 0.002 0.001 0.008 0.027 0.035 0.115 0.001 0.001 0.017 0.779 206 E 0.015 0.005 0.001 0.025 0.084 0.115 0.112 0.001 0.001 0.023 0.620