# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.025 0.007 0.010 0.019 0.118 0.024 0.770 2 S 0.250 0.056 0.009 0.020 0.016 0.065 0.272 0.312 3 M 0.087 0.055 0.009 0.006 0.014 0.113 0.106 0.611 4 K 0.053 0.043 0.019 0.014 0.017 0.119 0.124 0.611 5 K 0.012 0.157 0.071 0.022 0.049 0.090 0.121 0.478 6 T 0.007 0.318 0.072 0.036 0.057 0.059 0.091 0.359 7 K 0.004 0.553 0.091 0.051 0.048 0.027 0.089 0.137 8 N 0.002 0.606 0.085 0.032 0.088 0.010 0.119 0.058 9 W 0.001 0.857 0.037 0.014 0.027 0.003 0.032 0.029 10 L 0.001 0.926 0.011 0.010 0.017 0.001 0.024 0.010 11 L 0.001 0.567 0.026 0.009 0.009 0.002 0.373 0.013 12 V 0.001 0.928 0.002 0.003 0.004 0.001 0.058 0.004 13 F 0.002 0.685 0.007 0.006 0.004 0.002 0.288 0.008 14 L 0.001 0.926 0.003 0.002 0.002 0.001 0.064 0.003 15 T 0.001 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 16 V 0.001 0.986 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 17 T 0.003 0.949 0.004 0.004 0.008 0.002 0.021 0.010 18 F 0.004 0.934 0.008 0.004 0.007 0.003 0.016 0.025 19 C 0.007 0.913 0.010 0.009 0.020 0.004 0.012 0.025 20 F 0.049 0.267 0.111 0.039 0.039 0.034 0.310 0.150 21 L 0.109 0.175 0.084 0.092 0.111 0.047 0.159 0.223 22 M 0.133 0.040 0.057 0.051 0.070 0.082 0.113 0.453 23 L 0.069 0.015 0.044 0.058 0.067 0.134 0.056 0.557 24 G 0.042 0.013 0.017 0.018 0.043 0.094 0.048 0.725 25 C 0.127 0.032 0.010 0.025 0.025 0.122 0.059 0.600 26 Q 0.042 0.042 0.015 0.026 0.042 0.112 0.034 0.688 27 S 0.168 0.160 0.008 0.013 0.020 0.067 0.074 0.490 28 K 0.253 0.171 0.015 0.017 0.023 0.078 0.060 0.383 29 E 0.103 0.085 0.021 0.031 0.040 0.074 0.060 0.586 30 D 0.181 0.038 0.017 0.020 0.035 0.075 0.064 0.570 31 K 0.283 0.013 0.014 0.023 0.022 0.070 0.060 0.515 32 K 0.056 0.004 0.006 0.012 0.020 0.084 0.022 0.796 33 G 0.035 0.003 0.004 0.008 0.011 0.101 0.014 0.823 34 G 0.017 0.006 0.010 0.013 0.019 0.114 0.023 0.798 35 T 0.017 0.015 0.010 0.012 0.016 0.116 0.063 0.752 36 K 0.083 0.309 0.009 0.008 0.010 0.075 0.065 0.441 37 P 0.142 0.629 0.004 0.002 0.003 0.028 0.037 0.155 38 S 0.036 0.740 0.009 0.004 0.006 0.025 0.027 0.155 39 N 0.048 0.769 0.004 0.004 0.008 0.020 0.026 0.120 40 E 0.115 0.294 0.024 0.010 0.012 0.036 0.379 0.130 41 A 0.123 0.366 0.011 0.010 0.013 0.065 0.152 0.260 42 A 0.070 0.190 0.022 0.016 0.017 0.072 0.215 0.398 43 L 0.046 0.188 0.042 0.011 0.019 0.092 0.139 0.463 44 T 0.224 0.181 0.026 0.013 0.012 0.073 0.187 0.284 45 K 0.117 0.164 0.024 0.009 0.014 0.062 0.068 0.542 46 T 0.042 0.239 0.010 0.007 0.010 0.081 0.027 0.584 47 E 0.028 0.395 0.013 0.008 0.015 0.066 0.032 0.443 48 N 0.047 0.661 0.010 0.008 0.012 0.030 0.051 0.180 49 L 0.047 0.656 0.006 0.017 0.029 0.029 0.032 0.184 50 D 0.071 0.173 0.056 0.033 0.055 0.064 0.259 0.290 51 F 0.091 0.091 0.060 0.054 0.077 0.073 0.257 0.297 52 R 0.123 0.029 0.038 0.046 0.065 0.087 0.111 0.501 53 L 0.025 0.011 0.033 0.048 0.057 0.093 0.028 0.705 54 S 0.132 0.027 0.015 0.018 0.040 0.090 0.079 0.599 55 F 0.082 0.012 0.014 0.019 0.022 0.124 0.044 0.683 56 N 0.012 0.022 0.050 0.086 0.118 0.110 0.039 0.563 57 K 0.012 0.013 0.068 0.036 0.138 0.088 0.100 0.545 58 I 0.012 0.010 0.123 0.203 0.107 0.093 0.113 0.339 59 K 0.009 0.018 0.250 0.144 0.248 0.044 0.062 0.225 60 V 0.010 0.021 0.098 0.145 0.193 0.060 0.067 0.406 61 T 0.022 0.019 0.193 0.119 0.170 0.061 0.122 0.294 62 T 0.125 0.050 0.081 0.058 0.057 0.072 0.212 0.345 63 D 0.147 0.035 0.062 0.044 0.066 0.088 0.093 0.465 64 Q 0.088 0.010 0.041 0.027 0.043 0.099 0.069 0.623 65 N 0.038 0.007 0.076 0.052 0.108 0.116 0.068 0.535 66 H 0.031 0.005 0.051 0.049 0.068 0.097 0.046 0.653 67 F 0.075 0.007 0.057 0.083 0.053 0.142 0.042 0.542 68 S 0.064 0.010 0.060 0.033 0.075 0.116 0.088 0.555 69 G 0.025 0.015 0.032 0.025 0.047 0.110 0.033 0.713 70 G 0.022 0.039 0.060 0.056 0.066 0.145 0.057 0.555 71 T 0.004 0.131 0.036 0.037 0.033 0.119 0.081 0.559 72 S 0.015 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.020 73 I 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 74 E 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.018 75 Q 0.010 0.887 0.004 0.001 0.001 0.003 0.081 0.013 76 L 0.067 0.785 0.018 0.002 0.002 0.006 0.099 0.021 77 K 0.208 0.200 0.083 0.009 0.007 0.045 0.273 0.175 78 Q 0.290 0.078 0.014 0.003 0.005 0.060 0.023 0.526 79 W 0.084 0.031 0.017 0.005 0.006 0.086 0.054 0.716 80 F 0.007 0.007 0.009 0.003 0.004 0.256 0.020 0.695 81 G 0.030 0.023 0.009 0.003 0.007 0.081 0.023 0.825 82 D 0.405 0.050 0.008 0.006 0.006 0.057 0.105 0.363 83 P 0.081 0.023 0.023 0.004 0.008 0.116 0.036 0.709 84 N 0.146 0.055 0.017 0.008 0.014 0.094 0.053 0.614 85 K 0.105 0.045 0.028 0.008 0.018 0.124 0.051 0.621 86 S 0.086 0.036 0.023 0.025 0.033 0.120 0.091 0.586 87 E 0.056 0.052 0.022 0.049 0.082 0.098 0.062 0.580 88 Q 0.064 0.022 0.045 0.041 0.060 0.121 0.083 0.565 89 R 0.053 0.005 0.062 0.082 0.083 0.101 0.057 0.558 90 N 0.445 0.006 0.011 0.015 0.023 0.056 0.070 0.374 91 A 0.132 0.002 0.008 0.006 0.009 0.104 0.043 0.696 92 G 0.005 0.002 0.027 0.018 0.038 0.145 0.014 0.750 93 N 0.012 0.002 0.039 0.024 0.064 0.107 0.043 0.709 94 I 0.004 0.003 0.113 0.370 0.103 0.081 0.045 0.283 95 T 0.010 0.011 0.241 0.082 0.198 0.060 0.070 0.329 96 L 0.018 0.007 0.115 0.184 0.158 0.070 0.111 0.338 97 D 0.013 0.011 0.256 0.147 0.323 0.040 0.053 0.158 98 S 0.016 0.013 0.091 0.170 0.259 0.059 0.046 0.346 99 Y 0.017 0.010 0.127 0.176 0.249 0.066 0.060 0.294 100 T 0.028 0.005 0.089 0.149 0.209 0.091 0.070 0.360 101 W 0.028 0.001 0.045 0.095 0.188 0.080 0.042 0.522 102 V 0.276 0.002 0.013 0.038 0.045 0.085 0.068 0.473 103 K 0.148 0.002 0.010 0.008 0.014 0.126 0.045 0.646 104 D 0.022 0.003 0.015 0.010 0.025 0.143 0.034 0.748 105 G 0.004 0.002 0.049 0.046 0.098 0.162 0.047 0.593 106 A 0.001 0.002 0.153 0.275 0.292 0.050 0.063 0.164 107 V 0.001 0.003 0.178 0.182 0.394 0.029 0.075 0.138 108 I 0.001 0.001 0.117 0.415 0.362 0.010 0.049 0.044 109 N 0.001 0.002 0.119 0.284 0.502 0.009 0.029 0.054 110 A 0.002 0.001 0.173 0.346 0.368 0.018 0.020 0.072 111 Q 0.002 0.001 0.289 0.314 0.246 0.025 0.040 0.084 112 L 0.100 0.001 0.102 0.105 0.229 0.072 0.067 0.325 113 Y 0.647 0.002 0.018 0.020 0.015 0.047 0.077 0.173 114 K 0.011 0.005 0.008 0.006 0.017 0.108 0.018 0.825 115 N 0.024 0.015 0.013 0.015 0.049 0.126 0.046 0.711 116 S 0.005 0.015 0.024 0.368 0.354 0.052 0.045 0.139 117 T 0.008 0.034 0.091 0.154 0.304 0.036 0.170 0.204 118 V 0.008 0.061 0.035 0.298 0.348 0.026 0.104 0.120 119 A 0.036 0.062 0.108 0.194 0.221 0.035 0.186 0.156 120 R 0.021 0.020 0.105 0.183 0.231 0.037 0.249 0.154 121 S 0.083 0.054 0.051 0.157 0.213 0.065 0.107 0.270 122 I 0.169 0.026 0.048 0.061 0.062 0.094 0.148 0.392 123 S 0.038 0.031 0.037 0.061 0.085 0.136 0.076 0.535 124 N 0.022 0.044 0.024 0.024 0.062 0.106 0.075 0.643 125 F 0.021 0.082 0.051 0.083 0.068 0.123 0.091 0.480 126 S 0.067 0.381 0.044 0.037 0.048 0.068 0.068 0.286 127 F 0.102 0.401 0.021 0.018 0.031 0.048 0.029 0.351 128 S 0.117 0.258 0.059 0.024 0.035 0.066 0.079 0.362 129 R 0.175 0.234 0.026 0.013 0.027 0.080 0.077 0.367 130 E 0.202 0.078 0.020 0.012 0.021 0.078 0.182 0.408 131 A 0.055 0.102 0.019 0.028 0.031 0.115 0.051 0.600 132 K 0.022 0.107 0.015 0.018 0.041 0.101 0.039 0.656 133 I 0.010 0.080 0.033 0.045 0.045 0.123 0.092 0.571 134 G 0.135 0.435 0.020 0.014 0.022 0.045 0.140 0.189 135 K 0.276 0.292 0.012 0.007 0.007 0.037 0.134 0.234 136 E 0.038 0.294 0.032 0.011 0.015 0.080 0.032 0.498 137 D 0.061 0.434 0.011 0.004 0.009 0.048 0.043 0.391 138 Y 0.171 0.489 0.010 0.005 0.005 0.035 0.092 0.193 139 D 0.068 0.491 0.011 0.016 0.015 0.057 0.065 0.277 140 E 0.084 0.156 0.056 0.013 0.026 0.073 0.155 0.435 141 L 0.336 0.095 0.048 0.016 0.018 0.073 0.111 0.304 142 K 0.153 0.036 0.044 0.018 0.024 0.099 0.138 0.488 143 I 0.015 0.053 0.011 0.003 0.008 0.088 0.026 0.796 144 G 0.121 0.223 0.020 0.006 0.009 0.081 0.075 0.465 145 E 0.023 0.466 0.019 0.025 0.017 0.073 0.059 0.318 146 S 0.012 0.822 0.003 0.001 0.003 0.015 0.040 0.104 147 Y 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 148 K 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 149 K 0.004 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.011 150 V 0.027 0.904 0.008 0.001 0.002 0.004 0.036 0.017 151 V 0.213 0.183 0.123 0.006 0.005 0.021 0.369 0.079 152 E 0.355 0.090 0.014 0.004 0.006 0.052 0.023 0.457 153 K 0.050 0.020 0.009 0.002 0.003 0.060 0.019 0.837 154 L 0.009 0.012 0.016 0.003 0.003 0.203 0.021 0.733 155 G 0.038 0.042 0.016 0.005 0.007 0.118 0.037 0.738 156 E 0.238 0.098 0.014 0.006 0.007 0.070 0.068 0.499 157 P 0.100 0.045 0.045 0.006 0.012 0.125 0.073 0.594 158 D 0.101 0.088 0.065 0.014 0.029 0.133 0.094 0.475 159 V 0.058 0.064 0.114 0.018 0.036 0.141 0.113 0.455 160 L 0.068 0.078 0.069 0.033 0.051 0.126 0.109 0.465 161 S 0.167 0.117 0.035 0.033 0.054 0.095 0.159 0.339 162 Q 0.099 0.050 0.049 0.032 0.060 0.125 0.168 0.418 163 S 0.074 0.028 0.053 0.052 0.083 0.137 0.128 0.445 164 M 0.088 0.018 0.034 0.044 0.075 0.112 0.061 0.568 165 S 0.068 0.018 0.016 0.030 0.046 0.121 0.046 0.654 166 S 0.027 0.027 0.009 0.014 0.020 0.141 0.048 0.714 167 D 0.111 0.224 0.007 0.015 0.019 0.095 0.130 0.399 168 K 0.094 0.238 0.008 0.022 0.037 0.116 0.091 0.394 169 E 0.017 0.065 0.033 0.094 0.208 0.072 0.280 0.230 170 E 0.008 0.088 0.030 0.096 0.430 0.044 0.128 0.177 171 M 0.007 0.073 0.033 0.262 0.461 0.022 0.045 0.096 172 Q 0.003 0.017 0.024 0.402 0.461 0.007 0.054 0.033 173 T 0.003 0.007 0.029 0.307 0.483 0.011 0.106 0.054 174 V 0.004 0.001 0.058 0.541 0.276 0.012 0.066 0.042 175 W 0.032 0.002 0.034 0.307 0.460 0.021 0.026 0.120 176 S 0.385 0.002 0.010 0.086 0.097 0.043 0.048 0.328 177 S 0.007 0.001 0.020 0.088 0.209 0.077 0.014 0.584 178 G 0.009 0.001 0.015 0.048 0.144 0.069 0.034 0.680 179 I 0.024 0.001 0.014 0.324 0.089 0.096 0.029 0.424 180 K 0.033 0.001 0.038 0.061 0.089 0.068 0.031 0.680 181 T 0.057 0.001 0.009 0.051 0.105 0.070 0.051 0.657 182 K 0.052 0.001 0.014 0.025 0.045 0.083 0.019 0.762 183 S 0.041 0.001 0.010 0.023 0.022 0.078 0.033 0.793 184 S 0.017 0.002 0.027 0.025 0.049 0.130 0.043 0.707 185 S 0.016 0.001 0.023 0.026 0.041 0.148 0.019 0.726 186 A 0.001 0.001 0.056 0.312 0.432 0.035 0.016 0.147 187 T 0.001 0.001 0.060 0.132 0.492 0.037 0.065 0.210 188 I 0.001 0.001 0.021 0.491 0.440 0.008 0.010 0.029 189 E 0.001 0.001 0.044 0.307 0.597 0.005 0.012 0.033 190 L 0.001 0.001 0.036 0.564 0.360 0.006 0.012 0.022 191 Y 0.001 0.001 0.082 0.386 0.447 0.010 0.020 0.054 192 F 0.148 0.001 0.049 0.204 0.234 0.046 0.083 0.234 193 E 0.714 0.004 0.007 0.029 0.016 0.024 0.067 0.137 194 N 0.028 0.003 0.004 0.006 0.038 0.058 0.022 0.843 195 G 0.037 0.003 0.011 0.087 0.219 0.062 0.044 0.536 196 L 0.003 0.002 0.009 0.408 0.437 0.018 0.012 0.111 197 L 0.025 0.006 0.010 0.268 0.121 0.055 0.089 0.426 198 K 0.005 0.007 0.011 0.342 0.487 0.017 0.019 0.111 199 N 0.035 0.052 0.007 0.117 0.231 0.046 0.048 0.464 200 K 0.032 0.012 0.020 0.336 0.238 0.045 0.052 0.265 201 T 0.063 0.025 0.021 0.185 0.224 0.048 0.048 0.385 202 Q 0.151 0.008 0.013 0.039 0.052 0.077 0.058 0.603 203 K 0.026 0.007 0.019 0.059 0.050 0.114 0.025 0.700 204 D 0.033 0.009 0.010 0.011 0.036 0.085 0.038 0.778 205 L 0.048 0.007 0.025 0.054 0.041 0.127 0.052 0.645 206 E 0.018 0.008 0.074 0.079 0.127 0.099 0.050 0.545