# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.571 0.121 0.049 0.068 0.052 0.033 0.048 0.028 0.016 0.009 0.005 2 S 0.253 0.182 0.093 0.154 0.101 0.067 0.072 0.036 0.023 0.013 0.007 3 M 0.175 0.178 0.117 0.172 0.119 0.075 0.075 0.043 0.025 0.014 0.007 4 K 0.172 0.127 0.111 0.189 0.128 0.084 0.085 0.054 0.028 0.016 0.007 5 K 0.041 0.062 0.111 0.163 0.131 0.130 0.150 0.096 0.060 0.039 0.015 6 T 0.018 0.066 0.151 0.185 0.145 0.144 0.127 0.075 0.046 0.032 0.013 7 K 0.017 0.031 0.078 0.108 0.123 0.155 0.199 0.127 0.084 0.054 0.024 8 N 0.030 0.037 0.087 0.091 0.088 0.109 0.197 0.127 0.112 0.083 0.040 9 W 0.003 0.006 0.025 0.035 0.054 0.093 0.188 0.151 0.192 0.153 0.099 10 L 0.004 0.009 0.043 0.046 0.065 0.095 0.202 0.150 0.176 0.132 0.077 11 L 0.001 0.002 0.017 0.019 0.038 0.054 0.163 0.168 0.213 0.174 0.151 12 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.012 0.039 0.073 0.196 0.287 0.378 13 F 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.028 0.089 0.127 0.232 0.257 0.236 14 L 0.001 0.001 0.009 0.008 0.022 0.027 0.090 0.167 0.224 0.249 0.202 15 T 0.001 0.001 0.009 0.007 0.016 0.023 0.079 0.144 0.230 0.275 0.218 16 V 0.001 0.001 0.011 0.010 0.021 0.036 0.121 0.160 0.235 0.235 0.171 17 T 0.001 0.001 0.012 0.009 0.021 0.026 0.089 0.163 0.225 0.242 0.213 18 F 0.001 0.002 0.014 0.011 0.025 0.032 0.100 0.173 0.216 0.248 0.180 19 C 0.001 0.002 0.013 0.012 0.024 0.030 0.093 0.166 0.216 0.245 0.198 20 F 0.001 0.003 0.016 0.018 0.039 0.047 0.118 0.201 0.200 0.198 0.158 21 L 0.003 0.006 0.024 0.030 0.055 0.056 0.147 0.204 0.183 0.166 0.126 22 M 0.002 0.004 0.019 0.020 0.036 0.040 0.092 0.137 0.196 0.225 0.227 23 L 0.010 0.010 0.026 0.040 0.073 0.107 0.209 0.160 0.167 0.120 0.077 24 G 0.053 0.100 0.128 0.182 0.144 0.105 0.138 0.063 0.047 0.025 0.015 25 C 0.029 0.028 0.033 0.057 0.077 0.112 0.216 0.137 0.133 0.097 0.081 26 Q 0.316 0.266 0.093 0.144 0.070 0.037 0.038 0.017 0.010 0.006 0.003 27 S 0.234 0.215 0.077 0.155 0.093 0.077 0.075 0.035 0.021 0.013 0.007 28 K 0.393 0.203 0.062 0.124 0.079 0.050 0.042 0.023 0.012 0.008 0.004 29 E 0.334 0.196 0.066 0.146 0.083 0.057 0.055 0.032 0.016 0.011 0.004 30 D 0.069 0.084 0.050 0.103 0.094 0.156 0.164 0.101 0.085 0.066 0.027 31 K 0.100 0.146 0.090 0.168 0.132 0.119 0.116 0.064 0.035 0.022 0.008 32 K 0.197 0.167 0.123 0.188 0.110 0.085 0.068 0.035 0.016 0.009 0.003 33 G 0.238 0.151 0.077 0.130 0.094 0.086 0.099 0.058 0.034 0.022 0.010 34 G 0.173 0.107 0.046 0.125 0.111 0.103 0.133 0.091 0.057 0.037 0.016 35 T 0.171 0.238 0.104 0.157 0.102 0.080 0.072 0.038 0.020 0.013 0.005 36 K 0.151 0.186 0.109 0.179 0.134 0.093 0.078 0.039 0.017 0.009 0.004 37 P 0.463 0.193 0.068 0.104 0.061 0.038 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 38 S 0.233 0.121 0.074 0.149 0.116 0.094 0.104 0.057 0.029 0.016 0.006 39 N 0.140 0.165 0.115 0.160 0.113 0.100 0.104 0.054 0.027 0.017 0.006 40 E 0.070 0.141 0.152 0.217 0.152 0.106 0.090 0.043 0.018 0.009 0.003 41 A 0.183 0.123 0.187 0.168 0.113 0.077 0.082 0.043 0.015 0.007 0.003 42 A 0.129 0.122 0.239 0.226 0.122 0.064 0.056 0.027 0.009 0.005 0.001 43 L 0.057 0.053 0.122 0.124 0.122 0.138 0.172 0.105 0.057 0.037 0.013 44 T 0.058 0.142 0.211 0.164 0.122 0.093 0.102 0.057 0.028 0.017 0.006 45 K 0.064 0.145 0.259 0.194 0.128 0.078 0.075 0.035 0.013 0.007 0.002 46 T 0.366 0.170 0.214 0.121 0.057 0.028 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 47 E 0.285 0.164 0.147 0.174 0.095 0.052 0.049 0.023 0.007 0.003 0.001 48 N 0.149 0.139 0.134 0.125 0.101 0.091 0.120 0.073 0.037 0.022 0.009 49 L 0.058 0.061 0.135 0.144 0.149 0.146 0.177 0.076 0.033 0.015 0.006 50 D 0.159 0.162 0.381 0.176 0.067 0.024 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 51 F 0.021 0.027 0.089 0.084 0.096 0.157 0.258 0.131 0.076 0.047 0.014 52 R 0.072 0.089 0.220 0.225 0.149 0.086 0.081 0.046 0.018 0.010 0.003 53 L 0.056 0.054 0.230 0.140 0.118 0.131 0.140 0.075 0.031 0.019 0.006 54 S 0.018 0.162 0.329 0.213 0.122 0.065 0.054 0.024 0.008 0.004 0.001 55 F 0.041 0.013 0.030 0.044 0.081 0.112 0.230 0.188 0.118 0.092 0.051 56 N 0.219 0.199 0.360 0.140 0.046 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 57 K 0.018 0.033 0.117 0.228 0.214 0.139 0.143 0.065 0.026 0.011 0.005 58 I 0.005 0.002 0.006 0.004 0.008 0.023 0.075 0.099 0.204 0.308 0.265 59 K 0.010 0.121 0.254 0.357 0.176 0.053 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 60 V 0.004 0.002 0.016 0.008 0.020 0.027 0.079 0.141 0.174 0.222 0.307 61 T 0.040 0.075 0.089 0.207 0.200 0.125 0.125 0.068 0.039 0.022 0.011 62 T 0.183 0.133 0.134 0.157 0.103 0.080 0.103 0.053 0.030 0.016 0.007 63 D 0.164 0.111 0.090 0.178 0.136 0.106 0.102 0.054 0.028 0.018 0.011 64 Q 0.164 0.139 0.066 0.131 0.100 0.086 0.123 0.077 0.057 0.038 0.020 65 N 0.200 0.125 0.068 0.138 0.112 0.099 0.112 0.068 0.040 0.025 0.013 66 H 0.125 0.153 0.120 0.230 0.140 0.083 0.067 0.038 0.022 0.014 0.008 67 F 0.037 0.025 0.024 0.042 0.051 0.090 0.161 0.144 0.167 0.155 0.103 68 S 0.058 0.254 0.096 0.237 0.162 0.081 0.050 0.030 0.018 0.009 0.005 69 G 0.074 0.038 0.024 0.054 0.068 0.079 0.142 0.153 0.151 0.122 0.095 70 G 0.308 0.124 0.047 0.150 0.109 0.082 0.079 0.045 0.027 0.019 0.010 71 T 0.065 0.048 0.025 0.075 0.092 0.105 0.145 0.134 0.140 0.101 0.071 72 S 0.025 0.169 0.040 0.105 0.118 0.084 0.112 0.111 0.097 0.080 0.059 73 I 0.010 0.013 0.011 0.054 0.122 0.177 0.267 0.144 0.111 0.053 0.039 74 E 0.842 0.048 0.062 0.034 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.010 0.021 0.031 0.159 0.161 0.226 0.251 0.074 0.042 0.018 0.007 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.032 0.160 0.300 0.488 77 K 0.004 0.017 0.076 0.158 0.245 0.197 0.185 0.070 0.027 0.015 0.004 78 Q 0.003 0.027 0.802 0.122 0.029 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 W 0.008 0.006 0.013 0.027 0.055 0.186 0.306 0.197 0.102 0.067 0.032 80 F 0.022 0.023 0.017 0.033 0.036 0.049 0.127 0.177 0.224 0.180 0.112 81 G 0.103 0.056 0.092 0.097 0.115 0.114 0.189 0.098 0.068 0.045 0.023 82 D 0.169 0.241 0.297 0.192 0.065 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 83 P 0.272 0.105 0.042 0.093 0.091 0.092 0.151 0.083 0.040 0.022 0.010 84 N 0.383 0.204 0.050 0.108 0.069 0.055 0.056 0.036 0.020 0.012 0.006 85 K 0.156 0.238 0.095 0.198 0.121 0.074 0.060 0.033 0.014 0.008 0.004 86 S 0.218 0.113 0.058 0.098 0.093 0.097 0.117 0.079 0.059 0.046 0.024 87 E 0.391 0.212 0.074 0.143 0.072 0.037 0.036 0.018 0.009 0.005 0.002 88 Q 0.150 0.135 0.094 0.183 0.119 0.101 0.096 0.058 0.033 0.022 0.008 89 R 0.088 0.087 0.065 0.136 0.131 0.144 0.141 0.092 0.058 0.040 0.018 90 N 0.133 0.251 0.107 0.193 0.112 0.074 0.063 0.037 0.016 0.009 0.004 91 A 0.059 0.055 0.043 0.094 0.113 0.133 0.153 0.130 0.097 0.077 0.046 92 G 0.357 0.179 0.076 0.137 0.087 0.050 0.056 0.032 0.014 0.008 0.003 93 N 0.181 0.138 0.088 0.234 0.143 0.082 0.064 0.035 0.019 0.011 0.006 94 I 0.027 0.016 0.014 0.024 0.039 0.078 0.137 0.136 0.188 0.190 0.150 95 T 0.046 0.183 0.084 0.288 0.192 0.084 0.061 0.034 0.017 0.009 0.004 96 L 0.005 0.005 0.008 0.016 0.029 0.068 0.130 0.151 0.208 0.206 0.173 97 D 0.167 0.191 0.117 0.248 0.146 0.055 0.039 0.020 0.010 0.005 0.003 98 S 0.036 0.029 0.033 0.082 0.084 0.101 0.164 0.146 0.137 0.117 0.071 99 Y 0.014 0.015 0.013 0.038 0.056 0.119 0.152 0.123 0.181 0.169 0.121 100 T 0.091 0.095 0.061 0.150 0.133 0.102 0.143 0.091 0.070 0.042 0.022 101 W 0.035 0.031 0.048 0.087 0.098 0.128 0.158 0.125 0.121 0.099 0.069 102 V 0.081 0.096 0.052 0.131 0.117 0.109 0.155 0.098 0.077 0.053 0.031 103 K 0.169 0.173 0.055 0.159 0.116 0.090 0.096 0.063 0.038 0.026 0.015 104 D 0.216 0.182 0.056 0.144 0.110 0.084 0.085 0.055 0.033 0.022 0.014 105 G 0.308 0.134 0.046 0.139 0.104 0.079 0.077 0.049 0.031 0.021 0.011 106 A 0.065 0.057 0.035 0.087 0.090 0.117 0.182 0.131 0.116 0.075 0.046 107 V 0.018 0.042 0.035 0.116 0.137 0.148 0.149 0.108 0.108 0.077 0.061 108 I 0.002 0.002 0.004 0.006 0.011 0.022 0.060 0.099 0.230 0.264 0.299 109 N 0.015 0.045 0.058 0.219 0.256 0.122 0.110 0.077 0.048 0.028 0.021 110 A 0.003 0.002 0.005 0.007 0.013 0.017 0.048 0.108 0.198 0.266 0.333 111 Q 0.020 0.047 0.047 0.212 0.245 0.145 0.130 0.072 0.045 0.022 0.015 112 L 0.002 0.002 0.006 0.008 0.016 0.017 0.063 0.119 0.194 0.229 0.343 113 Y 0.031 0.103 0.101 0.217 0.194 0.133 0.104 0.048 0.033 0.023 0.013 114 K 0.151 0.191 0.118 0.213 0.119 0.074 0.068 0.031 0.019 0.010 0.005 115 N 0.204 0.089 0.044 0.105 0.088 0.094 0.130 0.095 0.070 0.050 0.029 116 S 0.057 0.090 0.042 0.154 0.137 0.145 0.161 0.084 0.066 0.038 0.025 117 T 0.016 0.016 0.021 0.032 0.041 0.060 0.091 0.113 0.181 0.195 0.233 118 V 0.004 0.008 0.012 0.037 0.078 0.107 0.165 0.148 0.176 0.129 0.135 119 A 0.002 0.004 0.009 0.012 0.020 0.017 0.046 0.088 0.192 0.255 0.354 120 R 0.009 0.019 0.040 0.128 0.205 0.160 0.147 0.106 0.085 0.060 0.042 121 S 0.040 0.055 0.070 0.138 0.120 0.128 0.179 0.110 0.082 0.054 0.024 122 I 0.010 0.016 0.018 0.062 0.087 0.149 0.190 0.146 0.136 0.110 0.076 123 S 0.071 0.059 0.044 0.073 0.072 0.093 0.164 0.132 0.135 0.099 0.057 124 N 0.130 0.137 0.089 0.241 0.149 0.095 0.083 0.034 0.023 0.012 0.008 125 F 0.010 0.006 0.008 0.010 0.018 0.024 0.068 0.100 0.186 0.216 0.354 126 S 0.086 0.250 0.119 0.260 0.164 0.056 0.033 0.016 0.009 0.004 0.003 127 F 0.033 0.015 0.025 0.054 0.092 0.106 0.214 0.183 0.126 0.080 0.072 128 S 0.235 0.221 0.142 0.184 0.100 0.045 0.034 0.018 0.009 0.007 0.004 129 R 0.030 0.068 0.047 0.128 0.135 0.147 0.211 0.112 0.068 0.039 0.017 130 E 0.276 0.175 0.087 0.173 0.109 0.061 0.054 0.035 0.016 0.011 0.004 131 A 0.099 0.070 0.097 0.147 0.110 0.137 0.187 0.080 0.044 0.021 0.007 132 K 0.108 0.156 0.257 0.297 0.117 0.034 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 133 I 0.003 0.003 0.006 0.005 0.012 0.027 0.068 0.092 0.200 0.255 0.328 134 G 0.012 0.202 0.151 0.168 0.155 0.101 0.093 0.050 0.034 0.023 0.010 135 K 0.132 0.100 0.176 0.218 0.170 0.090 0.072 0.026 0.010 0.004 0.001 136 E 0.839 0.054 0.061 0.031 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.033 0.218 0.105 0.247 0.136 0.103 0.100 0.038 0.013 0.005 0.001 138 Y 0.003 0.002 0.004 0.011 0.033 0.075 0.177 0.211 0.185 0.172 0.125 139 D 0.149 0.121 0.534 0.138 0.040 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 140 E 0.012 0.060 0.429 0.319 0.115 0.035 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 141 L 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.010 0.041 0.074 0.173 0.259 0.428 142 K 0.042 0.193 0.229 0.241 0.168 0.064 0.035 0.017 0.006 0.003 0.001 143 I 0.028 0.077 0.371 0.183 0.121 0.100 0.065 0.031 0.013 0.007 0.003 144 G 0.518 0.117 0.064 0.083 0.060 0.042 0.064 0.031 0.012 0.006 0.003 145 E 0.329 0.084 0.051 0.091 0.073 0.088 0.144 0.073 0.042 0.020 0.007 146 S 0.085 0.407 0.162 0.195 0.084 0.032 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 147 Y 0.009 0.010 0.016 0.035 0.076 0.131 0.284 0.191 0.131 0.075 0.043 148 K 0.648 0.103 0.144 0.062 0.023 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 149 K 0.051 0.126 0.270 0.360 0.131 0.035 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 150 V 0.007 0.004 0.010 0.009 0.016 0.019 0.059 0.104 0.224 0.305 0.243 151 V 0.011 0.025 0.045 0.120 0.155 0.194 0.263 0.105 0.047 0.030 0.006 152 E 0.002 0.030 0.846 0.096 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.020 0.025 0.054 0.075 0.106 0.256 0.299 0.114 0.031 0.015 0.004 154 L 0.036 0.030 0.023 0.036 0.035 0.051 0.127 0.174 0.213 0.164 0.111 155 G 0.350 0.088 0.084 0.093 0.093 0.065 0.100 0.063 0.033 0.020 0.010 156 E 0.142 0.173 0.273 0.232 0.100 0.033 0.025 0.011 0.006 0.003 0.002 157 P 0.060 0.040 0.025 0.045 0.066 0.093 0.218 0.165 0.129 0.095 0.063 158 D 0.286 0.251 0.095 0.175 0.088 0.042 0.028 0.017 0.010 0.005 0.003 159 V 0.108 0.089 0.072 0.157 0.137 0.115 0.138 0.093 0.048 0.028 0.015 160 L 0.033 0.030 0.030 0.071 0.083 0.105 0.153 0.140 0.151 0.123 0.081 161 S 0.106 0.113 0.079 0.155 0.125 0.101 0.133 0.083 0.056 0.032 0.015 162 Q 0.059 0.060 0.094 0.184 0.150 0.126 0.130 0.085 0.057 0.036 0.019 163 S 0.045 0.033 0.038 0.063 0.075 0.091 0.162 0.142 0.147 0.123 0.081 164 M 0.063 0.070 0.060 0.150 0.148 0.128 0.154 0.099 0.069 0.039 0.020 165 S 0.116 0.106 0.083 0.115 0.105 0.094 0.132 0.089 0.074 0.053 0.032 166 S 0.165 0.138 0.071 0.155 0.127 0.085 0.104 0.064 0.044 0.029 0.017 167 D 0.350 0.335 0.066 0.110 0.050 0.030 0.028 0.015 0.009 0.006 0.002 168 K 0.284 0.167 0.054 0.162 0.115 0.077 0.065 0.037 0.020 0.012 0.007 169 E 0.421 0.174 0.066 0.131 0.077 0.045 0.041 0.025 0.011 0.007 0.003 170 E 0.027 0.048 0.041 0.138 0.150 0.166 0.185 0.113 0.068 0.045 0.019 171 M 0.003 0.008 0.012 0.024 0.042 0.090 0.152 0.156 0.209 0.195 0.109 172 Q 0.006 0.016 0.037 0.096 0.122 0.162 0.207 0.135 0.110 0.074 0.035 173 T 0.004 0.006 0.032 0.044 0.060 0.099 0.168 0.146 0.179 0.155 0.107 174 V 0.001 0.002 0.006 0.012 0.024 0.043 0.079 0.102 0.211 0.257 0.262 175 W 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.024 0.058 0.088 0.228 0.278 0.300 176 S 0.004 0.007 0.015 0.042 0.084 0.142 0.190 0.141 0.161 0.131 0.084 177 S 0.037 0.044 0.085 0.148 0.145 0.144 0.176 0.107 0.064 0.031 0.018 178 G 0.073 0.062 0.037 0.140 0.126 0.142 0.199 0.102 0.061 0.034 0.023 179 I 0.003 0.002 0.002 0.005 0.007 0.012 0.030 0.052 0.161 0.208 0.518 180 K 0.111 0.154 0.060 0.174 0.203 0.098 0.098 0.052 0.025 0.016 0.009 181 T 0.121 0.180 0.112 0.185 0.117 0.094 0.073 0.043 0.035 0.024 0.017 182 K 0.531 0.156 0.029 0.089 0.064 0.037 0.042 0.024 0.012 0.008 0.006 183 S 0.336 0.196 0.026 0.102 0.065 0.057 0.066 0.054 0.043 0.035 0.021 184 S 0.132 0.177 0.035 0.134 0.134 0.118 0.110 0.070 0.044 0.029 0.017 185 S 0.271 0.139 0.051 0.137 0.120 0.097 0.076 0.047 0.028 0.022 0.012 186 A 0.083 0.076 0.049 0.112 0.106 0.156 0.184 0.105 0.073 0.041 0.017 187 T 0.052 0.096 0.046 0.224 0.182 0.124 0.121 0.069 0.047 0.025 0.015 188 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.031 0.063 0.202 0.284 0.401 189 E 0.023 0.109 0.098 0.340 0.276 0.087 0.037 0.017 0.008 0.003 0.003 190 L 0.005 0.002 0.008 0.009 0.018 0.020 0.053 0.126 0.178 0.219 0.361 191 Y 0.011 0.026 0.025 0.115 0.178 0.151 0.161 0.121 0.094 0.063 0.054 192 F 0.004 0.004 0.005 0.010 0.018 0.022 0.076 0.119 0.229 0.239 0.275 193 E 0.063 0.221 0.148 0.260 0.151 0.071 0.046 0.020 0.011 0.007 0.004 194 N 0.174 0.104 0.072 0.165 0.136 0.109 0.125 0.055 0.035 0.017 0.010 195 G 0.719 0.115 0.029 0.054 0.027 0.017 0.018 0.011 0.005 0.003 0.002 196 L 0.074 0.119 0.049 0.200 0.161 0.112 0.142 0.070 0.043 0.018 0.011 197 L 0.019 0.016 0.019 0.022 0.034 0.047 0.104 0.124 0.183 0.219 0.212 198 K 0.048 0.142 0.259 0.293 0.158 0.056 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 199 N 0.130 0.137 0.216 0.174 0.111 0.072 0.081 0.044 0.019 0.011 0.005 200 K 0.054 0.037 0.045 0.097 0.116 0.127 0.185 0.134 0.102 0.068 0.036 201 T 0.239 0.302 0.139 0.150 0.064 0.035 0.037 0.019 0.009 0.005 0.001 202 Q 0.045 0.100 0.183 0.201 0.140 0.109 0.107 0.059 0.030 0.018 0.007 203 K 0.373 0.204 0.175 0.120 0.055 0.030 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 204 D 0.420 0.213 0.119 0.138 0.055 0.023 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 205 L 0.084 0.067 0.065 0.069 0.085 0.090 0.169 0.148 0.105 0.071 0.046 206 E 0.172 0.134 0.111 0.182 0.143 0.083 0.091 0.048 0.022 0.010 0.004