# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.008 0.002 0.012 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.945 2 S 0.014 0.010 0.004 0.017 0.019 0.045 0.038 0.001 0.001 0.001 0.852 3 M 0.007 0.003 0.001 0.007 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.963 4 K 0.046 0.034 0.001 0.023 0.021 0.046 0.147 0.001 0.001 0.003 0.677 5 K 0.204 0.066 0.004 0.022 0.014 0.032 0.157 0.002 0.001 0.006 0.494 6 T 0.211 0.212 0.002 0.030 0.024 0.031 0.062 0.002 0.001 0.003 0.423 7 K 0.064 0.268 0.008 0.036 0.035 0.035 0.077 0.001 0.001 0.003 0.473 8 N 0.020 0.386 0.004 0.041 0.025 0.034 0.088 0.001 0.001 0.002 0.399 9 W 0.013 0.598 0.003 0.026 0.017 0.026 0.057 0.001 0.001 0.001 0.259 10 L 0.003 0.853 0.001 0.014 0.007 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.087 11 L 0.001 0.937 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.044 12 V 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 13 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 14 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 T 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.004 0.985 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 21 L 0.017 0.947 0.007 0.002 0.008 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 22 M 0.035 0.866 0.012 0.005 0.026 0.018 0.001 0.013 0.001 0.001 0.025 23 L 0.071 0.590 0.027 0.021 0.081 0.070 0.005 0.027 0.001 0.001 0.107 24 G 0.081 0.231 0.030 0.034 0.085 0.119 0.029 0.045 0.001 0.003 0.343 25 C 0.100 0.091 0.030 0.031 0.074 0.100 0.062 0.016 0.001 0.007 0.488 26 Q 0.055 0.030 0.015 0.016 0.029 0.042 0.135 0.007 0.001 0.010 0.660 27 S 0.077 0.016 0.013 0.012 0.021 0.026 0.218 0.004 0.001 0.016 0.597 28 K 0.099 0.020 0.009 0.011 0.014 0.019 0.162 0.001 0.001 0.010 0.654 29 E 0.048 0.028 0.004 0.010 0.022 0.032 0.311 0.002 0.001 0.008 0.536 30 D 0.108 0.044 0.003 0.011 0.042 0.055 0.152 0.002 0.001 0.011 0.572 31 K 0.089 0.096 0.004 0.009 0.032 0.041 0.120 0.003 0.001 0.008 0.599 32 K 0.084 0.074 0.005 0.008 0.026 0.031 0.267 0.006 0.001 0.009 0.491 33 G 0.223 0.053 0.008 0.010 0.020 0.027 0.117 0.007 0.001 0.016 0.520 34 G 0.243 0.044 0.020 0.011 0.023 0.030 0.109 0.007 0.001 0.011 0.502 35 T 0.079 0.019 0.031 0.011 0.016 0.025 0.091 0.004 0.001 0.010 0.713 36 K 0.029 0.009 0.009 0.010 0.021 0.031 0.085 0.001 0.001 0.003 0.801 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 S 0.019 0.005 0.001 0.009 0.026 0.082 0.099 0.001 0.001 0.003 0.757 39 N 0.101 0.021 0.001 0.009 0.017 0.030 0.064 0.001 0.001 0.003 0.753 40 E 0.136 0.094 0.002 0.012 0.030 0.048 0.103 0.001 0.001 0.003 0.572 41 A 0.107 0.240 0.002 0.013 0.024 0.040 0.116 0.002 0.001 0.003 0.452 42 A 0.161 0.347 0.002 0.011 0.030 0.044 0.076 0.004 0.001 0.004 0.322 43 L 0.142 0.510 0.007 0.010 0.024 0.029 0.050 0.007 0.001 0.003 0.218 44 T 0.105 0.551 0.009 0.009 0.036 0.045 0.043 0.009 0.001 0.003 0.189 45 K 0.110 0.477 0.012 0.012 0.024 0.043 0.042 0.011 0.001 0.003 0.266 46 T 0.073 0.414 0.007 0.008 0.026 0.033 0.083 0.014 0.001 0.004 0.338 47 E 0.178 0.253 0.017 0.008 0.009 0.021 0.077 0.013 0.001 0.006 0.419 48 N 0.087 0.279 0.011 0.007 0.014 0.024 0.118 0.016 0.001 0.007 0.437 49 L 0.186 0.121 0.051 0.010 0.021 0.024 0.100 0.004 0.001 0.009 0.474 50 D 0.037 0.215 0.009 0.009 0.014 0.020 0.189 0.003 0.001 0.005 0.498 51 F 0.126 0.236 0.009 0.019 0.095 0.122 0.073 0.003 0.001 0.004 0.315 52 R 0.062 0.518 0.003 0.014 0.063 0.095 0.047 0.004 0.001 0.005 0.189 53 L 0.107 0.415 0.016 0.020 0.118 0.103 0.037 0.005 0.001 0.002 0.179 54 S 0.081 0.377 0.004 0.015 0.060 0.123 0.048 0.013 0.001 0.004 0.276 55 F 0.109 0.234 0.019 0.028 0.061 0.083 0.022 0.011 0.001 0.005 0.428 56 N 0.038 0.162 0.008 0.021 0.076 0.088 0.122 0.013 0.001 0.006 0.467 57 K 0.250 0.055 0.036 0.036 0.030 0.081 0.142 0.012 0.001 0.016 0.343 58 I 0.171 0.150 0.012 0.074 0.157 0.161 0.046 0.003 0.001 0.005 0.222 59 K 0.025 0.056 0.013 0.103 0.250 0.294 0.039 0.003 0.001 0.008 0.209 60 V 0.031 0.061 0.018 0.116 0.117 0.167 0.039 0.002 0.001 0.002 0.448 61 T 0.016 0.028 0.002 0.136 0.188 0.398 0.059 0.001 0.001 0.002 0.170 62 T 0.021 0.022 0.003 0.051 0.083 0.106 0.058 0.002 0.001 0.005 0.649 63 D 0.024 0.042 0.001 0.053 0.075 0.113 0.063 0.001 0.001 0.003 0.624 64 Q 0.077 0.057 0.003 0.053 0.043 0.089 0.249 0.004 0.001 0.011 0.413 65 N 0.185 0.118 0.004 0.067 0.062 0.081 0.152 0.008 0.001 0.018 0.306 66 H 0.316 0.064 0.014 0.046 0.031 0.063 0.082 0.010 0.001 0.009 0.364 67 F 0.139 0.087 0.037 0.099 0.048 0.070 0.074 0.006 0.001 0.009 0.431 68 S 0.033 0.029 0.011 0.074 0.048 0.056 0.095 0.004 0.001 0.006 0.643 69 G 0.034 0.017 0.005 0.065 0.024 0.046 0.066 0.004 0.001 0.004 0.736 70 G 0.126 0.030 0.007 0.148 0.040 0.092 0.115 0.002 0.001 0.007 0.433 71 T 0.064 0.017 0.011 0.057 0.025 0.029 0.271 0.001 0.001 0.008 0.518 72 S 0.030 0.015 0.003 0.017 0.008 0.016 0.346 0.001 0.001 0.005 0.558 73 I 0.014 0.045 0.002 0.016 0.006 0.012 0.119 0.001 0.001 0.002 0.784 74 E 0.002 0.059 0.001 0.002 0.001 0.002 0.337 0.001 0.001 0.001 0.597 75 Q 0.025 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.001 0.001 0.001 0.111 76 L 0.039 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 77 K 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 78 Q 0.009 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.026 79 W 0.056 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.016 80 F 0.172 0.699 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 0.026 81 G 0.168 0.248 0.287 0.005 0.003 0.004 0.015 0.147 0.001 0.001 0.123 82 D 0.142 0.117 0.313 0.012 0.010 0.009 0.041 0.022 0.001 0.003 0.332 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 84 N 0.025 0.022 0.003 0.016 0.025 0.046 0.298 0.004 0.001 0.010 0.551 85 K 0.474 0.033 0.010 0.017 0.006 0.010 0.078 0.002 0.001 0.007 0.363 86 S 0.192 0.097 0.004 0.024 0.025 0.032 0.135 0.002 0.001 0.006 0.483 87 E 0.134 0.035 0.012 0.028 0.022 0.023 0.140 0.002 0.001 0.012 0.592 88 Q 0.103 0.055 0.004 0.018 0.037 0.045 0.201 0.003 0.001 0.009 0.523 89 R 0.207 0.053 0.012 0.041 0.086 0.117 0.109 0.004 0.001 0.011 0.360 90 N 0.065 0.076 0.002 0.024 0.133 0.117 0.155 0.007 0.001 0.011 0.408 91 A 0.076 0.081 0.021 0.041 0.057 0.089 0.076 0.004 0.001 0.009 0.545 92 G 0.036 0.030 0.003 0.029 0.041 0.055 0.356 0.008 0.001 0.013 0.430 93 N 0.532 0.006 0.014 0.017 0.016 0.019 0.082 0.003 0.001 0.071 0.241 94 I 0.240 0.018 0.042 0.074 0.065 0.052 0.146 0.002 0.001 0.012 0.348 95 T 0.008 0.003 0.008 0.112 0.180 0.255 0.121 0.001 0.001 0.010 0.302 96 L 0.010 0.003 0.002 0.132 0.216 0.341 0.045 0.001 0.001 0.004 0.245 97 D 0.003 0.003 0.001 0.135 0.287 0.414 0.036 0.001 0.001 0.002 0.119 98 S 0.008 0.002 0.001 0.108 0.132 0.223 0.071 0.001 0.001 0.002 0.451 99 Y 0.017 0.003 0.001 0.206 0.217 0.316 0.065 0.001 0.001 0.003 0.173 100 T 0.017 0.006 0.001 0.118 0.213 0.292 0.074 0.001 0.001 0.008 0.271 101 W 0.015 0.005 0.001 0.097 0.185 0.264 0.046 0.001 0.001 0.003 0.383 102 V 0.022 0.009 0.001 0.078 0.167 0.292 0.122 0.001 0.001 0.007 0.302 103 K 0.025 0.013 0.002 0.046 0.059 0.108 0.115 0.001 0.001 0.009 0.622 104 D 0.043 0.008 0.001 0.026 0.055 0.070 0.128 0.003 0.001 0.020 0.648 105 G 0.453 0.004 0.016 0.022 0.024 0.022 0.078 0.001 0.001 0.058 0.323 106 A 0.117 0.005 0.022 0.071 0.094 0.083 0.337 0.001 0.001 0.017 0.254 107 V 0.008 0.001 0.003 0.113 0.228 0.357 0.074 0.001 0.001 0.010 0.205 108 I 0.002 0.001 0.001 0.099 0.316 0.521 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 109 N 0.001 0.001 0.001 0.178 0.277 0.467 0.011 0.001 0.001 0.001 0.065 110 A 0.001 0.001 0.001 0.082 0.410 0.448 0.008 0.001 0.001 0.001 0.050 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.127 0.290 0.509 0.012 0.001 0.001 0.001 0.060 112 L 0.003 0.001 0.001 0.092 0.333 0.452 0.012 0.001 0.001 0.001 0.106 113 Y 0.003 0.002 0.001 0.111 0.231 0.481 0.053 0.001 0.001 0.004 0.115 114 K 0.011 0.003 0.001 0.048 0.083 0.212 0.117 0.001 0.001 0.008 0.515 115 N 0.047 0.003 0.002 0.035 0.048 0.091 0.084 0.001 0.001 0.035 0.655 116 S 0.419 0.002 0.034 0.019 0.027 0.031 0.159 0.001 0.001 0.049 0.258 117 T 0.014 0.009 0.010 0.061 0.078 0.089 0.294 0.001 0.001 0.010 0.434 118 V 0.007 0.008 0.004 0.074 0.172 0.509 0.044 0.001 0.001 0.006 0.176 119 A 0.010 0.028 0.001 0.119 0.167 0.413 0.053 0.001 0.001 0.002 0.206 120 R 0.013 0.042 0.001 0.074 0.235 0.327 0.047 0.001 0.001 0.001 0.260 121 S 0.033 0.080 0.001 0.057 0.152 0.274 0.055 0.002 0.001 0.002 0.345 122 I 0.054 0.211 0.002 0.043 0.117 0.207 0.059 0.004 0.001 0.005 0.297 123 S 0.075 0.250 0.005 0.038 0.068 0.133 0.089 0.014 0.001 0.007 0.321 124 N 0.217 0.118 0.012 0.027 0.032 0.087 0.086 0.024 0.001 0.011 0.386 125 F 0.296 0.116 0.113 0.040 0.033 0.067 0.063 0.014 0.001 0.010 0.248 126 S 0.068 0.052 0.025 0.044 0.066 0.071 0.164 0.008 0.001 0.007 0.494 127 F 0.030 0.033 0.028 0.040 0.021 0.042 0.035 0.002 0.001 0.004 0.765 128 S 0.035 0.095 0.003 0.078 0.057 0.096 0.158 0.004 0.001 0.005 0.468 129 R 0.089 0.065 0.006 0.038 0.019 0.033 0.181 0.004 0.001 0.006 0.559 130 E 0.093 0.189 0.003 0.048 0.025 0.058 0.143 0.005 0.001 0.007 0.429 131 A 0.219 0.144 0.009 0.048 0.044 0.075 0.083 0.007 0.001 0.008 0.363 132 K 0.261 0.178 0.007 0.042 0.027 0.044 0.073 0.011 0.001 0.008 0.348 133 I 0.226 0.172 0.127 0.067 0.049 0.061 0.047 0.005 0.001 0.006 0.239 134 G 0.062 0.092 0.010 0.031 0.049 0.095 0.207 0.013 0.001 0.005 0.436 135 K 0.008 0.013 0.006 0.010 0.005 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.937 136 E 0.005 0.071 0.001 0.008 0.008 0.012 0.398 0.001 0.001 0.001 0.496 137 D 0.174 0.047 0.001 0.006 0.002 0.008 0.555 0.007 0.001 0.011 0.188 138 Y 0.167 0.748 0.001 0.005 0.005 0.007 0.010 0.002 0.001 0.002 0.053 139 D 0.096 0.579 0.019 0.011 0.017 0.014 0.049 0.005 0.001 0.003 0.207 140 E 0.108 0.444 0.040 0.023 0.014 0.017 0.054 0.008 0.001 0.006 0.287 141 L 0.173 0.470 0.010 0.027 0.030 0.064 0.022 0.011 0.001 0.002 0.190 142 K 0.103 0.464 0.008 0.030 0.040 0.045 0.096 0.028 0.001 0.005 0.182 143 I 0.067 0.338 0.024 0.024 0.013 0.024 0.021 0.020 0.001 0.003 0.467 144 G 0.192 0.170 0.008 0.037 0.027 0.047 0.071 0.041 0.001 0.012 0.395 145 E 0.302 0.039 0.208 0.022 0.009 0.009 0.105 0.003 0.001 0.011 0.292 146 S 0.013 0.036 0.007 0.011 0.010 0.016 0.349 0.002 0.001 0.003 0.553 147 Y 0.045 0.043 0.012 0.022 0.012 0.037 0.126 0.001 0.001 0.010 0.692 148 K 0.009 0.159 0.001 0.008 0.007 0.010 0.241 0.001 0.001 0.002 0.563 149 K 0.064 0.115 0.002 0.005 0.004 0.005 0.456 0.001 0.001 0.004 0.342 150 V 0.059 0.820 0.001 0.003 0.005 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.080 151 V 0.006 0.954 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 152 E 0.014 0.934 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.038 153 K 0.027 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.013 154 L 0.080 0.876 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.014 155 G 0.251 0.333 0.103 0.005 0.005 0.009 0.011 0.182 0.001 0.002 0.100 156 E 0.071 0.069 0.699 0.006 0.003 0.004 0.016 0.007 0.001 0.001 0.125 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 D 0.035 0.017 0.006 0.029 0.039 0.064 0.141 0.003 0.001 0.020 0.646 159 V 0.264 0.061 0.016 0.048 0.014 0.019 0.094 0.001 0.001 0.004 0.478 160 L 0.188 0.106 0.007 0.105 0.039 0.096 0.139 0.002 0.001 0.003 0.316 161 S 0.130 0.143 0.003 0.100 0.045 0.069 0.153 0.004 0.001 0.012 0.341 162 Q 0.152 0.199 0.006 0.044 0.028 0.039 0.086 0.007 0.001 0.005 0.434 163 S 0.130 0.182 0.005 0.047 0.036 0.055 0.149 0.012 0.001 0.006 0.378 164 M 0.136 0.150 0.008 0.042 0.036 0.059 0.161 0.011 0.001 0.012 0.385 165 S 0.127 0.190 0.012 0.036 0.038 0.074 0.181 0.012 0.001 0.008 0.321 166 S 0.150 0.126 0.016 0.028 0.029 0.048 0.162 0.012 0.001 0.013 0.416 167 D 0.107 0.064 0.009 0.013 0.012 0.018 0.159 0.007 0.001 0.015 0.596 168 K 0.085 0.043 0.026 0.014 0.013 0.017 0.182 0.002 0.001 0.013 0.604 169 E 0.049 0.036 0.005 0.011 0.014 0.018 0.399 0.002 0.001 0.013 0.453 170 E 0.124 0.050 0.009 0.022 0.025 0.050 0.336 0.003 0.001 0.016 0.366 171 M 0.075 0.171 0.009 0.040 0.115 0.180 0.078 0.002 0.001 0.008 0.321 172 Q 0.033 0.112 0.009 0.050 0.281 0.310 0.051 0.002 0.001 0.004 0.149 173 T 0.027 0.182 0.006 0.048 0.223 0.258 0.038 0.002 0.001 0.002 0.214 174 V 0.026 0.099 0.001 0.047 0.358 0.370 0.010 0.001 0.001 0.001 0.088 175 W 0.023 0.125 0.002 0.049 0.254 0.389 0.018 0.004 0.001 0.002 0.135 176 S 0.033 0.121 0.002 0.043 0.250 0.402 0.017 0.002 0.001 0.002 0.129 177 S 0.026 0.157 0.006 0.053 0.181 0.246 0.046 0.007 0.001 0.005 0.274 178 G 0.131 0.037 0.005 0.031 0.094 0.159 0.144 0.031 0.001 0.017 0.351 179 I 0.305 0.043 0.073 0.036 0.058 0.094 0.100 0.005 0.001 0.013 0.274 180 K 0.017 0.020 0.005 0.028 0.064 0.093 0.178 0.004 0.001 0.005 0.585 181 T 0.030 0.008 0.005 0.015 0.040 0.067 0.073 0.003 0.001 0.014 0.744 182 K 0.067 0.019 0.005 0.026 0.023 0.031 0.149 0.002 0.001 0.009 0.669 183 S 0.072 0.008 0.005 0.013 0.024 0.022 0.262 0.002 0.001 0.026 0.567 184 S 0.100 0.008 0.007 0.019 0.014 0.019 0.147 0.001 0.001 0.028 0.657 185 S 0.076 0.005 0.004 0.016 0.031 0.034 0.330 0.001 0.001 0.034 0.469 186 A 0.286 0.003 0.016 0.030 0.065 0.087 0.201 0.001 0.001 0.054 0.257 187 T 0.033 0.004 0.002 0.040 0.154 0.283 0.188 0.001 0.001 0.012 0.282 188 I 0.010 0.001 0.005 0.036 0.415 0.471 0.016 0.001 0.001 0.002 0.044 189 E 0.001 0.001 0.001 0.055 0.412 0.441 0.025 0.001 0.001 0.001 0.062 190 L 0.005 0.001 0.001 0.033 0.407 0.480 0.007 0.001 0.001 0.001 0.067 191 Y 0.002 0.001 0.001 0.040 0.325 0.580 0.005 0.001 0.001 0.001 0.048 192 F 0.001 0.001 0.001 0.030 0.476 0.439 0.007 0.001 0.001 0.001 0.045 193 E 0.002 0.002 0.001 0.060 0.262 0.463 0.052 0.001 0.001 0.002 0.156 194 N 0.004 0.003 0.001 0.038 0.148 0.414 0.113 0.001 0.001 0.009 0.270 195 G 0.074 0.002 0.002 0.016 0.057 0.091 0.087 0.001 0.001 0.112 0.558 196 L 0.463 0.002 0.072 0.011 0.014 0.015 0.204 0.001 0.001 0.032 0.187 197 L 0.007 0.008 0.005 0.028 0.056 0.089 0.176 0.001 0.001 0.008 0.622 198 K 0.009 0.005 0.001 0.021 0.240 0.603 0.026 0.001 0.001 0.004 0.090 199 N 0.022 0.039 0.001 0.018 0.202 0.344 0.052 0.001 0.001 0.001 0.322 200 K 0.049 0.043 0.001 0.021 0.244 0.335 0.030 0.001 0.001 0.001 0.275 201 T 0.027 0.113 0.001 0.014 0.144 0.228 0.142 0.006 0.001 0.005 0.321 202 Q 0.169 0.125 0.007 0.021 0.064 0.137 0.099 0.008 0.001 0.009 0.361 203 K 0.106 0.165 0.009 0.019 0.041 0.080 0.112 0.011 0.001 0.008 0.447 204 D 0.176 0.042 0.015 0.012 0.038 0.090 0.153 0.017 0.001 0.024 0.435 205 L 0.191 0.076 0.120 0.027 0.037 0.058 0.065 0.004 0.001 0.011 0.411 206 E 0.027 0.031 0.012 0.028 0.060 0.075 0.221 0.003 0.001 0.004 0.540