# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.011 0.006 0.005 0.007 0.018 0.003 0.927 2 S 0.033 0.020 0.011 0.023 0.040 0.132 0.005 0.737 3 M 0.022 0.013 0.006 0.005 0.009 0.033 0.003 0.910 4 K 0.050 0.070 0.023 0.020 0.040 0.232 0.007 0.558 5 K 0.283 0.065 0.029 0.019 0.020 0.217 0.021 0.346 6 T 0.122 0.291 0.031 0.020 0.028 0.106 0.010 0.391 7 K 0.043 0.311 0.083 0.036 0.059 0.104 0.006 0.359 8 N 0.025 0.353 0.057 0.030 0.044 0.180 0.006 0.305 9 W 0.022 0.488 0.073 0.023 0.041 0.142 0.006 0.207 10 L 0.008 0.752 0.044 0.017 0.026 0.068 0.002 0.082 11 L 0.002 0.922 0.016 0.003 0.007 0.022 0.001 0.028 12 V 0.001 0.979 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 13 F 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 14 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.002 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 21 L 0.010 0.961 0.011 0.002 0.003 0.001 0.004 0.008 22 M 0.019 0.876 0.051 0.011 0.012 0.002 0.008 0.021 23 L 0.039 0.594 0.167 0.050 0.044 0.012 0.022 0.073 24 G 0.085 0.287 0.113 0.063 0.073 0.037 0.050 0.291 25 C 0.121 0.097 0.128 0.052 0.077 0.068 0.045 0.412 26 Q 0.072 0.036 0.056 0.038 0.039 0.220 0.023 0.516 27 S 0.039 0.016 0.018 0.016 0.023 0.158 0.010 0.721 28 K 0.062 0.023 0.016 0.024 0.054 0.126 0.009 0.686 29 E 0.052 0.024 0.009 0.023 0.029 0.337 0.010 0.517 30 D 0.181 0.058 0.015 0.041 0.057 0.173 0.020 0.455 31 K 0.130 0.186 0.017 0.036 0.067 0.089 0.013 0.461 32 K 0.124 0.141 0.021 0.040 0.076 0.165 0.027 0.406 33 G 0.211 0.064 0.026 0.028 0.038 0.104 0.049 0.480 34 G 0.190 0.043 0.030 0.042 0.047 0.146 0.037 0.465 35 T 0.087 0.019 0.023 0.019 0.027 0.124 0.022 0.679 36 K 0.069 0.014 0.036 0.027 0.043 0.143 0.006 0.661 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 38 S 0.014 0.008 0.010 0.013 0.035 0.255 0.003 0.662 39 N 0.220 0.067 0.020 0.013 0.030 0.138 0.009 0.503 40 E 0.103 0.250 0.017 0.023 0.038 0.142 0.007 0.419 41 A 0.052 0.348 0.015 0.015 0.031 0.134 0.007 0.398 42 A 0.064 0.547 0.011 0.016 0.030 0.076 0.010 0.246 43 L 0.087 0.625 0.010 0.015 0.024 0.061 0.016 0.163 44 T 0.072 0.665 0.013 0.014 0.019 0.048 0.015 0.154 45 K 0.052 0.644 0.021 0.017 0.030 0.029 0.014 0.193 46 T 0.035 0.569 0.014 0.012 0.021 0.049 0.015 0.285 47 E 0.079 0.356 0.026 0.014 0.019 0.149 0.034 0.324 48 N 0.111 0.511 0.026 0.014 0.025 0.102 0.028 0.184 49 L 0.066 0.574 0.026 0.017 0.027 0.061 0.011 0.218 50 D 0.034 0.401 0.020 0.021 0.027 0.131 0.014 0.353 51 F 0.091 0.453 0.030 0.037 0.056 0.067 0.021 0.245 52 R 0.060 0.611 0.021 0.047 0.074 0.029 0.013 0.144 53 L 0.077 0.480 0.036 0.055 0.065 0.038 0.022 0.228 54 S 0.095 0.348 0.045 0.075 0.082 0.073 0.038 0.245 55 F 0.106 0.245 0.072 0.078 0.122 0.047 0.025 0.305 56 N 0.023 0.078 0.047 0.070 0.071 0.154 0.020 0.537 57 K 0.189 0.035 0.070 0.040 0.059 0.185 0.052 0.370 58 I 0.168 0.110 0.143 0.116 0.114 0.082 0.017 0.251 59 K 0.022 0.025 0.245 0.196 0.256 0.077 0.006 0.173 60 V 0.017 0.025 0.129 0.185 0.277 0.047 0.005 0.316 61 T 0.006 0.006 0.194 0.225 0.434 0.034 0.002 0.098 62 T 0.010 0.016 0.043 0.198 0.197 0.097 0.006 0.433 63 D 0.014 0.022 0.118 0.081 0.211 0.152 0.009 0.394 64 Q 0.039 0.027 0.063 0.072 0.114 0.342 0.024 0.320 65 N 0.202 0.050 0.053 0.056 0.076 0.222 0.054 0.287 66 H 0.139 0.073 0.073 0.075 0.122 0.120 0.030 0.369 67 F 0.062 0.051 0.167 0.090 0.114 0.193 0.014 0.308 68 S 0.052 0.040 0.101 0.063 0.106 0.140 0.016 0.482 69 G 0.075 0.024 0.103 0.041 0.102 0.095 0.021 0.540 70 G 0.125 0.013 0.117 0.046 0.081 0.078 0.031 0.509 71 T 0.094 0.011 0.214 0.050 0.043 0.211 0.012 0.365 72 S 0.008 0.009 0.015 0.006 0.010 0.479 0.002 0.471 73 I 0.016 0.019 0.025 0.006 0.054 0.120 0.002 0.758 74 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.428 0.001 0.560 75 Q 0.032 0.034 0.001 0.001 0.002 0.833 0.004 0.092 76 L 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 77 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 W 0.017 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 80 F 0.067 0.895 0.002 0.002 0.002 0.001 0.025 0.006 81 G 0.172 0.431 0.066 0.006 0.004 0.015 0.211 0.097 82 D 0.175 0.124 0.220 0.015 0.009 0.036 0.037 0.384 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 84 N 0.016 0.009 0.044 0.025 0.040 0.252 0.005 0.609 85 K 0.384 0.022 0.042 0.013 0.020 0.086 0.014 0.418 86 S 0.219 0.055 0.028 0.035 0.046 0.124 0.013 0.480 87 E 0.107 0.034 0.032 0.041 0.052 0.136 0.013 0.585 88 Q 0.077 0.055 0.024 0.054 0.080 0.128 0.011 0.571 89 R 0.078 0.054 0.042 0.088 0.124 0.147 0.014 0.454 90 N 0.055 0.061 0.023 0.080 0.086 0.235 0.015 0.445 91 A 0.093 0.094 0.051 0.067 0.158 0.082 0.022 0.434 92 G 0.059 0.036 0.025 0.046 0.052 0.390 0.037 0.355 93 N 0.438 0.009 0.027 0.033 0.034 0.104 0.094 0.261 94 I 0.123 0.028 0.130 0.161 0.138 0.109 0.014 0.297 95 T 0.009 0.004 0.094 0.265 0.248 0.150 0.003 0.228 96 L 0.006 0.004 0.076 0.219 0.424 0.045 0.002 0.224 97 D 0.004 0.004 0.066 0.246 0.462 0.063 0.002 0.154 98 S 0.026 0.007 0.067 0.191 0.332 0.100 0.012 0.264 99 Y 0.036 0.018 0.118 0.219 0.297 0.095 0.010 0.207 100 T 0.014 0.011 0.079 0.288 0.368 0.065 0.005 0.170 101 W 0.015 0.016 0.043 0.206 0.363 0.045 0.006 0.306 102 V 0.015 0.013 0.046 0.200 0.486 0.057 0.005 0.178 103 K 0.026 0.018 0.030 0.171 0.186 0.087 0.012 0.470 104 D 0.037 0.011 0.023 0.086 0.101 0.123 0.018 0.601 105 G 0.165 0.007 0.036 0.033 0.056 0.134 0.041 0.528 106 A 0.242 0.005 0.103 0.115 0.077 0.232 0.021 0.205 107 V 0.013 0.001 0.210 0.155 0.228 0.143 0.003 0.247 108 I 0.001 0.001 0.103 0.395 0.440 0.013 0.001 0.047 109 N 0.001 0.001 0.227 0.230 0.465 0.020 0.001 0.058 110 A 0.001 0.001 0.114 0.428 0.370 0.017 0.001 0.070 111 Q 0.001 0.001 0.172 0.273 0.483 0.018 0.001 0.054 112 L 0.002 0.001 0.182 0.249 0.394 0.027 0.002 0.143 113 Y 0.003 0.003 0.142 0.333 0.388 0.053 0.002 0.075 114 K 0.010 0.010 0.042 0.110 0.182 0.116 0.008 0.523 115 N 0.105 0.014 0.053 0.056 0.163 0.164 0.049 0.395 116 S 0.355 0.007 0.041 0.037 0.050 0.253 0.037 0.220 117 T 0.033 0.009 0.072 0.086 0.126 0.265 0.006 0.403 118 V 0.006 0.003 0.091 0.264 0.406 0.087 0.002 0.141 119 A 0.008 0.017 0.100 0.125 0.323 0.099 0.002 0.327 120 R 0.012 0.049 0.144 0.162 0.310 0.086 0.003 0.234 121 S 0.024 0.109 0.080 0.131 0.254 0.088 0.008 0.306 122 I 0.047 0.211 0.102 0.125 0.267 0.035 0.014 0.199 123 S 0.047 0.248 0.054 0.120 0.157 0.137 0.027 0.210 124 N 0.196 0.125 0.038 0.048 0.084 0.096 0.079 0.333 125 F 0.223 0.146 0.078 0.071 0.097 0.085 0.030 0.269 126 S 0.052 0.070 0.082 0.095 0.130 0.173 0.014 0.384 127 F 0.033 0.052 0.065 0.078 0.169 0.080 0.009 0.513 128 S 0.044 0.075 0.060 0.085 0.157 0.151 0.009 0.419 129 R 0.038 0.056 0.030 0.047 0.061 0.082 0.009 0.677 130 E 0.049 0.156 0.045 0.031 0.057 0.168 0.014 0.481 131 A 0.304 0.130 0.032 0.027 0.041 0.087 0.045 0.334 132 K 0.310 0.119 0.046 0.030 0.049 0.080 0.045 0.321 133 I 0.152 0.076 0.135 0.069 0.067 0.121 0.018 0.361 134 G 0.024 0.047 0.060 0.061 0.089 0.297 0.007 0.414 135 K 0.020 0.043 0.031 0.015 0.062 0.054 0.004 0.771 136 E 0.008 0.025 0.013 0.005 0.008 0.397 0.004 0.539 137 D 0.128 0.030 0.009 0.005 0.007 0.555 0.034 0.233 138 Y 0.093 0.750 0.013 0.004 0.013 0.019 0.004 0.105 139 D 0.008 0.707 0.003 0.004 0.009 0.042 0.002 0.224 140 E 0.063 0.459 0.009 0.006 0.014 0.166 0.030 0.254 141 L 0.137 0.736 0.010 0.007 0.011 0.029 0.015 0.056 142 K 0.096 0.767 0.013 0.014 0.014 0.022 0.012 0.062 143 I 0.069 0.611 0.039 0.008 0.011 0.028 0.043 0.191 144 G 0.373 0.233 0.076 0.012 0.024 0.010 0.094 0.178 145 E 0.149 0.105 0.066 0.033 0.016 0.063 0.034 0.534 146 S 0.012 0.028 0.036 0.013 0.010 0.393 0.006 0.502 147 Y 0.068 0.063 0.052 0.017 0.067 0.120 0.006 0.607 148 K 0.006 0.047 0.006 0.005 0.010 0.196 0.002 0.729 149 K 0.040 0.097 0.010 0.009 0.012 0.580 0.007 0.244 150 V 0.021 0.908 0.002 0.003 0.005 0.010 0.001 0.050 151 V 0.002 0.983 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 152 E 0.002 0.975 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.010 153 K 0.028 0.918 0.005 0.004 0.007 0.004 0.019 0.015 154 L 0.142 0.750 0.007 0.007 0.009 0.006 0.055 0.024 155 G 0.202 0.265 0.106 0.013 0.012 0.046 0.180 0.177 156 E 0.115 0.064 0.211 0.026 0.018 0.105 0.025 0.436 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 158 D 0.019 0.008 0.058 0.047 0.086 0.268 0.004 0.510 159 V 0.197 0.031 0.093 0.020 0.042 0.088 0.008 0.520 160 L 0.127 0.093 0.112 0.107 0.155 0.068 0.007 0.332 161 S 0.051 0.095 0.093 0.097 0.160 0.149 0.009 0.346 162 Q 0.075 0.148 0.054 0.081 0.117 0.085 0.013 0.426 163 S 0.086 0.198 0.054 0.079 0.152 0.127 0.024 0.282 164 M 0.166 0.112 0.055 0.078 0.096 0.082 0.043 0.369 165 S 0.122 0.102 0.060 0.089 0.114 0.122 0.040 0.352 166 S 0.102 0.042 0.033 0.054 0.059 0.186 0.029 0.495 167 D 0.047 0.019 0.017 0.021 0.033 0.167 0.017 0.679 168 K 0.056 0.013 0.027 0.021 0.031 0.210 0.017 0.624 169 E 0.096 0.015 0.022 0.034 0.031 0.508 0.014 0.281 170 E 0.085 0.049 0.046 0.075 0.090 0.287 0.011 0.356 171 M 0.021 0.097 0.071 0.193 0.396 0.045 0.004 0.172 172 Q 0.011 0.069 0.081 0.223 0.424 0.071 0.003 0.119 173 T 0.010 0.083 0.057 0.315 0.393 0.028 0.004 0.111 174 V 0.008 0.098 0.045 0.304 0.472 0.008 0.003 0.062 175 W 0.010 0.116 0.047 0.315 0.392 0.020 0.005 0.094 176 S 0.010 0.111 0.075 0.215 0.497 0.017 0.006 0.070 177 S 0.030 0.212 0.030 0.148 0.290 0.046 0.024 0.220 178 G 0.239 0.078 0.032 0.079 0.175 0.070 0.091 0.236 179 I 0.215 0.071 0.095 0.133 0.151 0.096 0.033 0.206 180 K 0.027 0.029 0.056 0.121 0.159 0.100 0.010 0.498 181 T 0.026 0.014 0.024 0.096 0.227 0.155 0.011 0.448 182 K 0.052 0.012 0.051 0.054 0.102 0.095 0.012 0.622 183 S 0.019 0.006 0.018 0.038 0.042 0.277 0.010 0.589 184 S 0.112 0.004 0.017 0.031 0.034 0.151 0.035 0.616 185 S 0.136 0.005 0.022 0.027 0.032 0.335 0.027 0.417 186 A 0.180 0.002 0.053 0.139 0.073 0.275 0.024 0.254 187 T 0.034 0.002 0.097 0.202 0.241 0.171 0.005 0.249 188 I 0.004 0.001 0.067 0.381 0.414 0.027 0.001 0.105 189 E 0.001 0.001 0.101 0.281 0.563 0.014 0.001 0.040 190 L 0.001 0.001 0.055 0.459 0.406 0.014 0.001 0.065 191 Y 0.001 0.001 0.091 0.328 0.548 0.005 0.001 0.028 192 F 0.001 0.001 0.083 0.442 0.395 0.013 0.001 0.066 193 E 0.001 0.001 0.105 0.310 0.395 0.067 0.001 0.119 194 N 0.004 0.002 0.063 0.105 0.247 0.179 0.006 0.395 195 G 0.121 0.003 0.070 0.086 0.218 0.132 0.062 0.308 196 L 0.184 0.002 0.068 0.101 0.087 0.302 0.019 0.237 197 L 0.005 0.001 0.051 0.229 0.303 0.075 0.002 0.333 198 K 0.001 0.001 0.029 0.357 0.534 0.030 0.001 0.049 199 N 0.008 0.004 0.036 0.076 0.249 0.103 0.002 0.521 200 K 0.020 0.012 0.155 0.150 0.332 0.084 0.004 0.244 201 T 0.018 0.013 0.059 0.113 0.183 0.203 0.010 0.400 202 Q 0.050 0.027 0.121 0.072 0.202 0.057 0.016 0.455 203 K 0.032 0.052 0.037 0.046 0.072 0.343 0.011 0.407 204 D 0.103 0.037 0.021 0.019 0.038 0.242 0.031 0.509 205 L 0.203 0.200 0.050 0.031 0.091 0.073 0.014 0.338 206 E 0.094 0.122 0.039 0.041 0.057 0.165 0.015 0.468