# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.147 0.229 0.130 0.100 0.037 0.118 0.054 0.025 0.034 0.001 2 S 0.060 0.210 0.594 0.015 0.028 0.028 0.009 0.001 0.050 0.004 0.002 3 M 0.485 0.015 0.429 0.024 0.005 0.023 0.002 0.001 0.005 0.002 0.011 4 K 0.667 0.052 0.158 0.074 0.014 0.019 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 5 K 0.695 0.052 0.121 0.075 0.020 0.020 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 6 T 0.733 0.090 0.099 0.031 0.012 0.021 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 7 K 0.924 0.022 0.034 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 N 0.986 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.971 0.003 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.906 0.031 0.009 0.041 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 M 0.705 0.065 0.078 0.083 0.015 0.033 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 23 L 0.379 0.151 0.141 0.232 0.020 0.025 0.022 0.001 0.027 0.001 0.001 24 G 0.217 0.046 0.133 0.119 0.114 0.040 0.135 0.114 0.014 0.068 0.001 25 C 0.244 0.101 0.175 0.304 0.051 0.046 0.044 0.008 0.019 0.007 0.001 26 Q 0.254 0.112 0.157 0.287 0.046 0.035 0.061 0.012 0.022 0.014 0.001 27 S 0.233 0.117 0.221 0.183 0.059 0.061 0.066 0.008 0.039 0.013 0.001 28 K 0.475 0.092 0.193 0.144 0.032 0.022 0.013 0.003 0.018 0.004 0.004 29 E 0.477 0.095 0.174 0.157 0.024 0.029 0.016 0.003 0.018 0.004 0.002 30 D 0.317 0.092 0.203 0.232 0.037 0.037 0.036 0.007 0.028 0.009 0.001 31 K 0.392 0.108 0.193 0.170 0.031 0.027 0.037 0.008 0.023 0.011 0.001 32 K 0.249 0.119 0.214 0.273 0.031 0.021 0.054 0.007 0.022 0.008 0.002 33 G 0.060 0.034 0.137 0.103 0.060 0.012 0.152 0.263 0.007 0.173 0.001 34 G 0.089 0.048 0.202 0.053 0.101 0.026 0.083 0.211 0.007 0.180 0.001 35 T 0.203 0.224 0.310 0.175 0.033 0.026 0.008 0.003 0.012 0.004 0.002 36 K 0.055 0.257 0.408 0.010 0.068 0.014 0.007 0.001 0.170 0.010 0.001 37 P 0.276 0.010 0.615 0.015 0.006 0.026 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 38 S 0.522 0.105 0.209 0.097 0.024 0.022 0.005 0.003 0.011 0.001 0.001 39 N 0.462 0.128 0.207 0.094 0.050 0.025 0.009 0.003 0.018 0.003 0.001 40 E 0.592 0.087 0.151 0.091 0.027 0.023 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 41 A 0.783 0.050 0.077 0.052 0.012 0.011 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 42 A 0.799 0.045 0.061 0.058 0.013 0.009 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 43 L 0.641 0.082 0.085 0.135 0.020 0.015 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 44 T 0.533 0.145 0.132 0.108 0.025 0.019 0.013 0.001 0.022 0.001 0.001 45 K 0.581 0.101 0.130 0.112 0.021 0.022 0.017 0.001 0.013 0.001 0.001 46 T 0.474 0.114 0.133 0.161 0.035 0.029 0.026 0.004 0.020 0.003 0.001 47 E 0.485 0.071 0.160 0.198 0.019 0.029 0.022 0.002 0.012 0.002 0.001 48 N 0.306 0.102 0.198 0.174 0.039 0.064 0.053 0.008 0.046 0.009 0.001 49 L 0.847 0.019 0.079 0.032 0.005 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 50 D 0.796 0.020 0.042 0.101 0.008 0.014 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 51 F 0.596 0.094 0.058 0.206 0.013 0.010 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 52 R 0.492 0.178 0.154 0.060 0.036 0.021 0.026 0.002 0.029 0.001 0.001 53 L 0.461 0.217 0.169 0.075 0.026 0.028 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 54 S 0.333 0.249 0.157 0.153 0.038 0.028 0.010 0.002 0.027 0.002 0.001 55 F 0.333 0.162 0.207 0.143 0.051 0.028 0.039 0.005 0.025 0.005 0.001 56 N 0.337 0.075 0.110 0.247 0.042 0.021 0.142 0.010 0.010 0.007 0.001 57 K 0.145 0.215 0.141 0.230 0.109 0.033 0.086 0.014 0.023 0.004 0.001 58 I 0.045 0.646 0.238 0.016 0.022 0.016 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 59 K 0.026 0.474 0.378 0.008 0.017 0.084 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 60 V 0.046 0.733 0.140 0.012 0.028 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 61 T 0.065 0.503 0.198 0.023 0.130 0.032 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 62 T 0.202 0.313 0.258 0.046 0.090 0.038 0.014 0.002 0.033 0.003 0.001 63 D 0.323 0.183 0.239 0.084 0.070 0.045 0.023 0.004 0.024 0.005 0.001 64 Q 0.411 0.166 0.132 0.189 0.039 0.021 0.019 0.003 0.016 0.002 0.001 65 N 0.276 0.143 0.123 0.244 0.062 0.023 0.086 0.012 0.023 0.008 0.001 66 H 0.199 0.208 0.199 0.171 0.081 0.032 0.059 0.010 0.030 0.009 0.001 67 F 0.142 0.351 0.267 0.099 0.040 0.042 0.020 0.003 0.031 0.004 0.002 68 S 0.086 0.246 0.404 0.113 0.045 0.044 0.025 0.002 0.027 0.003 0.005 69 G 0.054 0.063 0.152 0.091 0.172 0.021 0.089 0.174 0.014 0.168 0.001 70 G 0.067 0.048 0.173 0.047 0.150 0.051 0.072 0.222 0.009 0.160 0.001 71 T 0.198 0.181 0.322 0.184 0.047 0.042 0.005 0.003 0.010 0.006 0.001 72 S 0.067 0.144 0.420 0.024 0.069 0.106 0.009 0.001 0.142 0.018 0.001 73 I 0.986 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.208 0.001 0.007 0.764 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 81 G 0.021 0.001 0.011 0.019 0.002 0.003 0.457 0.454 0.001 0.032 0.001 82 D 0.022 0.161 0.667 0.014 0.012 0.023 0.011 0.001 0.089 0.002 0.001 83 P 0.379 0.002 0.545 0.023 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 84 N 0.365 0.069 0.126 0.302 0.034 0.048 0.022 0.017 0.012 0.004 0.001 85 K 0.286 0.129 0.209 0.237 0.050 0.028 0.025 0.007 0.022 0.005 0.002 86 S 0.232 0.155 0.258 0.162 0.062 0.031 0.039 0.010 0.041 0.010 0.002 87 E 0.305 0.176 0.267 0.121 0.045 0.036 0.017 0.003 0.023 0.004 0.003 88 Q 0.195 0.280 0.249 0.135 0.045 0.045 0.013 0.003 0.031 0.003 0.002 89 R 0.231 0.301 0.254 0.095 0.052 0.026 0.010 0.003 0.024 0.003 0.001 90 N 0.147 0.228 0.313 0.098 0.060 0.067 0.029 0.003 0.046 0.007 0.001 91 A 0.292 0.159 0.216 0.207 0.033 0.018 0.038 0.005 0.021 0.007 0.003 92 G 0.078 0.022 0.078 0.143 0.050 0.012 0.225 0.271 0.005 0.116 0.001 93 N 0.064 0.115 0.212 0.111 0.152 0.026 0.150 0.115 0.019 0.035 0.001 94 I 0.043 0.482 0.383 0.025 0.028 0.017 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 95 T 0.043 0.478 0.356 0.020 0.029 0.053 0.003 0.001 0.015 0.001 0.002 96 L 0.055 0.567 0.223 0.030 0.063 0.034 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 97 D 0.082 0.430 0.232 0.047 0.115 0.042 0.013 0.002 0.035 0.002 0.001 98 S 0.122 0.451 0.160 0.060 0.135 0.025 0.013 0.003 0.028 0.002 0.001 99 Y 0.108 0.473 0.193 0.059 0.094 0.036 0.011 0.002 0.022 0.002 0.001 100 T 0.115 0.538 0.169 0.051 0.062 0.028 0.008 0.001 0.027 0.001 0.001 101 W 0.161 0.324 0.240 0.080 0.083 0.059 0.016 0.002 0.031 0.003 0.001 102 V 0.119 0.351 0.226 0.148 0.051 0.049 0.015 0.003 0.034 0.003 0.001 103 K 0.169 0.336 0.209 0.119 0.042 0.044 0.038 0.004 0.030 0.007 0.002 104 D 0.079 0.082 0.170 0.288 0.050 0.040 0.241 0.013 0.022 0.012 0.002 105 G 0.021 0.098 0.066 0.087 0.164 0.012 0.111 0.344 0.013 0.082 0.001 106 A 0.020 0.504 0.345 0.028 0.063 0.017 0.006 0.002 0.011 0.001 0.002 107 V 0.004 0.805 0.129 0.007 0.029 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 I 0.001 0.868 0.060 0.002 0.056 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 N 0.001 0.791 0.125 0.001 0.038 0.038 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 110 A 0.001 0.866 0.073 0.001 0.033 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 111 Q 0.001 0.868 0.076 0.001 0.015 0.032 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 112 L 0.013 0.554 0.276 0.005 0.032 0.104 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 113 Y 0.106 0.545 0.116 0.052 0.068 0.038 0.022 0.002 0.048 0.003 0.001 114 K 0.085 0.080 0.108 0.167 0.105 0.028 0.354 0.019 0.016 0.036 0.001 115 N 0.072 0.044 0.071 0.173 0.082 0.028 0.337 0.129 0.016 0.047 0.001 116 S 0.204 0.231 0.403 0.058 0.042 0.018 0.019 0.007 0.011 0.005 0.002 117 T 0.309 0.292 0.258 0.055 0.033 0.034 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 118 V 0.297 0.523 0.098 0.023 0.036 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 119 A 0.452 0.331 0.120 0.021 0.044 0.017 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 120 R 0.559 0.185 0.105 0.024 0.080 0.016 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 121 S 0.559 0.189 0.139 0.044 0.030 0.019 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 122 I 0.668 0.123 0.082 0.067 0.020 0.015 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 123 S 0.451 0.069 0.081 0.296 0.026 0.009 0.054 0.002 0.010 0.002 0.001 124 N 0.187 0.043 0.068 0.128 0.099 0.016 0.246 0.155 0.013 0.044 0.001 125 F 0.143 0.340 0.342 0.082 0.033 0.028 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 126 S 0.118 0.369 0.334 0.056 0.034 0.057 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 127 F 0.150 0.469 0.178 0.058 0.070 0.042 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 128 S 0.287 0.176 0.273 0.070 0.083 0.054 0.015 0.002 0.034 0.005 0.001 129 R 0.651 0.061 0.108 0.093 0.033 0.021 0.014 0.002 0.011 0.004 0.001 130 E 0.578 0.051 0.080 0.195 0.023 0.016 0.034 0.005 0.014 0.003 0.001 131 A 0.521 0.092 0.094 0.194 0.026 0.010 0.041 0.007 0.012 0.003 0.001 132 K 0.254 0.179 0.197 0.157 0.059 0.041 0.070 0.008 0.030 0.005 0.001 133 I 0.160 0.256 0.389 0.108 0.026 0.032 0.009 0.001 0.017 0.001 0.002 134 G 0.061 0.108 0.434 0.044 0.088 0.099 0.034 0.009 0.063 0.060 0.001 135 K 0.855 0.010 0.085 0.025 0.006 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 136 E 0.870 0.008 0.025 0.079 0.005 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 137 D 0.518 0.056 0.069 0.286 0.009 0.028 0.014 0.002 0.016 0.001 0.001 138 Y 0.732 0.060 0.105 0.052 0.008 0.010 0.021 0.002 0.007 0.001 0.001 139 D 0.874 0.015 0.020 0.057 0.005 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.645 0.021 0.019 0.272 0.009 0.006 0.020 0.001 0.006 0.001 0.001 141 L 0.600 0.118 0.166 0.064 0.011 0.009 0.015 0.001 0.015 0.001 0.001 142 K 0.409 0.254 0.176 0.053 0.022 0.039 0.014 0.001 0.030 0.001 0.001 143 I 0.191 0.152 0.361 0.197 0.028 0.023 0.027 0.001 0.016 0.001 0.001 144 G 0.044 0.007 0.037 0.015 0.050 0.008 0.046 0.503 0.003 0.286 0.001 145 E 0.495 0.070 0.267 0.079 0.035 0.028 0.010 0.003 0.007 0.005 0.001 146 S 0.396 0.099 0.190 0.183 0.034 0.063 0.013 0.002 0.015 0.004 0.001 147 Y 0.828 0.047 0.049 0.037 0.014 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 148 K 0.971 0.005 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.951 0.007 0.006 0.029 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.960 0.013 0.005 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 151 V 0.983 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.986 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.966 0.004 0.003 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 154 L 0.219 0.006 0.024 0.725 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 155 G 0.020 0.001 0.010 0.012 0.006 0.002 0.254 0.611 0.001 0.082 0.001 156 E 0.028 0.226 0.629 0.012 0.019 0.017 0.005 0.001 0.060 0.003 0.001 157 P 0.300 0.004 0.623 0.022 0.002 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.019 158 D 0.461 0.089 0.137 0.184 0.045 0.037 0.018 0.014 0.011 0.004 0.001 159 V 0.325 0.201 0.220 0.109 0.073 0.028 0.012 0.003 0.025 0.002 0.001 160 L 0.282 0.303 0.221 0.096 0.036 0.027 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 161 S 0.237 0.268 0.253 0.070 0.072 0.048 0.016 0.002 0.031 0.003 0.001 162 Q 0.406 0.243 0.161 0.084 0.047 0.024 0.008 0.001 0.021 0.002 0.001 163 S 0.320 0.217 0.170 0.132 0.084 0.025 0.017 0.002 0.031 0.002 0.001 164 M 0.316 0.217 0.188 0.119 0.064 0.035 0.021 0.004 0.032 0.003 0.001 165 S 0.244 0.231 0.204 0.188 0.044 0.037 0.023 0.003 0.024 0.002 0.001 166 S 0.248 0.153 0.184 0.209 0.073 0.033 0.043 0.016 0.020 0.020 0.001 167 D 0.140 0.085 0.250 0.155 0.080 0.083 0.125 0.015 0.040 0.026 0.001 168 K 0.560 0.066 0.169 0.137 0.020 0.017 0.011 0.003 0.009 0.004 0.002 169 E 0.570 0.079 0.135 0.124 0.027 0.026 0.020 0.006 0.010 0.003 0.001 170 E 0.326 0.251 0.195 0.096 0.050 0.033 0.018 0.003 0.025 0.001 0.001 171 M 0.340 0.350 0.197 0.040 0.034 0.019 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 172 Q 0.257 0.525 0.103 0.018 0.071 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 173 T 0.133 0.693 0.046 0.010 0.097 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 174 V 0.108 0.733 0.060 0.006 0.058 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 175 W 0.147 0.580 0.169 0.014 0.020 0.057 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 176 S 0.342 0.326 0.136 0.038 0.045 0.047 0.006 0.001 0.060 0.001 0.001 177 S 0.185 0.079 0.164 0.372 0.034 0.014 0.127 0.003 0.018 0.004 0.001 178 G 0.011 0.004 0.015 0.010 0.032 0.004 0.144 0.597 0.002 0.181 0.001 179 I 0.166 0.224 0.482 0.062 0.027 0.019 0.005 0.001 0.011 0.002 0.001 180 K 0.238 0.193 0.307 0.108 0.023 0.076 0.017 0.002 0.031 0.004 0.002 181 T 0.176 0.163 0.173 0.352 0.041 0.027 0.036 0.004 0.022 0.004 0.002 182 K 0.098 0.068 0.107 0.180 0.122 0.036 0.140 0.139 0.023 0.086 0.001 183 S 0.090 0.192 0.349 0.129 0.066 0.047 0.041 0.007 0.060 0.016 0.002 184 S 0.429 0.073 0.227 0.185 0.017 0.020 0.014 0.004 0.015 0.009 0.005 185 S 0.140 0.137 0.192 0.254 0.076 0.043 0.082 0.029 0.029 0.016 0.002 186 A 0.134 0.222 0.296 0.168 0.070 0.027 0.038 0.012 0.023 0.006 0.004 187 T 0.037 0.507 0.207 0.096 0.072 0.031 0.020 0.005 0.022 0.001 0.001 188 I 0.006 0.788 0.112 0.010 0.060 0.009 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 189 E 0.003 0.785 0.138 0.003 0.034 0.029 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 190 L 0.001 0.863 0.075 0.001 0.035 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 191 Y 0.002 0.877 0.065 0.001 0.022 0.028 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 192 F 0.005 0.568 0.312 0.002 0.026 0.076 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 193 E 0.251 0.432 0.168 0.022 0.024 0.060 0.008 0.001 0.030 0.001 0.004 194 N 0.075 0.031 0.105 0.314 0.033 0.019 0.399 0.005 0.010 0.009 0.001 195 G 0.005 0.002 0.005 0.006 0.009 0.002 0.204 0.716 0.001 0.051 0.001 196 L 0.058 0.339 0.528 0.020 0.025 0.010 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 197 L 0.106 0.268 0.506 0.031 0.016 0.049 0.004 0.001 0.016 0.001 0.003 198 K 0.199 0.485 0.181 0.049 0.050 0.016 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 199 N 0.231 0.251 0.199 0.091 0.108 0.043 0.018 0.002 0.051 0.005 0.001 200 K 0.504 0.100 0.179 0.095 0.053 0.016 0.019 0.003 0.025 0.004 0.002 201 T 0.427 0.133 0.137 0.200 0.035 0.021 0.020 0.004 0.019 0.003 0.001 202 Q 0.293 0.164 0.202 0.189 0.040 0.034 0.035 0.005 0.033 0.003 0.001 203 K 0.290 0.213 0.223 0.188 0.022 0.016 0.027 0.003 0.013 0.003 0.001 204 D 0.090 0.079 0.275 0.121 0.082 0.087 0.166 0.021 0.046 0.032 0.001 205 L 0.436 0.120 0.267 0.115 0.022 0.014 0.005 0.001 0.013 0.002 0.005 206 E 0.323 0.257 0.221 0.095 0.035 0.030 0.010 0.003 0.022 0.002 0.001