# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.178 0.117 0.054 0.109 0.038 0.033 0.084 0.052 0.205 0.067 2 S 0.061 0.406 0.198 0.018 0.172 0.008 0.011 0.053 0.027 0.026 0.020 3 M 0.048 0.048 0.018 0.006 0.059 0.010 0.037 0.406 0.303 0.042 0.023 4 K 0.031 0.038 0.016 0.010 0.046 0.021 0.071 0.478 0.200 0.067 0.021 5 K 0.088 0.070 0.022 0.007 0.109 0.017 0.040 0.394 0.107 0.108 0.039 6 T 0.110 0.080 0.014 0.005 0.152 0.008 0.018 0.446 0.057 0.067 0.043 7 K 0.135 0.059 0.009 0.003 0.185 0.009 0.021 0.460 0.066 0.023 0.030 8 N 0.059 0.037 0.004 0.002 0.080 0.007 0.013 0.710 0.041 0.023 0.024 9 W 0.077 0.020 0.002 0.001 0.067 0.003 0.010 0.749 0.049 0.008 0.015 10 L 0.029 0.011 0.001 0.001 0.035 0.002 0.005 0.886 0.024 0.004 0.003 11 L 0.013 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.947 0.012 0.003 0.001 12 V 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.967 0.012 0.002 0.001 13 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.974 0.015 0.001 0.001 14 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.021 0.001 0.001 15 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.975 0.014 0.003 0.001 16 V 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.965 0.014 0.006 0.001 17 T 0.014 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.905 0.033 0.009 0.004 18 F 0.042 0.020 0.003 0.002 0.042 0.004 0.020 0.765 0.076 0.014 0.013 19 C 0.071 0.041 0.007 0.004 0.076 0.010 0.043 0.623 0.076 0.026 0.022 20 F 0.147 0.091 0.011 0.003 0.212 0.008 0.040 0.364 0.074 0.027 0.021 21 L 0.183 0.120 0.011 0.003 0.367 0.007 0.028 0.194 0.032 0.029 0.025 22 M 0.255 0.090 0.016 0.006 0.371 0.009 0.024 0.100 0.023 0.041 0.066 23 L 0.148 0.116 0.056 0.062 0.202 0.050 0.058 0.087 0.036 0.089 0.095 24 G 0.093 0.170 0.161 0.113 0.157 0.039 0.038 0.073 0.034 0.077 0.045 25 C 0.077 0.113 0.086 0.045 0.125 0.024 0.052 0.179 0.126 0.131 0.045 26 Q 0.057 0.119 0.069 0.048 0.096 0.036 0.058 0.157 0.131 0.187 0.043 27 S 0.087 0.214 0.123 0.026 0.177 0.016 0.024 0.124 0.079 0.089 0.040 28 K 0.057 0.070 0.035 0.012 0.080 0.014 0.039 0.370 0.226 0.067 0.031 29 E 0.055 0.073 0.039 0.021 0.082 0.028 0.082 0.315 0.135 0.137 0.033 30 D 0.105 0.165 0.109 0.020 0.158 0.016 0.029 0.173 0.061 0.112 0.052 31 K 0.069 0.077 0.074 0.049 0.079 0.050 0.051 0.271 0.107 0.117 0.056 32 K 0.050 0.249 0.118 0.066 0.094 0.047 0.079 0.133 0.062 0.075 0.027 33 G 0.045 0.080 0.062 0.104 0.056 0.047 0.039 0.093 0.092 0.280 0.102 34 G 0.076 0.179 0.126 0.043 0.153 0.026 0.037 0.093 0.067 0.141 0.060 35 T 0.100 0.193 0.107 0.039 0.170 0.026 0.040 0.074 0.055 0.136 0.060 36 K 0.064 0.371 0.227 0.028 0.172 0.013 0.016 0.037 0.022 0.030 0.020 37 P 0.069 0.226 0.106 0.019 0.151 0.017 0.024 0.190 0.121 0.047 0.030 38 S 0.046 0.135 0.049 0.010 0.089 0.012 0.029 0.371 0.170 0.064 0.026 39 N 0.040 0.074 0.023 0.007 0.067 0.011 0.030 0.483 0.119 0.116 0.029 40 E 0.047 0.085 0.025 0.008 0.080 0.010 0.019 0.480 0.125 0.096 0.026 41 A 0.029 0.050 0.016 0.006 0.051 0.009 0.020 0.584 0.169 0.052 0.014 42 A 0.021 0.034 0.010 0.003 0.033 0.005 0.026 0.632 0.173 0.051 0.011 43 L 0.056 0.060 0.015 0.003 0.072 0.006 0.041 0.490 0.119 0.116 0.021 44 T 0.061 0.166 0.045 0.007 0.115 0.010 0.024 0.382 0.090 0.073 0.025 45 K 0.065 0.053 0.025 0.010 0.071 0.014 0.057 0.449 0.140 0.080 0.035 46 T 0.044 0.077 0.048 0.022 0.061 0.024 0.058 0.415 0.118 0.107 0.026 47 E 0.038 0.171 0.063 0.023 0.086 0.024 0.057 0.296 0.090 0.122 0.030 48 N 0.112 0.068 0.033 0.015 0.127 0.010 0.018 0.251 0.117 0.175 0.074 49 L 0.050 0.107 0.025 0.005 0.110 0.011 0.031 0.438 0.165 0.035 0.021 50 D 0.126 0.067 0.016 0.006 0.146 0.013 0.062 0.374 0.079 0.074 0.037 51 F 0.148 0.175 0.028 0.004 0.239 0.010 0.022 0.219 0.067 0.054 0.033 52 R 0.164 0.082 0.023 0.013 0.229 0.023 0.036 0.241 0.069 0.058 0.063 53 L 0.132 0.121 0.040 0.012 0.178 0.021 0.056 0.267 0.073 0.066 0.034 54 S 0.089 0.108 0.053 0.026 0.143 0.023 0.059 0.156 0.072 0.188 0.084 55 F 0.155 0.118 0.042 0.018 0.205 0.017 0.037 0.177 0.113 0.064 0.055 56 N 0.040 0.081 0.059 0.047 0.073 0.087 0.104 0.266 0.123 0.087 0.034 57 K 0.199 0.170 0.029 0.005 0.310 0.006 0.028 0.106 0.042 0.070 0.036 58 I 0.261 0.087 0.006 0.001 0.578 0.003 0.009 0.025 0.011 0.005 0.013 59 K 0.220 0.107 0.016 0.005 0.513 0.013 0.015 0.043 0.012 0.012 0.045 60 V 0.285 0.107 0.015 0.005 0.361 0.008 0.013 0.062 0.017 0.047 0.079 61 T 0.165 0.166 0.060 0.026 0.306 0.022 0.032 0.076 0.027 0.057 0.062 62 T 0.110 0.220 0.097 0.025 0.214 0.017 0.028 0.151 0.057 0.046 0.034 63 D 0.100 0.081 0.032 0.017 0.133 0.022 0.055 0.265 0.164 0.088 0.043 64 Q 0.077 0.101 0.041 0.028 0.109 0.036 0.081 0.240 0.128 0.118 0.042 65 N 0.072 0.142 0.074 0.050 0.120 0.043 0.067 0.166 0.086 0.119 0.062 66 H 0.190 0.092 0.047 0.017 0.205 0.015 0.030 0.092 0.054 0.162 0.097 67 F 0.110 0.238 0.101 0.024 0.219 0.024 0.032 0.088 0.047 0.062 0.055 68 S 0.095 0.142 0.068 0.060 0.162 0.052 0.063 0.130 0.065 0.094 0.069 69 G 0.086 0.118 0.070 0.053 0.119 0.059 0.058 0.085 0.072 0.215 0.066 70 G 0.040 0.128 0.222 0.091 0.078 0.026 0.029 0.100 0.058 0.166 0.062 71 T 0.029 0.337 0.220 0.040 0.078 0.021 0.037 0.095 0.039 0.085 0.019 72 S 0.004 0.542 0.343 0.004 0.019 0.001 0.001 0.052 0.028 0.003 0.003 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.110 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.110 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.850 0.142 0.001 0.001 79 W 0.001 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 0.364 0.458 0.118 0.040 0.001 80 F 0.024 0.524 0.145 0.007 0.049 0.009 0.025 0.051 0.023 0.106 0.036 81 G 0.049 0.057 0.055 0.079 0.036 0.035 0.022 0.025 0.021 0.441 0.180 82 D 0.038 0.404 0.336 0.012 0.157 0.002 0.005 0.012 0.009 0.017 0.008 83 P 0.037 0.104 0.028 0.008 0.080 0.011 0.065 0.244 0.371 0.034 0.018 84 N 0.041 0.067 0.045 0.029 0.067 0.035 0.077 0.258 0.171 0.174 0.036 85 K 0.095 0.114 0.050 0.017 0.149 0.017 0.028 0.186 0.088 0.185 0.071 86 S 0.087 0.156 0.088 0.025 0.154 0.021 0.026 0.210 0.082 0.100 0.050 87 E 0.072 0.131 0.060 0.018 0.142 0.021 0.032 0.289 0.107 0.089 0.039 88 Q 0.130 0.101 0.032 0.007 0.212 0.010 0.023 0.228 0.086 0.126 0.045 89 R 0.071 0.231 0.118 0.015 0.140 0.015 0.037 0.255 0.064 0.032 0.024 90 N 0.085 0.034 0.074 0.042 0.054 0.043 0.098 0.298 0.079 0.128 0.065 91 A 0.021 0.371 0.164 0.116 0.049 0.078 0.058 0.082 0.027 0.023 0.011 92 G 0.023 0.058 0.051 0.257 0.024 0.115 0.082 0.041 0.032 0.223 0.095 93 N 0.066 0.210 0.123 0.064 0.123 0.014 0.011 0.026 0.030 0.211 0.123 94 I 0.212 0.160 0.014 0.002 0.574 0.003 0.006 0.009 0.005 0.006 0.009 95 T 0.270 0.126 0.020 0.006 0.490 0.007 0.008 0.011 0.006 0.012 0.045 96 L 0.342 0.101 0.024 0.013 0.353 0.019 0.019 0.024 0.015 0.018 0.073 97 D 0.135 0.152 0.064 0.051 0.230 0.073 0.060 0.068 0.037 0.059 0.072 98 S 0.238 0.151 0.043 0.010 0.347 0.008 0.013 0.046 0.025 0.062 0.057 99 Y 0.253 0.093 0.019 0.005 0.432 0.010 0.016 0.044 0.033 0.044 0.050 100 T 0.130 0.256 0.065 0.012 0.370 0.013 0.019 0.048 0.022 0.025 0.040 101 W 0.231 0.155 0.046 0.013 0.296 0.016 0.034 0.064 0.024 0.055 0.066 102 V 0.159 0.122 0.195 0.048 0.143 0.034 0.044 0.079 0.044 0.074 0.059 103 K 0.046 0.046 0.068 0.256 0.044 0.187 0.071 0.134 0.060 0.059 0.029 104 D 0.029 0.194 0.147 0.209 0.060 0.112 0.135 0.026 0.021 0.055 0.012 105 G 0.038 0.040 0.046 0.099 0.035 0.022 0.009 0.009 0.019 0.475 0.208 106 A 0.108 0.290 0.028 0.002 0.550 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 107 V 0.297 0.037 0.002 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 108 I 0.246 0.076 0.005 0.001 0.661 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 109 N 0.352 0.013 0.001 0.001 0.626 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 110 A 0.220 0.069 0.004 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 111 Q 0.261 0.057 0.003 0.001 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 112 L 0.427 0.068 0.014 0.004 0.312 0.006 0.004 0.004 0.003 0.023 0.134 113 Y 0.064 0.070 0.082 0.343 0.069 0.205 0.048 0.031 0.010 0.030 0.048 114 K 0.016 0.076 0.066 0.428 0.023 0.176 0.141 0.029 0.017 0.021 0.007 115 N 0.042 0.033 0.064 0.137 0.040 0.023 0.011 0.031 0.050 0.449 0.119 116 S 0.085 0.246 0.067 0.013 0.188 0.020 0.034 0.123 0.119 0.060 0.044 117 T 0.176 0.209 0.032 0.009 0.316 0.013 0.025 0.102 0.025 0.039 0.055 118 V 0.293 0.098 0.016 0.008 0.307 0.011 0.018 0.124 0.036 0.036 0.054 119 A 0.180 0.106 0.024 0.014 0.325 0.024 0.024 0.211 0.037 0.021 0.034 120 R 0.154 0.133 0.026 0.007 0.255 0.013 0.021 0.286 0.061 0.026 0.020 121 S 0.149 0.079 0.011 0.002 0.175 0.004 0.029 0.385 0.064 0.064 0.038 122 I 0.182 0.036 0.013 0.013 0.123 0.029 0.076 0.276 0.130 0.052 0.071 123 S 0.024 0.264 0.063 0.049 0.067 0.124 0.219 0.116 0.040 0.019 0.016 124 N 0.085 0.036 0.036 0.048 0.064 0.018 0.020 0.043 0.031 0.393 0.228 125 F 0.116 0.321 0.072 0.005 0.371 0.006 0.012 0.033 0.019 0.022 0.024 126 S 0.175 0.202 0.046 0.016 0.341 0.016 0.027 0.058 0.022 0.036 0.062 127 F 0.151 0.208 0.068 0.025 0.243 0.023 0.035 0.103 0.040 0.052 0.052 128 S 0.118 0.136 0.072 0.034 0.225 0.035 0.040 0.173 0.059 0.067 0.042 129 R 0.071 0.123 0.056 0.020 0.114 0.022 0.044 0.303 0.145 0.068 0.033 130 E 0.057 0.062 0.032 0.025 0.075 0.030 0.062 0.276 0.185 0.146 0.050 131 A 0.053 0.173 0.052 0.014 0.111 0.021 0.044 0.252 0.143 0.105 0.033 132 K 0.088 0.083 0.038 0.013 0.123 0.013 0.051 0.245 0.102 0.154 0.090 133 I 0.090 0.213 0.072 0.020 0.155 0.028 0.043 0.155 0.049 0.129 0.047 134 G 0.043 0.436 0.212 0.024 0.123 0.011 0.012 0.062 0.023 0.032 0.021 135 K 0.047 0.032 0.016 0.005 0.047 0.006 0.016 0.475 0.279 0.054 0.024 136 E 0.005 0.038 0.015 0.005 0.015 0.010 0.043 0.663 0.181 0.022 0.004 137 D 0.031 0.025 0.007 0.002 0.032 0.003 0.040 0.543 0.108 0.186 0.023 138 Y 0.027 0.043 0.011 0.003 0.041 0.005 0.011 0.605 0.182 0.053 0.019 139 D 0.007 0.011 0.006 0.006 0.011 0.015 0.034 0.723 0.164 0.017 0.006 140 E 0.032 0.026 0.007 0.001 0.032 0.002 0.022 0.634 0.120 0.116 0.008 141 L 0.043 0.095 0.013 0.001 0.079 0.003 0.027 0.581 0.112 0.034 0.013 142 K 0.051 0.022 0.014 0.015 0.052 0.034 0.108 0.539 0.087 0.046 0.030 143 I 0.038 0.253 0.069 0.042 0.073 0.069 0.125 0.183 0.053 0.073 0.022 144 G 0.039 0.039 0.077 0.097 0.043 0.021 0.016 0.096 0.046 0.365 0.161 145 E 0.045 0.172 0.100 0.025 0.106 0.021 0.037 0.281 0.098 0.089 0.027 146 S 0.029 0.361 0.114 0.012 0.079 0.007 0.019 0.216 0.081 0.056 0.027 147 Y 0.010 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.787 0.159 0.014 0.009 148 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.913 0.063 0.003 0.001 149 K 0.007 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.943 0.011 0.021 0.001 150 V 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.932 0.043 0.010 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.845 0.141 0.004 0.001 152 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.863 0.121 0.004 0.001 153 K 0.006 0.013 0.008 0.001 0.008 0.003 0.267 0.532 0.110 0.050 0.003 154 L 0.047 0.359 0.112 0.015 0.090 0.017 0.040 0.094 0.045 0.131 0.049 155 G 0.043 0.064 0.074 0.155 0.039 0.075 0.044 0.053 0.032 0.296 0.125 156 E 0.070 0.277 0.295 0.032 0.190 0.008 0.014 0.027 0.016 0.053 0.019 157 P 0.091 0.238 0.064 0.015 0.220 0.012 0.041 0.113 0.150 0.034 0.021 158 D 0.039 0.135 0.071 0.036 0.090 0.046 0.077 0.195 0.185 0.089 0.037 159 V 0.131 0.116 0.036 0.009 0.194 0.010 0.025 0.185 0.092 0.137 0.065 160 L 0.115 0.098 0.038 0.016 0.171 0.021 0.040 0.205 0.106 0.131 0.058 161 S 0.089 0.231 0.113 0.023 0.198 0.020 0.027 0.152 0.058 0.056 0.034 162 Q 0.096 0.069 0.027 0.010 0.122 0.016 0.037 0.293 0.175 0.110 0.044 163 S 0.073 0.192 0.055 0.012 0.168 0.015 0.042 0.228 0.112 0.074 0.029 164 M 0.089 0.078 0.036 0.019 0.107 0.024 0.067 0.203 0.128 0.171 0.077 165 S 0.117 0.128 0.084 0.030 0.166 0.024 0.045 0.138 0.065 0.140 0.062 166 S 0.061 0.212 0.127 0.068 0.117 0.057 0.066 0.127 0.049 0.087 0.030 167 D 0.098 0.157 0.152 0.042 0.165 0.017 0.020 0.104 0.067 0.124 0.053 168 K 0.059 0.065 0.022 0.007 0.085 0.011 0.027 0.363 0.284 0.053 0.026 169 E 0.037 0.060 0.029 0.013 0.065 0.026 0.064 0.469 0.132 0.081 0.025 170 E 0.143 0.083 0.020 0.006 0.165 0.008 0.023 0.313 0.089 0.091 0.059 171 M 0.177 0.092 0.010 0.003 0.264 0.009 0.021 0.312 0.051 0.030 0.031 172 Q 0.157 0.120 0.020 0.010 0.285 0.020 0.025 0.275 0.028 0.030 0.031 173 T 0.276 0.102 0.008 0.001 0.453 0.003 0.006 0.103 0.015 0.013 0.020 174 V 0.172 0.149 0.009 0.002 0.448 0.004 0.012 0.153 0.019 0.013 0.019 175 W 0.284 0.066 0.016 0.004 0.256 0.006 0.035 0.194 0.030 0.034 0.075 176 S 0.119 0.061 0.047 0.081 0.108 0.114 0.055 0.221 0.049 0.067 0.079 177 S 0.012 0.289 0.091 0.157 0.033 0.121 0.206 0.051 0.016 0.014 0.008 178 G 0.050 0.024 0.039 0.068 0.040 0.010 0.006 0.019 0.031 0.489 0.224 179 I 0.123 0.243 0.049 0.005 0.257 0.007 0.024 0.107 0.103 0.045 0.036 180 K 0.109 0.117 0.070 0.076 0.128 0.063 0.118 0.110 0.056 0.079 0.075 181 T 0.084 0.154 0.104 0.136 0.107 0.094 0.112 0.068 0.045 0.063 0.033 182 K 0.068 0.044 0.089 0.150 0.077 0.060 0.036 0.061 0.075 0.260 0.080 183 S 0.162 0.118 0.103 0.037 0.204 0.025 0.033 0.082 0.090 0.102 0.043 184 S 0.101 0.130 0.086 0.036 0.186 0.042 0.069 0.078 0.087 0.128 0.056 185 S 0.272 0.100 0.048 0.025 0.294 0.019 0.025 0.030 0.031 0.078 0.079 186 A 0.118 0.234 0.078 0.020 0.379 0.035 0.046 0.020 0.017 0.028 0.025 187 T 0.240 0.133 0.011 0.004 0.577 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.017 188 I 0.250 0.035 0.002 0.001 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 189 E 0.269 0.018 0.001 0.001 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 190 L 0.215 0.064 0.004 0.001 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 191 Y 0.232 0.075 0.003 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 192 F 0.324 0.173 0.098 0.007 0.266 0.004 0.003 0.003 0.002 0.012 0.108 193 E 0.013 0.024 0.056 0.452 0.012 0.333 0.032 0.037 0.012 0.013 0.017 194 N 0.004 0.235 0.123 0.387 0.012 0.080 0.133 0.013 0.006 0.005 0.001 195 G 0.010 0.008 0.017 0.073 0.007 0.011 0.004 0.011 0.044 0.664 0.150 196 L 0.039 0.557 0.048 0.003 0.175 0.006 0.015 0.056 0.049 0.031 0.020 197 L 0.395 0.076 0.010 0.006 0.344 0.009 0.018 0.049 0.015 0.026 0.053 198 K 0.120 0.186 0.101 0.073 0.182 0.073 0.058 0.083 0.035 0.040 0.050 199 N 0.220 0.116 0.053 0.017 0.307 0.020 0.020 0.108 0.036 0.057 0.047 200 K 0.069 0.131 0.045 0.013 0.133 0.018 0.035 0.258 0.192 0.073 0.033 201 T 0.076 0.084 0.040 0.012 0.103 0.015 0.075 0.251 0.181 0.106 0.057 202 Q 0.137 0.054 0.026 0.010 0.115 0.015 0.051 0.247 0.132 0.148 0.064 203 K 0.028 0.311 0.110 0.049 0.088 0.080 0.124 0.113 0.041 0.040 0.016 204 D 0.125 0.118 0.091 0.045 0.146 0.018 0.015 0.049 0.031 0.219 0.143 205 L 0.175 0.151 0.040 0.006 0.276 0.009 0.026 0.106 0.115 0.049 0.049 206 E 0.089 0.184 0.073 0.028 0.216 0.041 0.089 0.132 0.065 0.043 0.039