# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.624 0.238 0.078 0.041 0.016 0.002 0.001 2 S 0.634 0.256 0.076 0.027 0.007 0.001 0.001 3 M 0.628 0.226 0.101 0.038 0.007 0.001 0.001 4 K 0.535 0.246 0.144 0.060 0.014 0.002 0.001 5 K 0.519 0.283 0.122 0.057 0.015 0.003 0.001 6 T 0.248 0.261 0.245 0.169 0.058 0.017 0.001 7 K 0.146 0.210 0.261 0.234 0.105 0.039 0.004 8 N 0.079 0.122 0.174 0.247 0.207 0.138 0.033 9 W 0.050 0.061 0.091 0.181 0.221 0.260 0.135 10 L 0.042 0.058 0.092 0.176 0.220 0.249 0.164 11 L 0.031 0.045 0.066 0.131 0.160 0.244 0.322 12 V 0.029 0.026 0.043 0.142 0.105 0.203 0.453 13 F 0.020 0.024 0.038 0.115 0.134 0.226 0.442 14 L 0.027 0.033 0.054 0.152 0.165 0.224 0.344 15 T 0.030 0.039 0.054 0.172 0.159 0.233 0.314 16 V 0.030 0.036 0.047 0.174 0.157 0.252 0.304 17 T 0.025 0.027 0.039 0.140 0.158 0.273 0.338 18 F 0.015 0.022 0.035 0.115 0.131 0.261 0.420 19 C 0.013 0.021 0.039 0.113 0.172 0.288 0.354 20 F 0.011 0.019 0.026 0.070 0.167 0.347 0.360 21 L 0.014 0.023 0.032 0.105 0.190 0.342 0.295 22 M 0.018 0.027 0.037 0.120 0.183 0.380 0.234 23 L 0.022 0.052 0.100 0.223 0.293 0.251 0.058 24 G 0.042 0.118 0.229 0.307 0.203 0.093 0.008 25 C 0.088 0.162 0.254 0.269 0.173 0.053 0.002 26 Q 0.483 0.310 0.118 0.063 0.022 0.004 0.001 27 S 0.609 0.245 0.089 0.042 0.013 0.002 0.001 28 K 0.591 0.236 0.113 0.048 0.010 0.001 0.001 29 E 0.713 0.214 0.052 0.017 0.003 0.001 0.001 30 D 0.677 0.226 0.068 0.023 0.005 0.001 0.001 31 K 0.669 0.229 0.071 0.025 0.005 0.001 0.001 32 K 0.711 0.227 0.045 0.013 0.003 0.001 0.001 33 G 0.612 0.247 0.097 0.035 0.007 0.001 0.001 34 G 0.537 0.229 0.148 0.066 0.017 0.002 0.001 35 T 0.666 0.235 0.069 0.023 0.006 0.001 0.001 36 K 0.630 0.247 0.079 0.032 0.009 0.001 0.001 37 P 0.567 0.276 0.101 0.041 0.013 0.002 0.001 38 S 0.499 0.257 0.153 0.070 0.018 0.003 0.001 39 N 0.539 0.235 0.141 0.062 0.019 0.003 0.001 40 E 0.602 0.241 0.098 0.043 0.013 0.002 0.001 41 A 0.522 0.262 0.125 0.064 0.023 0.004 0.001 42 A 0.503 0.322 0.116 0.044 0.013 0.003 0.001 43 L 0.302 0.254 0.226 0.154 0.053 0.011 0.001 44 T 0.321 0.234 0.228 0.146 0.059 0.012 0.001 45 K 0.508 0.259 0.135 0.068 0.025 0.005 0.001 46 T 0.650 0.247 0.070 0.024 0.008 0.001 0.001 47 E 0.470 0.308 0.124 0.071 0.022 0.005 0.001 48 N 0.297 0.244 0.228 0.150 0.065 0.016 0.001 49 L 0.264 0.256 0.240 0.164 0.063 0.013 0.001 50 D 0.463 0.363 0.114 0.040 0.016 0.003 0.001 51 F 0.066 0.110 0.197 0.310 0.250 0.064 0.002 52 R 0.217 0.322 0.243 0.141 0.062 0.014 0.001 53 L 0.190 0.251 0.262 0.192 0.086 0.018 0.001 54 S 0.297 0.337 0.215 0.108 0.034 0.008 0.001 55 F 0.069 0.127 0.250 0.330 0.168 0.053 0.003 56 N 0.271 0.364 0.193 0.112 0.046 0.013 0.001 57 K 0.064 0.183 0.275 0.303 0.125 0.046 0.003 58 I 0.030 0.037 0.057 0.125 0.354 0.355 0.043 59 K 0.034 0.188 0.317 0.314 0.110 0.035 0.002 60 V 0.026 0.062 0.096 0.185 0.346 0.262 0.024 61 T 0.054 0.164 0.277 0.306 0.154 0.044 0.002 62 T 0.241 0.298 0.224 0.149 0.066 0.020 0.001 63 D 0.239 0.273 0.252 0.161 0.059 0.015 0.001 64 Q 0.286 0.286 0.197 0.147 0.064 0.019 0.001 65 N 0.239 0.280 0.210 0.160 0.080 0.029 0.002 66 H 0.168 0.279 0.239 0.188 0.090 0.033 0.003 67 F 0.095 0.098 0.134 0.221 0.269 0.163 0.020 68 S 0.177 0.265 0.234 0.175 0.093 0.047 0.008 69 G 0.102 0.120 0.130 0.187 0.236 0.189 0.037 70 G 0.098 0.163 0.220 0.216 0.170 0.112 0.022 71 T 0.057 0.109 0.162 0.237 0.247 0.152 0.036 72 S 0.051 0.112 0.153 0.160 0.224 0.232 0.068 73 I 0.031 0.079 0.167 0.295 0.274 0.138 0.016 74 E 0.360 0.456 0.114 0.044 0.020 0.005 0.001 75 Q 0.038 0.150 0.296 0.349 0.132 0.033 0.003 76 L 0.013 0.021 0.039 0.103 0.367 0.416 0.043 77 K 0.035 0.192 0.339 0.324 0.090 0.020 0.001 78 Q 0.177 0.428 0.248 0.115 0.026 0.006 0.001 79 W 0.016 0.059 0.186 0.367 0.293 0.078 0.001 80 F 0.032 0.068 0.154 0.305 0.339 0.099 0.002 81 G 0.255 0.378 0.238 0.095 0.030 0.004 0.001 82 D 0.473 0.378 0.105 0.037 0.007 0.001 0.001 83 P 0.552 0.298 0.095 0.042 0.011 0.001 0.001 84 N 0.572 0.279 0.097 0.040 0.010 0.001 0.001 85 K 0.641 0.266 0.069 0.020 0.004 0.001 0.001 86 S 0.469 0.257 0.183 0.075 0.015 0.002 0.001 87 E 0.562 0.269 0.117 0.042 0.009 0.001 0.001 88 Q 0.511 0.265 0.147 0.060 0.015 0.002 0.001 89 R 0.469 0.284 0.156 0.069 0.019 0.003 0.001 90 N 0.509 0.344 0.095 0.038 0.012 0.002 0.001 91 A 0.201 0.223 0.260 0.223 0.073 0.018 0.001 92 G 0.344 0.318 0.202 0.096 0.033 0.008 0.001 93 N 0.245 0.386 0.230 0.099 0.031 0.008 0.001 94 I 0.037 0.059 0.122 0.259 0.383 0.129 0.012 95 T 0.036 0.218 0.258 0.283 0.137 0.065 0.004 96 L 0.017 0.053 0.114 0.235 0.291 0.260 0.029 97 D 0.038 0.149 0.259 0.312 0.163 0.071 0.008 98 S 0.025 0.061 0.089 0.204 0.323 0.256 0.042 99 Y 0.017 0.040 0.069 0.130 0.289 0.368 0.088 100 T 0.035 0.121 0.190 0.247 0.219 0.160 0.028 101 W 0.035 0.093 0.174 0.242 0.264 0.163 0.028 102 V 0.091 0.166 0.232 0.254 0.171 0.078 0.009 103 K 0.179 0.236 0.236 0.179 0.119 0.046 0.006 104 D 0.332 0.298 0.177 0.113 0.056 0.021 0.003 105 G 0.156 0.320 0.242 0.149 0.086 0.039 0.007 106 A 0.013 0.042 0.087 0.208 0.347 0.260 0.042 107 V 0.005 0.031 0.110 0.243 0.305 0.256 0.050 108 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.059 0.546 0.386 109 N 0.002 0.013 0.071 0.237 0.281 0.267 0.130 110 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.486 0.471 111 Q 0.001 0.019 0.103 0.264 0.306 0.230 0.077 112 L 0.001 0.006 0.019 0.068 0.278 0.512 0.116 113 Y 0.012 0.090 0.248 0.306 0.251 0.087 0.007 114 K 0.123 0.313 0.228 0.171 0.110 0.050 0.005 115 N 0.047 0.172 0.259 0.285 0.171 0.062 0.005 116 S 0.024 0.106 0.243 0.355 0.179 0.088 0.007 117 T 0.005 0.011 0.025 0.060 0.229 0.527 0.142 118 V 0.006 0.012 0.028 0.067 0.163 0.401 0.323 119 A 0.004 0.010 0.021 0.053 0.131 0.382 0.401 120 R 0.005 0.017 0.050 0.100 0.209 0.333 0.286 121 S 0.004 0.017 0.033 0.067 0.198 0.437 0.244 122 I 0.009 0.038 0.101 0.198 0.256 0.300 0.099 123 S 0.018 0.069 0.134 0.222 0.274 0.246 0.036 124 N 0.072 0.218 0.287 0.223 0.131 0.062 0.008 125 F 0.025 0.034 0.077 0.234 0.396 0.218 0.017 126 S 0.185 0.446 0.217 0.093 0.045 0.013 0.001 127 F 0.059 0.130 0.248 0.343 0.176 0.043 0.001 128 S 0.380 0.387 0.150 0.060 0.019 0.003 0.001 129 R 0.230 0.239 0.248 0.207 0.064 0.011 0.001 130 E 0.570 0.298 0.088 0.031 0.011 0.002 0.001 131 A 0.288 0.355 0.197 0.118 0.035 0.007 0.001 132 K 0.124 0.367 0.342 0.132 0.031 0.004 0.001 133 I 0.030 0.070 0.177 0.321 0.293 0.105 0.004 134 G 0.034 0.116 0.248 0.305 0.244 0.053 0.001 135 K 0.198 0.358 0.263 0.143 0.034 0.004 0.001 136 E 0.545 0.405 0.040 0.008 0.002 0.001 0.001 137 D 0.142 0.388 0.245 0.189 0.032 0.004 0.001 138 Y 0.020 0.053 0.239 0.403 0.249 0.036 0.001 139 D 0.507 0.408 0.069 0.013 0.002 0.001 0.001 140 E 0.424 0.421 0.127 0.025 0.003 0.001 0.001 141 L 0.067 0.070 0.188 0.398 0.248 0.029 0.001 142 K 0.399 0.401 0.150 0.040 0.008 0.001 0.001 143 I 0.551 0.351 0.069 0.023 0.005 0.001 0.001 144 G 0.475 0.343 0.118 0.046 0.016 0.002 0.001 145 E 0.324 0.345 0.194 0.106 0.028 0.003 0.001 146 S 0.228 0.327 0.278 0.122 0.039 0.006 0.001 147 Y 0.052 0.087 0.255 0.374 0.196 0.035 0.001 148 K 0.565 0.379 0.046 0.008 0.002 0.001 0.001 149 K 0.352 0.494 0.106 0.041 0.006 0.001 0.001 150 V 0.029 0.062 0.148 0.306 0.364 0.089 0.002 151 V 0.072 0.191 0.346 0.314 0.067 0.009 0.001 152 E 0.658 0.295 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 153 K 0.191 0.283 0.284 0.199 0.038 0.006 0.001 154 L 0.083 0.085 0.167 0.276 0.304 0.083 0.003 155 G 0.308 0.374 0.189 0.087 0.033 0.008 0.001 156 E 0.297 0.298 0.197 0.128 0.060 0.018 0.001 157 P 0.245 0.219 0.191 0.187 0.117 0.038 0.003 158 D 0.391 0.297 0.178 0.092 0.033 0.009 0.001 159 V 0.260 0.233 0.217 0.164 0.090 0.031 0.004 160 L 0.159 0.142 0.162 0.217 0.208 0.099 0.014 161 S 0.195 0.227 0.193 0.174 0.137 0.066 0.008 162 Q 0.194 0.244 0.226 0.192 0.096 0.042 0.005 163 S 0.215 0.179 0.181 0.183 0.160 0.074 0.007 164 M 0.219 0.231 0.224 0.192 0.096 0.035 0.003 165 S 0.291 0.232 0.219 0.157 0.075 0.025 0.002 166 S 0.427 0.251 0.162 0.111 0.039 0.009 0.001 167 D 0.670 0.234 0.062 0.023 0.008 0.002 0.001 168 K 0.522 0.263 0.123 0.065 0.021 0.005 0.001 169 E 0.390 0.337 0.161 0.073 0.029 0.008 0.001 170 E 0.054 0.162 0.231 0.292 0.185 0.067 0.007 171 M 0.009 0.036 0.078 0.190 0.350 0.306 0.031 172 Q 0.003 0.016 0.042 0.111 0.271 0.478 0.079 173 T 0.002 0.007 0.023 0.052 0.181 0.491 0.245 174 V 0.001 0.004 0.016 0.037 0.149 0.348 0.445 175 W 0.001 0.003 0.006 0.015 0.081 0.402 0.493 176 S 0.006 0.037 0.137 0.319 0.275 0.191 0.035 177 S 0.045 0.220 0.372 0.254 0.073 0.034 0.002 178 G 0.055 0.189 0.310 0.274 0.135 0.036 0.001 179 I 0.028 0.033 0.082 0.214 0.442 0.195 0.006 180 K 0.147 0.347 0.290 0.167 0.042 0.008 0.001 181 T 0.620 0.321 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 182 K 0.512 0.296 0.114 0.064 0.013 0.001 0.001 183 S 0.532 0.280 0.109 0.052 0.024 0.003 0.001 184 S 0.320 0.279 0.245 0.119 0.031 0.006 0.001 185 S 0.400 0.388 0.149 0.044 0.015 0.003 0.001 186 A 0.126 0.241 0.234 0.242 0.124 0.032 0.002 187 T 0.022 0.111 0.261 0.312 0.203 0.083 0.008 188 I 0.004 0.013 0.022 0.065 0.246 0.549 0.101 189 E 0.008 0.064 0.211 0.420 0.207 0.083 0.007 190 L 0.002 0.007 0.013 0.034 0.178 0.630 0.136 191 Y 0.006 0.041 0.162 0.301 0.282 0.181 0.027 192 F 0.008 0.022 0.055 0.162 0.313 0.373 0.068 193 E 0.096 0.283 0.276 0.193 0.113 0.036 0.003 194 N 0.265 0.335 0.200 0.130 0.053 0.015 0.001 195 G 0.327 0.353 0.175 0.098 0.038 0.009 0.001 196 L 0.182 0.295 0.234 0.180 0.084 0.024 0.001 197 L 0.121 0.116 0.226 0.266 0.209 0.059 0.003 198 K 0.389 0.375 0.151 0.061 0.021 0.003 0.001 199 N 0.430 0.350 0.141 0.055 0.020 0.004 0.001 200 K 0.239 0.208 0.258 0.211 0.072 0.012 0.001 201 T 0.621 0.283 0.063 0.023 0.008 0.001 0.001 202 Q 0.575 0.244 0.122 0.048 0.009 0.001 0.001 203 K 0.785 0.176 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 204 D 0.703 0.254 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 205 L 0.220 0.101 0.235 0.307 0.120 0.016 0.001 206 E 0.773 0.198 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001