# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.443 0.013 0.021 0.011 0.013 0.062 0.009 0.001 0.082 0.260 2 S 0.012 0.059 0.003 0.005 0.003 0.004 0.041 0.002 0.001 0.750 0.121 3 M 0.051 0.606 0.005 0.005 0.004 0.005 0.048 0.017 0.002 0.115 0.144 4 K 0.072 0.229 0.004 0.003 0.005 0.004 0.030 0.006 0.001 0.497 0.150 5 K 0.011 0.668 0.008 0.005 0.003 0.005 0.034 0.002 0.001 0.117 0.146 6 T 0.013 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.014 0.045 7 K 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.024 8 N 0.002 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.032 0.021 9 W 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.007 10 L 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 11 L 0.001 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.244 0.005 12 V 0.001 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 13 F 0.001 0.453 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.541 0.002 14 L 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 15 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 16 V 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 17 T 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 18 F 0.002 0.955 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.006 19 C 0.008 0.886 0.006 0.004 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.065 0.016 20 F 0.035 0.549 0.031 0.017 0.004 0.008 0.042 0.007 0.006 0.222 0.080 21 L 0.102 0.401 0.023 0.023 0.009 0.020 0.078 0.017 0.005 0.134 0.187 22 M 0.124 0.176 0.015 0.034 0.012 0.034 0.111 0.013 0.004 0.111 0.365 23 L 0.064 0.064 0.013 0.071 0.028 0.085 0.142 0.007 0.004 0.113 0.410 24 G 0.051 0.031 0.005 0.045 0.024 0.073 0.149 0.006 0.002 0.080 0.535 25 C 0.034 0.015 0.003 0.048 0.039 0.072 0.149 0.004 0.002 0.044 0.589 26 Q 0.042 0.021 0.003 0.034 0.024 0.060 0.116 0.005 0.003 0.044 0.649 27 S 0.131 0.031 0.001 0.012 0.008 0.019 0.094 0.008 0.001 0.040 0.654 28 K 0.235 0.035 0.001 0.008 0.009 0.014 0.080 0.010 0.001 0.034 0.574 29 E 0.047 0.022 0.001 0.008 0.008 0.015 0.085 0.004 0.001 0.029 0.781 30 D 0.074 0.023 0.002 0.011 0.016 0.030 0.090 0.006 0.001 0.053 0.693 31 K 0.164 0.013 0.001 0.013 0.032 0.038 0.103 0.005 0.001 0.081 0.548 32 K 0.069 0.008 0.001 0.015 0.019 0.031 0.102 0.003 0.001 0.054 0.696 33 G 0.043 0.004 0.001 0.012 0.014 0.026 0.106 0.002 0.001 0.036 0.756 34 G 0.007 0.003 0.001 0.013 0.024 0.050 0.131 0.001 0.001 0.061 0.708 35 T 0.009 0.008 0.001 0.012 0.034 0.033 0.116 0.001 0.001 0.049 0.737 36 K 0.150 0.049 0.002 0.017 0.030 0.027 0.119 0.008 0.001 0.062 0.536 37 P 0.092 0.060 0.002 0.013 0.013 0.015 0.111 0.007 0.001 0.028 0.660 38 S 0.083 0.132 0.004 0.011 0.013 0.019 0.082 0.007 0.001 0.035 0.613 39 N 0.146 0.228 0.002 0.015 0.022 0.034 0.086 0.013 0.001 0.046 0.408 40 E 0.071 0.089 0.005 0.016 0.029 0.038 0.095 0.007 0.001 0.292 0.357 41 A 0.046 0.147 0.006 0.024 0.046 0.051 0.096 0.008 0.001 0.138 0.437 42 A 0.102 0.094 0.003 0.020 0.036 0.059 0.095 0.011 0.001 0.131 0.446 43 L 0.039 0.074 0.004 0.024 0.052 0.070 0.101 0.005 0.002 0.095 0.534 44 T 0.036 0.053 0.012 0.034 0.042 0.070 0.102 0.007 0.006 0.091 0.547 45 K 0.161 0.063 0.003 0.022 0.026 0.042 0.089 0.008 0.002 0.072 0.512 46 T 0.228 0.070 0.004 0.015 0.023 0.022 0.088 0.009 0.001 0.047 0.493 47 E 0.026 0.052 0.002 0.016 0.009 0.015 0.106 0.003 0.001 0.019 0.753 48 N 0.091 0.196 0.004 0.012 0.011 0.021 0.086 0.013 0.002 0.056 0.509 49 L 0.152 0.210 0.004 0.020 0.071 0.053 0.097 0.011 0.001 0.053 0.329 50 D 0.048 0.102 0.005 0.031 0.037 0.061 0.083 0.005 0.001 0.132 0.497 51 F 0.034 0.100 0.003 0.051 0.055 0.118 0.089 0.005 0.001 0.076 0.470 52 R 0.043 0.079 0.003 0.034 0.062 0.094 0.085 0.005 0.001 0.114 0.480 53 L 0.021 0.083 0.009 0.038 0.127 0.087 0.079 0.003 0.002 0.054 0.498 54 S 0.147 0.345 0.006 0.025 0.028 0.039 0.050 0.019 0.002 0.045 0.294 55 F 0.237 0.216 0.008 0.013 0.018 0.025 0.064 0.035 0.002 0.060 0.320 56 N 0.071 0.170 0.006 0.026 0.043 0.053 0.080 0.006 0.001 0.069 0.474 57 K 0.058 0.072 0.004 0.030 0.032 0.077 0.099 0.004 0.001 0.158 0.466 58 I 0.020 0.064 0.006 0.054 0.048 0.055 0.148 0.006 0.001 0.189 0.408 59 K 0.050 0.186 0.008 0.036 0.061 0.065 0.070 0.011 0.002 0.118 0.392 60 V 0.090 0.227 0.005 0.019 0.035 0.036 0.067 0.012 0.001 0.052 0.455 61 T 0.102 0.168 0.011 0.034 0.018 0.034 0.100 0.016 0.006 0.153 0.356 62 T 0.096 0.058 0.055 0.024 0.021 0.029 0.105 0.018 0.031 0.131 0.432 63 D 0.424 0.036 0.003 0.013 0.008 0.015 0.063 0.019 0.002 0.029 0.387 64 Q 0.180 0.011 0.003 0.018 0.010 0.013 0.080 0.007 0.002 0.048 0.629 65 N 0.023 0.004 0.001 0.042 0.009 0.019 0.112 0.001 0.001 0.029 0.759 66 H 0.018 0.004 0.001 0.018 0.008 0.020 0.099 0.002 0.001 0.040 0.791 67 F 0.038 0.005 0.001 0.030 0.031 0.015 0.162 0.002 0.001 0.032 0.684 68 S 0.121 0.021 0.002 0.067 0.014 0.025 0.127 0.004 0.001 0.096 0.522 69 G 0.037 0.019 0.001 0.021 0.004 0.009 0.092 0.003 0.001 0.032 0.781 70 G 0.010 0.035 0.001 0.051 0.012 0.029 0.149 0.001 0.001 0.038 0.672 71 T 0.005 0.162 0.002 0.030 0.019 0.011 0.098 0.001 0.001 0.124 0.547 72 S 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.051 0.011 73 I 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 0.007 74 E 0.007 0.794 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.149 0.038 75 Q 0.022 0.873 0.004 0.002 0.001 0.003 0.007 0.005 0.001 0.045 0.036 76 L 0.106 0.684 0.056 0.002 0.002 0.003 0.012 0.045 0.011 0.045 0.034 77 K 0.116 0.113 0.099 0.010 0.004 0.011 0.056 0.014 0.134 0.140 0.303 78 Q 0.367 0.017 0.002 0.004 0.003 0.007 0.073 0.004 0.001 0.017 0.506 79 W 0.053 0.005 0.003 0.021 0.006 0.017 0.128 0.003 0.001 0.034 0.730 80 F 0.007 0.002 0.002 0.029 0.007 0.018 0.199 0.001 0.001 0.024 0.710 81 G 0.016 0.008 0.001 0.011 0.008 0.015 0.105 0.002 0.001 0.028 0.807 82 D 0.172 0.012 0.001 0.012 0.013 0.007 0.109 0.005 0.001 0.049 0.620 83 P 0.037 0.014 0.001 0.043 0.005 0.012 0.122 0.003 0.001 0.044 0.719 84 N 0.056 0.033 0.001 0.015 0.006 0.017 0.104 0.004 0.001 0.031 0.732 85 K 0.104 0.056 0.001 0.036 0.027 0.036 0.106 0.007 0.001 0.059 0.567 86 S 0.068 0.050 0.002 0.018 0.036 0.054 0.109 0.006 0.001 0.094 0.562 87 E 0.037 0.042 0.002 0.023 0.053 0.081 0.109 0.005 0.001 0.058 0.590 88 Q 0.060 0.024 0.006 0.023 0.062 0.091 0.104 0.005 0.003 0.086 0.536 89 R 0.117 0.011 0.007 0.021 0.050 0.069 0.114 0.005 0.005 0.097 0.504 90 N 0.244 0.008 0.001 0.016 0.020 0.035 0.082 0.005 0.001 0.047 0.541 91 A 0.084 0.003 0.001 0.010 0.011 0.021 0.115 0.002 0.001 0.037 0.716 92 G 0.005 0.004 0.001 0.021 0.023 0.063 0.139 0.001 0.001 0.021 0.723 93 N 0.008 0.006 0.001 0.030 0.117 0.207 0.102 0.002 0.001 0.048 0.479 94 I 0.003 0.002 0.001 0.043 0.343 0.325 0.045 0.001 0.001 0.034 0.203 95 T 0.005 0.003 0.001 0.066 0.212 0.355 0.039 0.001 0.001 0.045 0.272 96 L 0.007 0.003 0.001 0.040 0.323 0.357 0.030 0.002 0.001 0.046 0.191 97 D 0.013 0.005 0.001 0.049 0.240 0.402 0.040 0.002 0.001 0.049 0.199 98 S 0.031 0.006 0.001 0.033 0.190 0.372 0.053 0.003 0.001 0.055 0.256 99 Y 0.009 0.003 0.001 0.035 0.246 0.371 0.054 0.002 0.001 0.039 0.242 100 T 0.006 0.002 0.001 0.027 0.251 0.389 0.050 0.001 0.002 0.044 0.227 101 W 0.052 0.003 0.004 0.023 0.148 0.187 0.083 0.003 0.004 0.085 0.409 102 V 0.393 0.002 0.001 0.012 0.037 0.040 0.058 0.005 0.001 0.056 0.394 103 K 0.150 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.078 0.001 0.001 0.020 0.727 104 D 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.028 0.095 0.001 0.001 0.006 0.854 105 G 0.004 0.002 0.001 0.015 0.110 0.213 0.119 0.001 0.001 0.019 0.517 106 A 0.001 0.001 0.001 0.020 0.331 0.552 0.018 0.001 0.001 0.012 0.065 107 V 0.001 0.001 0.001 0.028 0.245 0.476 0.019 0.001 0.001 0.039 0.190 108 I 0.001 0.001 0.001 0.021 0.502 0.414 0.006 0.001 0.001 0.014 0.041 109 N 0.002 0.001 0.001 0.044 0.351 0.493 0.009 0.001 0.001 0.030 0.070 110 A 0.001 0.001 0.001 0.031 0.504 0.416 0.004 0.001 0.001 0.011 0.032 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.035 0.444 0.423 0.008 0.001 0.001 0.032 0.053 112 L 0.018 0.003 0.002 0.064 0.347 0.307 0.035 0.002 0.002 0.048 0.174 113 Y 0.462 0.009 0.001 0.026 0.061 0.055 0.047 0.007 0.001 0.099 0.231 114 K 0.030 0.012 0.001 0.008 0.008 0.015 0.107 0.002 0.001 0.021 0.796 115 N 0.012 0.031 0.001 0.008 0.007 0.018 0.114 0.002 0.001 0.029 0.779 116 S 0.016 0.085 0.002 0.044 0.188 0.244 0.080 0.003 0.001 0.075 0.262 117 T 0.014 0.067 0.003 0.037 0.144 0.192 0.073 0.003 0.001 0.179 0.287 118 V 0.025 0.096 0.003 0.035 0.194 0.222 0.054 0.007 0.001 0.083 0.279 119 A 0.038 0.048 0.003 0.037 0.124 0.184 0.058 0.005 0.001 0.240 0.261 120 R 0.017 0.030 0.015 0.043 0.130 0.175 0.070 0.004 0.005 0.196 0.314 121 S 0.090 0.044 0.005 0.040 0.088 0.134 0.081 0.011 0.002 0.084 0.421 122 I 0.087 0.017 0.005 0.032 0.070 0.083 0.084 0.007 0.002 0.099 0.514 123 S 0.018 0.015 0.002 0.055 0.084 0.108 0.097 0.002 0.001 0.042 0.576 124 N 0.030 0.019 0.002 0.035 0.041 0.096 0.102 0.003 0.001 0.081 0.592 125 F 0.022 0.023 0.003 0.039 0.105 0.070 0.130 0.004 0.001 0.070 0.534 126 S 0.048 0.065 0.004 0.068 0.059 0.083 0.101 0.006 0.002 0.058 0.505 127 F 0.104 0.087 0.003 0.047 0.040 0.065 0.100 0.010 0.002 0.044 0.497 128 S 0.133 0.049 0.012 0.049 0.032 0.040 0.095 0.011 0.006 0.071 0.502 129 R 0.196 0.050 0.003 0.038 0.021 0.045 0.099 0.009 0.001 0.033 0.505 130 E 0.082 0.037 0.003 0.035 0.014 0.034 0.090 0.008 0.001 0.042 0.653 131 A 0.070 0.019 0.002 0.053 0.040 0.039 0.098 0.002 0.001 0.031 0.645 132 K 0.035 0.020 0.001 0.040 0.019 0.042 0.122 0.002 0.001 0.020 0.698 133 I 0.009 0.023 0.001 0.032 0.041 0.029 0.098 0.002 0.001 0.019 0.745 134 G 0.236 0.433 0.003 0.016 0.013 0.014 0.033 0.029 0.001 0.038 0.184 135 K 0.297 0.369 0.001 0.006 0.006 0.007 0.042 0.017 0.001 0.039 0.214 136 E 0.090 0.278 0.024 0.017 0.014 0.015 0.054 0.006 0.004 0.042 0.456 137 D 0.281 0.198 0.007 0.019 0.014 0.026 0.059 0.025 0.002 0.035 0.334 138 Y 0.306 0.101 0.005 0.011 0.010 0.019 0.077 0.030 0.002 0.054 0.386 139 D 0.062 0.032 0.003 0.038 0.066 0.093 0.084 0.003 0.001 0.061 0.557 140 E 0.012 0.010 0.001 0.036 0.017 0.066 0.094 0.001 0.001 0.054 0.708 141 L 0.018 0.009 0.002 0.060 0.080 0.093 0.133 0.004 0.001 0.055 0.544 142 K 0.246 0.018 0.002 0.043 0.050 0.054 0.088 0.005 0.001 0.120 0.373 143 I 0.055 0.012 0.001 0.022 0.009 0.016 0.083 0.002 0.001 0.034 0.766 144 G 0.013 0.026 0.001 0.017 0.006 0.021 0.111 0.001 0.001 0.015 0.790 145 E 0.007 0.128 0.001 0.014 0.030 0.021 0.094 0.001 0.001 0.024 0.679 146 S 0.014 0.913 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.020 0.036 147 Y 0.015 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.010 0.011 148 K 0.007 0.926 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.026 0.027 149 K 0.022 0.866 0.002 0.003 0.006 0.014 0.008 0.002 0.001 0.030 0.046 150 V 0.071 0.740 0.014 0.006 0.008 0.012 0.020 0.016 0.005 0.054 0.053 151 V 0.073 0.102 0.171 0.020 0.017 0.039 0.043 0.013 0.181 0.168 0.174 152 E 0.409 0.014 0.002 0.005 0.009 0.013 0.055 0.003 0.001 0.022 0.467 153 K 0.077 0.003 0.001 0.011 0.005 0.010 0.080 0.002 0.001 0.022 0.789 154 L 0.006 0.001 0.001 0.018 0.006 0.012 0.164 0.001 0.001 0.008 0.783 155 G 0.010 0.005 0.001 0.005 0.004 0.008 0.079 0.001 0.001 0.011 0.877 156 E 0.134 0.028 0.001 0.007 0.032 0.012 0.109 0.007 0.001 0.022 0.648 157 P 0.073 0.037 0.001 0.052 0.012 0.025 0.114 0.006 0.001 0.069 0.610 158 D 0.035 0.043 0.002 0.041 0.028 0.072 0.113 0.004 0.001 0.069 0.593 159 V 0.048 0.032 0.002 0.113 0.051 0.100 0.101 0.005 0.001 0.075 0.473 160 L 0.042 0.034 0.003 0.046 0.096 0.119 0.086 0.006 0.001 0.086 0.480 161 S 0.030 0.027 0.002 0.048 0.087 0.143 0.085 0.005 0.001 0.092 0.482 162 Q 0.022 0.014 0.002 0.026 0.063 0.112 0.095 0.002 0.001 0.130 0.531 163 S 0.041 0.013 0.008 0.021 0.072 0.081 0.114 0.006 0.005 0.137 0.503 164 M 0.187 0.013 0.001 0.014 0.021 0.029 0.093 0.005 0.001 0.046 0.591 165 S 0.171 0.013 0.001 0.007 0.014 0.019 0.084 0.004 0.001 0.038 0.648 166 S 0.020 0.012 0.001 0.006 0.009 0.013 0.093 0.001 0.001 0.013 0.831 167 D 0.063 0.060 0.002 0.008 0.027 0.039 0.101 0.006 0.001 0.040 0.653 168 K 0.053 0.049 0.002 0.014 0.113 0.103 0.130 0.004 0.001 0.070 0.461 169 E 0.012 0.031 0.002 0.036 0.106 0.273 0.100 0.002 0.001 0.078 0.359 170 E 0.011 0.032 0.002 0.035 0.163 0.353 0.058 0.003 0.001 0.063 0.280 171 M 0.010 0.040 0.002 0.031 0.235 0.302 0.039 0.003 0.001 0.058 0.280 172 Q 0.006 0.024 0.001 0.037 0.269 0.390 0.029 0.002 0.001 0.064 0.177 173 T 0.007 0.016 0.002 0.046 0.251 0.375 0.031 0.001 0.001 0.091 0.179 174 V 0.006 0.007 0.014 0.044 0.342 0.311 0.031 0.003 0.007 0.090 0.145 175 W 0.127 0.010 0.002 0.037 0.171 0.187 0.055 0.007 0.002 0.056 0.348 176 S 0.228 0.007 0.002 0.025 0.084 0.084 0.068 0.008 0.002 0.063 0.429 177 S 0.011 0.004 0.001 0.026 0.018 0.045 0.110 0.001 0.001 0.020 0.764 178 G 0.031 0.007 0.001 0.013 0.015 0.036 0.107 0.003 0.001 0.063 0.724 179 I 0.059 0.006 0.001 0.016 0.108 0.042 0.130 0.004 0.001 0.065 0.568 180 K 0.054 0.006 0.001 0.032 0.020 0.041 0.114 0.003 0.001 0.082 0.646 181 T 0.044 0.005 0.001 0.013 0.022 0.039 0.121 0.002 0.001 0.074 0.680 182 K 0.041 0.005 0.001 0.019 0.036 0.050 0.125 0.002 0.001 0.052 0.668 183 S 0.084 0.004 0.001 0.014 0.025 0.035 0.141 0.003 0.001 0.078 0.614 184 S 0.020 0.004 0.001 0.017 0.051 0.096 0.161 0.002 0.001 0.033 0.613 185 S 0.013 0.002 0.001 0.024 0.050 0.154 0.171 0.001 0.001 0.028 0.555 186 A 0.001 0.001 0.001 0.036 0.218 0.603 0.032 0.001 0.001 0.016 0.091 187 T 0.002 0.001 0.001 0.027 0.147 0.481 0.028 0.001 0.001 0.056 0.257 188 I 0.001 0.001 0.001 0.015 0.511 0.419 0.006 0.001 0.001 0.012 0.036 189 E 0.001 0.001 0.001 0.036 0.356 0.444 0.010 0.001 0.001 0.048 0.104 190 L 0.001 0.001 0.001 0.020 0.570 0.377 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 191 Y 0.002 0.001 0.002 0.052 0.347 0.437 0.017 0.001 0.002 0.049 0.094 192 F 0.349 0.001 0.001 0.045 0.146 0.159 0.039 0.006 0.001 0.081 0.171 193 E 0.391 0.001 0.001 0.010 0.024 0.032 0.056 0.005 0.001 0.048 0.431 194 N 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.107 0.001 0.001 0.004 0.860 195 G 0.002 0.003 0.001 0.036 0.128 0.229 0.085 0.001 0.001 0.042 0.474 196 L 0.002 0.002 0.001 0.019 0.480 0.343 0.019 0.001 0.001 0.025 0.109 197 L 0.008 0.003 0.001 0.033 0.258 0.211 0.041 0.001 0.001 0.054 0.391 198 K 0.008 0.006 0.001 0.031 0.305 0.382 0.031 0.001 0.001 0.039 0.196 199 N 0.027 0.021 0.001 0.036 0.146 0.234 0.059 0.003 0.001 0.051 0.423 200 K 0.023 0.018 0.008 0.028 0.207 0.199 0.059 0.005 0.005 0.061 0.386 201 T 0.205 0.028 0.003 0.022 0.091 0.095 0.060 0.010 0.003 0.047 0.438 202 Q 0.219 0.012 0.003 0.016 0.045 0.045 0.066 0.008 0.002 0.048 0.535 203 K 0.052 0.006 0.002 0.019 0.023 0.026 0.093 0.001 0.001 0.018 0.758 204 D 0.056 0.010 0.001 0.014 0.007 0.017 0.097 0.002 0.001 0.034 0.761 205 L 0.057 0.009 0.001 0.012 0.020 0.012 0.129 0.003 0.001 0.029 0.727 206 E 0.064 0.023 0.002 0.030 0.017 0.023 0.115 0.004 0.001 0.049 0.673