# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.326 0.010 0.011 0.012 0.064 0.082 0.367 2 S 0.026 0.086 0.006 0.006 0.006 0.030 0.667 0.174 3 M 0.067 0.453 0.003 0.003 0.003 0.041 0.213 0.216 4 K 0.079 0.299 0.007 0.005 0.005 0.059 0.280 0.265 5 K 0.030 0.674 0.003 0.003 0.003 0.034 0.052 0.200 6 T 0.020 0.838 0.001 0.001 0.002 0.014 0.036 0.089 7 K 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.021 8 N 0.003 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.010 9 W 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 10 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 11 L 0.001 0.739 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.001 12 V 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 13 F 0.001 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.001 14 L 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 15 T 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 16 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 17 T 0.001 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 18 F 0.009 0.836 0.010 0.001 0.001 0.004 0.133 0.007 19 C 0.013 0.855 0.035 0.003 0.003 0.013 0.061 0.018 20 F 0.062 0.529 0.141 0.005 0.007 0.036 0.086 0.135 21 L 0.086 0.320 0.098 0.013 0.012 0.118 0.103 0.249 22 M 0.128 0.108 0.120 0.014 0.020 0.089 0.091 0.430 23 L 0.124 0.043 0.045 0.019 0.026 0.156 0.084 0.503 24 G 0.045 0.027 0.059 0.029 0.051 0.159 0.073 0.557 25 C 0.051 0.015 0.025 0.018 0.033 0.143 0.039 0.675 26 Q 0.071 0.021 0.031 0.034 0.049 0.152 0.069 0.573 27 S 0.087 0.024 0.010 0.007 0.013 0.130 0.029 0.700 28 K 0.224 0.056 0.012 0.013 0.016 0.112 0.046 0.520 29 E 0.072 0.043 0.012 0.011 0.018 0.117 0.046 0.681 30 D 0.089 0.041 0.019 0.019 0.036 0.100 0.089 0.607 31 K 0.132 0.026 0.021 0.059 0.055 0.107 0.084 0.517 32 K 0.063 0.012 0.016 0.038 0.059 0.110 0.043 0.659 33 G 0.049 0.008 0.012 0.028 0.057 0.102 0.029 0.715 34 G 0.026 0.006 0.013 0.050 0.092 0.122 0.058 0.631 35 T 0.019 0.007 0.011 0.027 0.043 0.113 0.055 0.726 36 K 0.131 0.051 0.012 0.051 0.051 0.136 0.051 0.518 37 P 0.085 0.068 0.007 0.014 0.019 0.093 0.019 0.696 38 S 0.067 0.220 0.011 0.014 0.022 0.089 0.028 0.549 39 N 0.097 0.433 0.008 0.012 0.021 0.058 0.045 0.326 40 E 0.076 0.201 0.017 0.029 0.031 0.074 0.278 0.294 41 A 0.067 0.427 0.012 0.024 0.028 0.056 0.144 0.243 42 A 0.067 0.219 0.016 0.029 0.059 0.062 0.189 0.358 43 L 0.052 0.189 0.017 0.042 0.063 0.098 0.127 0.413 44 T 0.035 0.121 0.029 0.056 0.091 0.083 0.141 0.443 45 K 0.132 0.080 0.012 0.022 0.031 0.121 0.044 0.558 46 T 0.322 0.117 0.013 0.019 0.019 0.079 0.087 0.344 47 E 0.045 0.088 0.006 0.007 0.014 0.113 0.020 0.708 48 N 0.054 0.146 0.020 0.012 0.035 0.068 0.110 0.556 49 L 0.081 0.220 0.019 0.083 0.059 0.086 0.059 0.392 50 D 0.049 0.064 0.040 0.060 0.089 0.072 0.133 0.492 51 F 0.033 0.145 0.029 0.076 0.103 0.084 0.078 0.453 52 R 0.023 0.068 0.055 0.078 0.151 0.092 0.091 0.442 53 L 0.022 0.077 0.051 0.100 0.088 0.091 0.082 0.490 54 S 0.113 0.408 0.029 0.055 0.070 0.044 0.090 0.191 55 F 0.164 0.248 0.038 0.034 0.047 0.058 0.075 0.336 56 N 0.090 0.215 0.029 0.058 0.082 0.065 0.068 0.393 57 K 0.037 0.051 0.032 0.031 0.055 0.080 0.158 0.554 58 I 0.024 0.061 0.035 0.053 0.067 0.136 0.209 0.415 59 K 0.049 0.095 0.043 0.057 0.069 0.094 0.112 0.481 60 V 0.081 0.099 0.024 0.031 0.038 0.087 0.059 0.580 61 T 0.071 0.070 0.049 0.047 0.060 0.090 0.175 0.439 62 T 0.100 0.037 0.036 0.033 0.039 0.122 0.105 0.528 63 D 0.272 0.037 0.018 0.022 0.028 0.081 0.071 0.472 64 Q 0.056 0.007 0.014 0.010 0.016 0.107 0.038 0.750 65 N 0.024 0.008 0.036 0.024 0.058 0.169 0.067 0.615 66 H 0.018 0.004 0.038 0.026 0.063 0.131 0.063 0.659 67 F 0.060 0.003 0.053 0.041 0.047 0.124 0.033 0.638 68 S 0.104 0.008 0.057 0.052 0.066 0.109 0.099 0.504 69 G 0.015 0.017 0.025 0.011 0.030 0.118 0.027 0.757 70 G 0.014 0.037 0.046 0.021 0.035 0.131 0.018 0.697 71 T 0.024 0.183 0.046 0.055 0.028 0.086 0.066 0.513 72 S 0.024 0.936 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.018 73 I 0.064 0.881 0.005 0.002 0.002 0.005 0.016 0.023 74 E 0.016 0.814 0.014 0.011 0.008 0.014 0.062 0.060 75 Q 0.021 0.878 0.011 0.003 0.005 0.007 0.034 0.040 76 L 0.174 0.543 0.043 0.014 0.021 0.028 0.110 0.068 77 K 0.249 0.113 0.081 0.043 0.035 0.053 0.179 0.247 78 Q 0.266 0.019 0.012 0.008 0.010 0.053 0.026 0.605 79 W 0.083 0.005 0.012 0.007 0.010 0.100 0.014 0.768 80 F 0.007 0.002 0.011 0.009 0.020 0.138 0.017 0.797 81 G 0.030 0.004 0.008 0.007 0.013 0.108 0.013 0.817 82 D 0.152 0.017 0.014 0.039 0.027 0.136 0.063 0.552 83 P 0.040 0.018 0.015 0.012 0.019 0.138 0.034 0.724 84 N 0.094 0.050 0.020 0.022 0.048 0.124 0.064 0.578 85 K 0.075 0.043 0.018 0.026 0.036 0.108 0.046 0.649 86 S 0.070 0.056 0.030 0.054 0.066 0.107 0.124 0.493 87 E 0.073 0.060 0.026 0.071 0.085 0.110 0.088 0.488 88 Q 0.069 0.027 0.025 0.050 0.088 0.110 0.070 0.561 89 R 0.135 0.012 0.022 0.036 0.047 0.104 0.051 0.592 90 N 0.359 0.018 0.007 0.018 0.029 0.069 0.048 0.452 91 A 0.036 0.006 0.008 0.013 0.030 0.100 0.029 0.777 92 G 0.015 0.009 0.022 0.038 0.154 0.118 0.041 0.603 93 N 0.025 0.010 0.025 0.116 0.213 0.084 0.051 0.474 94 I 0.008 0.005 0.049 0.244 0.250 0.065 0.035 0.344 95 T 0.010 0.008 0.065 0.178 0.346 0.049 0.050 0.294 96 L 0.010 0.005 0.053 0.222 0.304 0.048 0.096 0.262 97 D 0.023 0.009 0.063 0.211 0.279 0.053 0.073 0.289 98 S 0.052 0.016 0.026 0.211 0.255 0.052 0.055 0.335 99 Y 0.028 0.010 0.024 0.139 0.194 0.080 0.028 0.497 100 T 0.013 0.004 0.030 0.169 0.256 0.077 0.053 0.398 101 W 0.048 0.003 0.020 0.093 0.101 0.096 0.051 0.588 102 V 0.584 0.004 0.009 0.019 0.023 0.049 0.047 0.265 103 K 0.220 0.003 0.005 0.010 0.014 0.067 0.016 0.665 104 D 0.020 0.003 0.011 0.010 0.071 0.102 0.016 0.767 105 G 0.003 0.002 0.045 0.060 0.245 0.110 0.032 0.504 106 A 0.003 0.001 0.063 0.351 0.470 0.022 0.020 0.070 107 V 0.002 0.001 0.069 0.328 0.385 0.013 0.029 0.171 108 I 0.001 0.001 0.108 0.384 0.429 0.010 0.008 0.059 109 N 0.001 0.001 0.124 0.296 0.514 0.007 0.012 0.045 110 A 0.003 0.002 0.074 0.464 0.326 0.016 0.011 0.103 111 Q 0.004 0.003 0.113 0.309 0.459 0.016 0.024 0.071 112 L 0.019 0.004 0.049 0.177 0.259 0.060 0.071 0.362 113 Y 0.209 0.013 0.043 0.133 0.098 0.058 0.212 0.234 114 K 0.074 0.021 0.009 0.025 0.039 0.081 0.042 0.710 115 N 0.031 0.036 0.014 0.016 0.052 0.096 0.030 0.725 116 S 0.037 0.070 0.024 0.067 0.139 0.105 0.044 0.514 117 T 0.022 0.057 0.031 0.098 0.129 0.090 0.090 0.482 118 V 0.038 0.132 0.041 0.155 0.159 0.065 0.098 0.311 119 A 0.045 0.074 0.042 0.080 0.145 0.060 0.209 0.346 120 R 0.013 0.036 0.074 0.150 0.157 0.061 0.232 0.277 121 S 0.075 0.103 0.064 0.103 0.180 0.065 0.095 0.314 122 I 0.069 0.039 0.048 0.096 0.151 0.080 0.088 0.428 123 S 0.027 0.025 0.047 0.085 0.157 0.094 0.052 0.513 124 N 0.052 0.026 0.026 0.060 0.123 0.090 0.110 0.512 125 F 0.027 0.017 0.027 0.062 0.062 0.138 0.079 0.589 126 S 0.039 0.037 0.059 0.084 0.115 0.121 0.059 0.487 127 F 0.058 0.026 0.022 0.026 0.042 0.086 0.032 0.709 128 S 0.159 0.042 0.074 0.048 0.050 0.087 0.120 0.419 129 R 0.183 0.044 0.022 0.034 0.047 0.088 0.045 0.537 130 E 0.036 0.013 0.021 0.016 0.034 0.088 0.040 0.754 131 A 0.017 0.039 0.057 0.062 0.100 0.128 0.043 0.554 132 K 0.027 0.046 0.046 0.040 0.078 0.120 0.035 0.609 133 I 0.014 0.029 0.082 0.075 0.046 0.101 0.057 0.596 134 G 0.167 0.353 0.040 0.021 0.023 0.045 0.137 0.215 135 K 0.343 0.306 0.015 0.010 0.010 0.037 0.091 0.188 136 E 0.027 0.128 0.031 0.019 0.019 0.089 0.050 0.637 137 D 0.104 0.335 0.010 0.009 0.015 0.052 0.080 0.394 138 Y 0.267 0.219 0.022 0.011 0.013 0.090 0.075 0.302 139 D 0.108 0.179 0.022 0.032 0.047 0.079 0.057 0.477 140 E 0.023 0.027 0.040 0.017 0.052 0.088 0.130 0.622 141 L 0.128 0.015 0.060 0.051 0.068 0.147 0.054 0.476 142 K 0.360 0.007 0.035 0.051 0.054 0.068 0.066 0.358 143 I 0.008 0.007 0.009 0.005 0.012 0.093 0.010 0.856 144 G 0.006 0.024 0.030 0.015 0.046 0.146 0.009 0.725 145 E 0.019 0.095 0.022 0.053 0.028 0.086 0.027 0.671 146 S 0.036 0.901 0.003 0.005 0.004 0.006 0.015 0.029 147 Y 0.046 0.880 0.005 0.003 0.004 0.007 0.023 0.033 148 K 0.011 0.838 0.010 0.012 0.010 0.012 0.057 0.051 149 K 0.011 0.917 0.010 0.005 0.006 0.004 0.020 0.027 150 V 0.105 0.688 0.025 0.018 0.033 0.018 0.065 0.047 151 V 0.216 0.091 0.107 0.080 0.060 0.037 0.258 0.151 152 E 0.376 0.018 0.010 0.020 0.019 0.044 0.030 0.482 153 K 0.113 0.003 0.007 0.007 0.010 0.068 0.010 0.782 154 L 0.004 0.001 0.004 0.005 0.012 0.136 0.006 0.831 155 G 0.012 0.003 0.005 0.005 0.011 0.092 0.008 0.864 156 E 0.128 0.033 0.007 0.024 0.017 0.109 0.034 0.648 157 P 0.114 0.056 0.026 0.022 0.025 0.115 0.086 0.556 158 D 0.106 0.082 0.032 0.028 0.046 0.107 0.092 0.506 159 V 0.063 0.050 0.048 0.033 0.055 0.108 0.085 0.559 160 L 0.061 0.069 0.046 0.049 0.072 0.110 0.068 0.524 161 S 0.065 0.049 0.029 0.058 0.093 0.094 0.113 0.499 162 Q 0.047 0.022 0.024 0.048 0.065 0.113 0.152 0.528 163 S 0.064 0.024 0.024 0.058 0.068 0.138 0.098 0.526 164 M 0.191 0.018 0.009 0.017 0.028 0.110 0.033 0.593 165 S 0.128 0.017 0.005 0.010 0.017 0.092 0.032 0.698 166 S 0.069 0.025 0.006 0.009 0.020 0.112 0.027 0.731 167 D 0.074 0.045 0.011 0.020 0.053 0.111 0.065 0.621 168 K 0.033 0.034 0.029 0.055 0.095 0.125 0.073 0.556 169 E 0.021 0.028 0.050 0.097 0.194 0.083 0.109 0.418 170 E 0.011 0.027 0.048 0.138 0.269 0.070 0.093 0.344 171 M 0.008 0.026 0.075 0.200 0.370 0.051 0.048 0.223 172 Q 0.004 0.006 0.057 0.258 0.473 0.024 0.061 0.118 173 T 0.004 0.005 0.055 0.325 0.356 0.026 0.137 0.093 174 V 0.005 0.007 0.077 0.284 0.396 0.041 0.054 0.135 175 W 0.076 0.007 0.050 0.166 0.229 0.064 0.036 0.373 176 S 0.239 0.013 0.020 0.089 0.079 0.060 0.086 0.415 177 S 0.025 0.005 0.016 0.026 0.077 0.119 0.023 0.709 178 G 0.033 0.003 0.016 0.033 0.093 0.111 0.041 0.671 179 I 0.041 0.002 0.015 0.168 0.097 0.098 0.048 0.531 180 K 0.017 0.001 0.015 0.049 0.087 0.089 0.046 0.695 181 T 0.022 0.001 0.016 0.071 0.096 0.078 0.052 0.663 182 K 0.056 0.001 0.026 0.052 0.085 0.097 0.049 0.634 183 S 0.068 0.002 0.018 0.028 0.041 0.074 0.051 0.719 184 S 0.064 0.004 0.041 0.060 0.175 0.127 0.053 0.476 185 S 0.007 0.001 0.055 0.047 0.145 0.096 0.047 0.601 186 A 0.003 0.001 0.129 0.187 0.469 0.050 0.024 0.137 187 T 0.001 0.001 0.085 0.183 0.449 0.022 0.041 0.219 188 I 0.001 0.001 0.107 0.442 0.375 0.012 0.008 0.056 189 E 0.001 0.001 0.169 0.342 0.434 0.006 0.009 0.039 190 L 0.001 0.001 0.078 0.478 0.381 0.007 0.015 0.041 191 Y 0.002 0.001 0.277 0.225 0.379 0.015 0.023 0.079 192 F 0.282 0.001 0.067 0.252 0.196 0.032 0.043 0.126 193 E 0.295 0.004 0.020 0.065 0.061 0.050 0.023 0.481 194 N 0.014 0.002 0.010 0.011 0.098 0.090 0.003 0.772 195 G 0.006 0.001 0.027 0.065 0.300 0.068 0.020 0.514 196 L 0.008 0.001 0.016 0.557 0.240 0.036 0.017 0.126 197 L 0.007 0.001 0.030 0.240 0.229 0.045 0.023 0.424 198 K 0.006 0.002 0.026 0.282 0.344 0.033 0.023 0.283 199 N 0.055 0.011 0.042 0.178 0.258 0.042 0.045 0.369 200 K 0.032 0.009 0.039 0.209 0.178 0.068 0.035 0.429 201 T 0.112 0.026 0.027 0.102 0.146 0.066 0.040 0.481 202 Q 0.225 0.027 0.019 0.049 0.064 0.082 0.056 0.477 203 K 0.026 0.008 0.014 0.030 0.049 0.114 0.024 0.735 204 D 0.078 0.016 0.010 0.024 0.042 0.092 0.068 0.669 205 L 0.069 0.020 0.011 0.036 0.039 0.122 0.061 0.641 206 E 0.056 0.020 0.017 0.032 0.064 0.097 0.052 0.662