# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.273 0.087 0.053 0.091 0.081 0.090 0.124 0.080 0.061 0.039 0.021 2 S 0.231 0.202 0.096 0.162 0.118 0.066 0.055 0.031 0.021 0.013 0.005 3 M 0.165 0.130 0.084 0.141 0.110 0.102 0.125 0.065 0.044 0.025 0.011 4 K 0.158 0.104 0.091 0.159 0.142 0.110 0.109 0.056 0.038 0.022 0.010 5 K 0.185 0.129 0.121 0.164 0.117 0.097 0.093 0.045 0.028 0.015 0.007 6 T 0.103 0.121 0.119 0.191 0.137 0.107 0.110 0.046 0.035 0.021 0.009 7 K 0.023 0.022 0.032 0.068 0.093 0.157 0.225 0.153 0.118 0.064 0.045 8 N 0.150 0.120 0.199 0.243 0.139 0.065 0.046 0.017 0.011 0.007 0.003 9 W 0.018 0.028 0.077 0.135 0.142 0.171 0.202 0.100 0.069 0.037 0.022 10 L 0.005 0.008 0.031 0.038 0.047 0.061 0.147 0.159 0.204 0.161 0.140 11 L 0.002 0.007 0.051 0.049 0.068 0.112 0.219 0.161 0.155 0.110 0.067 12 V 0.002 0.009 0.132 0.066 0.082 0.128 0.202 0.148 0.112 0.081 0.040 13 F 0.002 0.004 0.046 0.021 0.029 0.065 0.174 0.189 0.186 0.182 0.103 14 L 0.001 0.002 0.018 0.006 0.009 0.017 0.072 0.177 0.222 0.291 0.187 15 T 0.001 0.003 0.044 0.012 0.016 0.035 0.112 0.150 0.204 0.270 0.155 16 V 0.001 0.002 0.034 0.007 0.012 0.027 0.105 0.152 0.236 0.253 0.170 17 T 0.002 0.003 0.041 0.011 0.018 0.040 0.151 0.159 0.228 0.209 0.138 18 F 0.002 0.003 0.029 0.008 0.012 0.024 0.089 0.109 0.225 0.255 0.244 19 C 0.001 0.002 0.021 0.007 0.012 0.024 0.092 0.133 0.245 0.203 0.260 20 F 0.002 0.003 0.025 0.011 0.019 0.040 0.141 0.174 0.249 0.168 0.168 21 L 0.002 0.003 0.022 0.011 0.018 0.041 0.153 0.164 0.244 0.196 0.145 22 M 0.002 0.003 0.015 0.010 0.016 0.030 0.116 0.183 0.247 0.197 0.181 23 L 0.004 0.006 0.020 0.019 0.029 0.049 0.142 0.204 0.218 0.194 0.116 24 G 0.007 0.009 0.026 0.029 0.035 0.050 0.132 0.157 0.188 0.201 0.166 25 C 0.007 0.009 0.018 0.025 0.033 0.046 0.129 0.161 0.215 0.196 0.161 26 Q 0.030 0.053 0.052 0.096 0.116 0.112 0.171 0.137 0.103 0.085 0.046 27 S 0.026 0.037 0.033 0.081 0.097 0.123 0.212 0.146 0.105 0.088 0.054 28 K 0.157 0.155 0.068 0.160 0.136 0.097 0.093 0.057 0.035 0.028 0.014 29 E 0.504 0.239 0.065 0.092 0.050 0.017 0.015 0.008 0.005 0.004 0.002 30 D 0.265 0.188 0.057 0.124 0.096 0.072 0.080 0.048 0.032 0.025 0.013 31 K 0.091 0.103 0.065 0.148 0.131 0.140 0.154 0.076 0.046 0.031 0.015 32 K 0.384 0.182 0.160 0.145 0.050 0.032 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 33 G 0.147 0.113 0.097 0.138 0.124 0.146 0.133 0.057 0.026 0.014 0.006 34 G 0.306 0.175 0.088 0.143 0.094 0.062 0.064 0.030 0.020 0.012 0.006 35 T 0.137 0.099 0.092 0.128 0.126 0.133 0.141 0.065 0.043 0.024 0.012 36 K 0.226 0.231 0.200 0.155 0.092 0.038 0.031 0.014 0.008 0.005 0.002 37 P 0.188 0.105 0.074 0.109 0.104 0.113 0.148 0.076 0.045 0.025 0.013 38 S 0.246 0.220 0.112 0.144 0.101 0.062 0.055 0.028 0.016 0.011 0.005 39 N 0.182 0.181 0.090 0.146 0.115 0.097 0.105 0.043 0.023 0.013 0.006 40 E 0.224 0.123 0.089 0.132 0.116 0.098 0.103 0.058 0.031 0.018 0.009 41 A 0.318 0.159 0.134 0.153 0.083 0.059 0.047 0.022 0.013 0.008 0.003 42 A 0.094 0.090 0.099 0.160 0.128 0.131 0.147 0.070 0.043 0.026 0.011 43 L 0.040 0.047 0.062 0.116 0.120 0.151 0.198 0.113 0.081 0.048 0.024 44 T 0.143 0.114 0.221 0.177 0.123 0.083 0.072 0.032 0.019 0.013 0.005 45 K 0.080 0.133 0.170 0.175 0.140 0.103 0.107 0.042 0.026 0.017 0.007 46 T 0.062 0.049 0.051 0.080 0.084 0.136 0.200 0.125 0.101 0.067 0.045 47 E 0.404 0.201 0.161 0.131 0.053 0.021 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 48 N 0.171 0.184 0.143 0.174 0.114 0.081 0.069 0.030 0.018 0.010 0.005 49 L 0.043 0.033 0.033 0.077 0.101 0.185 0.225 0.131 0.086 0.054 0.032 50 D 0.291 0.157 0.228 0.189 0.061 0.036 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 51 F 0.011 0.023 0.068 0.079 0.096 0.156 0.198 0.161 0.105 0.067 0.036 52 R 0.033 0.054 0.100 0.146 0.141 0.110 0.150 0.085 0.079 0.068 0.033 53 L 0.022 0.030 0.099 0.097 0.130 0.143 0.184 0.112 0.087 0.064 0.032 54 S 0.052 0.229 0.298 0.190 0.103 0.051 0.041 0.014 0.011 0.008 0.003 55 F 0.013 0.011 0.012 0.030 0.042 0.100 0.206 0.214 0.168 0.114 0.089 56 N 0.371 0.172 0.136 0.172 0.074 0.029 0.020 0.011 0.008 0.006 0.002 57 K 0.044 0.086 0.085 0.272 0.218 0.134 0.092 0.034 0.020 0.010 0.004 58 I 0.008 0.007 0.012 0.017 0.018 0.031 0.089 0.128 0.228 0.221 0.240 59 K 0.015 0.038 0.059 0.149 0.172 0.160 0.185 0.094 0.071 0.041 0.018 60 V 0.018 0.057 0.167 0.120 0.092 0.101 0.130 0.100 0.100 0.076 0.039 61 T 0.064 0.060 0.063 0.154 0.149 0.129 0.172 0.078 0.065 0.044 0.023 62 T 0.109 0.082 0.043 0.086 0.079 0.097 0.146 0.115 0.111 0.084 0.048 63 D 0.136 0.198 0.065 0.197 0.135 0.088 0.079 0.037 0.029 0.021 0.013 64 Q 0.057 0.051 0.031 0.095 0.095 0.119 0.165 0.135 0.113 0.071 0.069 65 N 0.342 0.216 0.086 0.159 0.094 0.037 0.030 0.015 0.010 0.007 0.003 66 H 0.172 0.157 0.063 0.224 0.153 0.087 0.072 0.033 0.020 0.012 0.007 67 F 0.013 0.011 0.010 0.027 0.026 0.050 0.104 0.150 0.211 0.202 0.195 68 S 0.126 0.270 0.081 0.222 0.132 0.072 0.054 0.020 0.013 0.007 0.003 69 G 0.239 0.225 0.089 0.127 0.099 0.067 0.064 0.034 0.026 0.020 0.009 70 G 0.310 0.074 0.037 0.099 0.102 0.087 0.109 0.061 0.053 0.041 0.028 71 T 0.113 0.139 0.055 0.137 0.126 0.078 0.117 0.088 0.066 0.054 0.028 72 S 0.044 0.299 0.072 0.121 0.090 0.070 0.116 0.063 0.061 0.042 0.022 73 I 0.051 0.069 0.030 0.135 0.177 0.229 0.184 0.077 0.029 0.012 0.007 74 E 0.821 0.052 0.073 0.040 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.015 0.036 0.039 0.266 0.278 0.184 0.125 0.038 0.013 0.004 0.002 76 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.025 0.060 0.189 0.293 0.421 77 K 0.002 0.007 0.111 0.220 0.373 0.156 0.100 0.018 0.008 0.004 0.001 78 Q 0.010 0.023 0.777 0.112 0.051 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 79 W 0.010 0.018 0.033 0.051 0.079 0.193 0.341 0.131 0.078 0.046 0.019 80 F 0.028 0.026 0.023 0.034 0.031 0.062 0.193 0.221 0.169 0.140 0.073 81 G 0.209 0.136 0.179 0.138 0.098 0.070 0.067 0.045 0.028 0.021 0.009 82 D 0.231 0.373 0.171 0.117 0.055 0.022 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 83 P 0.185 0.065 0.020 0.060 0.073 0.108 0.187 0.129 0.086 0.052 0.034 84 N 0.497 0.264 0.059 0.085 0.042 0.019 0.014 0.008 0.006 0.004 0.002 85 K 0.087 0.148 0.091 0.177 0.148 0.143 0.113 0.048 0.024 0.013 0.007 86 S 0.333 0.169 0.091 0.126 0.091 0.055 0.060 0.035 0.020 0.012 0.006 87 E 0.178 0.125 0.087 0.175 0.147 0.114 0.097 0.039 0.022 0.011 0.005 88 Q 0.131 0.153 0.145 0.185 0.129 0.079 0.083 0.041 0.028 0.018 0.008 89 R 0.061 0.048 0.056 0.116 0.124 0.162 0.202 0.102 0.070 0.040 0.019 90 N 0.303 0.202 0.147 0.159 0.078 0.046 0.035 0.015 0.009 0.005 0.002 91 A 0.145 0.132 0.070 0.130 0.112 0.119 0.127 0.068 0.047 0.032 0.018 92 G 0.353 0.137 0.050 0.098 0.082 0.077 0.087 0.047 0.035 0.021 0.013 93 N 0.227 0.187 0.086 0.198 0.137 0.069 0.047 0.021 0.014 0.008 0.004 94 I 0.056 0.039 0.044 0.080 0.088 0.122 0.167 0.138 0.122 0.083 0.060 95 T 0.089 0.126 0.073 0.228 0.192 0.105 0.090 0.041 0.030 0.018 0.009 96 L 0.006 0.009 0.014 0.024 0.027 0.045 0.094 0.150 0.218 0.218 0.195 97 D 0.056 0.087 0.089 0.218 0.181 0.119 0.112 0.054 0.042 0.029 0.013 98 S 0.035 0.048 0.055 0.115 0.091 0.097 0.153 0.110 0.127 0.101 0.069 99 Y 0.026 0.020 0.020 0.054 0.062 0.087 0.170 0.151 0.177 0.128 0.106 100 T 0.097 0.107 0.077 0.178 0.131 0.105 0.121 0.067 0.059 0.038 0.019 101 W 0.029 0.028 0.030 0.073 0.070 0.104 0.167 0.147 0.150 0.115 0.086 102 V 0.109 0.121 0.062 0.164 0.133 0.107 0.119 0.065 0.053 0.041 0.026 103 K 0.267 0.194 0.050 0.129 0.098 0.076 0.077 0.045 0.031 0.020 0.014 104 D 0.478 0.186 0.042 0.112 0.069 0.041 0.032 0.016 0.011 0.007 0.005 105 G 0.162 0.089 0.036 0.114 0.124 0.111 0.123 0.086 0.071 0.050 0.035 106 A 0.041 0.056 0.030 0.121 0.121 0.161 0.187 0.103 0.089 0.056 0.036 107 V 0.015 0.029 0.040 0.101 0.114 0.143 0.158 0.116 0.121 0.098 0.066 108 I 0.002 0.007 0.013 0.024 0.037 0.070 0.144 0.241 0.194 0.156 0.113 109 N 0.008 0.029 0.047 0.142 0.128 0.112 0.141 0.115 0.108 0.109 0.061 110 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.036 0.116 0.210 0.299 0.316 111 Q 0.019 0.055 0.078 0.232 0.223 0.107 0.117 0.062 0.053 0.038 0.016 112 L 0.002 0.004 0.008 0.013 0.011 0.027 0.077 0.100 0.216 0.278 0.263 113 Y 0.042 0.070 0.050 0.208 0.188 0.135 0.142 0.061 0.051 0.032 0.019 114 K 0.122 0.184 0.073 0.159 0.128 0.080 0.094 0.060 0.047 0.033 0.018 115 N 0.215 0.164 0.045 0.149 0.130 0.102 0.086 0.045 0.030 0.020 0.013 116 S 0.328 0.161 0.055 0.154 0.105 0.066 0.059 0.030 0.021 0.013 0.007 117 T 0.089 0.085 0.047 0.125 0.109 0.099 0.141 0.102 0.092 0.066 0.045 118 V 0.026 0.038 0.032 0.090 0.093 0.113 0.183 0.144 0.134 0.084 0.062 119 A 0.025 0.031 0.048 0.087 0.076 0.095 0.150 0.116 0.147 0.124 0.101 120 R 0.018 0.033 0.052 0.128 0.134 0.163 0.168 0.104 0.092 0.067 0.040 121 S 0.050 0.072 0.073 0.168 0.133 0.138 0.146 0.080 0.067 0.046 0.027 122 I 0.013 0.012 0.018 0.036 0.039 0.050 0.108 0.170 0.190 0.195 0.169 123 S 0.051 0.065 0.067 0.119 0.101 0.127 0.163 0.107 0.091 0.072 0.037 124 N 0.064 0.107 0.112 0.203 0.139 0.099 0.107 0.056 0.049 0.042 0.021 125 F 0.015 0.013 0.013 0.037 0.047 0.106 0.192 0.200 0.180 0.113 0.084 126 S 0.246 0.203 0.121 0.184 0.096 0.049 0.039 0.021 0.019 0.017 0.006 127 F 0.034 0.042 0.037 0.094 0.097 0.120 0.181 0.141 0.109 0.082 0.063 128 S 0.050 0.049 0.042 0.072 0.069 0.083 0.124 0.108 0.130 0.149 0.122 129 R 0.110 0.235 0.103 0.216 0.130 0.080 0.066 0.026 0.017 0.011 0.005 130 E 0.234 0.220 0.082 0.193 0.121 0.060 0.045 0.022 0.013 0.007 0.004 131 A 0.132 0.055 0.033 0.089 0.120 0.136 0.171 0.088 0.078 0.065 0.033 132 K 0.170 0.204 0.073 0.298 0.153 0.053 0.032 0.009 0.005 0.002 0.001 133 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.013 0.052 0.112 0.213 0.313 0.279 134 G 0.027 0.198 0.085 0.194 0.169 0.097 0.119 0.045 0.032 0.023 0.010 135 K 0.057 0.120 0.100 0.227 0.160 0.132 0.107 0.045 0.026 0.016 0.010 136 E 0.771 0.060 0.068 0.053 0.021 0.011 0.008 0.003 0.002 0.002 0.001 137 D 0.053 0.245 0.052 0.214 0.165 0.107 0.101 0.033 0.019 0.009 0.004 138 Y 0.002 0.005 0.006 0.020 0.020 0.053 0.110 0.149 0.211 0.184 0.241 139 D 0.192 0.091 0.326 0.231 0.098 0.037 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 140 E 0.034 0.181 0.262 0.329 0.151 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.046 0.092 0.215 0.256 0.372 142 K 0.059 0.185 0.138 0.289 0.194 0.066 0.044 0.012 0.007 0.004 0.001 143 I 0.023 0.132 0.333 0.148 0.113 0.081 0.069 0.034 0.032 0.025 0.010 144 G 0.417 0.107 0.084 0.151 0.093 0.062 0.054 0.015 0.009 0.005 0.002 145 E 0.226 0.107 0.058 0.101 0.106 0.072 0.122 0.089 0.060 0.040 0.019 146 S 0.043 0.486 0.095 0.145 0.085 0.039 0.047 0.021 0.020 0.014 0.006 147 Y 0.005 0.016 0.013 0.047 0.077 0.225 0.329 0.162 0.076 0.030 0.020 148 K 0.758 0.045 0.139 0.045 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.033 0.054 0.103 0.417 0.244 0.102 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.053 0.188 0.268 0.456 151 V 0.001 0.004 0.049 0.134 0.294 0.233 0.213 0.039 0.020 0.010 0.004 152 E 0.003 0.010 0.900 0.055 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.005 0.020 0.084 0.095 0.152 0.252 0.290 0.059 0.026 0.012 0.004 154 L 0.011 0.008 0.010 0.013 0.012 0.030 0.133 0.222 0.214 0.194 0.152 155 G 0.241 0.150 0.168 0.149 0.117 0.058 0.052 0.030 0.017 0.014 0.005 156 E 0.133 0.432 0.218 0.124 0.057 0.015 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 157 P 0.092 0.031 0.013 0.040 0.052 0.111 0.210 0.151 0.143 0.085 0.072 158 D 0.479 0.236 0.067 0.113 0.052 0.023 0.014 0.007 0.005 0.003 0.001 159 V 0.070 0.126 0.107 0.207 0.153 0.127 0.102 0.053 0.029 0.017 0.009 160 L 0.024 0.032 0.031 0.054 0.078 0.091 0.164 0.178 0.149 0.124 0.076 161 S 0.047 0.075 0.096 0.175 0.149 0.151 0.149 0.073 0.045 0.029 0.011 162 Q 0.103 0.102 0.206 0.217 0.131 0.079 0.074 0.038 0.027 0.017 0.006 163 S 0.064 0.047 0.045 0.091 0.096 0.130 0.202 0.117 0.108 0.066 0.033 164 M 0.128 0.135 0.064 0.167 0.150 0.102 0.119 0.055 0.042 0.027 0.011 165 S 0.134 0.115 0.071 0.124 0.097 0.106 0.138 0.075 0.067 0.045 0.029 166 S 0.251 0.248 0.080 0.139 0.114 0.056 0.056 0.028 0.015 0.009 0.005 167 D 0.397 0.335 0.051 0.088 0.051 0.023 0.026 0.013 0.008 0.005 0.002 168 K 0.174 0.103 0.036 0.119 0.141 0.152 0.136 0.075 0.035 0.017 0.011 169 E 0.507 0.146 0.105 0.126 0.045 0.032 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 170 E 0.024 0.034 0.049 0.149 0.162 0.198 0.184 0.105 0.052 0.029 0.013 171 M 0.004 0.009 0.020 0.031 0.046 0.065 0.141 0.205 0.197 0.167 0.114 172 Q 0.010 0.024 0.096 0.144 0.162 0.158 0.166 0.090 0.071 0.055 0.022 173 T 0.009 0.020 0.140 0.095 0.093 0.107 0.159 0.117 0.121 0.089 0.049 174 V 0.008 0.015 0.033 0.052 0.058 0.094 0.200 0.155 0.172 0.134 0.078 175 W 0.006 0.007 0.016 0.025 0.024 0.049 0.131 0.162 0.216 0.203 0.162 176 S 0.021 0.039 0.064 0.128 0.137 0.123 0.160 0.111 0.097 0.073 0.047 177 S 0.114 0.139 0.090 0.150 0.122 0.106 0.115 0.063 0.048 0.033 0.019 178 G 0.269 0.104 0.041 0.128 0.101 0.087 0.106 0.063 0.049 0.033 0.020 179 I 0.055 0.037 0.020 0.055 0.055 0.079 0.140 0.150 0.166 0.141 0.102 180 K 0.174 0.243 0.060 0.186 0.121 0.076 0.066 0.033 0.022 0.013 0.007 181 T 0.199 0.106 0.042 0.086 0.080 0.090 0.117 0.092 0.081 0.062 0.045 182 K 0.311 0.194 0.047 0.139 0.105 0.067 0.059 0.030 0.022 0.016 0.010 183 S 0.286 0.147 0.038 0.105 0.080 0.074 0.090 0.060 0.051 0.039 0.031 184 S 0.205 0.149 0.040 0.153 0.125 0.106 0.097 0.049 0.037 0.023 0.016 185 S 0.233 0.149 0.058 0.165 0.139 0.094 0.069 0.036 0.026 0.017 0.012 186 A 0.033 0.044 0.027 0.112 0.119 0.195 0.195 0.119 0.078 0.048 0.029 187 T 0.022 0.045 0.043 0.141 0.145 0.146 0.140 0.100 0.094 0.078 0.046 188 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.055 0.194 0.205 0.270 0.245 189 E 0.012 0.057 0.077 0.324 0.243 0.116 0.078 0.035 0.028 0.022 0.008 190 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.022 0.073 0.197 0.320 0.375 191 Y 0.019 0.041 0.040 0.161 0.156 0.108 0.173 0.093 0.091 0.073 0.045 192 F 0.002 0.003 0.006 0.011 0.010 0.026 0.060 0.110 0.205 0.312 0.255 193 E 0.055 0.372 0.068 0.248 0.151 0.055 0.029 0.011 0.006 0.003 0.002 194 N 0.275 0.228 0.030 0.147 0.120 0.066 0.063 0.036 0.020 0.011 0.005 195 G 0.672 0.121 0.025 0.064 0.044 0.021 0.020 0.011 0.009 0.008 0.004 196 L 0.053 0.129 0.037 0.268 0.251 0.106 0.090 0.037 0.018 0.007 0.003 197 L 0.002 0.003 0.006 0.008 0.006 0.015 0.054 0.068 0.232 0.299 0.308 198 K 0.018 0.060 0.045 0.266 0.335 0.134 0.096 0.026 0.013 0.005 0.002 199 N 0.163 0.208 0.206 0.190 0.088 0.048 0.036 0.021 0.020 0.012 0.007 200 K 0.085 0.056 0.047 0.133 0.168 0.146 0.159 0.081 0.057 0.046 0.022 201 T 0.069 0.169 0.072 0.107 0.077 0.082 0.154 0.114 0.079 0.054 0.024 202 Q 0.023 0.039 0.050 0.160 0.158 0.186 0.169 0.108 0.056 0.036 0.015 203 K 0.549 0.123 0.189 0.081 0.030 0.011 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 204 D 0.143 0.259 0.070 0.207 0.142 0.083 0.060 0.019 0.010 0.005 0.002 205 L 0.011 0.008 0.007 0.016 0.018 0.054 0.112 0.132 0.217 0.189 0.237 206 E 0.430 0.188 0.168 0.147 0.043 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001