# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.036 0.048 0.024 0.057 0.093 0.008 0.660 2 S 0.085 0.068 0.028 0.032 0.059 0.215 0.012 0.501 3 M 0.165 0.088 0.022 0.014 0.060 0.135 0.011 0.505 4 K 0.102 0.167 0.009 0.011 0.022 0.167 0.010 0.511 5 K 0.177 0.166 0.008 0.007 0.009 0.164 0.021 0.447 6 T 0.353 0.261 0.009 0.007 0.008 0.062 0.033 0.266 7 K 0.231 0.336 0.039 0.015 0.021 0.052 0.024 0.282 8 N 0.016 0.180 0.032 0.011 0.016 0.066 0.008 0.672 9 W 0.063 0.319 0.029 0.017 0.029 0.116 0.015 0.412 10 L 0.070 0.588 0.081 0.030 0.029 0.055 0.012 0.135 11 L 0.022 0.602 0.070 0.024 0.030 0.049 0.006 0.197 12 V 0.010 0.683 0.065 0.024 0.025 0.028 0.003 0.161 13 F 0.005 0.856 0.016 0.017 0.015 0.016 0.003 0.073 14 L 0.005 0.899 0.012 0.009 0.011 0.010 0.002 0.053 15 T 0.003 0.927 0.005 0.005 0.006 0.010 0.002 0.042 16 V 0.003 0.972 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 17 T 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 18 F 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 C 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 22 M 0.013 0.971 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 23 L 0.032 0.925 0.005 0.005 0.004 0.002 0.013 0.014 24 G 0.125 0.717 0.013 0.013 0.014 0.010 0.048 0.060 25 C 0.160 0.579 0.045 0.033 0.029 0.016 0.038 0.100 26 Q 0.115 0.363 0.047 0.062 0.054 0.060 0.047 0.252 27 S 0.111 0.167 0.067 0.053 0.065 0.066 0.035 0.436 28 K 0.069 0.086 0.039 0.034 0.046 0.096 0.019 0.611 29 E 0.052 0.037 0.024 0.020 0.025 0.313 0.019 0.511 30 D 0.140 0.077 0.023 0.027 0.030 0.143 0.028 0.532 31 K 0.229 0.083 0.037 0.031 0.045 0.196 0.026 0.353 32 K 0.098 0.040 0.030 0.031 0.046 0.330 0.016 0.409 33 G 0.079 0.054 0.025 0.051 0.058 0.081 0.016 0.637 34 G 0.108 0.032 0.025 0.049 0.086 0.084 0.017 0.599 35 T 0.092 0.012 0.027 0.026 0.060 0.065 0.013 0.705 36 K 0.041 0.007 0.016 0.053 0.077 0.083 0.003 0.718 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 S 0.011 0.003 0.010 0.025 0.074 0.256 0.002 0.618 39 N 0.233 0.007 0.009 0.009 0.014 0.088 0.008 0.632 40 E 0.120 0.027 0.012 0.010 0.024 0.264 0.003 0.540 41 A 0.066 0.047 0.008 0.009 0.019 0.333 0.004 0.514 42 A 0.081 0.242 0.010 0.011 0.021 0.119 0.006 0.509 43 L 0.146 0.357 0.013 0.018 0.043 0.149 0.015 0.260 44 T 0.214 0.422 0.011 0.032 0.032 0.067 0.024 0.198 45 K 0.169 0.365 0.021 0.022 0.046 0.038 0.019 0.320 46 T 0.114 0.386 0.021 0.052 0.085 0.068 0.017 0.256 47 E 0.105 0.194 0.024 0.034 0.053 0.112 0.028 0.451 48 N 0.128 0.207 0.020 0.030 0.044 0.134 0.038 0.401 49 L 0.321 0.113 0.038 0.018 0.031 0.099 0.033 0.349 50 D 0.048 0.120 0.027 0.024 0.024 0.242 0.017 0.498 51 F 0.148 0.106 0.059 0.053 0.077 0.146 0.032 0.379 52 R 0.165 0.143 0.053 0.080 0.127 0.100 0.007 0.326 53 L 0.034 0.074 0.079 0.133 0.203 0.080 0.007 0.390 54 S 0.022 0.138 0.043 0.180 0.223 0.076 0.007 0.310 55 F 0.062 0.087 0.040 0.070 0.202 0.044 0.013 0.482 56 N 0.057 0.067 0.029 0.067 0.095 0.370 0.016 0.298 57 K 0.224 0.059 0.020 0.026 0.037 0.195 0.032 0.407 58 I 0.260 0.201 0.057 0.042 0.056 0.094 0.018 0.272 59 K 0.073 0.139 0.126 0.107 0.129 0.123 0.018 0.286 60 V 0.020 0.083 0.072 0.064 0.092 0.045 0.007 0.618 61 T 0.034 0.098 0.076 0.084 0.193 0.067 0.011 0.436 62 T 0.079 0.065 0.057 0.064 0.109 0.102 0.014 0.510 63 D 0.045 0.058 0.030 0.025 0.055 0.179 0.014 0.594 64 Q 0.162 0.080 0.043 0.029 0.067 0.181 0.016 0.422 65 N 0.116 0.141 0.037 0.046 0.038 0.176 0.026 0.419 66 H 0.257 0.044 0.032 0.019 0.029 0.065 0.038 0.515 67 F 0.213 0.084 0.194 0.037 0.055 0.081 0.022 0.313 68 S 0.040 0.052 0.145 0.051 0.074 0.123 0.012 0.503 69 G 0.026 0.022 0.044 0.014 0.033 0.053 0.010 0.798 70 G 0.237 0.029 0.098 0.022 0.024 0.079 0.044 0.468 71 T 0.218 0.008 0.174 0.011 0.012 0.245 0.012 0.321 72 S 0.018 0.009 0.023 0.009 0.019 0.274 0.003 0.644 73 I 0.010 0.015 0.013 0.004 0.050 0.035 0.001 0.872 74 E 0.008 0.013 0.005 0.002 0.006 0.258 0.002 0.707 75 Q 0.016 0.019 0.001 0.001 0.001 0.849 0.002 0.113 76 L 0.055 0.858 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.081 77 K 0.002 0.962 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.029 78 Q 0.014 0.923 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.046 79 W 0.242 0.657 0.004 0.003 0.003 0.003 0.048 0.041 80 F 0.111 0.739 0.025 0.015 0.011 0.005 0.040 0.055 81 G 0.127 0.302 0.092 0.019 0.021 0.024 0.146 0.270 82 D 0.136 0.050 0.118 0.030 0.023 0.090 0.017 0.535 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 N 0.015 0.006 0.031 0.027 0.065 0.287 0.005 0.563 85 K 0.261 0.007 0.017 0.010 0.013 0.102 0.010 0.581 86 S 0.093 0.030 0.019 0.029 0.043 0.170 0.004 0.611 87 E 0.097 0.043 0.022 0.055 0.075 0.157 0.006 0.546 88 Q 0.115 0.060 0.019 0.041 0.074 0.155 0.008 0.528 89 R 0.133 0.083 0.021 0.078 0.160 0.115 0.015 0.395 90 N 0.066 0.099 0.017 0.070 0.102 0.110 0.021 0.515 91 A 0.076 0.060 0.016 0.045 0.064 0.079 0.033 0.627 92 G 0.149 0.039 0.021 0.064 0.050 0.094 0.084 0.499 93 N 0.365 0.009 0.039 0.051 0.057 0.145 0.039 0.296 94 I 0.104 0.005 0.070 0.116 0.166 0.156 0.006 0.377 95 T 0.023 0.003 0.051 0.257 0.449 0.075 0.002 0.138 96 L 0.010 0.003 0.063 0.306 0.446 0.025 0.002 0.145 97 D 0.006 0.003 0.054 0.316 0.502 0.026 0.002 0.092 98 S 0.006 0.003 0.031 0.271 0.502 0.031 0.002 0.153 99 Y 0.009 0.004 0.024 0.234 0.504 0.044 0.002 0.177 100 T 0.017 0.007 0.023 0.234 0.328 0.099 0.005 0.288 101 W 0.061 0.012 0.025 0.152 0.290 0.082 0.007 0.370 102 V 0.045 0.019 0.022 0.151 0.269 0.110 0.010 0.374 103 K 0.031 0.014 0.014 0.060 0.091 0.116 0.018 0.656 104 D 0.062 0.020 0.014 0.046 0.043 0.108 0.056 0.651 105 G 0.358 0.012 0.028 0.066 0.033 0.089 0.120 0.293 106 A 0.321 0.002 0.078 0.081 0.136 0.247 0.014 0.120 107 V 0.017 0.001 0.040 0.256 0.340 0.070 0.002 0.274 108 I 0.005 0.001 0.042 0.359 0.561 0.013 0.001 0.018 109 N 0.002 0.001 0.027 0.337 0.499 0.010 0.001 0.125 110 A 0.001 0.001 0.039 0.368 0.570 0.004 0.001 0.019 111 Q 0.002 0.001 0.034 0.368 0.545 0.011 0.001 0.039 112 L 0.004 0.002 0.039 0.266 0.579 0.019 0.001 0.091 113 Y 0.009 0.004 0.047 0.196 0.570 0.049 0.002 0.122 114 K 0.019 0.007 0.028 0.062 0.153 0.105 0.011 0.615 115 N 0.106 0.015 0.024 0.039 0.046 0.116 0.039 0.615 116 S 0.465 0.008 0.019 0.022 0.017 0.081 0.050 0.337 117 T 0.089 0.009 0.084 0.037 0.050 0.183 0.011 0.537 118 V 0.033 0.017 0.073 0.112 0.220 0.164 0.006 0.374 119 A 0.030 0.038 0.068 0.092 0.204 0.094 0.004 0.469 120 R 0.031 0.048 0.080 0.104 0.186 0.123 0.007 0.420 121 S 0.053 0.091 0.069 0.088 0.121 0.136 0.013 0.430 122 I 0.138 0.105 0.072 0.066 0.176 0.095 0.018 0.330 123 S 0.087 0.168 0.102 0.152 0.148 0.093 0.019 0.231 124 N 0.068 0.076 0.058 0.069 0.100 0.063 0.026 0.539 125 F 0.100 0.051 0.117 0.057 0.123 0.067 0.014 0.471 126 S 0.040 0.054 0.076 0.089 0.117 0.208 0.013 0.402 127 F 0.055 0.046 0.052 0.037 0.069 0.092 0.011 0.638 128 S 0.071 0.115 0.079 0.060 0.101 0.126 0.011 0.437 129 R 0.078 0.077 0.055 0.034 0.061 0.125 0.021 0.551 130 E 0.124 0.079 0.037 0.015 0.036 0.190 0.019 0.501 131 A 0.298 0.124 0.060 0.032 0.037 0.106 0.041 0.304 132 K 0.246 0.049 0.031 0.016 0.018 0.077 0.035 0.528 133 I 0.212 0.050 0.212 0.045 0.061 0.096 0.018 0.305 134 G 0.048 0.042 0.055 0.035 0.089 0.281 0.008 0.443 135 K 0.039 0.042 0.034 0.019 0.082 0.036 0.004 0.744 136 E 0.022 0.036 0.017 0.012 0.028 0.265 0.006 0.614 137 D 0.132 0.053 0.007 0.007 0.013 0.338 0.019 0.431 138 Y 0.224 0.384 0.021 0.011 0.030 0.038 0.010 0.282 139 D 0.043 0.355 0.024 0.035 0.044 0.133 0.016 0.350 140 E 0.193 0.141 0.020 0.016 0.022 0.063 0.038 0.506 141 L 0.411 0.214 0.073 0.020 0.032 0.034 0.037 0.180 142 K 0.061 0.233 0.274 0.106 0.075 0.052 0.018 0.180 143 I 0.005 0.029 0.057 0.011 0.020 0.025 0.005 0.849 144 G 0.065 0.087 0.164 0.052 0.069 0.060 0.025 0.478 145 E 0.181 0.016 0.094 0.014 0.015 0.176 0.015 0.490 146 S 0.033 0.014 0.027 0.009 0.014 0.291 0.005 0.605 147 Y 0.028 0.021 0.018 0.005 0.031 0.053 0.003 0.841 148 K 0.009 0.016 0.004 0.002 0.006 0.345 0.002 0.616 149 K 0.033 0.039 0.001 0.001 0.002 0.653 0.003 0.269 150 V 0.032 0.844 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.111 151 V 0.002 0.940 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.042 152 E 0.005 0.943 0.002 0.004 0.005 0.002 0.003 0.038 153 K 0.053 0.868 0.003 0.004 0.005 0.003 0.018 0.047 154 L 0.030 0.887 0.007 0.009 0.006 0.002 0.018 0.040 155 G 0.142 0.403 0.039 0.023 0.023 0.018 0.174 0.178 156 E 0.090 0.035 0.059 0.022 0.015 0.042 0.012 0.724 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 D 0.012 0.006 0.023 0.030 0.056 0.117 0.004 0.752 159 V 0.205 0.011 0.022 0.014 0.021 0.064 0.007 0.655 160 L 0.191 0.062 0.066 0.087 0.143 0.110 0.005 0.336 161 S 0.106 0.105 0.055 0.155 0.163 0.107 0.007 0.301 162 Q 0.085 0.076 0.038 0.050 0.096 0.051 0.010 0.594 163 S 0.120 0.106 0.040 0.097 0.177 0.102 0.013 0.345 164 M 0.040 0.043 0.014 0.035 0.057 0.058 0.012 0.741 165 S 0.084 0.070 0.018 0.041 0.081 0.159 0.022 0.524 166 S 0.194 0.035 0.010 0.017 0.027 0.146 0.029 0.541 167 D 0.130 0.030 0.009 0.015 0.016 0.132 0.021 0.647 168 K 0.089 0.021 0.020 0.018 0.028 0.175 0.014 0.635 169 E 0.055 0.039 0.022 0.060 0.065 0.281 0.013 0.465 170 E 0.065 0.031 0.027 0.057 0.113 0.134 0.010 0.563 171 M 0.050 0.058 0.051 0.202 0.294 0.104 0.005 0.237 172 Q 0.020 0.028 0.051 0.363 0.361 0.036 0.004 0.137 173 T 0.013 0.018 0.036 0.273 0.431 0.020 0.002 0.206 174 V 0.012 0.012 0.045 0.328 0.512 0.017 0.002 0.071 175 W 0.012 0.017 0.031 0.299 0.446 0.027 0.003 0.165 176 S 0.014 0.030 0.043 0.264 0.489 0.030 0.005 0.125 177 S 0.028 0.027 0.032 0.119 0.197 0.073 0.013 0.512 178 G 0.153 0.017 0.016 0.046 0.073 0.102 0.043 0.549 179 I 0.397 0.014 0.032 0.042 0.053 0.148 0.021 0.294 180 K 0.030 0.020 0.034 0.061 0.066 0.145 0.014 0.631 181 T 0.074 0.021 0.029 0.058 0.101 0.115 0.014 0.588 182 K 0.078 0.018 0.040 0.049 0.069 0.153 0.011 0.581 183 S 0.037 0.013 0.021 0.041 0.064 0.183 0.011 0.631 184 S 0.062 0.015 0.036 0.051 0.081 0.135 0.017 0.602 185 S 0.044 0.009 0.021 0.041 0.053 0.236 0.019 0.578 186 A 0.151 0.008 0.047 0.104 0.105 0.205 0.029 0.350 187 T 0.160 0.004 0.044 0.123 0.268 0.228 0.009 0.163 188 I 0.026 0.001 0.047 0.378 0.478 0.036 0.002 0.031 189 E 0.004 0.001 0.025 0.369 0.551 0.012 0.001 0.039 190 L 0.001 0.001 0.017 0.469 0.492 0.003 0.001 0.018 191 Y 0.002 0.001 0.044 0.336 0.544 0.008 0.001 0.066 192 F 0.001 0.001 0.024 0.443 0.486 0.010 0.001 0.034 193 E 0.003 0.001 0.045 0.156 0.465 0.060 0.002 0.268 194 N 0.004 0.001 0.020 0.043 0.095 0.145 0.012 0.680 195 G 0.147 0.005 0.032 0.116 0.037 0.116 0.072 0.475 196 L 0.459 0.001 0.014 0.014 0.059 0.379 0.004 0.070 197 L 0.029 0.001 0.020 0.350 0.387 0.084 0.001 0.127 198 K 0.007 0.001 0.017 0.345 0.588 0.017 0.001 0.024 199 N 0.004 0.002 0.017 0.308 0.449 0.016 0.001 0.202 200 K 0.009 0.003 0.029 0.198 0.486 0.033 0.002 0.240 201 T 0.013 0.007 0.012 0.154 0.373 0.187 0.004 0.251 202 Q 0.055 0.014 0.023 0.071 0.253 0.121 0.009 0.453 203 K 0.042 0.027 0.023 0.052 0.079 0.265 0.008 0.505 204 D 0.055 0.018 0.009 0.015 0.026 0.161 0.012 0.703 205 L 0.235 0.053 0.024 0.028 0.061 0.077 0.011 0.510 206 E 0.026 0.039 0.023 0.029 0.050 0.234 0.009 0.591