# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.419 0.141 0.184 0.100 0.057 0.031 0.028 0.007 0.024 0.008 0.001 2 S 0.523 0.068 0.191 0.127 0.026 0.034 0.015 0.002 0.010 0.002 0.002 3 M 0.500 0.089 0.138 0.132 0.056 0.031 0.026 0.007 0.013 0.009 0.001 4 K 0.615 0.084 0.178 0.057 0.018 0.019 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 5 K 0.666 0.029 0.137 0.104 0.010 0.029 0.014 0.002 0.006 0.001 0.002 6 T 0.621 0.076 0.114 0.137 0.018 0.017 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 7 K 0.779 0.045 0.123 0.026 0.008 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 8 N 0.930 0.005 0.030 0.019 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 W 0.959 0.013 0.010 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.990 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.979 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.928 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.644 0.005 0.003 0.330 0.001 0.007 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 24 G 0.470 0.010 0.023 0.382 0.025 0.005 0.070 0.010 0.002 0.003 0.001 25 C 0.427 0.057 0.105 0.349 0.016 0.018 0.016 0.001 0.010 0.001 0.001 26 Q 0.297 0.103 0.160 0.289 0.043 0.033 0.052 0.004 0.016 0.003 0.001 27 S 0.373 0.083 0.171 0.255 0.052 0.022 0.020 0.008 0.007 0.008 0.001 28 K 0.394 0.088 0.146 0.220 0.056 0.032 0.033 0.010 0.011 0.009 0.001 29 E 0.448 0.072 0.082 0.276 0.028 0.027 0.038 0.007 0.015 0.006 0.001 30 D 0.287 0.065 0.131 0.301 0.029 0.032 0.103 0.020 0.021 0.010 0.001 31 K 0.440 0.085 0.147 0.186 0.026 0.028 0.046 0.019 0.012 0.010 0.001 32 K 0.243 0.175 0.202 0.293 0.026 0.017 0.022 0.002 0.018 0.002 0.001 33 G 0.066 0.022 0.099 0.084 0.119 0.009 0.152 0.226 0.007 0.216 0.001 34 G 0.059 0.027 0.141 0.059 0.111 0.023 0.169 0.196 0.010 0.204 0.001 35 T 0.084 0.318 0.382 0.097 0.045 0.035 0.008 0.002 0.022 0.006 0.002 36 K 0.031 0.305 0.475 0.008 0.065 0.036 0.004 0.001 0.069 0.004 0.001 37 P 0.329 0.014 0.540 0.030 0.005 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.038 38 S 0.429 0.109 0.141 0.196 0.051 0.019 0.022 0.010 0.014 0.008 0.001 39 N 0.288 0.053 0.122 0.200 0.068 0.066 0.107 0.055 0.023 0.016 0.002 40 E 0.426 0.155 0.183 0.134 0.027 0.029 0.022 0.002 0.017 0.003 0.001 41 A 0.599 0.083 0.160 0.068 0.031 0.033 0.007 0.002 0.012 0.003 0.001 42 A 0.733 0.049 0.104 0.057 0.015 0.026 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 43 L 0.678 0.053 0.078 0.125 0.015 0.020 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 44 T 0.567 0.097 0.136 0.119 0.031 0.016 0.015 0.002 0.014 0.001 0.001 45 K 0.421 0.100 0.175 0.182 0.022 0.054 0.027 0.005 0.012 0.002 0.001 46 T 0.215 0.293 0.319 0.071 0.034 0.026 0.006 0.001 0.034 0.002 0.001 47 E 0.702 0.027 0.125 0.090 0.015 0.015 0.014 0.003 0.003 0.003 0.003 48 N 0.146 0.050 0.075 0.341 0.048 0.039 0.221 0.044 0.025 0.010 0.001 49 L 0.473 0.190 0.188 0.080 0.020 0.017 0.014 0.004 0.012 0.002 0.001 50 D 0.496 0.098 0.159 0.124 0.017 0.061 0.022 0.003 0.017 0.001 0.003 51 F 0.235 0.243 0.128 0.238 0.076 0.029 0.028 0.005 0.014 0.003 0.001 52 R 0.134 0.458 0.219 0.054 0.056 0.029 0.021 0.001 0.027 0.001 0.001 53 L 0.101 0.479 0.304 0.023 0.030 0.039 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 54 S 0.133 0.500 0.162 0.046 0.084 0.050 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 55 F 0.343 0.283 0.162 0.055 0.083 0.038 0.006 0.001 0.025 0.003 0.001 56 N 0.495 0.082 0.136 0.132 0.035 0.039 0.054 0.006 0.016 0.003 0.002 57 K 0.329 0.169 0.100 0.202 0.057 0.034 0.076 0.015 0.015 0.003 0.001 58 I 0.140 0.445 0.298 0.053 0.020 0.018 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 59 K 0.156 0.249 0.427 0.036 0.034 0.058 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 60 V 0.226 0.310 0.277 0.060 0.040 0.053 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 61 T 0.277 0.191 0.195 0.121 0.061 0.078 0.023 0.006 0.045 0.003 0.001 62 T 0.325 0.302 0.146 0.096 0.075 0.023 0.011 0.003 0.017 0.003 0.001 63 D 0.292 0.134 0.204 0.178 0.037 0.075 0.040 0.008 0.025 0.006 0.002 64 Q 0.447 0.168 0.163 0.145 0.025 0.020 0.011 0.002 0.015 0.003 0.001 65 N 0.298 0.058 0.117 0.304 0.041 0.029 0.110 0.021 0.013 0.008 0.002 66 H 0.112 0.125 0.159 0.186 0.055 0.043 0.213 0.056 0.032 0.019 0.001 67 F 0.061 0.415 0.361 0.056 0.021 0.030 0.016 0.002 0.036 0.002 0.001 68 S 0.089 0.185 0.487 0.100 0.047 0.050 0.016 0.001 0.020 0.004 0.002 69 G 0.059 0.034 0.212 0.070 0.138 0.022 0.088 0.078 0.012 0.287 0.001 70 G 0.070 0.021 0.130 0.035 0.149 0.019 0.041 0.102 0.010 0.423 0.001 71 T 0.171 0.154 0.303 0.186 0.141 0.022 0.004 0.001 0.007 0.010 0.001 72 S 0.105 0.148 0.560 0.038 0.076 0.032 0.003 0.001 0.018 0.017 0.001 73 I 0.992 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 K 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.936 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.842 0.002 0.003 0.146 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.206 0.006 0.028 0.698 0.003 0.001 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 81 G 0.043 0.003 0.030 0.022 0.024 0.003 0.188 0.502 0.002 0.183 0.001 82 D 0.014 0.166 0.611 0.006 0.029 0.019 0.003 0.001 0.151 0.001 0.001 83 P 0.137 0.003 0.786 0.014 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 84 N 0.161 0.136 0.279 0.202 0.044 0.051 0.047 0.047 0.029 0.003 0.001 85 K 0.135 0.295 0.322 0.116 0.053 0.037 0.009 0.003 0.027 0.002 0.002 86 S 0.139 0.375 0.258 0.079 0.093 0.027 0.007 0.002 0.015 0.005 0.001 87 E 0.165 0.362 0.225 0.079 0.098 0.041 0.007 0.002 0.018 0.003 0.001 88 Q 0.213 0.272 0.234 0.094 0.053 0.068 0.020 0.003 0.036 0.005 0.001 89 R 0.249 0.307 0.253 0.072 0.055 0.020 0.008 0.002 0.028 0.005 0.001 90 N 0.240 0.147 0.258 0.127 0.047 0.070 0.052 0.012 0.035 0.011 0.002 91 A 0.209 0.081 0.245 0.327 0.026 0.021 0.063 0.006 0.013 0.006 0.002 92 G 0.026 0.003 0.011 0.016 0.043 0.002 0.085 0.624 0.001 0.190 0.001 93 N 0.050 0.139 0.251 0.200 0.080 0.051 0.164 0.021 0.032 0.011 0.001 94 I 0.047 0.566 0.292 0.034 0.025 0.020 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 95 T 0.046 0.623 0.206 0.016 0.054 0.033 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 96 L 0.083 0.483 0.261 0.027 0.074 0.040 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 97 D 0.154 0.346 0.242 0.071 0.081 0.057 0.012 0.002 0.031 0.002 0.001 98 S 0.120 0.447 0.189 0.052 0.131 0.024 0.009 0.003 0.019 0.005 0.001 99 Y 0.195 0.322 0.253 0.071 0.072 0.039 0.016 0.003 0.025 0.003 0.001 100 T 0.137 0.448 0.175 0.075 0.104 0.024 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 101 W 0.112 0.379 0.292 0.040 0.068 0.060 0.013 0.004 0.028 0.004 0.001 102 V 0.217 0.163 0.455 0.047 0.017 0.059 0.008 0.002 0.027 0.002 0.002 103 K 0.390 0.133 0.131 0.227 0.031 0.022 0.037 0.007 0.014 0.007 0.002 104 D 0.019 0.019 0.043 0.317 0.026 0.012 0.500 0.045 0.013 0.007 0.001 105 G 0.014 0.019 0.050 0.022 0.072 0.006 0.152 0.557 0.005 0.103 0.001 106 A 0.042 0.419 0.410 0.052 0.044 0.015 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 107 V 0.007 0.784 0.125 0.009 0.056 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 I 0.004 0.850 0.065 0.003 0.065 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 N 0.003 0.798 0.110 0.004 0.056 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 110 A 0.002 0.892 0.061 0.001 0.030 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 111 Q 0.007 0.779 0.116 0.002 0.040 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 112 L 0.035 0.650 0.167 0.018 0.060 0.051 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 113 Y 0.068 0.310 0.257 0.052 0.118 0.084 0.020 0.003 0.079 0.008 0.001 114 K 0.566 0.070 0.141 0.113 0.035 0.025 0.025 0.008 0.007 0.008 0.002 115 N 0.131 0.044 0.066 0.496 0.028 0.019 0.179 0.017 0.015 0.005 0.001 116 S 0.157 0.097 0.124 0.098 0.112 0.020 0.194 0.146 0.015 0.036 0.001 117 T 0.210 0.304 0.311 0.067 0.045 0.037 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 118 V 0.139 0.475 0.268 0.027 0.030 0.039 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 119 A 0.330 0.149 0.291 0.059 0.028 0.089 0.014 0.001 0.035 0.001 0.003 120 R 0.259 0.444 0.116 0.042 0.105 0.014 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 121 S 0.232 0.363 0.225 0.042 0.061 0.051 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 122 I 0.262 0.328 0.232 0.063 0.020 0.061 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 123 S 0.327 0.251 0.105 0.161 0.096 0.021 0.022 0.002 0.011 0.003 0.001 124 N 0.096 0.146 0.094 0.200 0.134 0.064 0.204 0.029 0.027 0.007 0.001 125 F 0.119 0.450 0.282 0.047 0.032 0.028 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 126 S 0.229 0.356 0.230 0.047 0.060 0.052 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 127 F 0.239 0.290 0.201 0.082 0.057 0.086 0.009 0.002 0.032 0.002 0.001 128 S 0.455 0.134 0.162 0.147 0.035 0.028 0.014 0.001 0.017 0.004 0.001 129 R 0.293 0.128 0.076 0.237 0.098 0.025 0.094 0.024 0.012 0.013 0.001 130 E 0.164 0.204 0.208 0.190 0.072 0.045 0.074 0.011 0.025 0.005 0.001 131 A 0.166 0.267 0.378 0.075 0.038 0.020 0.024 0.005 0.020 0.004 0.001 132 K 0.116 0.235 0.392 0.057 0.023 0.088 0.032 0.003 0.050 0.001 0.003 133 I 0.046 0.471 0.319 0.092 0.022 0.031 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 134 G 0.031 0.104 0.415 0.007 0.246 0.042 0.008 0.005 0.039 0.103 0.001 135 K 0.820 0.007 0.139 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 136 E 0.858 0.017 0.030 0.058 0.011 0.009 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 137 D 0.606 0.038 0.032 0.275 0.013 0.015 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 138 Y 0.853 0.037 0.043 0.036 0.005 0.009 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 139 D 0.894 0.012 0.027 0.051 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 140 E 0.596 0.041 0.039 0.238 0.010 0.017 0.047 0.006 0.005 0.001 0.001 141 L 0.186 0.194 0.478 0.091 0.005 0.015 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 142 K 0.193 0.146 0.453 0.049 0.020 0.067 0.029 0.001 0.039 0.001 0.001 143 I 0.129 0.175 0.352 0.234 0.024 0.036 0.022 0.001 0.024 0.001 0.001 144 G 0.035 0.009 0.048 0.017 0.080 0.021 0.071 0.516 0.008 0.196 0.001 145 E 0.291 0.188 0.232 0.158 0.083 0.032 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 146 S 0.177 0.200 0.419 0.057 0.064 0.046 0.004 0.001 0.020 0.012 0.001 147 Y 0.974 0.002 0.015 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.991 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.988 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.981 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 151 V 0.988 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.958 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.918 0.004 0.003 0.068 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.206 0.007 0.037 0.711 0.002 0.002 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 155 G 0.025 0.002 0.017 0.021 0.021 0.003 0.234 0.552 0.001 0.124 0.001 156 E 0.017 0.243 0.588 0.006 0.035 0.013 0.003 0.001 0.094 0.001 0.001 157 P 0.131 0.004 0.802 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 158 D 0.338 0.159 0.230 0.114 0.050 0.044 0.022 0.025 0.014 0.002 0.001 159 V 0.228 0.321 0.234 0.078 0.044 0.054 0.006 0.001 0.031 0.001 0.002 160 L 0.204 0.401 0.217 0.079 0.038 0.034 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 161 S 0.179 0.352 0.198 0.064 0.110 0.054 0.012 0.002 0.026 0.003 0.001 162 Q 0.279 0.271 0.192 0.098 0.063 0.051 0.012 0.002 0.029 0.003 0.001 163 S 0.193 0.248 0.326 0.084 0.054 0.034 0.012 0.002 0.043 0.004 0.001 164 M 0.362 0.098 0.264 0.112 0.043 0.053 0.031 0.011 0.014 0.009 0.002 165 S 0.239 0.175 0.255 0.187 0.050 0.029 0.028 0.006 0.020 0.010 0.001 166 S 0.296 0.116 0.190 0.197 0.070 0.025 0.050 0.020 0.014 0.020 0.001 167 D 0.107 0.082 0.172 0.190 0.060 0.052 0.254 0.038 0.030 0.016 0.002 168 K 0.296 0.196 0.263 0.108 0.045 0.027 0.032 0.011 0.014 0.005 0.002 169 E 0.200 0.352 0.251 0.077 0.049 0.036 0.012 0.002 0.017 0.001 0.001 170 E 0.089 0.581 0.167 0.045 0.064 0.031 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 171 M 0.064 0.636 0.157 0.029 0.069 0.024 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 172 Q 0.042 0.657 0.111 0.035 0.104 0.025 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 173 T 0.016 0.761 0.068 0.010 0.117 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 174 V 0.027 0.754 0.132 0.007 0.043 0.024 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 175 W 0.084 0.411 0.297 0.024 0.059 0.074 0.005 0.001 0.042 0.002 0.001 176 S 0.268 0.335 0.181 0.069 0.074 0.034 0.008 0.002 0.025 0.004 0.001 177 S 0.186 0.105 0.232 0.272 0.057 0.031 0.083 0.007 0.021 0.005 0.001 178 G 0.041 0.011 0.040 0.022 0.064 0.009 0.102 0.530 0.005 0.175 0.001 179 I 0.197 0.196 0.405 0.129 0.023 0.020 0.010 0.001 0.015 0.002 0.001 180 K 0.149 0.117 0.230 0.200 0.067 0.070 0.088 0.032 0.024 0.021 0.002 181 T 0.130 0.228 0.218 0.139 0.131 0.033 0.054 0.023 0.021 0.021 0.001 182 K 0.163 0.163 0.271 0.140 0.077 0.063 0.055 0.020 0.028 0.018 0.002 183 S 0.114 0.239 0.346 0.105 0.066 0.039 0.028 0.006 0.041 0.013 0.002 184 S 0.211 0.173 0.314 0.130 0.057 0.041 0.033 0.007 0.019 0.011 0.004 185 S 0.159 0.183 0.267 0.163 0.093 0.033 0.045 0.016 0.024 0.014 0.003 186 A 0.113 0.325 0.247 0.121 0.114 0.012 0.029 0.013 0.012 0.011 0.001 187 T 0.015 0.644 0.160 0.050 0.073 0.016 0.020 0.002 0.020 0.001 0.001 188 I 0.001 0.847 0.111 0.003 0.029 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 189 E 0.002 0.799 0.152 0.002 0.021 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 190 L 0.001 0.839 0.105 0.001 0.026 0.009 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 191 Y 0.005 0.792 0.105 0.002 0.048 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 192 F 0.030 0.412 0.348 0.012 0.080 0.071 0.004 0.001 0.036 0.004 0.001 193 E 0.432 0.221 0.143 0.096 0.047 0.022 0.009 0.004 0.011 0.010 0.004 194 N 0.014 0.018 0.029 0.542 0.015 0.009 0.351 0.007 0.011 0.002 0.001 195 G 0.003 0.004 0.011 0.004 0.035 0.001 0.097 0.758 0.002 0.085 0.001 196 L 0.040 0.384 0.506 0.020 0.017 0.018 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 197 L 0.019 0.301 0.594 0.019 0.010 0.038 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 198 K 0.046 0.592 0.179 0.026 0.118 0.018 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 199 N 0.054 0.266 0.300 0.071 0.110 0.081 0.036 0.007 0.067 0.006 0.002 200 K 0.081 0.586 0.191 0.043 0.060 0.017 0.004 0.002 0.014 0.002 0.001 201 T 0.069 0.480 0.211 0.053 0.107 0.046 0.010 0.002 0.019 0.004 0.001 202 Q 0.257 0.227 0.247 0.070 0.071 0.064 0.019 0.007 0.024 0.010 0.004 203 K 0.355 0.218 0.122 0.175 0.044 0.026 0.031 0.005 0.018 0.005 0.001 204 D 0.090 0.102 0.129 0.249 0.056 0.101 0.178 0.027 0.059 0.007 0.001 205 L 0.351 0.143 0.298 0.114 0.022 0.026 0.022 0.003 0.015 0.004 0.002 206 E 0.485 0.094 0.192 0.128 0.028 0.028 0.021 0.005 0.011 0.006 0.002