# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 145 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.085 0.032 0.012 0.126 0.015 0.028 0.378 0.123 0.085 0.037 2 S 0.047 0.077 0.028 0.007 0.090 0.012 0.029 0.501 0.134 0.053 0.021 3 M 0.036 0.048 0.019 0.007 0.064 0.011 0.030 0.568 0.158 0.044 0.016 4 K 0.017 0.048 0.019 0.008 0.036 0.016 0.049 0.635 0.130 0.033 0.009 5 K 0.020 0.034 0.017 0.005 0.029 0.007 0.025 0.621 0.125 0.101 0.017 6 T 0.024 0.049 0.021 0.003 0.039 0.004 0.010 0.693 0.103 0.041 0.012 7 K 0.011 0.043 0.013 0.002 0.023 0.004 0.010 0.808 0.071 0.010 0.004 8 N 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.002 0.010 0.911 0.046 0.007 0.003 9 W 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.948 0.030 0.003 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.975 0.018 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.018 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.928 0.043 0.002 0.001 22 M 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.060 0.788 0.109 0.015 0.006 23 L 0.020 0.028 0.012 0.005 0.021 0.012 0.143 0.522 0.158 0.057 0.022 24 G 0.064 0.066 0.038 0.018 0.064 0.022 0.127 0.278 0.101 0.142 0.077 25 C 0.095 0.145 0.058 0.023 0.140 0.022 0.063 0.140 0.080 0.139 0.095 26 Q 0.101 0.117 0.070 0.035 0.124 0.038 0.064 0.118 0.077 0.167 0.087 27 S 0.062 0.148 0.112 0.047 0.112 0.034 0.060 0.186 0.096 0.097 0.047 28 K 0.042 0.084 0.080 0.052 0.067 0.038 0.063 0.255 0.153 0.124 0.042 29 E 0.034 0.109 0.075 0.049 0.070 0.042 0.063 0.222 0.146 0.153 0.036 30 D 0.067 0.147 0.095 0.031 0.122 0.023 0.037 0.148 0.084 0.184 0.062 31 K 0.075 0.108 0.087 0.017 0.111 0.018 0.044 0.225 0.121 0.135 0.060 32 K 0.082 0.174 0.104 0.042 0.126 0.044 0.077 0.153 0.087 0.072 0.039 33 G 0.045 0.155 0.109 0.181 0.071 0.079 0.071 0.081 0.063 0.100 0.044 34 G 0.073 0.077 0.083 0.128 0.092 0.028 0.033 0.087 0.063 0.227 0.108 35 T 0.073 0.242 0.113 0.023 0.207 0.016 0.027 0.074 0.061 0.121 0.044 36 K 0.109 0.303 0.170 0.016 0.241 0.011 0.014 0.045 0.022 0.030 0.039 37 P 0.090 0.168 0.091 0.028 0.145 0.029 0.042 0.195 0.110 0.053 0.048 38 S 0.039 0.151 0.090 0.042 0.076 0.051 0.084 0.261 0.103 0.074 0.028 39 N 0.070 0.076 0.051 0.023 0.097 0.018 0.024 0.243 0.107 0.224 0.066 40 E 0.046 0.123 0.054 0.012 0.099 0.014 0.024 0.383 0.138 0.085 0.023 41 A 0.046 0.076 0.033 0.010 0.087 0.014 0.025 0.511 0.119 0.057 0.022 42 A 0.034 0.038 0.013 0.006 0.048 0.008 0.028 0.598 0.164 0.048 0.016 43 L 0.034 0.042 0.016 0.008 0.059 0.014 0.029 0.576 0.144 0.057 0.021 44 T 0.045 0.105 0.037 0.008 0.101 0.013 0.049 0.468 0.100 0.056 0.018 45 K 0.063 0.067 0.036 0.009 0.075 0.013 0.044 0.392 0.107 0.142 0.054 46 T 0.078 0.169 0.083 0.019 0.168 0.021 0.037 0.262 0.080 0.054 0.027 47 E 0.032 0.115 0.046 0.039 0.047 0.066 0.103 0.329 0.109 0.087 0.026 48 N 0.089 0.058 0.040 0.022 0.133 0.011 0.019 0.238 0.099 0.226 0.063 49 L 0.033 0.064 0.021 0.005 0.077 0.012 0.027 0.498 0.197 0.050 0.016 50 D 0.078 0.067 0.026 0.010 0.108 0.020 0.051 0.408 0.118 0.079 0.036 51 F 0.079 0.180 0.050 0.015 0.172 0.021 0.045 0.232 0.089 0.086 0.031 52 R 0.161 0.105 0.032 0.010 0.223 0.013 0.025 0.207 0.063 0.082 0.079 53 L 0.091 0.275 0.074 0.008 0.273 0.018 0.029 0.126 0.049 0.034 0.024 54 S 0.174 0.195 0.062 0.014 0.260 0.018 0.042 0.105 0.027 0.047 0.055 55 F 0.117 0.078 0.020 0.020 0.150 0.018 0.023 0.258 0.184 0.074 0.058 56 N 0.023 0.064 0.041 0.044 0.055 0.063 0.094 0.398 0.152 0.052 0.015 57 K 0.071 0.053 0.022 0.009 0.107 0.008 0.031 0.284 0.138 0.235 0.042 58 I 0.117 0.164 0.043 0.010 0.234 0.012 0.025 0.190 0.088 0.074 0.044 59 K 0.105 0.178 0.098 0.017 0.212 0.024 0.033 0.176 0.057 0.060 0.039 60 V 0.056 0.268 0.091 0.015 0.133 0.018 0.037 0.198 0.103 0.056 0.025 61 T 0.103 0.111 0.054 0.017 0.179 0.020 0.042 0.239 0.102 0.091 0.043 62 T 0.049 0.106 0.044 0.009 0.104 0.016 0.047 0.384 0.172 0.051 0.019 63 D 0.101 0.076 0.036 0.013 0.117 0.020 0.073 0.299 0.094 0.120 0.050 64 Q 0.060 0.139 0.050 0.046 0.119 0.036 0.061 0.211 0.154 0.090 0.034 65 N 0.028 0.070 0.107 0.156 0.043 0.086 0.083 0.174 0.102 0.115 0.035 66 H 0.103 0.116 0.050 0.021 0.132 0.012 0.044 0.105 0.068 0.280 0.069 67 F 0.118 0.236 0.072 0.022 0.269 0.015 0.017 0.052 0.048 0.082 0.068 68 S 0.048 0.143 0.206 0.132 0.074 0.094 0.058 0.101 0.084 0.037 0.025 69 G 0.032 0.075 0.055 0.052 0.070 0.038 0.099 0.173 0.227 0.143 0.036 70 G 0.062 0.090 0.058 0.024 0.070 0.017 0.027 0.053 0.058 0.472 0.069 71 T 0.015 0.470 0.313 0.011 0.087 0.008 0.013 0.035 0.013 0.024 0.011 72 S 0.040 0.645 0.179 0.002 0.081 0.001 0.002 0.025 0.006 0.007 0.012 73 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.723 0.265 0.004 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.067 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.030 0.008 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.097 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.874 0.096 0.004 0.001 79 W 0.006 0.005 0.008 0.002 0.006 0.007 0.210 0.623 0.074 0.049 0.009 80 F 0.022 0.518 0.119 0.015 0.079 0.013 0.066 0.075 0.029 0.050 0.014 81 G 0.023 0.014 0.019 0.056 0.011 0.029 0.033 0.056 0.053 0.508 0.197 82 D 0.037 0.334 0.321 0.038 0.153 0.008 0.013 0.031 0.020 0.029 0.016 83 P 0.072 0.220 0.070 0.037 0.136 0.053 0.072 0.124 0.100 0.056 0.061 84 N 0.083 0.114 0.112 0.064 0.118 0.032 0.053 0.092 0.082 0.173 0.078 85 K 0.099 0.226 0.107 0.018 0.223 0.012 0.020 0.097 0.067 0.077 0.054 86 S 0.124 0.219 0.077 0.016 0.231 0.023 0.028 0.104 0.064 0.062 0.052 87 E 0.104 0.184 0.095 0.020 0.218 0.020 0.032 0.130 0.078 0.066 0.052 88 Q 0.114 0.123 0.047 0.021 0.206 0.029 0.042 0.188 0.091 0.088 0.049 89 R 0.081 0.292 0.133 0.028 0.144 0.028 0.049 0.121 0.058 0.041 0.024 90 N 0.097 0.053 0.101 0.047 0.083 0.046 0.072 0.156 0.063 0.169 0.113 91 A 0.034 0.314 0.150 0.092 0.095 0.046 0.095 0.073 0.057 0.032 0.013 92 G 0.026 0.044 0.069 0.317 0.026 0.102 0.035 0.032 0.038 0.234 0.078 93 N 0.121 0.214 0.082 0.050 0.237 0.011 0.022 0.030 0.030 0.112 0.091 94 I 0.170 0.199 0.033 0.003 0.524 0.006 0.008 0.016 0.012 0.010 0.020 95 T 0.211 0.175 0.023 0.006 0.494 0.010 0.018 0.017 0.008 0.007 0.030 96 L 0.386 0.108 0.015 0.004 0.391 0.007 0.006 0.009 0.006 0.009 0.059 97 D 0.168 0.160 0.062 0.029 0.321 0.054 0.045 0.036 0.019 0.045 0.062 98 S 0.293 0.138 0.041 0.014 0.361 0.009 0.012 0.022 0.017 0.032 0.061 99 Y 0.133 0.223 0.081 0.031 0.308 0.029 0.025 0.030 0.032 0.051 0.057 100 T 0.152 0.206 0.077 0.024 0.323 0.020 0.029 0.025 0.027 0.068 0.049 101 W 0.154 0.261 0.100 0.017 0.320 0.013 0.019 0.030 0.020 0.029 0.038 102 V 0.181 0.128 0.164 0.069 0.140 0.051 0.069 0.074 0.040 0.035 0.048 103 K 0.026 0.048 0.076 0.221 0.035 0.153 0.160 0.117 0.110 0.037 0.017 104 D 0.026 0.047 0.064 0.438 0.024 0.115 0.062 0.039 0.047 0.118 0.021 105 G 0.072 0.042 0.033 0.052 0.065 0.020 0.016 0.021 0.035 0.493 0.149 106 A 0.110 0.262 0.034 0.004 0.472 0.011 0.040 0.017 0.013 0.019 0.018 107 V 0.363 0.052 0.003 0.001 0.552 0.003 0.006 0.002 0.002 0.002 0.015 108 I 0.180 0.086 0.006 0.003 0.700 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 109 N 0.390 0.026 0.001 0.001 0.558 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 110 A 0.284 0.093 0.010 0.002 0.555 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 111 Q 0.245 0.112 0.009 0.003 0.567 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.047 112 L 0.267 0.159 0.023 0.014 0.339 0.010 0.009 0.010 0.010 0.029 0.131 113 Y 0.116 0.198 0.171 0.074 0.205 0.053 0.049 0.044 0.023 0.030 0.038 114 K 0.022 0.039 0.031 0.034 0.034 0.058 0.145 0.272 0.274 0.072 0.019 115 N 0.042 0.270 0.193 0.046 0.106 0.031 0.028 0.077 0.060 0.124 0.023 116 S 0.049 0.130 0.063 0.014 0.085 0.018 0.034 0.191 0.132 0.219 0.065 117 T 0.086 0.193 0.053 0.007 0.164 0.010 0.042 0.239 0.115 0.062 0.031 118 V 0.134 0.123 0.027 0.016 0.166 0.027 0.036 0.240 0.102 0.073 0.056 119 A 0.121 0.098 0.034 0.024 0.179 0.028 0.038 0.285 0.097 0.051 0.046 120 R 0.080 0.141 0.055 0.013 0.165 0.028 0.047 0.275 0.097 0.072 0.027 121 S 0.129 0.139 0.038 0.010 0.244 0.011 0.042 0.212 0.056 0.078 0.042 122 I 0.287 0.078 0.015 0.011 0.246 0.013 0.017 0.125 0.067 0.048 0.093 123 S 0.053 0.169 0.081 0.045 0.142 0.126 0.120 0.146 0.053 0.043 0.024 124 N 0.229 0.101 0.037 0.017 0.250 0.011 0.023 0.074 0.035 0.129 0.093 125 F 0.164 0.183 0.042 0.013 0.329 0.013 0.013 0.076 0.057 0.050 0.059 126 S 0.115 0.171 0.059 0.016 0.302 0.035 0.058 0.132 0.045 0.035 0.032 127 F 0.179 0.103 0.033 0.013 0.197 0.013 0.034 0.194 0.096 0.072 0.065 128 S 0.085 0.106 0.054 0.050 0.156 0.063 0.058 0.225 0.095 0.072 0.036 129 R 0.042 0.189 0.091 0.044 0.090 0.042 0.066 0.240 0.106 0.066 0.024 130 E 0.078 0.056 0.036 0.017 0.096 0.014 0.028 0.176 0.153 0.259 0.086 131 A 0.035 0.354 0.124 0.011 0.138 0.019 0.041 0.133 0.090 0.042 0.014 132 K 0.144 0.137 0.047 0.011 0.177 0.014 0.043 0.130 0.053 0.128 0.116 133 I 0.097 0.310 0.092 0.025 0.230 0.022 0.029 0.049 0.035 0.068 0.043 134 G 0.073 0.461 0.189 0.015 0.181 0.008 0.006 0.020 0.006 0.015 0.028 135 K 0.023 0.030 0.009 0.004 0.038 0.009 0.018 0.395 0.400 0.056 0.017 136 E 0.008 0.022 0.017 0.005 0.018 0.019 0.077 0.606 0.184 0.039 0.005 137 D 0.045 0.038 0.010 0.004 0.039 0.005 0.020 0.327 0.102 0.373 0.039 138 Y 0.075 0.031 0.011 0.013 0.087 0.011 0.015 0.338 0.241 0.131 0.047 139 D 0.005 0.020 0.020 0.032 0.008 0.059 0.055 0.544 0.226 0.028 0.003 140 E 0.021 0.018 0.008 0.007 0.035 0.006 0.034 0.259 0.126 0.467 0.019 141 L 0.089 0.158 0.057 0.007 0.201 0.007 0.019 0.205 0.131 0.091 0.035 142 K 0.092 0.162 0.143 0.010 0.189 0.023 0.034 0.221 0.058 0.034 0.033 143 I 0.015 0.280 0.059 0.014 0.044 0.028 0.120 0.222 0.169 0.039 0.009 144 G 0.039 0.043 0.047 0.034 0.040 0.022 0.042 0.139 0.070 0.417 0.108 145 E 0.025 0.310 0.155 0.013 0.104 0.010 0.025 0.182 0.070 0.082 0.024 146 S 0.057 0.477 0.158 0.005 0.093 0.004 0.007 0.126 0.019 0.026 0.028 147 Y 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.746 0.223 0.009 0.002 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.083 0.002 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.046 0.009 0.001 150 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.041 0.002 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.113 0.001 0.001 152 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.035 0.842 0.103 0.005 0.001 153 K 0.011 0.007 0.010 0.002 0.010 0.009 0.221 0.561 0.080 0.074 0.015 154 L 0.024 0.552 0.129 0.017 0.079 0.011 0.057 0.052 0.023 0.042 0.014 155 G 0.028 0.026 0.042 0.145 0.018 0.048 0.033 0.046 0.047 0.390 0.178 156 E 0.028 0.349 0.288 0.071 0.109 0.010 0.019 0.043 0.029 0.037 0.017 157 P 0.117 0.195 0.060 0.022 0.183 0.022 0.029 0.105 0.102 0.078 0.087 158 D 0.064 0.151 0.089 0.023 0.148 0.031 0.058 0.192 0.140 0.070 0.034 159 V 0.161 0.147 0.040 0.007 0.279 0.008 0.027 0.145 0.078 0.068 0.042 160 L 0.172 0.178 0.048 0.013 0.260 0.025 0.025 0.101 0.062 0.052 0.065 161 S 0.138 0.180 0.069 0.018 0.311 0.025 0.038 0.098 0.040 0.042 0.040 162 Q 0.144 0.122 0.036 0.014 0.207 0.014 0.028 0.151 0.109 0.108 0.067 163 S 0.097 0.187 0.075 0.021 0.238 0.026 0.044 0.152 0.075 0.054 0.030 164 M 0.096 0.152 0.060 0.018 0.141 0.024 0.077 0.205 0.099 0.080 0.048 165 S 0.076 0.110 0.083 0.049 0.119 0.039 0.056 0.145 0.105 0.157 0.061 166 S 0.032 0.291 0.155 0.085 0.080 0.059 0.062 0.102 0.066 0.052 0.018 167 D 0.079 0.090 0.078 0.034 0.106 0.020 0.029 0.085 0.077 0.301 0.100 168 K 0.087 0.246 0.082 0.010 0.189 0.014 0.028 0.141 0.115 0.061 0.027 169 E 0.083 0.211 0.068 0.011 0.202 0.029 0.072 0.164 0.064 0.058 0.037 170 E 0.279 0.130 0.022 0.008 0.278 0.011 0.034 0.090 0.042 0.045 0.061 171 M 0.196 0.134 0.020 0.008 0.436 0.020 0.025 0.076 0.025 0.023 0.037 172 Q 0.246 0.101 0.012 0.005 0.511 0.010 0.019 0.040 0.014 0.014 0.027 173 T 0.283 0.078 0.011 0.002 0.565 0.003 0.003 0.012 0.004 0.006 0.032 174 V 0.198 0.139 0.018 0.006 0.522 0.012 0.021 0.027 0.007 0.014 0.036 175 W 0.289 0.121 0.044 0.015 0.293 0.009 0.017 0.053 0.023 0.032 0.104 176 S 0.076 0.082 0.078 0.102 0.114 0.095 0.117 0.164 0.067 0.055 0.049 177 S 0.019 0.214 0.135 0.192 0.043 0.086 0.141 0.079 0.042 0.037 0.013 178 G 0.045 0.027 0.065 0.128 0.036 0.026 0.013 0.031 0.028 0.447 0.155 179 I 0.065 0.252 0.129 0.032 0.179 0.019 0.032 0.098 0.087 0.070 0.036 180 K 0.081 0.137 0.104 0.073 0.102 0.072 0.071 0.081 0.073 0.129 0.078 181 T 0.080 0.149 0.146 0.113 0.130 0.036 0.046 0.079 0.070 0.104 0.047 182 K 0.106 0.153 0.115 0.061 0.142 0.037 0.046 0.095 0.070 0.115 0.060 183 S 0.137 0.146 0.159 0.063 0.165 0.049 0.032 0.062 0.065 0.073 0.048 184 S 0.077 0.127 0.078 0.053 0.105 0.072 0.103 0.131 0.136 0.083 0.034 185 S 0.152 0.091 0.058 0.027 0.145 0.027 0.038 0.049 0.061 0.262 0.088 186 A 0.139 0.187 0.033 0.009 0.355 0.027 0.085 0.043 0.030 0.050 0.044 187 T 0.351 0.085 0.006 0.003 0.463 0.008 0.023 0.005 0.005 0.012 0.039 188 I 0.214 0.051 0.003 0.002 0.712 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 189 E 0.296 0.018 0.001 0.001 0.669 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 190 L 0.282 0.070 0.006 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 191 Y 0.202 0.103 0.004 0.003 0.623 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.053 192 F 0.287 0.149 0.166 0.061 0.148 0.009 0.006 0.007 0.007 0.018 0.143 193 E 0.008 0.006 0.018 0.103 0.010 0.219 0.347 0.189 0.077 0.013 0.009 194 N 0.013 0.331 0.153 0.291 0.031 0.045 0.052 0.015 0.022 0.039 0.008 195 G 0.016 0.020 0.058 0.176 0.015 0.035 0.005 0.012 0.018 0.459 0.185 196 L 0.037 0.528 0.129 0.005 0.241 0.002 0.009 0.011 0.010 0.014 0.014 197 L 0.492 0.089 0.013 0.005 0.257 0.007 0.006 0.010 0.013 0.009 0.099 198 K 0.068 0.220 0.106 0.129 0.169 0.120 0.064 0.050 0.026 0.021 0.029 199 N 0.223 0.153 0.076 0.016 0.341 0.008 0.011 0.042 0.025 0.036 0.068 200 K 0.103 0.161 0.085 0.017 0.178 0.036 0.043 0.141 0.108 0.089 0.039 201 T 0.106 0.290 0.103 0.014 0.242 0.011 0.033 0.084 0.038 0.043 0.034 202 Q 0.107 0.092 0.052 0.036 0.136 0.033 0.036 0.178 0.124 0.114 0.093 203 K 0.014 0.238 0.130 0.086 0.047 0.081 0.114 0.173 0.072 0.034 0.010 204 D 0.073 0.040 0.036 0.028 0.062 0.011 0.017 0.061 0.041 0.476 0.154 205 L 0.066 0.298 0.108 0.016 0.211 0.011 0.015 0.110 0.087 0.055 0.023 206 E 0.065 0.207 0.129 0.029 0.137 0.045 0.055 0.189 0.072 0.042 0.031