# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.540 0.003 0.004 0.008 0.008 0.019 0.008 0.002 0.042 0.294 2 S 0.081 0.192 0.003 0.004 0.010 0.013 0.044 0.011 0.003 0.303 0.336 3 M 0.064 0.446 0.008 0.004 0.008 0.008 0.054 0.005 0.005 0.132 0.267 4 K 0.095 0.325 0.010 0.006 0.008 0.008 0.053 0.006 0.005 0.124 0.362 5 K 0.057 0.407 0.010 0.004 0.006 0.008 0.048 0.007 0.005 0.077 0.372 6 T 0.032 0.735 0.003 0.002 0.003 0.004 0.022 0.003 0.002 0.027 0.167 7 K 0.011 0.856 0.002 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.028 0.078 8 N 0.004 0.892 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.051 0.034 9 W 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.012 10 L 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 11 L 0.001 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 12 V 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 13 F 0.001 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 14 L 0.001 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 15 T 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 16 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 17 T 0.001 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 18 F 0.003 0.901 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.058 0.004 19 C 0.014 0.812 0.040 0.003 0.006 0.008 0.005 0.004 0.022 0.069 0.017 20 F 0.032 0.635 0.055 0.008 0.014 0.020 0.016 0.011 0.036 0.091 0.082 21 L 0.057 0.489 0.034 0.014 0.026 0.043 0.042 0.019 0.031 0.082 0.162 22 M 0.091 0.325 0.018 0.019 0.031 0.046 0.055 0.021 0.015 0.120 0.259 23 L 0.082 0.096 0.021 0.033 0.043 0.044 0.097 0.021 0.012 0.215 0.336 24 G 0.085 0.056 0.015 0.039 0.027 0.046 0.119 0.016 0.011 0.133 0.452 25 C 0.120 0.049 0.011 0.043 0.026 0.027 0.116 0.012 0.007 0.070 0.520 26 Q 0.095 0.052 0.005 0.027 0.022 0.026 0.118 0.014 0.003 0.046 0.592 27 S 0.187 0.107 0.003 0.018 0.012 0.015 0.082 0.014 0.003 0.047 0.514 28 K 0.235 0.121 0.003 0.016 0.013 0.015 0.097 0.012 0.002 0.056 0.431 29 E 0.106 0.090 0.003 0.010 0.008 0.011 0.107 0.008 0.001 0.064 0.592 30 D 0.320 0.054 0.005 0.011 0.012 0.018 0.069 0.011 0.003 0.095 0.405 31 K 0.229 0.014 0.002 0.008 0.015 0.018 0.081 0.006 0.001 0.069 0.559 32 K 0.053 0.004 0.001 0.007 0.012 0.017 0.071 0.002 0.001 0.036 0.796 33 G 0.024 0.003 0.001 0.010 0.016 0.018 0.089 0.001 0.001 0.026 0.812 34 G 0.017 0.006 0.001 0.013 0.024 0.035 0.116 0.001 0.001 0.040 0.748 35 T 0.021 0.014 0.001 0.010 0.022 0.023 0.135 0.002 0.001 0.048 0.724 36 K 0.149 0.138 0.001 0.015 0.020 0.020 0.112 0.004 0.001 0.068 0.472 37 P 0.098 0.256 0.001 0.010 0.011 0.013 0.069 0.003 0.001 0.052 0.487 38 S 0.045 0.570 0.001 0.004 0.005 0.009 0.042 0.002 0.001 0.036 0.285 39 N 0.045 0.766 0.001 0.003 0.006 0.010 0.014 0.003 0.001 0.041 0.111 40 E 0.096 0.323 0.002 0.005 0.015 0.019 0.034 0.009 0.001 0.323 0.172 41 A 0.053 0.539 0.007 0.007 0.015 0.014 0.031 0.005 0.003 0.153 0.174 42 A 0.091 0.231 0.005 0.010 0.023 0.024 0.058 0.007 0.003 0.199 0.350 43 L 0.055 0.248 0.011 0.012 0.022 0.027 0.056 0.006 0.006 0.156 0.399 44 T 0.094 0.189 0.012 0.011 0.028 0.034 0.096 0.008 0.005 0.113 0.409 45 K 0.113 0.152 0.009 0.011 0.021 0.030 0.097 0.011 0.004 0.097 0.456 46 T 0.186 0.139 0.006 0.015 0.013 0.017 0.131 0.008 0.003 0.095 0.387 47 E 0.045 0.126 0.005 0.019 0.014 0.020 0.110 0.005 0.002 0.054 0.601 48 N 0.060 0.171 0.005 0.017 0.013 0.022 0.081 0.008 0.003 0.059 0.562 49 L 0.105 0.234 0.005 0.021 0.022 0.027 0.066 0.010 0.002 0.070 0.437 50 D 0.055 0.068 0.004 0.022 0.022 0.030 0.081 0.009 0.002 0.229 0.479 51 F 0.051 0.164 0.005 0.056 0.034 0.037 0.094 0.005 0.002 0.095 0.457 52 R 0.025 0.099 0.007 0.093 0.041 0.048 0.102 0.004 0.002 0.126 0.454 53 L 0.020 0.101 0.027 0.058 0.055 0.061 0.136 0.008 0.006 0.086 0.442 54 S 0.260 0.371 0.010 0.018 0.014 0.025 0.051 0.024 0.005 0.036 0.188 55 F 0.495 0.151 0.004 0.019 0.014 0.016 0.036 0.020 0.002 0.043 0.200 56 N 0.037 0.115 0.003 0.047 0.022 0.032 0.105 0.005 0.002 0.053 0.579 57 K 0.027 0.079 0.005 0.078 0.032 0.077 0.086 0.008 0.002 0.099 0.508 58 I 0.027 0.022 0.006 0.075 0.088 0.080 0.128 0.011 0.002 0.174 0.386 59 K 0.042 0.042 0.008 0.112 0.075 0.070 0.099 0.010 0.003 0.112 0.427 60 V 0.063 0.059 0.003 0.078 0.057 0.041 0.080 0.007 0.001 0.042 0.569 61 T 0.102 0.039 0.004 0.070 0.028 0.044 0.100 0.010 0.003 0.126 0.474 62 T 0.088 0.043 0.012 0.044 0.021 0.025 0.135 0.007 0.004 0.076 0.545 63 D 0.241 0.044 0.005 0.026 0.014 0.027 0.104 0.015 0.002 0.049 0.474 64 Q 0.260 0.012 0.001 0.024 0.014 0.020 0.086 0.008 0.001 0.055 0.519 65 N 0.024 0.005 0.001 0.046 0.023 0.030 0.129 0.001 0.001 0.042 0.697 66 H 0.015 0.004 0.001 0.039 0.026 0.052 0.124 0.002 0.001 0.039 0.695 67 F 0.068 0.005 0.001 0.029 0.033 0.035 0.131 0.004 0.001 0.058 0.635 68 S 0.095 0.003 0.001 0.046 0.030 0.031 0.102 0.003 0.001 0.075 0.613 69 G 0.012 0.005 0.001 0.033 0.013 0.016 0.109 0.001 0.001 0.015 0.796 70 G 0.009 0.050 0.001 0.050 0.014 0.020 0.122 0.001 0.001 0.019 0.715 71 T 0.017 0.376 0.001 0.023 0.019 0.022 0.092 0.005 0.001 0.043 0.401 72 S 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.016 73 I 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 75 Q 0.005 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.009 76 L 0.058 0.697 0.078 0.002 0.008 0.007 0.006 0.013 0.023 0.068 0.040 77 K 0.249 0.187 0.174 0.004 0.019 0.019 0.034 0.036 0.075 0.069 0.134 78 Q 0.440 0.047 0.006 0.004 0.006 0.014 0.034 0.018 0.007 0.024 0.402 79 W 0.071 0.006 0.002 0.013 0.009 0.007 0.103 0.004 0.002 0.042 0.741 80 F 0.006 0.005 0.004 0.017 0.005 0.010 0.212 0.001 0.002 0.015 0.723 81 G 0.053 0.013 0.002 0.008 0.005 0.010 0.076 0.009 0.001 0.016 0.807 82 D 0.418 0.014 0.001 0.012 0.010 0.008 0.096 0.015 0.001 0.056 0.370 83 P 0.040 0.024 0.001 0.023 0.007 0.008 0.128 0.002 0.001 0.038 0.730 84 N 0.072 0.077 0.002 0.056 0.012 0.021 0.091 0.005 0.001 0.050 0.614 85 K 0.069 0.088 0.002 0.040 0.025 0.042 0.078 0.010 0.001 0.047 0.599 86 S 0.075 0.073 0.003 0.051 0.054 0.075 0.086 0.007 0.001 0.092 0.484 87 E 0.057 0.056 0.003 0.053 0.072 0.102 0.108 0.005 0.001 0.079 0.464 88 Q 0.075 0.040 0.006 0.038 0.048 0.055 0.125 0.005 0.002 0.093 0.512 89 R 0.162 0.015 0.008 0.022 0.034 0.046 0.088 0.006 0.004 0.084 0.531 90 N 0.193 0.011 0.001 0.011 0.021 0.027 0.094 0.003 0.001 0.043 0.594 91 A 0.036 0.004 0.001 0.012 0.021 0.039 0.107 0.001 0.001 0.042 0.739 92 G 0.010 0.005 0.001 0.028 0.065 0.106 0.161 0.001 0.001 0.032 0.592 93 N 0.008 0.006 0.001 0.037 0.117 0.352 0.069 0.001 0.001 0.031 0.379 94 I 0.007 0.003 0.001 0.029 0.294 0.272 0.066 0.001 0.001 0.039 0.289 95 T 0.008 0.006 0.001 0.047 0.291 0.375 0.042 0.001 0.001 0.033 0.197 96 L 0.009 0.004 0.001 0.037 0.228 0.373 0.043 0.001 0.001 0.046 0.259 97 D 0.009 0.005 0.001 0.041 0.272 0.423 0.042 0.001 0.001 0.027 0.180 98 S 0.015 0.006 0.001 0.031 0.188 0.479 0.034 0.001 0.001 0.020 0.227 99 Y 0.017 0.005 0.001 0.046 0.231 0.350 0.058 0.001 0.001 0.026 0.264 100 T 0.007 0.005 0.001 0.051 0.162 0.287 0.106 0.001 0.001 0.029 0.351 101 W 0.045 0.008 0.004 0.029 0.091 0.169 0.156 0.002 0.001 0.063 0.432 102 V 0.464 0.006 0.002 0.014 0.038 0.052 0.055 0.004 0.001 0.038 0.325 103 K 0.153 0.004 0.001 0.009 0.015 0.021 0.127 0.001 0.001 0.027 0.643 104 D 0.005 0.002 0.001 0.014 0.030 0.078 0.112 0.001 0.001 0.024 0.736 105 G 0.002 0.002 0.001 0.032 0.111 0.266 0.129 0.001 0.001 0.040 0.417 106 A 0.001 0.001 0.001 0.024 0.252 0.639 0.015 0.001 0.001 0.011 0.055 107 V 0.002 0.001 0.001 0.021 0.355 0.446 0.022 0.001 0.001 0.020 0.134 108 I 0.001 0.001 0.001 0.069 0.499 0.382 0.009 0.001 0.001 0.008 0.032 109 N 0.001 0.001 0.001 0.036 0.233 0.646 0.018 0.001 0.001 0.010 0.056 110 A 0.001 0.002 0.001 0.045 0.379 0.507 0.010 0.001 0.001 0.012 0.044 111 Q 0.003 0.002 0.001 0.033 0.275 0.572 0.029 0.001 0.001 0.027 0.058 112 L 0.022 0.014 0.003 0.048 0.234 0.335 0.055 0.001 0.001 0.085 0.202 113 Y 0.262 0.013 0.001 0.058 0.070 0.114 0.069 0.004 0.001 0.110 0.298 114 K 0.035 0.032 0.001 0.024 0.035 0.039 0.102 0.001 0.001 0.035 0.696 115 N 0.011 0.060 0.001 0.013 0.026 0.050 0.128 0.001 0.001 0.026 0.685 116 S 0.021 0.239 0.001 0.024 0.088 0.169 0.058 0.003 0.001 0.076 0.321 117 T 0.031 0.113 0.002 0.021 0.136 0.196 0.056 0.005 0.001 0.193 0.247 118 V 0.034 0.379 0.003 0.018 0.112 0.094 0.041 0.003 0.001 0.089 0.225 119 A 0.068 0.138 0.003 0.033 0.096 0.102 0.049 0.003 0.001 0.298 0.210 120 R 0.022 0.122 0.009 0.026 0.101 0.140 0.079 0.002 0.003 0.208 0.287 121 S 0.066 0.208 0.007 0.018 0.077 0.134 0.069 0.005 0.002 0.092 0.322 122 I 0.129 0.088 0.007 0.022 0.080 0.125 0.068 0.010 0.003 0.143 0.324 123 S 0.045 0.086 0.005 0.039 0.059 0.080 0.103 0.004 0.002 0.070 0.506 124 N 0.042 0.090 0.002 0.035 0.038 0.078 0.104 0.006 0.001 0.089 0.515 125 F 0.040 0.081 0.005 0.051 0.080 0.060 0.123 0.007 0.002 0.098 0.452 126 S 0.045 0.130 0.006 0.055 0.058 0.075 0.106 0.005 0.002 0.070 0.445 127 F 0.072 0.094 0.007 0.032 0.041 0.062 0.092 0.009 0.002 0.088 0.501 128 S 0.150 0.053 0.014 0.037 0.046 0.055 0.094 0.012 0.006 0.097 0.436 129 R 0.277 0.066 0.007 0.026 0.019 0.036 0.089 0.011 0.003 0.044 0.419 130 E 0.123 0.020 0.003 0.025 0.020 0.031 0.086 0.012 0.001 0.035 0.643 131 A 0.047 0.013 0.001 0.038 0.026 0.036 0.118 0.004 0.001 0.021 0.696 132 K 0.016 0.020 0.002 0.076 0.026 0.048 0.147 0.003 0.001 0.024 0.638 133 I 0.010 0.046 0.005 0.029 0.030 0.022 0.220 0.007 0.001 0.023 0.607 134 G 0.268 0.525 0.002 0.009 0.009 0.011 0.023 0.031 0.002 0.014 0.106 135 K 0.503 0.343 0.001 0.006 0.004 0.003 0.012 0.013 0.001 0.023 0.089 136 E 0.028 0.606 0.009 0.014 0.008 0.007 0.035 0.006 0.003 0.033 0.253 137 D 0.127 0.591 0.013 0.009 0.006 0.021 0.029 0.035 0.006 0.052 0.110 138 Y 0.299 0.348 0.012 0.013 0.021 0.021 0.038 0.031 0.004 0.060 0.152 139 D 0.040 0.168 0.010 0.045 0.075 0.056 0.068 0.008 0.003 0.070 0.455 140 E 0.026 0.064 0.019 0.042 0.068 0.099 0.089 0.012 0.006 0.081 0.494 141 L 0.180 0.053 0.014 0.025 0.038 0.043 0.092 0.019 0.008 0.066 0.462 142 K 0.251 0.013 0.004 0.021 0.019 0.019 0.077 0.013 0.003 0.072 0.508 143 I 0.031 0.025 0.001 0.017 0.011 0.011 0.093 0.002 0.001 0.017 0.791 144 G 0.027 0.125 0.001 0.020 0.012 0.017 0.101 0.003 0.001 0.028 0.665 145 E 0.022 0.419 0.004 0.013 0.015 0.016 0.076 0.007 0.001 0.037 0.391 146 S 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.025 147 Y 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 148 K 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 149 K 0.002 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 150 V 0.015 0.807 0.051 0.002 0.010 0.006 0.004 0.004 0.011 0.067 0.023 151 V 0.137 0.229 0.280 0.005 0.020 0.025 0.018 0.023 0.114 0.078 0.071 152 E 0.565 0.057 0.012 0.004 0.008 0.024 0.023 0.016 0.013 0.023 0.255 153 K 0.107 0.005 0.002 0.010 0.009 0.009 0.084 0.004 0.002 0.033 0.734 154 L 0.005 0.004 0.002 0.014 0.005 0.009 0.190 0.001 0.001 0.013 0.756 155 G 0.035 0.016 0.001 0.006 0.003 0.009 0.097 0.006 0.001 0.013 0.813 156 E 0.271 0.062 0.001 0.008 0.011 0.007 0.084 0.013 0.001 0.032 0.511 157 P 0.080 0.033 0.001 0.019 0.010 0.013 0.132 0.003 0.001 0.145 0.563 158 D 0.040 0.076 0.002 0.073 0.017 0.030 0.100 0.003 0.001 0.143 0.516 159 V 0.046 0.075 0.002 0.070 0.036 0.057 0.075 0.005 0.001 0.084 0.548 160 L 0.074 0.073 0.003 0.061 0.066 0.108 0.062 0.008 0.001 0.105 0.440 161 S 0.055 0.042 0.001 0.042 0.076 0.104 0.070 0.004 0.001 0.084 0.521 162 Q 0.046 0.022 0.002 0.040 0.056 0.063 0.108 0.003 0.001 0.124 0.535 163 S 0.057 0.012 0.005 0.029 0.040 0.052 0.148 0.003 0.002 0.092 0.558 164 M 0.111 0.010 0.002 0.012 0.018 0.027 0.113 0.003 0.001 0.044 0.660 165 S 0.189 0.009 0.001 0.010 0.016 0.026 0.091 0.003 0.001 0.038 0.616 166 S 0.029 0.010 0.001 0.009 0.014 0.021 0.110 0.001 0.001 0.022 0.784 167 D 0.022 0.024 0.001 0.016 0.032 0.075 0.117 0.001 0.001 0.049 0.662 168 K 0.016 0.018 0.001 0.018 0.092 0.115 0.124 0.001 0.001 0.071 0.545 169 E 0.015 0.011 0.001 0.030 0.143 0.240 0.081 0.001 0.001 0.135 0.343 170 E 0.014 0.022 0.001 0.033 0.191 0.284 0.063 0.001 0.001 0.058 0.334 171 M 0.010 0.017 0.001 0.055 0.246 0.384 0.036 0.001 0.001 0.042 0.210 172 Q 0.004 0.008 0.001 0.047 0.233 0.501 0.024 0.001 0.001 0.051 0.132 173 T 0.002 0.006 0.001 0.060 0.244 0.355 0.064 0.001 0.001 0.119 0.149 174 V 0.004 0.006 0.003 0.098 0.284 0.328 0.069 0.001 0.001 0.087 0.119 175 W 0.100 0.013 0.002 0.070 0.123 0.263 0.077 0.004 0.001 0.070 0.279 176 S 0.235 0.009 0.001 0.055 0.075 0.107 0.055 0.004 0.001 0.042 0.417 177 S 0.020 0.004 0.001 0.041 0.043 0.069 0.124 0.001 0.001 0.021 0.677 178 G 0.033 0.004 0.001 0.050 0.039 0.142 0.094 0.002 0.001 0.055 0.580 179 I 0.027 0.002 0.001 0.028 0.061 0.058 0.142 0.002 0.001 0.038 0.643 180 K 0.026 0.002 0.001 0.040 0.064 0.074 0.112 0.001 0.001 0.050 0.630 181 T 0.031 0.002 0.001 0.023 0.036 0.049 0.123 0.001 0.001 0.043 0.693 182 K 0.073 0.005 0.001 0.022 0.036 0.054 0.109 0.001 0.001 0.037 0.662 183 S 0.093 0.003 0.001 0.013 0.021 0.043 0.158 0.001 0.001 0.082 0.585 184 S 0.029 0.002 0.001 0.019 0.055 0.107 0.141 0.001 0.001 0.060 0.586 185 S 0.008 0.001 0.001 0.023 0.055 0.165 0.128 0.001 0.001 0.031 0.588 186 A 0.003 0.001 0.001 0.033 0.223 0.501 0.044 0.001 0.001 0.017 0.179 187 T 0.001 0.001 0.001 0.020 0.215 0.549 0.026 0.001 0.001 0.028 0.161 188 I 0.001 0.001 0.001 0.044 0.396 0.477 0.017 0.001 0.001 0.011 0.055 189 E 0.001 0.001 0.001 0.065 0.337 0.492 0.019 0.001 0.001 0.014 0.072 190 L 0.001 0.001 0.001 0.062 0.368 0.498 0.014 0.001 0.001 0.015 0.042 191 Y 0.003 0.001 0.001 0.065 0.213 0.505 0.101 0.001 0.001 0.030 0.081 192 F 0.157 0.005 0.001 0.047 0.136 0.350 0.031 0.001 0.001 0.071 0.201 193 E 0.540 0.003 0.001 0.019 0.023 0.032 0.065 0.001 0.001 0.019 0.298 194 N 0.005 0.003 0.001 0.008 0.013 0.042 0.058 0.001 0.001 0.009 0.861 195 G 0.002 0.001 0.001 0.009 0.069 0.172 0.135 0.001 0.001 0.036 0.575 196 L 0.008 0.003 0.001 0.025 0.199 0.576 0.025 0.001 0.001 0.023 0.140 197 L 0.004 0.001 0.001 0.012 0.346 0.201 0.045 0.001 0.001 0.028 0.361 198 K 0.007 0.013 0.001 0.035 0.398 0.317 0.047 0.001 0.001 0.021 0.161 199 N 0.022 0.044 0.001 0.039 0.142 0.422 0.052 0.001 0.001 0.035 0.243 200 K 0.032 0.030 0.002 0.024 0.245 0.406 0.047 0.001 0.001 0.040 0.174 201 T 0.158 0.027 0.002 0.011 0.090 0.328 0.072 0.004 0.001 0.033 0.274 202 Q 0.340 0.011 0.001 0.017 0.049 0.105 0.054 0.003 0.001 0.040 0.379 203 K 0.039 0.003 0.001 0.020 0.035 0.040 0.123 0.001 0.001 0.017 0.719 204 D 0.024 0.005 0.001 0.013 0.021 0.054 0.089 0.001 0.001 0.017 0.775 205 L 0.022 0.004 0.001 0.009 0.037 0.028 0.135 0.001 0.001 0.021 0.742 206 E 0.030 0.015 0.001 0.029 0.055 0.081 0.122 0.001 0.001 0.036 0.630