# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.547 0.005 0.009 0.012 0.043 0.052 0.238 2 S 0.045 0.199 0.013 0.013 0.016 0.068 0.441 0.204 3 M 0.042 0.551 0.008 0.011 0.011 0.043 0.142 0.192 4 K 0.129 0.270 0.015 0.012 0.008 0.058 0.244 0.264 5 K 0.030 0.403 0.009 0.015 0.006 0.059 0.051 0.428 6 T 0.094 0.551 0.008 0.003 0.006 0.039 0.045 0.255 7 K 0.057 0.535 0.013 0.008 0.006 0.041 0.110 0.231 8 N 0.023 0.679 0.014 0.009 0.010 0.025 0.106 0.134 9 W 0.029 0.782 0.011 0.005 0.012 0.015 0.054 0.090 10 L 0.011 0.829 0.021 0.009 0.013 0.012 0.070 0.036 11 L 0.012 0.568 0.034 0.012 0.021 0.023 0.274 0.057 12 V 0.004 0.826 0.010 0.006 0.007 0.006 0.122 0.020 13 F 0.006 0.771 0.012 0.004 0.006 0.005 0.177 0.018 14 L 0.001 0.932 0.006 0.005 0.001 0.001 0.052 0.002 15 T 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 16 V 0.001 0.965 0.002 0.002 0.001 0.001 0.028 0.001 17 T 0.001 0.945 0.003 0.002 0.001 0.001 0.047 0.001 18 F 0.003 0.888 0.005 0.002 0.003 0.001 0.095 0.003 19 C 0.005 0.807 0.020 0.007 0.005 0.003 0.145 0.007 20 F 0.018 0.526 0.055 0.015 0.019 0.014 0.320 0.033 21 L 0.034 0.488 0.071 0.027 0.036 0.036 0.206 0.102 22 M 0.045 0.307 0.132 0.030 0.062 0.075 0.152 0.198 23 L 0.039 0.119 0.122 0.061 0.064 0.094 0.235 0.266 24 G 0.037 0.083 0.100 0.053 0.097 0.130 0.115 0.384 25 C 0.040 0.044 0.130 0.061 0.083 0.137 0.109 0.396 26 Q 0.050 0.041 0.036 0.031 0.049 0.114 0.086 0.593 27 S 0.128 0.045 0.019 0.017 0.024 0.105 0.083 0.580 28 K 0.129 0.032 0.014 0.019 0.026 0.092 0.088 0.600 29 E 0.061 0.014 0.015 0.014 0.027 0.096 0.047 0.727 30 D 0.149 0.011 0.016 0.031 0.045 0.084 0.061 0.603 31 K 0.195 0.005 0.019 0.026 0.050 0.087 0.074 0.544 32 K 0.032 0.003 0.021 0.021 0.043 0.113 0.026 0.741 33 G 0.019 0.002 0.014 0.016 0.036 0.131 0.016 0.766 34 G 0.014 0.003 0.023 0.039 0.034 0.163 0.060 0.664 35 T 0.016 0.008 0.011 0.019 0.021 0.117 0.053 0.753 36 K 0.173 0.150 0.017 0.020 0.016 0.069 0.179 0.376 37 P 0.078 0.284 0.006 0.009 0.008 0.049 0.067 0.500 38 S 0.036 0.650 0.007 0.007 0.010 0.031 0.057 0.202 39 N 0.038 0.801 0.005 0.005 0.010 0.013 0.073 0.056 40 E 0.049 0.156 0.013 0.016 0.018 0.033 0.625 0.089 41 A 0.071 0.498 0.011 0.015 0.021 0.041 0.207 0.136 42 A 0.061 0.063 0.031 0.010 0.019 0.082 0.475 0.259 43 L 0.025 0.205 0.036 0.028 0.015 0.141 0.147 0.402 44 T 0.080 0.164 0.025 0.007 0.009 0.115 0.136 0.464 45 K 0.122 0.174 0.013 0.015 0.006 0.088 0.075 0.507 46 T 0.224 0.204 0.009 0.003 0.006 0.066 0.084 0.403 47 E 0.029 0.194 0.016 0.007 0.007 0.097 0.049 0.601 48 N 0.133 0.370 0.009 0.008 0.013 0.068 0.083 0.316 49 L 0.097 0.394 0.014 0.020 0.022 0.065 0.062 0.327 50 D 0.055 0.172 0.041 0.015 0.053 0.082 0.215 0.366 51 F 0.020 0.251 0.061 0.073 0.072 0.078 0.144 0.301 52 R 0.048 0.146 0.119 0.066 0.087 0.072 0.207 0.255 53 L 0.021 0.137 0.085 0.103 0.066 0.077 0.072 0.440 54 S 0.165 0.312 0.053 0.027 0.046 0.050 0.095 0.252 55 F 0.258 0.142 0.045 0.030 0.021 0.068 0.130 0.306 56 N 0.054 0.146 0.052 0.019 0.039 0.082 0.083 0.526 57 K 0.022 0.038 0.089 0.021 0.067 0.114 0.146 0.504 58 I 0.012 0.034 0.134 0.101 0.087 0.118 0.167 0.345 59 K 0.023 0.059 0.141 0.070 0.088 0.129 0.123 0.367 60 V 0.083 0.097 0.084 0.035 0.038 0.085 0.080 0.497 61 T 0.106 0.053 0.062 0.034 0.038 0.098 0.221 0.387 62 T 0.064 0.020 0.089 0.021 0.024 0.133 0.081 0.568 63 D 0.274 0.021 0.023 0.008 0.016 0.078 0.074 0.506 64 Q 0.127 0.010 0.018 0.010 0.011 0.101 0.064 0.659 65 N 0.024 0.006 0.025 0.018 0.029 0.135 0.032 0.732 66 H 0.010 0.002 0.023 0.016 0.028 0.137 0.027 0.757 67 F 0.027 0.003 0.090 0.030 0.026 0.149 0.035 0.640 68 S 0.097 0.024 0.132 0.017 0.031 0.108 0.176 0.415 69 G 0.012 0.010 0.051 0.009 0.010 0.127 0.024 0.757 70 G 0.009 0.022 0.048 0.015 0.022 0.142 0.038 0.705 71 T 0.008 0.129 0.197 0.019 0.027 0.089 0.106 0.424 72 S 0.058 0.835 0.004 0.001 0.002 0.007 0.066 0.026 73 I 0.029 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.012 74 E 0.005 0.917 0.003 0.002 0.002 0.004 0.033 0.034 75 Q 0.021 0.790 0.010 0.003 0.008 0.009 0.101 0.058 76 L 0.092 0.524 0.059 0.029 0.015 0.029 0.191 0.062 77 K 0.275 0.094 0.047 0.023 0.021 0.049 0.242 0.250 78 Q 0.160 0.019 0.008 0.007 0.009 0.051 0.024 0.722 79 W 0.157 0.009 0.039 0.008 0.022 0.103 0.052 0.609 80 F 0.009 0.003 0.085 0.009 0.018 0.169 0.029 0.676 81 G 0.020 0.004 0.019 0.005 0.010 0.139 0.014 0.788 82 D 0.091 0.015 0.029 0.027 0.016 0.177 0.087 0.558 83 P 0.025 0.008 0.018 0.010 0.011 0.107 0.027 0.794 84 N 0.064 0.052 0.041 0.017 0.039 0.102 0.070 0.615 85 K 0.075 0.100 0.060 0.037 0.053 0.090 0.086 0.499 86 S 0.062 0.043 0.035 0.085 0.105 0.082 0.105 0.484 87 E 0.059 0.019 0.034 0.124 0.237 0.077 0.102 0.348 88 Q 0.044 0.004 0.033 0.109 0.200 0.076 0.062 0.471 89 R 0.108 0.002 0.023 0.078 0.100 0.078 0.060 0.552 90 N 0.332 0.002 0.014 0.025 0.051 0.062 0.037 0.476 91 A 0.024 0.001 0.012 0.009 0.029 0.111 0.015 0.799 92 G 0.003 0.001 0.017 0.040 0.062 0.166 0.012 0.700 93 N 0.007 0.001 0.014 0.105 0.153 0.116 0.018 0.585 94 I 0.008 0.002 0.082 0.268 0.240 0.080 0.048 0.271 95 T 0.012 0.003 0.088 0.229 0.281 0.066 0.051 0.270 96 L 0.011 0.002 0.099 0.208 0.328 0.059 0.049 0.245 97 D 0.011 0.004 0.091 0.291 0.355 0.045 0.041 0.162 98 S 0.018 0.005 0.032 0.239 0.351 0.052 0.037 0.268 99 Y 0.018 0.004 0.039 0.216 0.328 0.063 0.032 0.300 100 T 0.015 0.001 0.038 0.177 0.278 0.083 0.049 0.359 101 W 0.049 0.001 0.027 0.108 0.131 0.091 0.062 0.532 102 V 0.376 0.002 0.011 0.029 0.049 0.064 0.042 0.426 103 K 0.076 0.001 0.009 0.012 0.031 0.110 0.015 0.745 104 D 0.006 0.001 0.004 0.018 0.044 0.131 0.009 0.788 105 G 0.004 0.002 0.015 0.120 0.277 0.129 0.035 0.418 106 A 0.002 0.003 0.048 0.318 0.472 0.034 0.034 0.089 107 V 0.003 0.002 0.059 0.277 0.455 0.034 0.033 0.137 108 I 0.001 0.002 0.116 0.380 0.414 0.016 0.038 0.032 109 N 0.002 0.002 0.081 0.346 0.438 0.017 0.029 0.086 110 A 0.003 0.002 0.093 0.414 0.383 0.018 0.023 0.063 111 Q 0.004 0.002 0.106 0.283 0.343 0.057 0.049 0.157 112 L 0.019 0.003 0.075 0.185 0.198 0.100 0.069 0.351 113 Y 0.356 0.023 0.025 0.034 0.051 0.079 0.186 0.246 114 K 0.059 0.033 0.008 0.014 0.014 0.111 0.044 0.717 115 N 0.022 0.131 0.004 0.011 0.019 0.090 0.038 0.684 116 S 0.026 0.248 0.019 0.052 0.076 0.083 0.105 0.391 117 T 0.031 0.149 0.031 0.106 0.111 0.070 0.209 0.292 118 V 0.052 0.318 0.039 0.083 0.119 0.046 0.174 0.170 119 A 0.080 0.101 0.039 0.067 0.119 0.055 0.313 0.227 120 R 0.017 0.066 0.061 0.155 0.115 0.077 0.299 0.211 121 S 0.075 0.103 0.050 0.046 0.098 0.099 0.076 0.453 122 I 0.155 0.053 0.041 0.044 0.048 0.117 0.136 0.407 123 S 0.029 0.081 0.042 0.038 0.057 0.139 0.083 0.529 124 N 0.033 0.067 0.038 0.031 0.053 0.135 0.114 0.528 125 F 0.025 0.080 0.051 0.095 0.066 0.113 0.135 0.437 126 S 0.077 0.126 0.069 0.063 0.086 0.086 0.097 0.395 127 F 0.116 0.093 0.036 0.042 0.049 0.094 0.083 0.487 128 S 0.108 0.051 0.053 0.038 0.044 0.111 0.086 0.510 129 R 0.248 0.071 0.039 0.020 0.029 0.079 0.049 0.465 130 E 0.109 0.072 0.024 0.008 0.016 0.083 0.076 0.612 131 A 0.025 0.056 0.042 0.026 0.030 0.108 0.053 0.660 132 K 0.025 0.063 0.052 0.034 0.059 0.126 0.052 0.589 133 I 0.016 0.056 0.094 0.021 0.036 0.102 0.032 0.644 134 G 0.140 0.616 0.016 0.010 0.011 0.026 0.070 0.113 135 K 0.353 0.428 0.007 0.004 0.003 0.021 0.088 0.096 136 E 0.043 0.339 0.033 0.008 0.010 0.050 0.122 0.396 137 D 0.135 0.355 0.028 0.005 0.015 0.056 0.082 0.324 138 Y 0.386 0.272 0.011 0.011 0.010 0.039 0.099 0.173 139 D 0.048 0.113 0.028 0.025 0.033 0.099 0.076 0.578 140 E 0.025 0.063 0.046 0.025 0.065 0.093 0.107 0.576 141 L 0.075 0.038 0.109 0.057 0.048 0.114 0.112 0.447 142 K 0.173 0.038 0.111 0.019 0.028 0.086 0.209 0.336 143 I 0.022 0.028 0.020 0.006 0.007 0.099 0.019 0.800 144 G 0.060 0.071 0.021 0.007 0.009 0.131 0.043 0.659 145 E 0.012 0.076 0.037 0.012 0.008 0.131 0.059 0.664 146 S 0.084 0.791 0.003 0.001 0.003 0.011 0.041 0.067 147 Y 0.040 0.896 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.024 148 K 0.002 0.909 0.004 0.006 0.003 0.007 0.028 0.040 149 K 0.013 0.893 0.005 0.004 0.012 0.004 0.040 0.030 150 V 0.051 0.628 0.058 0.061 0.023 0.016 0.109 0.055 151 V 0.268 0.124 0.114 0.051 0.033 0.031 0.244 0.136 152 E 0.405 0.016 0.006 0.007 0.009 0.026 0.018 0.512 153 K 0.216 0.008 0.029 0.005 0.012 0.061 0.036 0.633 154 L 0.010 0.004 0.045 0.008 0.011 0.129 0.019 0.773 155 G 0.037 0.008 0.013 0.005 0.010 0.120 0.014 0.792 156 E 0.056 0.027 0.021 0.031 0.015 0.146 0.026 0.679 157 P 0.070 0.013 0.021 0.011 0.018 0.093 0.054 0.721 158 D 0.037 0.059 0.099 0.041 0.054 0.099 0.167 0.444 159 V 0.066 0.041 0.155 0.030 0.075 0.088 0.113 0.432 160 L 0.046 0.065 0.073 0.143 0.126 0.087 0.089 0.371 161 S 0.074 0.051 0.048 0.074 0.186 0.084 0.098 0.384 162 Q 0.042 0.016 0.038 0.101 0.132 0.125 0.084 0.462 163 S 0.050 0.011 0.056 0.070 0.123 0.129 0.158 0.401 164 M 0.094 0.009 0.010 0.024 0.024 0.103 0.038 0.698 165 S 0.247 0.016 0.007 0.008 0.014 0.094 0.065 0.548 166 S 0.025 0.012 0.006 0.011 0.013 0.125 0.019 0.790 167 D 0.061 0.035 0.005 0.013 0.029 0.112 0.032 0.713 168 K 0.024 0.043 0.013 0.065 0.080 0.128 0.071 0.575 169 E 0.017 0.048 0.044 0.119 0.265 0.070 0.197 0.239 170 E 0.010 0.036 0.060 0.221 0.339 0.060 0.104 0.170 171 M 0.014 0.024 0.078 0.171 0.445 0.046 0.061 0.162 172 Q 0.005 0.016 0.052 0.384 0.366 0.028 0.044 0.106 173 T 0.004 0.004 0.074 0.200 0.538 0.032 0.064 0.084 174 V 0.002 0.001 0.132 0.443 0.210 0.037 0.108 0.066 175 W 0.259 0.004 0.038 0.110 0.161 0.064 0.084 0.282 176 S 0.415 0.007 0.012 0.042 0.051 0.077 0.049 0.346 177 S 0.005 0.001 0.009 0.016 0.035 0.125 0.009 0.799 178 G 0.012 0.004 0.010 0.072 0.136 0.115 0.035 0.616 179 I 0.023 0.003 0.022 0.165 0.145 0.098 0.038 0.505 180 K 0.032 0.002 0.037 0.109 0.141 0.089 0.033 0.558 181 T 0.026 0.001 0.015 0.039 0.079 0.130 0.054 0.657 182 K 0.050 0.001 0.015 0.052 0.076 0.120 0.050 0.636 183 S 0.097 0.001 0.012 0.027 0.063 0.134 0.071 0.594 184 S 0.041 0.003 0.024 0.063 0.097 0.167 0.070 0.534 185 S 0.013 0.002 0.011 0.044 0.108 0.164 0.028 0.629 186 A 0.002 0.002 0.040 0.195 0.496 0.077 0.036 0.153 187 T 0.001 0.001 0.041 0.199 0.576 0.043 0.034 0.105 188 I 0.001 0.001 0.045 0.381 0.484 0.016 0.031 0.042 189 E 0.001 0.001 0.044 0.477 0.432 0.006 0.013 0.028 190 L 0.001 0.001 0.050 0.624 0.294 0.004 0.016 0.012 191 Y 0.001 0.001 0.086 0.315 0.508 0.012 0.028 0.050 192 F 0.072 0.001 0.068 0.287 0.333 0.048 0.049 0.142 193 E 0.229 0.001 0.023 0.060 0.103 0.119 0.039 0.427 194 N 0.003 0.001 0.001 0.010 0.009 0.090 0.002 0.885 195 G 0.003 0.002 0.008 0.087 0.208 0.104 0.027 0.562 196 L 0.010 0.005 0.045 0.310 0.365 0.050 0.048 0.167 197 L 0.009 0.002 0.017 0.290 0.151 0.068 0.043 0.420 198 K 0.004 0.005 0.032 0.465 0.296 0.033 0.035 0.128 199 N 0.050 0.013 0.016 0.197 0.417 0.028 0.029 0.248 200 K 0.039 0.012 0.034 0.270 0.207 0.053 0.064 0.321 201 T 0.146 0.017 0.022 0.110 0.153 0.073 0.047 0.431 202 Q 0.196 0.013 0.020 0.058 0.098 0.076 0.050 0.490 203 K 0.058 0.008 0.016 0.031 0.048 0.071 0.019 0.750 204 D 0.109 0.010 0.007 0.023 0.034 0.078 0.031 0.707 205 L 0.055 0.009 0.015 0.028 0.036 0.110 0.035 0.711 206 E 0.072 0.014 0.020 0.034 0.057 0.095 0.047 0.659