# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.143 0.094 0.007 0.016 0.015 0.029 0.088 0.003 0.001 0.003 0.603 2 S 0.024 0.043 0.002 0.008 0.007 0.014 0.067 0.001 0.001 0.001 0.834 3 M 0.056 0.042 0.002 0.008 0.008 0.019 0.062 0.001 0.001 0.001 0.800 4 K 0.093 0.154 0.004 0.011 0.009 0.020 0.123 0.004 0.001 0.003 0.581 5 K 0.201 0.228 0.016 0.009 0.010 0.017 0.111 0.008 0.001 0.004 0.396 6 T 0.134 0.313 0.017 0.007 0.005 0.009 0.057 0.008 0.001 0.002 0.447 7 K 0.100 0.335 0.024 0.009 0.009 0.015 0.044 0.005 0.001 0.002 0.457 8 N 0.042 0.177 0.003 0.009 0.007 0.014 0.113 0.003 0.001 0.001 0.632 9 W 0.088 0.305 0.009 0.008 0.008 0.012 0.120 0.003 0.001 0.001 0.445 10 L 0.036 0.662 0.010 0.011 0.009 0.015 0.062 0.003 0.001 0.001 0.190 11 L 0.010 0.808 0.008 0.007 0.009 0.014 0.032 0.002 0.001 0.001 0.110 12 V 0.006 0.913 0.002 0.003 0.004 0.007 0.013 0.002 0.001 0.001 0.049 13 F 0.005 0.939 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.037 14 L 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 15 T 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 16 V 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 17 T 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 F 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 19 C 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 20 F 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 21 L 0.005 0.974 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 22 M 0.017 0.929 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.018 23 L 0.051 0.804 0.027 0.006 0.009 0.010 0.005 0.037 0.001 0.001 0.052 24 G 0.104 0.495 0.057 0.014 0.024 0.030 0.022 0.050 0.001 0.001 0.202 25 C 0.116 0.326 0.100 0.029 0.034 0.050 0.038 0.040 0.001 0.003 0.264 26 Q 0.103 0.194 0.041 0.038 0.052 0.081 0.087 0.031 0.001 0.004 0.368 27 S 0.085 0.074 0.020 0.038 0.036 0.055 0.159 0.014 0.001 0.006 0.512 28 K 0.076 0.047 0.021 0.037 0.021 0.037 0.169 0.006 0.001 0.011 0.575 29 E 0.022 0.018 0.005 0.014 0.009 0.014 0.477 0.002 0.001 0.016 0.423 30 D 0.142 0.030 0.011 0.014 0.012 0.015 0.312 0.002 0.001 0.040 0.421 31 K 0.156 0.109 0.014 0.025 0.019 0.028 0.211 0.004 0.001 0.022 0.414 32 K 0.048 0.086 0.009 0.024 0.019 0.026 0.323 0.002 0.001 0.010 0.453 33 G 0.154 0.090 0.009 0.032 0.039 0.060 0.137 0.005 0.001 0.017 0.456 34 G 0.176 0.058 0.014 0.029 0.053 0.061 0.115 0.006 0.001 0.012 0.477 35 T 0.040 0.015 0.010 0.018 0.016 0.024 0.077 0.002 0.001 0.002 0.798 36 K 0.028 0.010 0.006 0.018 0.042 0.048 0.127 0.001 0.001 0.002 0.719 37 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.978 38 S 0.013 0.007 0.001 0.010 0.010 0.022 0.232 0.001 0.001 0.002 0.703 39 N 0.148 0.038 0.003 0.006 0.007 0.011 0.180 0.001 0.001 0.010 0.596 40 E 0.065 0.238 0.004 0.007 0.008 0.014 0.272 0.001 0.001 0.007 0.384 41 A 0.067 0.272 0.004 0.007 0.009 0.014 0.281 0.002 0.001 0.005 0.339 42 A 0.064 0.679 0.003 0.003 0.008 0.014 0.057 0.003 0.001 0.002 0.167 43 L 0.037 0.859 0.003 0.002 0.005 0.009 0.019 0.005 0.001 0.001 0.060 44 T 0.044 0.826 0.005 0.002 0.006 0.009 0.015 0.013 0.001 0.001 0.079 45 K 0.077 0.734 0.009 0.002 0.007 0.012 0.012 0.021 0.001 0.001 0.126 46 T 0.075 0.621 0.028 0.004 0.013 0.018 0.037 0.025 0.001 0.002 0.178 47 E 0.074 0.379 0.021 0.003 0.007 0.011 0.065 0.015 0.001 0.002 0.424 48 N 0.113 0.392 0.031 0.005 0.009 0.015 0.094 0.013 0.001 0.006 0.321 49 L 0.238 0.268 0.037 0.006 0.008 0.010 0.072 0.009 0.001 0.006 0.346 50 D 0.075 0.287 0.015 0.007 0.007 0.008 0.127 0.005 0.001 0.003 0.465 51 F 0.102 0.278 0.022 0.019 0.021 0.027 0.101 0.006 0.001 0.004 0.419 52 R 0.081 0.447 0.010 0.021 0.030 0.053 0.073 0.010 0.001 0.004 0.272 53 L 0.074 0.475 0.019 0.024 0.030 0.042 0.062 0.010 0.001 0.003 0.261 54 S 0.069 0.408 0.010 0.026 0.038 0.058 0.074 0.011 0.001 0.002 0.304 55 F 0.072 0.308 0.013 0.018 0.032 0.054 0.042 0.007 0.001 0.003 0.449 56 N 0.076 0.260 0.013 0.029 0.042 0.082 0.123 0.007 0.001 0.008 0.359 57 K 0.237 0.157 0.014 0.018 0.015 0.023 0.154 0.007 0.001 0.009 0.368 58 I 0.283 0.385 0.034 0.027 0.030 0.034 0.049 0.010 0.001 0.004 0.145 59 K 0.082 0.237 0.015 0.041 0.053 0.074 0.078 0.012 0.001 0.003 0.406 60 V 0.078 0.163 0.018 0.056 0.066 0.115 0.051 0.012 0.001 0.003 0.438 61 T 0.076 0.100 0.009 0.070 0.075 0.129 0.080 0.011 0.001 0.006 0.443 62 T 0.097 0.061 0.011 0.041 0.051 0.063 0.117 0.007 0.001 0.007 0.544 63 D 0.052 0.049 0.012 0.049 0.036 0.059 0.211 0.004 0.001 0.010 0.519 64 Q 0.133 0.061 0.024 0.044 0.034 0.062 0.227 0.004 0.001 0.029 0.382 65 N 0.112 0.055 0.009 0.034 0.027 0.039 0.294 0.003 0.001 0.032 0.395 66 H 0.250 0.025 0.014 0.027 0.025 0.034 0.145 0.005 0.001 0.023 0.452 67 F 0.305 0.047 0.043 0.093 0.052 0.065 0.067 0.005 0.001 0.009 0.314 68 S 0.017 0.012 0.004 0.128 0.081 0.054 0.126 0.002 0.001 0.002 0.574 69 G 0.011 0.004 0.001 0.039 0.031 0.043 0.023 0.001 0.001 0.001 0.847 70 G 0.062 0.010 0.008 0.142 0.068 0.187 0.121 0.002 0.001 0.027 0.373 71 T 0.296 0.011 0.007 0.039 0.028 0.038 0.221 0.001 0.001 0.022 0.336 72 S 0.017 0.007 0.001 0.009 0.005 0.010 0.170 0.001 0.001 0.001 0.780 73 I 0.009 0.009 0.001 0.008 0.004 0.020 0.085 0.001 0.001 0.001 0.863 74 E 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.364 0.001 0.001 0.002 0.614 75 Q 0.088 0.059 0.001 0.002 0.001 0.001 0.579 0.001 0.001 0.002 0.268 76 L 0.020 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 77 K 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 Q 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 79 W 0.111 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.015 80 F 0.255 0.546 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.143 0.001 0.001 0.032 81 G 0.169 0.168 0.444 0.002 0.001 0.002 0.009 0.118 0.001 0.001 0.086 82 D 0.073 0.055 0.160 0.009 0.007 0.004 0.045 0.022 0.001 0.001 0.625 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 84 N 0.014 0.005 0.004 0.018 0.015 0.043 0.394 0.001 0.001 0.005 0.501 85 K 0.421 0.019 0.004 0.009 0.008 0.011 0.093 0.001 0.001 0.023 0.412 86 S 0.098 0.111 0.007 0.025 0.021 0.025 0.151 0.001 0.001 0.007 0.554 87 E 0.068 0.045 0.006 0.035 0.041 0.062 0.169 0.002 0.001 0.014 0.558 88 Q 0.096 0.084 0.004 0.040 0.046 0.081 0.120 0.004 0.001 0.017 0.510 89 R 0.105 0.088 0.009 0.065 0.100 0.133 0.134 0.006 0.001 0.010 0.348 90 N 0.054 0.079 0.011 0.047 0.090 0.093 0.144 0.007 0.001 0.007 0.467 91 A 0.070 0.063 0.028 0.034 0.070 0.094 0.071 0.005 0.001 0.014 0.550 92 G 0.098 0.015 0.008 0.032 0.048 0.073 0.186 0.002 0.001 0.025 0.513 93 N 0.261 0.006 0.012 0.024 0.033 0.030 0.206 0.001 0.001 0.016 0.411 94 I 0.116 0.008 0.012 0.053 0.121 0.121 0.061 0.001 0.001 0.004 0.503 95 T 0.008 0.004 0.003 0.082 0.205 0.232 0.147 0.001 0.001 0.002 0.317 96 L 0.013 0.004 0.002 0.072 0.232 0.353 0.038 0.001 0.001 0.003 0.284 97 D 0.009 0.008 0.001 0.088 0.243 0.410 0.072 0.001 0.001 0.003 0.164 98 S 0.017 0.008 0.002 0.075 0.197 0.321 0.106 0.001 0.001 0.006 0.268 99 Y 0.025 0.015 0.002 0.081 0.177 0.280 0.075 0.001 0.001 0.006 0.337 100 T 0.019 0.013 0.003 0.049 0.221 0.305 0.097 0.001 0.001 0.008 0.284 101 W 0.023 0.012 0.004 0.033 0.168 0.259 0.071 0.002 0.001 0.006 0.422 102 V 0.012 0.012 0.006 0.027 0.219 0.381 0.072 0.001 0.001 0.004 0.266 103 K 0.022 0.009 0.002 0.017 0.071 0.127 0.055 0.001 0.001 0.004 0.691 104 D 0.073 0.008 0.004 0.022 0.042 0.073 0.090 0.001 0.001 0.019 0.668 105 G 0.549 0.004 0.006 0.013 0.037 0.040 0.070 0.001 0.001 0.019 0.261 106 A 0.136 0.007 0.010 0.053 0.107 0.081 0.205 0.001 0.001 0.007 0.393 107 V 0.015 0.002 0.003 0.044 0.278 0.404 0.053 0.001 0.001 0.002 0.201 108 I 0.003 0.001 0.001 0.050 0.387 0.492 0.017 0.001 0.001 0.001 0.049 109 N 0.002 0.001 0.001 0.049 0.307 0.530 0.017 0.001 0.001 0.001 0.093 110 A 0.002 0.002 0.001 0.095 0.373 0.463 0.009 0.001 0.001 0.001 0.055 111 Q 0.002 0.002 0.001 0.078 0.343 0.455 0.022 0.001 0.001 0.001 0.095 112 L 0.003 0.003 0.001 0.098 0.291 0.427 0.042 0.001 0.001 0.002 0.134 113 Y 0.005 0.003 0.003 0.065 0.222 0.379 0.131 0.001 0.001 0.004 0.188 114 K 0.010 0.003 0.001 0.032 0.038 0.075 0.139 0.001 0.001 0.005 0.698 115 N 0.038 0.004 0.002 0.022 0.019 0.040 0.305 0.001 0.001 0.023 0.547 116 S 0.478 0.009 0.004 0.010 0.014 0.018 0.112 0.001 0.001 0.027 0.328 117 T 0.062 0.038 0.005 0.018 0.019 0.024 0.379 0.001 0.001 0.007 0.449 118 V 0.054 0.061 0.005 0.033 0.112 0.149 0.271 0.001 0.001 0.006 0.307 119 A 0.038 0.179 0.007 0.045 0.146 0.249 0.090 0.002 0.001 0.005 0.239 120 R 0.039 0.198 0.006 0.060 0.175 0.228 0.061 0.003 0.001 0.004 0.226 121 S 0.064 0.177 0.005 0.040 0.139 0.201 0.060 0.005 0.001 0.002 0.306 122 I 0.088 0.167 0.008 0.046 0.120 0.276 0.032 0.006 0.001 0.002 0.253 123 S 0.062 0.163 0.007 0.058 0.137 0.267 0.069 0.008 0.001 0.004 0.224 124 N 0.133 0.106 0.012 0.033 0.057 0.086 0.090 0.010 0.001 0.007 0.466 125 F 0.204 0.139 0.030 0.047 0.045 0.081 0.076 0.008 0.001 0.008 0.360 126 S 0.062 0.062 0.011 0.038 0.051 0.071 0.273 0.005 0.001 0.007 0.419 127 F 0.079 0.064 0.013 0.034 0.035 0.055 0.171 0.005 0.001 0.008 0.537 128 S 0.072 0.130 0.014 0.071 0.058 0.095 0.126 0.005 0.001 0.009 0.420 129 R 0.058 0.093 0.007 0.040 0.038 0.050 0.169 0.003 0.001 0.007 0.534 130 E 0.105 0.104 0.011 0.040 0.027 0.048 0.139 0.003 0.001 0.011 0.512 131 A 0.184 0.098 0.009 0.061 0.054 0.082 0.150 0.004 0.001 0.012 0.345 132 K 0.217 0.077 0.011 0.037 0.028 0.044 0.114 0.007 0.001 0.007 0.458 133 I 0.199 0.146 0.043 0.108 0.052 0.080 0.089 0.010 0.001 0.007 0.265 134 G 0.050 0.066 0.006 0.059 0.062 0.072 0.169 0.006 0.001 0.004 0.506 135 K 0.053 0.024 0.005 0.021 0.015 0.041 0.032 0.001 0.001 0.002 0.805 136 E 0.012 0.022 0.002 0.028 0.006 0.023 0.364 0.001 0.001 0.005 0.538 137 D 0.334 0.029 0.003 0.007 0.004 0.008 0.412 0.002 0.001 0.011 0.192 138 Y 0.305 0.307 0.012 0.013 0.004 0.009 0.046 0.004 0.001 0.004 0.295 139 D 0.036 0.258 0.009 0.015 0.012 0.024 0.112 0.004 0.001 0.003 0.527 140 E 0.145 0.176 0.003 0.013 0.004 0.009 0.137 0.008 0.001 0.003 0.502 141 L 0.355 0.439 0.012 0.022 0.014 0.020 0.016 0.014 0.001 0.002 0.106 142 K 0.057 0.478 0.013 0.033 0.038 0.036 0.045 0.025 0.001 0.001 0.273 143 I 0.062 0.313 0.031 0.021 0.015 0.023 0.033 0.020 0.001 0.003 0.480 144 G 0.213 0.137 0.029 0.053 0.032 0.075 0.059 0.027 0.001 0.019 0.356 145 E 0.251 0.038 0.030 0.017 0.009 0.010 0.110 0.005 0.001 0.005 0.526 146 S 0.008 0.008 0.003 0.009 0.004 0.005 0.153 0.001 0.001 0.001 0.807 147 Y 0.014 0.013 0.003 0.005 0.004 0.009 0.082 0.001 0.001 0.001 0.869 148 K 0.006 0.050 0.001 0.003 0.002 0.007 0.327 0.001 0.001 0.002 0.602 149 K 0.050 0.072 0.001 0.003 0.002 0.003 0.476 0.001 0.001 0.002 0.392 150 V 0.028 0.869 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.071 151 V 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 152 E 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 153 K 0.018 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.013 154 L 0.120 0.772 0.013 0.001 0.002 0.003 0.002 0.068 0.001 0.001 0.020 155 G 0.273 0.173 0.170 0.004 0.004 0.006 0.009 0.224 0.001 0.001 0.137 156 E 0.061 0.048 0.606 0.006 0.007 0.003 0.025 0.014 0.001 0.001 0.229 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 D 0.018 0.002 0.002 0.022 0.037 0.087 0.085 0.001 0.001 0.001 0.745 159 V 0.253 0.015 0.002 0.027 0.016 0.029 0.083 0.001 0.001 0.009 0.565 160 L 0.193 0.081 0.006 0.057 0.040 0.098 0.105 0.001 0.001 0.005 0.414 161 S 0.135 0.081 0.012 0.089 0.086 0.155 0.087 0.003 0.001 0.009 0.343 162 Q 0.083 0.060 0.002 0.056 0.038 0.075 0.053 0.002 0.001 0.004 0.626 163 S 0.105 0.099 0.006 0.081 0.121 0.165 0.078 0.008 0.001 0.007 0.330 164 M 0.068 0.047 0.007 0.025 0.048 0.073 0.089 0.008 0.001 0.007 0.630 165 S 0.066 0.067 0.044 0.044 0.075 0.128 0.162 0.008 0.001 0.015 0.391 166 S 0.115 0.027 0.010 0.019 0.036 0.040 0.169 0.004 0.001 0.012 0.568 167 D 0.049 0.016 0.009 0.012 0.013 0.011 0.200 0.002 0.001 0.017 0.673 168 K 0.223 0.022 0.031 0.018 0.040 0.046 0.182 0.002 0.001 0.061 0.375 169 E 0.044 0.014 0.006 0.019 0.052 0.051 0.484 0.001 0.001 0.017 0.312 170 E 0.051 0.020 0.008 0.035 0.226 0.194 0.160 0.001 0.001 0.008 0.297 171 M 0.013 0.035 0.004 0.037 0.333 0.439 0.042 0.001 0.001 0.003 0.094 172 Q 0.006 0.023 0.001 0.044 0.330 0.481 0.033 0.001 0.001 0.001 0.080 173 T 0.004 0.010 0.001 0.036 0.398 0.491 0.009 0.001 0.001 0.001 0.049 174 V 0.004 0.008 0.001 0.017 0.446 0.447 0.011 0.001 0.001 0.001 0.065 175 W 0.002 0.004 0.001 0.022 0.333 0.562 0.009 0.001 0.001 0.001 0.067 176 S 0.003 0.005 0.001 0.023 0.336 0.525 0.029 0.001 0.001 0.001 0.076 177 S 0.016 0.014 0.002 0.028 0.164 0.341 0.065 0.001 0.001 0.009 0.361 178 G 0.080 0.006 0.004 0.035 0.069 0.168 0.176 0.001 0.001 0.045 0.415 179 I 0.404 0.009 0.019 0.026 0.044 0.055 0.149 0.002 0.001 0.023 0.271 180 K 0.020 0.008 0.002 0.035 0.058 0.080 0.138 0.001 0.001 0.003 0.655 181 T 0.020 0.004 0.005 0.024 0.102 0.152 0.073 0.001 0.001 0.007 0.612 182 K 0.077 0.008 0.003 0.032 0.062 0.120 0.081 0.001 0.001 0.010 0.605 183 S 0.024 0.002 0.003 0.024 0.027 0.033 0.256 0.001 0.001 0.011 0.620 184 S 0.215 0.005 0.008 0.021 0.062 0.064 0.147 0.001 0.001 0.030 0.447 185 S 0.049 0.004 0.005 0.032 0.061 0.076 0.278 0.001 0.001 0.030 0.465 186 A 0.084 0.002 0.004 0.028 0.301 0.260 0.124 0.001 0.001 0.014 0.183 187 T 0.013 0.001 0.002 0.054 0.202 0.255 0.140 0.001 0.001 0.004 0.329 188 I 0.004 0.001 0.001 0.026 0.418 0.521 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 189 E 0.001 0.001 0.001 0.079 0.300 0.549 0.019 0.001 0.001 0.001 0.052 190 L 0.001 0.001 0.001 0.044 0.510 0.419 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 191 Y 0.001 0.001 0.001 0.026 0.527 0.399 0.006 0.001 0.001 0.001 0.040 192 F 0.001 0.001 0.001 0.019 0.328 0.575 0.007 0.001 0.001 0.001 0.071 193 E 0.001 0.001 0.001 0.024 0.246 0.530 0.048 0.001 0.001 0.001 0.152 194 N 0.001 0.001 0.001 0.028 0.026 0.066 0.114 0.001 0.001 0.006 0.758 195 G 0.371 0.001 0.002 0.017 0.037 0.044 0.124 0.001 0.001 0.132 0.273 196 L 0.356 0.001 0.001 0.017 0.015 0.012 0.250 0.001 0.001 0.011 0.336 197 L 0.023 0.004 0.002 0.041 0.182 0.333 0.083 0.001 0.001 0.002 0.327 198 K 0.005 0.003 0.001 0.025 0.274 0.517 0.055 0.001 0.001 0.002 0.119 199 N 0.013 0.005 0.001 0.042 0.200 0.379 0.040 0.001 0.001 0.003 0.316 200 K 0.033 0.012 0.002 0.062 0.210 0.335 0.066 0.001 0.001 0.005 0.274 201 T 0.032 0.014 0.002 0.044 0.112 0.185 0.274 0.001 0.001 0.009 0.326 202 Q 0.130 0.028 0.007 0.047 0.083 0.189 0.136 0.002 0.001 0.018 0.362 203 K 0.087 0.062 0.006 0.041 0.068 0.152 0.215 0.002 0.001 0.015 0.351 204 D 0.181 0.030 0.004 0.022 0.024 0.037 0.199 0.003 0.001 0.012 0.487 205 L 0.377 0.063 0.015 0.030 0.024 0.050 0.052 0.004 0.001 0.008 0.378 206 E 0.026 0.025 0.003 0.028 0.026 0.042 0.372 0.002 0.001 0.004 0.470