# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.066 0.037 0.027 0.046 0.065 0.009 0.690 2 S 0.035 0.060 0.013 0.016 0.024 0.384 0.007 0.461 3 M 0.088 0.132 0.019 0.015 0.028 0.124 0.010 0.586 4 K 0.096 0.247 0.019 0.010 0.022 0.137 0.013 0.455 5 K 0.110 0.355 0.012 0.008 0.010 0.250 0.012 0.245 6 T 0.128 0.536 0.007 0.003 0.010 0.066 0.021 0.230 7 K 0.100 0.645 0.014 0.006 0.011 0.021 0.013 0.192 8 N 0.031 0.375 0.013 0.005 0.006 0.052 0.011 0.507 9 W 0.056 0.470 0.013 0.009 0.011 0.050 0.012 0.379 10 L 0.043 0.748 0.024 0.007 0.013 0.024 0.007 0.133 11 L 0.020 0.794 0.024 0.018 0.019 0.023 0.003 0.099 12 V 0.011 0.870 0.019 0.008 0.013 0.008 0.002 0.069 13 F 0.007 0.943 0.009 0.002 0.004 0.004 0.002 0.028 14 L 0.005 0.944 0.006 0.004 0.007 0.005 0.002 0.027 15 T 0.003 0.957 0.006 0.002 0.004 0.004 0.001 0.022 16 V 0.004 0.954 0.005 0.003 0.004 0.004 0.002 0.024 17 T 0.002 0.973 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.015 18 F 0.001 0.985 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 19 C 0.001 0.990 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 20 F 0.002 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 L 0.003 0.990 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 22 M 0.007 0.977 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 23 L 0.017 0.920 0.016 0.006 0.005 0.002 0.018 0.016 24 G 0.067 0.735 0.042 0.011 0.012 0.008 0.050 0.074 25 C 0.110 0.507 0.113 0.047 0.039 0.017 0.044 0.124 26 Q 0.073 0.321 0.085 0.061 0.053 0.062 0.033 0.311 27 S 0.097 0.223 0.052 0.045 0.051 0.112 0.044 0.376 28 K 0.159 0.108 0.032 0.027 0.033 0.093 0.041 0.506 29 E 0.048 0.047 0.014 0.012 0.012 0.325 0.018 0.523 30 D 0.141 0.072 0.018 0.019 0.023 0.229 0.038 0.461 31 K 0.223 0.130 0.024 0.014 0.018 0.149 0.027 0.417 32 K 0.074 0.106 0.018 0.021 0.022 0.372 0.021 0.367 33 G 0.345 0.076 0.019 0.013 0.023 0.073 0.054 0.397 34 G 0.276 0.051 0.044 0.029 0.036 0.091 0.027 0.446 35 T 0.032 0.014 0.026 0.014 0.026 0.076 0.005 0.808 36 K 0.033 0.010 0.017 0.020 0.034 0.165 0.004 0.717 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 S 0.033 0.012 0.014 0.011 0.021 0.512 0.004 0.393 39 N 0.300 0.029 0.012 0.005 0.007 0.101 0.009 0.537 40 E 0.121 0.120 0.014 0.007 0.013 0.134 0.009 0.582 41 A 0.076 0.210 0.016 0.006 0.011 0.230 0.008 0.443 42 A 0.092 0.411 0.012 0.007 0.019 0.108 0.012 0.339 43 L 0.104 0.607 0.014 0.006 0.013 0.068 0.013 0.175 44 T 0.128 0.614 0.020 0.008 0.011 0.041 0.022 0.156 45 K 0.147 0.477 0.022 0.007 0.010 0.024 0.023 0.289 46 T 0.074 0.490 0.024 0.015 0.017 0.089 0.020 0.270 47 E 0.119 0.329 0.014 0.009 0.011 0.116 0.032 0.370 48 N 0.170 0.272 0.022 0.008 0.011 0.111 0.050 0.358 49 L 0.204 0.212 0.039 0.014 0.010 0.121 0.039 0.362 50 D 0.073 0.183 0.037 0.015 0.013 0.177 0.018 0.483 51 F 0.097 0.253 0.058 0.034 0.046 0.092 0.014 0.407 52 R 0.084 0.336 0.062 0.059 0.078 0.073 0.012 0.295 53 L 0.073 0.264 0.065 0.081 0.099 0.072 0.008 0.338 54 S 0.064 0.356 0.047 0.057 0.098 0.074 0.015 0.288 55 F 0.095 0.357 0.066 0.049 0.087 0.027 0.016 0.303 56 N 0.045 0.249 0.043 0.057 0.075 0.146 0.025 0.359 57 K 0.223 0.111 0.032 0.023 0.033 0.152 0.042 0.384 58 I 0.181 0.196 0.141 0.081 0.089 0.062 0.023 0.227 59 K 0.044 0.130 0.104 0.114 0.119 0.114 0.013 0.364 60 V 0.051 0.079 0.123 0.108 0.154 0.045 0.006 0.435 61 T 0.035 0.084 0.081 0.104 0.198 0.072 0.008 0.418 62 T 0.061 0.045 0.046 0.082 0.102 0.102 0.009 0.553 63 D 0.043 0.072 0.036 0.043 0.064 0.162 0.014 0.565 64 Q 0.110 0.075 0.032 0.024 0.034 0.268 0.025 0.432 65 N 0.129 0.080 0.020 0.018 0.018 0.417 0.042 0.275 66 H 0.467 0.039 0.032 0.009 0.015 0.087 0.067 0.284 67 F 0.150 0.061 0.275 0.047 0.041 0.086 0.015 0.325 68 S 0.021 0.019 0.103 0.044 0.045 0.147 0.005 0.616 69 G 0.013 0.008 0.047 0.007 0.030 0.026 0.002 0.867 70 G 0.133 0.017 0.107 0.016 0.048 0.175 0.017 0.486 71 T 0.220 0.014 0.096 0.024 0.013 0.249 0.005 0.379 72 S 0.008 0.007 0.006 0.001 0.003 0.108 0.001 0.867 73 I 0.019 0.052 0.013 0.005 0.018 0.158 0.002 0.733 74 E 0.002 0.039 0.002 0.001 0.001 0.462 0.001 0.494 75 Q 0.004 0.041 0.001 0.001 0.001 0.880 0.001 0.074 76 L 0.031 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 77 K 0.003 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 79 W 0.048 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 80 F 0.140 0.611 0.003 0.002 0.001 0.002 0.209 0.033 81 G 0.155 0.161 0.272 0.009 0.006 0.010 0.208 0.178 82 D 0.084 0.034 0.403 0.052 0.008 0.095 0.015 0.309 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 N 0.041 0.011 0.032 0.019 0.041 0.218 0.005 0.633 85 K 0.287 0.008 0.020 0.013 0.015 0.107 0.005 0.544 86 S 0.123 0.048 0.019 0.050 0.068 0.262 0.010 0.420 87 E 0.146 0.055 0.019 0.060 0.080 0.144 0.011 0.485 88 Q 0.100 0.092 0.023 0.058 0.090 0.177 0.014 0.447 89 R 0.106 0.132 0.031 0.096 0.151 0.110 0.020 0.354 90 N 0.085 0.111 0.023 0.059 0.083 0.138 0.023 0.477 91 A 0.065 0.059 0.022 0.035 0.046 0.119 0.029 0.625 92 G 0.202 0.036 0.034 0.036 0.053 0.095 0.075 0.468 93 N 0.227 0.025 0.042 0.052 0.047 0.226 0.047 0.335 94 I 0.092 0.018 0.065 0.193 0.165 0.100 0.011 0.357 95 T 0.028 0.011 0.052 0.182 0.278 0.152 0.004 0.293 96 L 0.011 0.005 0.035 0.358 0.403 0.026 0.001 0.161 97 D 0.008 0.012 0.059 0.273 0.462 0.062 0.002 0.123 98 S 0.018 0.013 0.041 0.220 0.357 0.083 0.003 0.264 99 Y 0.024 0.020 0.050 0.185 0.421 0.059 0.005 0.236 100 T 0.034 0.016 0.033 0.231 0.310 0.101 0.006 0.268 101 W 0.032 0.017 0.044 0.171 0.272 0.056 0.008 0.401 102 V 0.026 0.024 0.039 0.155 0.313 0.110 0.007 0.325 103 K 0.033 0.020 0.031 0.081 0.146 0.155 0.009 0.524 104 D 0.036 0.014 0.019 0.025 0.057 0.061 0.022 0.766 105 G 0.345 0.015 0.029 0.033 0.055 0.090 0.131 0.302 106 A 0.312 0.014 0.081 0.157 0.090 0.161 0.024 0.159 107 V 0.017 0.008 0.071 0.189 0.263 0.084 0.004 0.363 108 I 0.003 0.001 0.019 0.425 0.520 0.011 0.001 0.020 109 N 0.003 0.003 0.045 0.275 0.577 0.014 0.001 0.083 110 A 0.003 0.003 0.037 0.432 0.485 0.010 0.001 0.029 111 Q 0.005 0.005 0.055 0.274 0.565 0.017 0.001 0.077 112 L 0.005 0.005 0.038 0.302 0.550 0.015 0.001 0.085 113 Y 0.004 0.007 0.034 0.255 0.578 0.032 0.002 0.089 114 K 0.016 0.012 0.036 0.051 0.129 0.141 0.005 0.609 115 N 0.044 0.030 0.042 0.049 0.113 0.131 0.052 0.539 116 S 0.560 0.012 0.011 0.012 0.018 0.047 0.076 0.264 117 T 0.089 0.041 0.053 0.046 0.034 0.433 0.011 0.292 118 V 0.039 0.051 0.047 0.097 0.214 0.186 0.007 0.360 119 A 0.042 0.079 0.049 0.140 0.305 0.086 0.004 0.295 120 R 0.026 0.119 0.067 0.137 0.224 0.077 0.004 0.346 121 S 0.047 0.157 0.057 0.055 0.126 0.069 0.010 0.480 122 I 0.083 0.258 0.056 0.080 0.163 0.040 0.014 0.306 123 S 0.062 0.244 0.065 0.112 0.164 0.090 0.016 0.248 124 N 0.102 0.161 0.055 0.045 0.083 0.079 0.030 0.445 125 F 0.177 0.148 0.109 0.063 0.089 0.058 0.030 0.326 126 S 0.068 0.109 0.066 0.084 0.066 0.212 0.018 0.376 127 F 0.082 0.094 0.051 0.065 0.091 0.099 0.018 0.499 128 S 0.109 0.116 0.106 0.072 0.114 0.109 0.016 0.359 129 R 0.057 0.084 0.061 0.083 0.073 0.129 0.011 0.502 130 E 0.071 0.062 0.039 0.025 0.046 0.159 0.017 0.581 131 A 0.199 0.105 0.080 0.052 0.071 0.109 0.026 0.358 132 K 0.124 0.056 0.077 0.038 0.061 0.088 0.023 0.532 133 I 0.077 0.043 0.166 0.087 0.100 0.051 0.006 0.470 134 G 0.027 0.048 0.113 0.047 0.072 0.261 0.005 0.428 135 K 0.016 0.017 0.016 0.018 0.034 0.025 0.002 0.873 136 E 0.016 0.053 0.037 0.015 0.036 0.302 0.004 0.537 137 D 0.143 0.043 0.005 0.004 0.006 0.574 0.014 0.211 138 Y 0.370 0.411 0.015 0.006 0.015 0.014 0.025 0.145 139 D 0.038 0.461 0.020 0.016 0.015 0.184 0.012 0.254 140 E 0.206 0.190 0.017 0.012 0.018 0.106 0.036 0.417 141 L 0.218 0.404 0.137 0.035 0.045 0.015 0.017 0.130 142 K 0.032 0.348 0.104 0.095 0.047 0.113 0.012 0.248 143 I 0.031 0.158 0.094 0.018 0.043 0.024 0.008 0.623 144 G 0.150 0.163 0.218 0.026 0.067 0.044 0.032 0.300 145 E 0.191 0.070 0.102 0.046 0.026 0.108 0.011 0.447 146 S 0.013 0.043 0.014 0.007 0.009 0.178 0.004 0.732 147 Y 0.023 0.110 0.016 0.008 0.025 0.091 0.004 0.722 148 K 0.006 0.096 0.004 0.002 0.004 0.357 0.001 0.529 149 K 0.009 0.101 0.001 0.001 0.001 0.753 0.001 0.134 150 V 0.011 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 151 V 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 153 K 0.021 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 154 L 0.060 0.785 0.003 0.002 0.002 0.001 0.127 0.020 155 G 0.192 0.311 0.117 0.009 0.010 0.006 0.229 0.125 156 E 0.070 0.048 0.537 0.052 0.014 0.072 0.015 0.192 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 D 0.038 0.011 0.048 0.059 0.110 0.127 0.004 0.604 159 V 0.195 0.024 0.060 0.042 0.056 0.108 0.005 0.509 160 L 0.108 0.072 0.036 0.138 0.248 0.080 0.007 0.311 161 S 0.077 0.080 0.029 0.128 0.215 0.121 0.007 0.343 162 Q 0.095 0.080 0.021 0.079 0.139 0.079 0.015 0.493 163 S 0.125 0.116 0.029 0.142 0.190 0.088 0.023 0.287 164 M 0.061 0.064 0.013 0.037 0.055 0.093 0.017 0.661 165 S 0.096 0.092 0.018 0.067 0.099 0.252 0.035 0.341 166 S 0.110 0.030 0.011 0.015 0.019 0.140 0.029 0.646 167 D 0.067 0.021 0.013 0.015 0.017 0.265 0.030 0.572 168 K 0.238 0.024 0.030 0.025 0.027 0.175 0.050 0.431 169 E 0.103 0.040 0.051 0.105 0.085 0.289 0.014 0.313 170 E 0.046 0.037 0.053 0.167 0.250 0.130 0.007 0.310 171 M 0.017 0.022 0.038 0.302 0.527 0.019 0.002 0.073 172 Q 0.008 0.015 0.031 0.372 0.508 0.016 0.002 0.048 173 T 0.010 0.014 0.028 0.415 0.423 0.014 0.002 0.094 174 V 0.005 0.008 0.021 0.393 0.525 0.008 0.001 0.040 175 W 0.005 0.010 0.019 0.281 0.545 0.018 0.002 0.121 176 S 0.007 0.012 0.023 0.332 0.510 0.039 0.004 0.073 177 S 0.021 0.008 0.020 0.065 0.160 0.071 0.009 0.646 178 G 0.083 0.007 0.021 0.049 0.095 0.228 0.042 0.476 179 I 0.382 0.007 0.032 0.079 0.077 0.150 0.034 0.239 180 K 0.020 0.009 0.028 0.105 0.110 0.203 0.004 0.521 181 T 0.018 0.006 0.022 0.143 0.313 0.111 0.003 0.383 182 K 0.039 0.008 0.021 0.074 0.162 0.152 0.005 0.539 183 S 0.031 0.008 0.014 0.070 0.097 0.251 0.008 0.520 184 S 0.056 0.009 0.018 0.043 0.063 0.118 0.014 0.679 185 S 0.068 0.011 0.022 0.037 0.047 0.333 0.028 0.455 186 A 0.254 0.008 0.046 0.179 0.128 0.204 0.032 0.148 187 T 0.095 0.010 0.114 0.167 0.198 0.236 0.016 0.165 188 I 0.003 0.001 0.030 0.523 0.419 0.009 0.001 0.016 189 E 0.002 0.001 0.091 0.308 0.540 0.017 0.001 0.042 190 L 0.001 0.001 0.038 0.424 0.509 0.002 0.001 0.026 191 Y 0.001 0.001 0.140 0.265 0.536 0.020 0.001 0.038 192 F 0.001 0.001 0.043 0.409 0.401 0.011 0.001 0.136 193 E 0.001 0.001 0.080 0.208 0.534 0.080 0.001 0.095 194 N 0.006 0.001 0.026 0.030 0.072 0.252 0.004 0.609 195 G 0.190 0.002 0.034 0.051 0.090 0.148 0.134 0.351 196 L 0.394 0.002 0.021 0.031 0.019 0.358 0.025 0.150 197 L 0.008 0.002 0.039 0.221 0.210 0.035 0.001 0.484 198 K 0.002 0.001 0.028 0.225 0.665 0.040 0.001 0.037 199 N 0.007 0.002 0.018 0.231 0.400 0.027 0.001 0.314 200 K 0.015 0.010 0.038 0.187 0.438 0.065 0.002 0.244 201 T 0.039 0.016 0.016 0.138 0.203 0.313 0.005 0.269 202 Q 0.074 0.045 0.025 0.127 0.257 0.065 0.016 0.390 203 K 0.051 0.053 0.023 0.067 0.113 0.285 0.012 0.396 204 D 0.097 0.041 0.016 0.028 0.042 0.299 0.021 0.457 205 L 0.220 0.111 0.049 0.048 0.092 0.055 0.021 0.404 206 E 0.033 0.074 0.024 0.038 0.048 0.272 0.008 0.504