# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.512 0.143 0.139 0.084 0.062 0.016 0.012 0.004 0.025 0.003 0.001 2 S 0.597 0.064 0.213 0.044 0.011 0.038 0.011 0.001 0.015 0.003 0.002 3 M 0.903 0.011 0.024 0.049 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 4 K 0.862 0.015 0.020 0.088 0.003 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 5 K 0.751 0.032 0.044 0.129 0.009 0.008 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 6 T 0.674 0.048 0.086 0.127 0.011 0.017 0.023 0.002 0.010 0.001 0.001 7 K 0.842 0.024 0.061 0.050 0.003 0.007 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 8 N 0.821 0.015 0.042 0.062 0.009 0.009 0.034 0.006 0.002 0.002 0.001 9 W 0.778 0.058 0.072 0.055 0.010 0.019 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 10 L 0.943 0.018 0.018 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.972 0.013 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.980 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.986 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.993 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.997 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.984 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.886 0.016 0.005 0.077 0.001 0.002 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 24 G 0.737 0.015 0.048 0.088 0.044 0.013 0.030 0.011 0.006 0.006 0.001 25 C 0.397 0.062 0.069 0.417 0.018 0.013 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 26 Q 0.458 0.048 0.122 0.183 0.036 0.041 0.070 0.016 0.015 0.008 0.002 27 S 0.508 0.069 0.092 0.240 0.033 0.016 0.017 0.006 0.012 0.005 0.001 28 K 0.524 0.062 0.089 0.228 0.019 0.016 0.039 0.006 0.013 0.003 0.002 29 E 0.600 0.065 0.071 0.165 0.025 0.012 0.035 0.007 0.014 0.004 0.001 30 D 0.489 0.059 0.111 0.228 0.023 0.020 0.038 0.011 0.013 0.005 0.002 31 K 0.616 0.070 0.122 0.128 0.011 0.014 0.017 0.005 0.012 0.003 0.002 32 K 0.401 0.122 0.173 0.217 0.009 0.010 0.044 0.002 0.019 0.002 0.003 33 G 0.109 0.030 0.109 0.090 0.076 0.007 0.222 0.242 0.010 0.102 0.004 34 G 0.094 0.040 0.217 0.049 0.105 0.020 0.076 0.263 0.008 0.120 0.008 35 T 0.097 0.247 0.347 0.227 0.033 0.024 0.005 0.002 0.014 0.001 0.004 36 K 0.013 0.276 0.462 0.006 0.060 0.028 0.003 0.001 0.148 0.004 0.001 37 P 0.344 0.010 0.563 0.019 0.004 0.021 0.001 0.001 0.002 0.004 0.032 38 S 0.568 0.065 0.141 0.150 0.018 0.013 0.020 0.012 0.008 0.004 0.001 39 N 0.361 0.053 0.113 0.282 0.048 0.026 0.056 0.036 0.012 0.011 0.001 40 E 0.435 0.160 0.242 0.077 0.020 0.026 0.017 0.003 0.016 0.002 0.001 41 A 0.708 0.081 0.124 0.052 0.007 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 42 A 0.791 0.054 0.066 0.065 0.007 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 43 L 0.693 0.050 0.053 0.152 0.022 0.010 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 44 T 0.493 0.140 0.128 0.158 0.038 0.013 0.011 0.002 0.017 0.001 0.001 45 K 0.437 0.133 0.191 0.132 0.017 0.036 0.030 0.003 0.017 0.002 0.001 46 T 0.374 0.193 0.223 0.102 0.042 0.022 0.014 0.003 0.023 0.003 0.001 47 E 0.565 0.074 0.156 0.151 0.008 0.017 0.018 0.002 0.007 0.001 0.002 48 N 0.274 0.082 0.134 0.220 0.057 0.053 0.110 0.035 0.024 0.010 0.001 49 L 0.574 0.077 0.249 0.059 0.010 0.011 0.011 0.002 0.005 0.002 0.001 50 D 0.559 0.104 0.117 0.157 0.011 0.027 0.014 0.002 0.007 0.001 0.001 51 F 0.313 0.218 0.142 0.242 0.040 0.025 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 52 R 0.408 0.274 0.171 0.043 0.037 0.027 0.022 0.004 0.013 0.001 0.001 53 L 0.213 0.481 0.165 0.046 0.044 0.026 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 54 S 0.237 0.265 0.223 0.094 0.069 0.059 0.011 0.002 0.036 0.002 0.001 55 F 0.481 0.131 0.169 0.125 0.039 0.020 0.009 0.002 0.020 0.003 0.001 56 N 0.548 0.071 0.084 0.200 0.025 0.018 0.036 0.005 0.010 0.002 0.001 57 K 0.368 0.121 0.107 0.258 0.047 0.022 0.059 0.006 0.011 0.001 0.001 58 I 0.180 0.495 0.201 0.044 0.025 0.019 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 59 K 0.095 0.203 0.506 0.018 0.019 0.102 0.023 0.001 0.028 0.002 0.002 60 V 0.257 0.242 0.329 0.062 0.042 0.040 0.005 0.001 0.018 0.003 0.002 61 T 0.312 0.136 0.239 0.110 0.039 0.096 0.025 0.008 0.025 0.006 0.003 62 T 0.377 0.191 0.154 0.167 0.062 0.018 0.007 0.002 0.020 0.002 0.001 63 D 0.305 0.113 0.165 0.203 0.037 0.078 0.051 0.007 0.034 0.005 0.003 64 Q 0.460 0.120 0.139 0.204 0.025 0.011 0.021 0.002 0.015 0.001 0.001 65 N 0.350 0.082 0.127 0.216 0.042 0.024 0.105 0.028 0.015 0.010 0.002 66 H 0.198 0.171 0.201 0.238 0.049 0.038 0.070 0.010 0.021 0.002 0.002 67 F 0.084 0.362 0.378 0.076 0.018 0.033 0.014 0.001 0.032 0.001 0.001 68 S 0.085 0.285 0.415 0.061 0.028 0.033 0.034 0.002 0.048 0.006 0.003 69 G 0.039 0.038 0.292 0.059 0.129 0.040 0.083 0.113 0.007 0.192 0.008 70 G 0.042 0.048 0.151 0.051 0.197 0.032 0.060 0.299 0.004 0.114 0.004 71 T 0.072 0.321 0.392 0.054 0.089 0.037 0.004 0.001 0.027 0.003 0.001 72 S 0.056 0.075 0.553 0.013 0.041 0.176 0.003 0.001 0.076 0.005 0.001 73 I 0.986 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.993 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.948 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.088 0.005 0.011 0.863 0.002 0.003 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 81 G 0.027 0.004 0.026 0.034 0.022 0.008 0.356 0.402 0.002 0.118 0.001 82 D 0.017 0.146 0.622 0.010 0.027 0.025 0.006 0.001 0.140 0.007 0.001 83 P 0.285 0.002 0.606 0.018 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 84 N 0.349 0.073 0.127 0.251 0.033 0.036 0.059 0.056 0.013 0.003 0.001 85 K 0.243 0.347 0.234 0.088 0.040 0.015 0.010 0.002 0.021 0.001 0.001 86 S 0.306 0.225 0.271 0.087 0.038 0.036 0.010 0.002 0.019 0.003 0.003 87 E 0.339 0.320 0.182 0.070 0.037 0.022 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 88 Q 0.423 0.198 0.148 0.121 0.030 0.040 0.013 0.002 0.023 0.001 0.002 89 R 0.313 0.234 0.221 0.128 0.046 0.014 0.015 0.003 0.023 0.002 0.001 90 N 0.282 0.158 0.259 0.081 0.035 0.044 0.049 0.016 0.052 0.020 0.005 91 A 0.189 0.106 0.220 0.313 0.025 0.009 0.108 0.005 0.016 0.005 0.004 92 G 0.012 0.004 0.016 0.011 0.048 0.002 0.074 0.661 0.001 0.170 0.001 93 N 0.050 0.173 0.328 0.196 0.065 0.049 0.090 0.032 0.010 0.004 0.002 94 I 0.016 0.583 0.305 0.028 0.038 0.018 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 95 T 0.029 0.612 0.243 0.025 0.028 0.045 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 96 L 0.020 0.663 0.206 0.015 0.048 0.033 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 97 D 0.068 0.499 0.190 0.044 0.112 0.051 0.010 0.002 0.021 0.002 0.001 98 S 0.056 0.535 0.160 0.032 0.160 0.017 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 99 Y 0.120 0.389 0.241 0.073 0.072 0.062 0.014 0.002 0.023 0.002 0.002 100 T 0.085 0.537 0.140 0.092 0.087 0.017 0.012 0.001 0.027 0.001 0.001 101 W 0.083 0.361 0.301 0.032 0.070 0.074 0.021 0.003 0.048 0.005 0.002 102 V 0.144 0.263 0.432 0.043 0.027 0.033 0.011 0.001 0.039 0.003 0.004 103 K 0.366 0.102 0.254 0.148 0.028 0.018 0.030 0.008 0.019 0.019 0.008 104 D 0.028 0.043 0.072 0.281 0.057 0.011 0.383 0.090 0.015 0.019 0.001 105 G 0.007 0.021 0.061 0.013 0.092 0.005 0.132 0.553 0.003 0.114 0.001 106 A 0.018 0.497 0.363 0.036 0.058 0.013 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 107 V 0.003 0.753 0.158 0.012 0.054 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 I 0.001 0.849 0.056 0.002 0.080 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 109 N 0.001 0.769 0.073 0.003 0.136 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 110 A 0.001 0.805 0.041 0.001 0.143 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 111 Q 0.001 0.833 0.086 0.001 0.049 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 112 L 0.005 0.706 0.199 0.005 0.026 0.036 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 113 Y 0.042 0.357 0.309 0.037 0.063 0.081 0.025 0.003 0.068 0.013 0.002 114 K 0.433 0.091 0.203 0.133 0.034 0.011 0.055 0.006 0.012 0.017 0.005 115 N 0.083 0.033 0.053 0.279 0.066 0.012 0.327 0.119 0.008 0.021 0.001 116 S 0.135 0.115 0.248 0.099 0.093 0.023 0.167 0.094 0.010 0.015 0.001 117 T 0.159 0.343 0.357 0.058 0.014 0.054 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 118 V 0.300 0.395 0.182 0.062 0.011 0.034 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 119 A 0.558 0.164 0.156 0.043 0.024 0.035 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 120 R 0.553 0.181 0.080 0.060 0.084 0.012 0.013 0.003 0.012 0.001 0.001 121 S 0.387 0.238 0.189 0.055 0.056 0.032 0.016 0.003 0.021 0.001 0.001 122 I 0.255 0.383 0.197 0.078 0.020 0.030 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 123 S 0.314 0.221 0.222 0.118 0.057 0.023 0.020 0.003 0.014 0.006 0.001 124 N 0.212 0.117 0.127 0.230 0.074 0.077 0.105 0.030 0.018 0.008 0.002 125 F 0.179 0.328 0.276 0.089 0.057 0.032 0.015 0.003 0.020 0.001 0.001 126 S 0.314 0.250 0.239 0.091 0.032 0.037 0.013 0.002 0.018 0.002 0.002 127 F 0.208 0.310 0.180 0.141 0.066 0.043 0.013 0.002 0.036 0.001 0.001 128 S 0.347 0.208 0.227 0.094 0.043 0.027 0.018 0.003 0.025 0.004 0.002 129 R 0.506 0.103 0.140 0.141 0.033 0.018 0.031 0.007 0.015 0.005 0.002 130 E 0.334 0.140 0.160 0.186 0.022 0.035 0.092 0.006 0.021 0.002 0.002 131 A 0.205 0.223 0.334 0.096 0.069 0.022 0.026 0.007 0.012 0.006 0.001 132 K 0.219 0.140 0.356 0.083 0.021 0.087 0.065 0.008 0.011 0.004 0.004 133 I 0.134 0.411 0.287 0.071 0.030 0.037 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 134 G 0.102 0.090 0.478 0.032 0.039 0.172 0.008 0.003 0.057 0.018 0.002 135 K 0.893 0.008 0.068 0.020 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 136 E 0.950 0.017 0.012 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.462 0.014 0.019 0.461 0.020 0.012 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 138 Y 0.863 0.013 0.040 0.065 0.004 0.003 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 139 D 0.892 0.024 0.022 0.040 0.002 0.003 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 140 E 0.545 0.071 0.053 0.269 0.026 0.013 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 141 L 0.343 0.258 0.244 0.098 0.010 0.020 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 142 K 0.145 0.278 0.398 0.014 0.013 0.074 0.015 0.001 0.059 0.001 0.001 143 I 0.210 0.096 0.463 0.144 0.010 0.039 0.022 0.001 0.009 0.002 0.005 144 G 0.031 0.012 0.051 0.031 0.109 0.017 0.057 0.515 0.003 0.174 0.001 145 E 0.195 0.169 0.412 0.104 0.050 0.036 0.009 0.003 0.018 0.005 0.002 146 S 0.147 0.106 0.417 0.067 0.064 0.118 0.010 0.001 0.059 0.009 0.001 147 Y 0.963 0.002 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.977 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.982 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.987 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.965 0.003 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.249 0.016 0.038 0.651 0.003 0.004 0.030 0.001 0.008 0.001 0.001 155 G 0.041 0.005 0.031 0.038 0.034 0.009 0.268 0.424 0.002 0.146 0.001 156 E 0.018 0.198 0.571 0.008 0.030 0.026 0.005 0.001 0.137 0.005 0.001 157 P 0.225 0.002 0.667 0.016 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 158 D 0.423 0.106 0.166 0.140 0.031 0.029 0.049 0.039 0.014 0.002 0.001 159 V 0.254 0.365 0.249 0.055 0.021 0.032 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 160 L 0.317 0.281 0.241 0.093 0.020 0.026 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 161 S 0.360 0.265 0.166 0.068 0.069 0.032 0.012 0.004 0.020 0.003 0.002 162 Q 0.313 0.291 0.128 0.146 0.057 0.027 0.012 0.002 0.022 0.001 0.001 163 S 0.184 0.308 0.237 0.098 0.089 0.026 0.014 0.003 0.037 0.003 0.001 164 M 0.315 0.165 0.284 0.100 0.025 0.044 0.029 0.004 0.027 0.004 0.004 165 S 0.247 0.211 0.218 0.133 0.059 0.028 0.057 0.008 0.027 0.009 0.002 166 S 0.426 0.105 0.196 0.134 0.043 0.014 0.040 0.015 0.013 0.013 0.003 167 D 0.121 0.074 0.114 0.295 0.043 0.046 0.242 0.041 0.016 0.006 0.001 168 K 0.156 0.218 0.448 0.068 0.023 0.041 0.029 0.004 0.011 0.002 0.001 169 E 0.221 0.270 0.301 0.140 0.012 0.033 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 170 E 0.085 0.612 0.151 0.061 0.042 0.030 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 171 M 0.084 0.571 0.201 0.027 0.078 0.023 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 172 Q 0.132 0.519 0.150 0.054 0.096 0.026 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 173 T 0.024 0.675 0.073 0.011 0.183 0.009 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 174 V 0.024 0.791 0.105 0.006 0.031 0.021 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 175 W 0.081 0.367 0.376 0.032 0.043 0.056 0.008 0.001 0.033 0.002 0.002 176 S 0.386 0.222 0.153 0.090 0.050 0.028 0.012 0.003 0.042 0.011 0.003 177 S 0.258 0.070 0.148 0.388 0.015 0.011 0.090 0.002 0.013 0.002 0.003 178 G 0.011 0.003 0.009 0.010 0.044 0.003 0.092 0.692 0.002 0.133 0.001 179 I 0.153 0.215 0.472 0.075 0.027 0.023 0.012 0.002 0.016 0.003 0.002 180 K 0.191 0.167 0.379 0.118 0.029 0.063 0.019 0.004 0.016 0.007 0.008 181 T 0.126 0.251 0.260 0.135 0.112 0.046 0.016 0.009 0.032 0.010 0.002 182 K 0.174 0.197 0.283 0.138 0.044 0.060 0.044 0.012 0.031 0.010 0.006 183 S 0.119 0.268 0.268 0.110 0.085 0.029 0.053 0.016 0.035 0.015 0.003 184 S 0.152 0.222 0.332 0.146 0.053 0.022 0.035 0.009 0.019 0.008 0.004 185 S 0.036 0.318 0.185 0.164 0.148 0.017 0.088 0.018 0.019 0.006 0.002 186 A 0.013 0.404 0.340 0.021 0.191 0.011 0.005 0.003 0.008 0.002 0.001 187 T 0.009 0.732 0.106 0.036 0.095 0.006 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 188 I 0.001 0.800 0.042 0.001 0.151 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 189 E 0.001 0.889 0.042 0.001 0.055 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 190 L 0.001 0.838 0.117 0.001 0.018 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 191 Y 0.004 0.819 0.086 0.002 0.018 0.056 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 192 F 0.007 0.444 0.361 0.006 0.091 0.027 0.002 0.001 0.059 0.003 0.001 193 E 0.294 0.195 0.265 0.109 0.026 0.042 0.019 0.002 0.027 0.008 0.015 194 N 0.020 0.021 0.032 0.444 0.038 0.007 0.385 0.036 0.009 0.007 0.001 195 G 0.003 0.003 0.011 0.003 0.030 0.001 0.136 0.702 0.001 0.110 0.001 196 L 0.037 0.321 0.524 0.041 0.023 0.033 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 197 L 0.028 0.469 0.387 0.023 0.013 0.066 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 198 K 0.076 0.541 0.218 0.048 0.066 0.030 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 199 N 0.071 0.301 0.226 0.045 0.184 0.094 0.028 0.012 0.026 0.009 0.004 200 K 0.087 0.487 0.166 0.038 0.160 0.025 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 201 T 0.130 0.417 0.241 0.073 0.050 0.041 0.009 0.001 0.034 0.002 0.002 202 Q 0.179 0.353 0.188 0.101 0.072 0.036 0.027 0.004 0.035 0.004 0.002 203 K 0.287 0.218 0.184 0.178 0.069 0.013 0.026 0.004 0.014 0.006 0.002 204 D 0.075 0.082 0.150 0.172 0.058 0.093 0.271 0.051 0.033 0.013 0.002 205 L 0.125 0.212 0.508 0.056 0.027 0.029 0.017 0.002 0.020 0.002 0.001 206 E 0.243 0.190 0.382 0.068 0.021 0.040 0.024 0.005 0.015 0.008 0.004