# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.169 0.038 0.010 0.100 0.012 0.027 0.426 0.091 0.057 0.023 2 S 0.057 0.098 0.034 0.010 0.094 0.012 0.020 0.511 0.104 0.038 0.023 3 M 0.017 0.026 0.008 0.003 0.031 0.006 0.021 0.670 0.186 0.024 0.007 4 K 0.018 0.018 0.009 0.005 0.024 0.009 0.051 0.688 0.125 0.045 0.009 5 K 0.024 0.048 0.021 0.007 0.037 0.010 0.050 0.626 0.101 0.061 0.015 6 T 0.050 0.041 0.020 0.009 0.043 0.009 0.022 0.566 0.120 0.086 0.034 7 K 0.009 0.054 0.017 0.007 0.025 0.009 0.018 0.725 0.118 0.012 0.005 8 N 0.007 0.005 0.003 0.002 0.006 0.003 0.014 0.867 0.070 0.018 0.005 9 W 0.006 0.011 0.002 0.001 0.014 0.001 0.004 0.898 0.052 0.008 0.003 10 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.963 0.019 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.014 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.981 0.011 0.001 0.001 22 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.931 0.028 0.002 0.001 23 L 0.011 0.009 0.003 0.004 0.011 0.002 0.060 0.817 0.064 0.013 0.004 24 G 0.028 0.047 0.022 0.011 0.047 0.007 0.054 0.584 0.131 0.046 0.023 25 C 0.036 0.110 0.034 0.008 0.092 0.009 0.051 0.432 0.153 0.050 0.025 26 Q 0.053 0.102 0.056 0.016 0.090 0.019 0.090 0.296 0.127 0.105 0.048 27 S 0.060 0.196 0.151 0.027 0.119 0.019 0.047 0.182 0.075 0.077 0.048 28 K 0.032 0.135 0.082 0.033 0.061 0.030 0.072 0.346 0.107 0.078 0.025 29 E 0.029 0.099 0.053 0.038 0.056 0.034 0.052 0.294 0.124 0.182 0.038 30 D 0.066 0.174 0.136 0.035 0.147 0.013 0.023 0.205 0.077 0.082 0.042 31 K 0.055 0.051 0.040 0.016 0.063 0.023 0.056 0.439 0.139 0.074 0.043 32 K 0.040 0.240 0.111 0.059 0.076 0.065 0.081 0.158 0.063 0.077 0.029 33 G 0.039 0.227 0.129 0.160 0.071 0.052 0.047 0.055 0.041 0.121 0.059 34 G 0.069 0.127 0.164 0.116 0.085 0.017 0.019 0.051 0.045 0.223 0.084 35 T 0.070 0.297 0.208 0.026 0.150 0.013 0.028 0.057 0.045 0.059 0.047 36 K 0.034 0.405 0.347 0.015 0.114 0.006 0.008 0.027 0.012 0.010 0.021 37 P 0.043 0.208 0.099 0.023 0.064 0.025 0.051 0.260 0.138 0.064 0.026 38 S 0.023 0.179 0.084 0.015 0.061 0.025 0.062 0.349 0.117 0.068 0.017 39 N 0.030 0.080 0.042 0.012 0.037 0.016 0.021 0.410 0.129 0.189 0.035 40 E 0.024 0.071 0.023 0.006 0.045 0.008 0.019 0.537 0.145 0.102 0.020 41 A 0.027 0.058 0.015 0.004 0.043 0.007 0.013 0.650 0.135 0.037 0.011 42 A 0.018 0.024 0.008 0.004 0.023 0.011 0.022 0.663 0.171 0.047 0.009 43 L 0.018 0.020 0.008 0.004 0.023 0.010 0.038 0.647 0.149 0.071 0.011 44 T 0.022 0.067 0.031 0.007 0.059 0.014 0.057 0.533 0.103 0.094 0.014 45 K 0.057 0.065 0.037 0.011 0.057 0.015 0.049 0.349 0.110 0.207 0.042 46 T 0.052 0.211 0.091 0.018 0.126 0.015 0.031 0.298 0.096 0.040 0.021 47 E 0.017 0.064 0.035 0.017 0.027 0.042 0.118 0.440 0.158 0.068 0.015 48 N 0.113 0.041 0.021 0.009 0.090 0.010 0.027 0.216 0.114 0.279 0.080 49 L 0.034 0.176 0.027 0.010 0.111 0.023 0.044 0.350 0.161 0.047 0.017 50 D 0.119 0.051 0.020 0.011 0.113 0.019 0.064 0.321 0.100 0.127 0.054 51 F 0.127 0.195 0.022 0.008 0.295 0.012 0.019 0.164 0.065 0.057 0.035 52 R 0.175 0.132 0.028 0.008 0.361 0.011 0.024 0.155 0.036 0.027 0.042 53 L 0.152 0.110 0.036 0.012 0.221 0.016 0.042 0.247 0.062 0.054 0.050 54 S 0.146 0.199 0.050 0.012 0.286 0.012 0.035 0.131 0.036 0.043 0.048 55 F 0.133 0.063 0.017 0.011 0.131 0.018 0.023 0.281 0.198 0.082 0.044 56 N 0.033 0.083 0.036 0.028 0.072 0.059 0.105 0.349 0.164 0.053 0.019 57 K 0.147 0.046 0.016 0.011 0.178 0.015 0.053 0.179 0.087 0.212 0.056 58 I 0.174 0.238 0.025 0.007 0.388 0.008 0.023 0.061 0.022 0.025 0.027 59 K 0.187 0.158 0.080 0.011 0.323 0.015 0.020 0.053 0.022 0.025 0.104 60 V 0.130 0.278 0.066 0.016 0.251 0.016 0.030 0.092 0.043 0.033 0.044 61 T 0.122 0.124 0.060 0.034 0.175 0.033 0.046 0.129 0.078 0.129 0.070 62 T 0.070 0.213 0.081 0.019 0.202 0.028 0.062 0.156 0.083 0.055 0.032 63 D 0.189 0.112 0.060 0.014 0.227 0.014 0.028 0.107 0.064 0.104 0.081 64 Q 0.066 0.100 0.037 0.024 0.109 0.036 0.041 0.222 0.237 0.093 0.035 65 N 0.047 0.121 0.060 0.047 0.081 0.060 0.090 0.192 0.144 0.121 0.037 66 H 0.124 0.092 0.050 0.023 0.169 0.014 0.028 0.083 0.059 0.266 0.091 67 F 0.187 0.188 0.071 0.027 0.270 0.019 0.028 0.051 0.033 0.064 0.061 68 S 0.047 0.226 0.196 0.105 0.121 0.067 0.055 0.071 0.046 0.034 0.031 69 G 0.039 0.100 0.068 0.110 0.074 0.080 0.156 0.158 0.074 0.100 0.039 70 G 0.078 0.090 0.073 0.035 0.082 0.017 0.023 0.077 0.044 0.371 0.111 71 T 0.024 0.471 0.261 0.009 0.122 0.012 0.011 0.024 0.011 0.027 0.027 72 S 0.108 0.497 0.112 0.002 0.222 0.001 0.001 0.029 0.005 0.009 0.016 73 I 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.604 0.368 0.009 0.002 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.075 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.030 0.010 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.875 0.101 0.019 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.868 0.121 0.002 0.001 78 Q 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.029 0.807 0.107 0.041 0.001 79 W 0.018 0.010 0.011 0.004 0.011 0.010 0.153 0.637 0.066 0.073 0.005 80 F 0.028 0.586 0.115 0.018 0.087 0.011 0.036 0.041 0.027 0.032 0.018 81 G 0.027 0.029 0.044 0.087 0.018 0.039 0.049 0.071 0.074 0.412 0.149 82 D 0.082 0.247 0.358 0.021 0.176 0.006 0.007 0.023 0.021 0.032 0.029 83 P 0.060 0.179 0.039 0.011 0.132 0.040 0.141 0.168 0.167 0.037 0.025 84 N 0.098 0.117 0.066 0.028 0.132 0.046 0.074 0.094 0.093 0.175 0.076 85 K 0.117 0.218 0.044 0.014 0.292 0.015 0.020 0.091 0.067 0.083 0.042 86 S 0.205 0.123 0.053 0.014 0.263 0.018 0.022 0.113 0.066 0.068 0.053 87 E 0.110 0.185 0.067 0.013 0.266 0.019 0.032 0.159 0.063 0.043 0.042 88 Q 0.146 0.105 0.033 0.016 0.235 0.021 0.042 0.183 0.058 0.095 0.065 89 R 0.094 0.165 0.149 0.041 0.146 0.028 0.043 0.167 0.056 0.062 0.049 90 N 0.065 0.078 0.104 0.107 0.086 0.068 0.057 0.247 0.075 0.064 0.047 91 A 0.030 0.315 0.161 0.113 0.056 0.074 0.080 0.069 0.044 0.039 0.018 92 G 0.018 0.044 0.077 0.238 0.018 0.080 0.048 0.030 0.030 0.294 0.121 93 N 0.154 0.186 0.095 0.031 0.203 0.014 0.016 0.026 0.025 0.153 0.098 94 I 0.172 0.272 0.016 0.003 0.459 0.007 0.010 0.012 0.010 0.013 0.027 95 T 0.172 0.211 0.043 0.004 0.514 0.006 0.005 0.006 0.004 0.004 0.031 96 L 0.331 0.100 0.016 0.008 0.451 0.008 0.008 0.018 0.013 0.013 0.033 97 D 0.219 0.103 0.048 0.028 0.295 0.056 0.066 0.045 0.037 0.045 0.058 98 S 0.212 0.160 0.058 0.012 0.358 0.016 0.018 0.023 0.020 0.042 0.081 99 Y 0.171 0.231 0.038 0.015 0.337 0.013 0.018 0.040 0.040 0.046 0.052 100 T 0.132 0.197 0.083 0.017 0.290 0.018 0.038 0.046 0.051 0.059 0.068 101 W 0.124 0.291 0.179 0.022 0.253 0.008 0.014 0.026 0.020 0.027 0.038 102 V 0.112 0.217 0.214 0.075 0.146 0.029 0.042 0.070 0.041 0.027 0.028 103 K 0.024 0.084 0.082 0.134 0.041 0.161 0.187 0.128 0.095 0.048 0.017 104 D 0.016 0.073 0.114 0.322 0.024 0.092 0.148 0.059 0.039 0.087 0.028 105 G 0.043 0.037 0.059 0.076 0.026 0.027 0.018 0.020 0.031 0.527 0.137 106 A 0.101 0.345 0.026 0.004 0.447 0.008 0.013 0.008 0.007 0.017 0.023 107 V 0.385 0.057 0.004 0.001 0.522 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.019 108 I 0.192 0.118 0.012 0.004 0.631 0.012 0.010 0.003 0.002 0.002 0.014 109 N 0.327 0.041 0.007 0.001 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 110 A 0.243 0.131 0.008 0.001 0.581 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.026 111 Q 0.238 0.119 0.025 0.001 0.532 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.078 112 L 0.246 0.186 0.035 0.023 0.259 0.027 0.023 0.022 0.017 0.059 0.105 113 Y 0.036 0.146 0.368 0.236 0.070 0.041 0.022 0.022 0.019 0.018 0.021 114 K 0.022 0.051 0.036 0.056 0.028 0.107 0.199 0.267 0.144 0.074 0.015 115 N 0.035 0.174 0.100 0.076 0.065 0.045 0.051 0.100 0.088 0.218 0.047 116 S 0.063 0.103 0.041 0.032 0.106 0.022 0.021 0.136 0.157 0.230 0.089 117 T 0.087 0.209 0.051 0.012 0.184 0.016 0.036 0.216 0.086 0.069 0.035 118 V 0.135 0.132 0.038 0.012 0.195 0.017 0.025 0.240 0.089 0.074 0.043 119 A 0.142 0.117 0.036 0.021 0.195 0.028 0.034 0.243 0.101 0.048 0.035 120 R 0.073 0.085 0.039 0.021 0.133 0.036 0.076 0.307 0.123 0.076 0.032 121 S 0.131 0.139 0.043 0.008 0.255 0.010 0.045 0.176 0.059 0.085 0.050 122 I 0.189 0.113 0.025 0.010 0.211 0.014 0.022 0.159 0.098 0.092 0.069 123 S 0.059 0.213 0.076 0.033 0.148 0.051 0.085 0.186 0.085 0.038 0.028 124 N 0.161 0.081 0.036 0.017 0.177 0.018 0.035 0.141 0.073 0.186 0.076 125 F 0.126 0.200 0.031 0.009 0.305 0.013 0.026 0.123 0.076 0.053 0.038 126 S 0.104 0.210 0.070 0.014 0.268 0.020 0.042 0.141 0.047 0.037 0.047 127 F 0.187 0.114 0.037 0.013 0.206 0.014 0.030 0.135 0.068 0.119 0.078 128 S 0.113 0.140 0.056 0.032 0.197 0.043 0.049 0.163 0.092 0.069 0.045 129 R 0.054 0.116 0.068 0.041 0.091 0.055 0.102 0.243 0.127 0.072 0.031 130 E 0.103 0.055 0.026 0.016 0.107 0.018 0.038 0.160 0.153 0.253 0.071 131 A 0.066 0.346 0.043 0.015 0.269 0.018 0.031 0.087 0.056 0.042 0.027 132 K 0.199 0.118 0.043 0.007 0.247 0.010 0.031 0.088 0.037 0.098 0.122 133 I 0.081 0.308 0.107 0.023 0.191 0.018 0.033 0.076 0.036 0.076 0.049 134 G 0.047 0.433 0.254 0.032 0.134 0.008 0.007 0.037 0.014 0.016 0.017 135 K 0.025 0.037 0.010 0.004 0.039 0.009 0.020 0.489 0.318 0.035 0.013 136 E 0.005 0.032 0.029 0.011 0.015 0.027 0.081 0.559 0.168 0.066 0.007 137 D 0.066 0.058 0.016 0.004 0.069 0.005 0.027 0.363 0.093 0.267 0.032 138 Y 0.054 0.038 0.009 0.003 0.060 0.006 0.006 0.463 0.299 0.044 0.018 139 D 0.007 0.018 0.008 0.010 0.012 0.032 0.056 0.663 0.172 0.016 0.004 140 E 0.063 0.020 0.007 0.004 0.092 0.009 0.048 0.361 0.103 0.270 0.023 141 L 0.166 0.166 0.023 0.005 0.334 0.006 0.051 0.157 0.028 0.042 0.021 142 K 0.158 0.151 0.127 0.019 0.249 0.025 0.025 0.100 0.029 0.020 0.097 143 I 0.037 0.451 0.096 0.043 0.104 0.045 0.074 0.078 0.034 0.021 0.017 144 G 0.044 0.019 0.022 0.037 0.030 0.023 0.021 0.053 0.033 0.526 0.192 145 E 0.037 0.439 0.159 0.011 0.157 0.014 0.026 0.067 0.023 0.038 0.028 146 S 0.125 0.399 0.106 0.003 0.249 0.003 0.003 0.048 0.011 0.015 0.039 147 Y 0.009 0.016 0.004 0.002 0.015 0.003 0.003 0.543 0.385 0.015 0.005 148 K 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.004 0.010 0.878 0.088 0.007 0.001 149 K 0.005 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.907 0.045 0.017 0.002 150 V 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.938 0.039 0.006 0.001 151 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.866 0.107 0.004 0.001 152 E 0.006 0.004 0.003 0.001 0.007 0.002 0.040 0.837 0.079 0.020 0.002 153 K 0.017 0.018 0.013 0.008 0.019 0.015 0.138 0.643 0.057 0.064 0.008 154 L 0.018 0.555 0.143 0.031 0.058 0.019 0.049 0.050 0.028 0.031 0.017 155 G 0.024 0.037 0.062 0.179 0.017 0.032 0.028 0.051 0.053 0.369 0.147 156 E 0.027 0.296 0.476 0.035 0.075 0.006 0.010 0.020 0.017 0.024 0.015 157 P 0.089 0.311 0.066 0.010 0.194 0.020 0.053 0.098 0.086 0.034 0.040 158 D 0.092 0.271 0.060 0.011 0.249 0.025 0.057 0.092 0.056 0.043 0.042 159 V 0.188 0.191 0.032 0.007 0.334 0.009 0.016 0.087 0.041 0.052 0.045 160 L 0.162 0.132 0.041 0.014 0.240 0.025 0.029 0.162 0.086 0.061 0.047 161 S 0.133 0.135 0.045 0.016 0.251 0.023 0.037 0.202 0.084 0.039 0.037 162 Q 0.113 0.087 0.029 0.013 0.147 0.025 0.062 0.199 0.122 0.149 0.054 163 S 0.084 0.255 0.100 0.014 0.256 0.013 0.032 0.093 0.053 0.053 0.047 164 M 0.117 0.162 0.077 0.022 0.150 0.020 0.048 0.152 0.090 0.097 0.065 165 S 0.069 0.153 0.137 0.052 0.105 0.038 0.066 0.133 0.100 0.100 0.048 166 S 0.020 0.216 0.173 0.117 0.053 0.067 0.138 0.104 0.059 0.040 0.014 167 D 0.076 0.052 0.059 0.051 0.058 0.028 0.037 0.085 0.087 0.346 0.123 168 K 0.075 0.231 0.036 0.011 0.239 0.015 0.025 0.104 0.128 0.099 0.037 169 E 0.181 0.145 0.027 0.011 0.348 0.021 0.037 0.081 0.041 0.061 0.048 170 E 0.295 0.101 0.017 0.008 0.429 0.011 0.013 0.035 0.017 0.030 0.045 171 M 0.285 0.091 0.017 0.012 0.470 0.021 0.017 0.033 0.014 0.014 0.026 172 Q 0.287 0.079 0.022 0.010 0.460 0.016 0.019 0.035 0.016 0.016 0.040 173 T 0.254 0.111 0.020 0.004 0.507 0.005 0.010 0.023 0.008 0.012 0.047 174 V 0.175 0.172 0.021 0.002 0.551 0.003 0.007 0.018 0.005 0.007 0.040 175 W 0.289 0.163 0.076 0.006 0.271 0.009 0.018 0.040 0.015 0.016 0.097 176 S 0.071 0.102 0.090 0.104 0.099 0.140 0.075 0.156 0.059 0.052 0.052 177 S 0.015 0.241 0.156 0.196 0.036 0.101 0.112 0.058 0.040 0.034 0.012 178 G 0.025 0.019 0.029 0.076 0.017 0.021 0.009 0.028 0.042 0.581 0.153 179 I 0.108 0.237 0.091 0.020 0.234 0.018 0.037 0.068 0.066 0.083 0.039 180 K 0.163 0.138 0.066 0.046 0.196 0.042 0.040 0.059 0.056 0.101 0.092 181 T 0.057 0.202 0.197 0.152 0.130 0.050 0.052 0.046 0.039 0.048 0.027 182 K 0.079 0.071 0.077 0.097 0.094 0.065 0.106 0.137 0.100 0.130 0.044 183 S 0.092 0.104 0.152 0.084 0.115 0.032 0.024 0.067 0.100 0.168 0.061 184 S 0.065 0.140 0.077 0.047 0.126 0.042 0.109 0.121 0.144 0.098 0.033 185 S 0.205 0.044 0.032 0.026 0.114 0.023 0.028 0.031 0.050 0.302 0.143 186 A 0.107 0.321 0.026 0.015 0.416 0.025 0.030 0.011 0.009 0.020 0.021 187 T 0.372 0.041 0.005 0.003 0.527 0.006 0.006 0.003 0.002 0.010 0.025 188 I 0.227 0.058 0.002 0.001 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 189 E 0.187 0.047 0.004 0.001 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 190 L 0.306 0.082 0.006 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 191 Y 0.281 0.099 0.015 0.002 0.512 0.005 0.006 0.004 0.002 0.008 0.066 192 F 0.386 0.129 0.077 0.015 0.243 0.016 0.011 0.008 0.007 0.014 0.093 193 E 0.015 0.029 0.032 0.325 0.022 0.363 0.073 0.052 0.028 0.046 0.015 194 N 0.004 0.066 0.077 0.577 0.011 0.111 0.101 0.026 0.011 0.012 0.004 195 G 0.012 0.008 0.013 0.053 0.005 0.021 0.006 0.015 0.022 0.735 0.109 196 L 0.074 0.411 0.082 0.006 0.339 0.008 0.015 0.018 0.011 0.015 0.021 197 L 0.480 0.065 0.014 0.006 0.296 0.009 0.009 0.023 0.015 0.024 0.061 198 K 0.104 0.226 0.100 0.038 0.272 0.062 0.077 0.039 0.023 0.022 0.036 199 N 0.284 0.101 0.041 0.014 0.352 0.016 0.016 0.033 0.018 0.047 0.080 200 K 0.139 0.208 0.040 0.016 0.303 0.022 0.029 0.068 0.047 0.072 0.056 201 T 0.132 0.214 0.105 0.012 0.349 0.012 0.017 0.043 0.022 0.027 0.066 202 Q 0.195 0.101 0.033 0.024 0.169 0.025 0.029 0.140 0.112 0.098 0.074 203 K 0.031 0.152 0.122 0.084 0.080 0.106 0.146 0.105 0.078 0.071 0.026 204 D 0.140 0.071 0.046 0.036 0.118 0.019 0.021 0.070 0.058 0.301 0.122 205 L 0.073 0.195 0.058 0.023 0.182 0.020 0.031 0.147 0.135 0.100 0.037 206 E 0.090 0.158 0.079 0.034 0.151 0.039 0.042 0.178 0.101 0.082 0.048