# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.810 0.116 0.059 0.011 0.003 0.001 0.001 2 S 0.576 0.217 0.135 0.054 0.016 0.003 0.001 3 M 0.577 0.247 0.118 0.045 0.011 0.002 0.001 4 K 0.622 0.233 0.096 0.035 0.011 0.002 0.001 5 K 0.536 0.219 0.131 0.086 0.023 0.005 0.001 6 T 0.634 0.197 0.111 0.040 0.014 0.003 0.001 7 K 0.470 0.235 0.162 0.097 0.029 0.007 0.001 8 N 0.501 0.250 0.168 0.054 0.019 0.007 0.001 9 W 0.107 0.159 0.196 0.239 0.191 0.095 0.014 10 L 0.074 0.097 0.129 0.198 0.242 0.210 0.052 11 L 0.067 0.110 0.135 0.195 0.218 0.198 0.077 12 V 0.054 0.077 0.107 0.169 0.198 0.226 0.169 13 F 0.025 0.035 0.046 0.086 0.170 0.311 0.328 14 L 0.018 0.029 0.035 0.075 0.142 0.283 0.417 15 T 0.014 0.021 0.027 0.058 0.112 0.248 0.521 16 V 0.005 0.007 0.009 0.020 0.058 0.262 0.640 17 T 0.006 0.011 0.016 0.045 0.094 0.220 0.608 18 F 0.002 0.003 0.005 0.011 0.037 0.192 0.750 19 C 0.002 0.004 0.007 0.020 0.057 0.195 0.716 20 F 0.001 0.003 0.005 0.016 0.051 0.201 0.723 21 L 0.001 0.003 0.006 0.018 0.060 0.243 0.670 22 M 0.001 0.003 0.008 0.022 0.078 0.283 0.604 23 L 0.002 0.004 0.007 0.023 0.082 0.325 0.556 24 G 0.003 0.006 0.016 0.033 0.104 0.387 0.451 25 C 0.005 0.011 0.024 0.076 0.169 0.463 0.253 26 Q 0.020 0.082 0.215 0.272 0.235 0.152 0.024 27 S 0.030 0.068 0.145 0.251 0.310 0.182 0.014 28 K 0.186 0.340 0.242 0.167 0.052 0.012 0.001 29 E 0.590 0.310 0.068 0.025 0.005 0.001 0.001 30 D 0.390 0.240 0.213 0.119 0.035 0.004 0.001 31 K 0.660 0.221 0.091 0.024 0.003 0.001 0.001 32 K 0.656 0.263 0.065 0.014 0.002 0.001 0.001 33 G 0.466 0.289 0.156 0.070 0.018 0.002 0.001 34 G 0.493 0.333 0.116 0.047 0.009 0.001 0.001 35 T 0.416 0.303 0.161 0.092 0.026 0.002 0.001 36 K 0.541 0.259 0.134 0.052 0.012 0.001 0.001 37 P 0.465 0.255 0.170 0.084 0.023 0.002 0.001 38 S 0.644 0.219 0.099 0.032 0.006 0.001 0.001 39 N 0.726 0.177 0.077 0.016 0.004 0.001 0.001 40 E 0.642 0.242 0.083 0.027 0.005 0.001 0.001 41 A 0.580 0.262 0.106 0.039 0.011 0.002 0.001 42 A 0.351 0.269 0.186 0.130 0.055 0.010 0.001 43 L 0.330 0.294 0.199 0.127 0.043 0.007 0.001 44 T 0.444 0.304 0.155 0.071 0.022 0.003 0.001 45 K 0.383 0.310 0.176 0.094 0.033 0.005 0.001 46 T 0.271 0.258 0.213 0.190 0.060 0.008 0.001 47 E 0.681 0.242 0.062 0.013 0.002 0.001 0.001 48 N 0.587 0.311 0.070 0.026 0.005 0.001 0.001 49 L 0.399 0.353 0.130 0.091 0.025 0.003 0.001 50 D 0.416 0.369 0.141 0.060 0.012 0.002 0.001 51 F 0.051 0.119 0.212 0.331 0.246 0.041 0.001 52 R 0.073 0.307 0.302 0.228 0.073 0.016 0.001 53 L 0.037 0.134 0.205 0.309 0.245 0.067 0.003 54 S 0.073 0.230 0.306 0.229 0.120 0.039 0.004 55 F 0.008 0.027 0.088 0.267 0.359 0.229 0.022 56 N 0.078 0.238 0.350 0.181 0.106 0.043 0.005 57 K 0.028 0.157 0.271 0.320 0.154 0.057 0.013 58 I 0.004 0.010 0.015 0.047 0.212 0.587 0.125 59 K 0.019 0.098 0.189 0.354 0.210 0.105 0.026 60 V 0.018 0.039 0.049 0.130 0.283 0.393 0.087 61 T 0.050 0.156 0.245 0.301 0.168 0.069 0.011 62 T 0.083 0.154 0.203 0.236 0.182 0.124 0.018 63 D 0.144 0.283 0.243 0.175 0.104 0.045 0.006 64 Q 0.134 0.190 0.218 0.257 0.148 0.048 0.006 65 N 0.504 0.343 0.094 0.044 0.011 0.003 0.001 66 H 0.261 0.299 0.210 0.148 0.066 0.016 0.001 67 F 0.099 0.078 0.137 0.264 0.292 0.122 0.009 68 S 0.232 0.328 0.228 0.146 0.049 0.015 0.002 69 G 0.227 0.271 0.199 0.160 0.103 0.035 0.004 70 G 0.137 0.188 0.200 0.232 0.158 0.079 0.006 71 T 0.114 0.173 0.263 0.216 0.139 0.088 0.007 72 S 0.107 0.228 0.213 0.198 0.170 0.076 0.007 73 I 0.066 0.155 0.284 0.274 0.170 0.046 0.005 74 E 0.440 0.425 0.085 0.041 0.007 0.002 0.001 75 Q 0.068 0.218 0.362 0.258 0.082 0.011 0.001 76 L 0.013 0.013 0.037 0.165 0.552 0.214 0.006 77 K 0.066 0.293 0.358 0.228 0.048 0.007 0.001 78 Q 0.410 0.469 0.094 0.021 0.005 0.001 0.001 79 W 0.062 0.151 0.282 0.346 0.132 0.026 0.001 80 F 0.103 0.147 0.239 0.287 0.182 0.041 0.001 81 G 0.405 0.356 0.159 0.065 0.013 0.002 0.001 82 D 0.746 0.179 0.061 0.011 0.003 0.001 0.001 83 P 0.405 0.303 0.174 0.086 0.026 0.005 0.001 84 N 0.624 0.242 0.096 0.030 0.006 0.001 0.001 85 K 0.513 0.303 0.111 0.056 0.015 0.002 0.001 86 S 0.484 0.267 0.141 0.080 0.024 0.004 0.001 87 E 0.425 0.243 0.173 0.118 0.036 0.005 0.001 88 Q 0.631 0.220 0.108 0.031 0.008 0.001 0.001 89 R 0.428 0.235 0.181 0.115 0.035 0.006 0.001 90 N 0.620 0.238 0.104 0.028 0.008 0.002 0.001 91 A 0.368 0.280 0.184 0.112 0.044 0.011 0.001 92 G 0.414 0.300 0.146 0.094 0.036 0.010 0.001 93 N 0.349 0.342 0.181 0.089 0.029 0.009 0.001 94 I 0.062 0.117 0.176 0.289 0.256 0.092 0.007 95 T 0.040 0.120 0.214 0.282 0.216 0.111 0.018 96 L 0.016 0.028 0.070 0.153 0.335 0.322 0.076 97 D 0.059 0.183 0.243 0.244 0.153 0.090 0.028 98 S 0.035 0.095 0.146 0.221 0.254 0.195 0.055 99 Y 0.031 0.048 0.085 0.171 0.272 0.312 0.081 100 T 0.086 0.166 0.224 0.218 0.164 0.115 0.027 101 W 0.069 0.114 0.173 0.273 0.227 0.125 0.019 102 V 0.191 0.249 0.223 0.164 0.105 0.057 0.012 103 K 0.271 0.266 0.197 0.150 0.073 0.034 0.009 104 D 0.351 0.320 0.165 0.094 0.043 0.022 0.006 105 G 0.072 0.152 0.184 0.213 0.200 0.145 0.034 106 A 0.013 0.043 0.092 0.191 0.301 0.283 0.076 107 V 0.007 0.026 0.083 0.150 0.260 0.330 0.144 108 I 0.001 0.003 0.007 0.021 0.096 0.496 0.376 109 N 0.002 0.005 0.018 0.053 0.149 0.338 0.436 110 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.037 0.365 0.587 111 Q 0.003 0.022 0.090 0.245 0.294 0.241 0.104 112 L 0.002 0.006 0.018 0.073 0.313 0.463 0.124 113 Y 0.021 0.112 0.241 0.288 0.214 0.107 0.016 114 K 0.193 0.325 0.238 0.146 0.061 0.032 0.005 115 N 0.175 0.275 0.230 0.186 0.096 0.035 0.004 116 S 0.234 0.269 0.213 0.172 0.076 0.031 0.004 117 T 0.172 0.284 0.230 0.170 0.101 0.040 0.005 118 V 0.052 0.080 0.122 0.216 0.257 0.235 0.038 119 A 0.045 0.104 0.162 0.253 0.246 0.157 0.034 120 R 0.087 0.208 0.240 0.208 0.142 0.089 0.026 121 S 0.032 0.101 0.152 0.241 0.239 0.177 0.059 122 I 0.012 0.022 0.066 0.123 0.263 0.355 0.158 123 S 0.019 0.080 0.125 0.209 0.256 0.226 0.085 124 N 0.025 0.108 0.193 0.271 0.218 0.142 0.043 125 F 0.005 0.012 0.029 0.084 0.304 0.450 0.116 126 S 0.026 0.153 0.258 0.274 0.155 0.108 0.025 127 F 0.019 0.068 0.136 0.264 0.312 0.181 0.018 128 S 0.032 0.069 0.133 0.275 0.323 0.152 0.017 129 R 0.188 0.314 0.265 0.159 0.052 0.021 0.003 130 E 0.327 0.385 0.174 0.074 0.029 0.010 0.001 131 A 0.164 0.248 0.240 0.223 0.096 0.027 0.002 132 K 0.274 0.409 0.194 0.089 0.025 0.008 0.001 133 I 0.030 0.059 0.168 0.337 0.278 0.124 0.004 134 G 0.048 0.144 0.192 0.257 0.249 0.104 0.005 135 K 0.073 0.272 0.301 0.229 0.104 0.019 0.001 136 E 0.321 0.466 0.119 0.074 0.016 0.004 0.001 137 D 0.099 0.249 0.299 0.215 0.115 0.023 0.001 138 Y 0.011 0.021 0.082 0.356 0.407 0.120 0.004 139 D 0.286 0.348 0.296 0.057 0.011 0.002 0.001 140 E 0.208 0.486 0.211 0.072 0.019 0.003 0.001 141 L 0.037 0.053 0.099 0.279 0.370 0.157 0.005 142 K 0.217 0.357 0.248 0.136 0.035 0.008 0.001 143 I 0.249 0.337 0.210 0.143 0.052 0.009 0.001 144 G 0.276 0.315 0.192 0.138 0.066 0.012 0.001 145 E 0.292 0.321 0.206 0.137 0.035 0.009 0.001 146 S 0.434 0.340 0.148 0.051 0.022 0.004 0.001 147 Y 0.076 0.160 0.263 0.354 0.125 0.020 0.001 148 K 0.643 0.255 0.079 0.020 0.003 0.001 0.001 149 K 0.265 0.427 0.229 0.063 0.015 0.002 0.001 150 V 0.020 0.030 0.077 0.273 0.469 0.129 0.003 151 V 0.050 0.230 0.312 0.305 0.088 0.014 0.001 152 E 0.494 0.379 0.096 0.025 0.005 0.001 0.001 153 K 0.158 0.253 0.304 0.186 0.085 0.013 0.001 154 L 0.038 0.057 0.128 0.330 0.324 0.119 0.004 155 G 0.334 0.304 0.256 0.077 0.024 0.006 0.001 156 E 0.445 0.315 0.160 0.059 0.017 0.004 0.001 157 P 0.259 0.247 0.221 0.159 0.088 0.024 0.001 158 D 0.488 0.310 0.122 0.059 0.015 0.005 0.001 159 V 0.373 0.305 0.177 0.092 0.042 0.010 0.001 160 L 0.132 0.130 0.178 0.303 0.191 0.063 0.003 161 S 0.287 0.300 0.214 0.130 0.054 0.015 0.001 162 Q 0.305 0.294 0.196 0.131 0.056 0.016 0.001 163 S 0.338 0.249 0.188 0.143 0.064 0.016 0.001 164 M 0.363 0.301 0.180 0.112 0.035 0.009 0.001 165 S 0.434 0.219 0.185 0.114 0.041 0.007 0.001 166 S 0.647 0.214 0.101 0.031 0.006 0.001 0.001 167 D 0.767 0.174 0.048 0.009 0.002 0.001 0.001 168 K 0.481 0.295 0.127 0.073 0.019 0.004 0.001 169 E 0.524 0.268 0.141 0.048 0.015 0.004 0.001 170 E 0.097 0.189 0.232 0.257 0.166 0.055 0.005 171 M 0.031 0.059 0.117 0.218 0.320 0.225 0.031 172 Q 0.030 0.083 0.145 0.218 0.266 0.202 0.055 173 T 0.037 0.087 0.130 0.175 0.212 0.259 0.101 174 V 0.023 0.060 0.117 0.216 0.259 0.237 0.087 175 W 0.019 0.034 0.058 0.128 0.284 0.345 0.132 176 S 0.059 0.126 0.188 0.240 0.209 0.137 0.042 177 S 0.187 0.273 0.213 0.161 0.094 0.059 0.013 178 G 0.196 0.238 0.228 0.187 0.101 0.044 0.007 179 I 0.145 0.140 0.144 0.233 0.223 0.103 0.012 180 K 0.387 0.331 0.174 0.074 0.025 0.008 0.001 181 T 0.432 0.250 0.155 0.106 0.045 0.011 0.001 182 K 0.530 0.299 0.099 0.051 0.016 0.004 0.001 183 S 0.345 0.321 0.148 0.111 0.056 0.017 0.002 184 S 0.238 0.306 0.216 0.142 0.071 0.023 0.004 185 S 0.107 0.300 0.197 0.242 0.113 0.037 0.004 186 A 0.008 0.044 0.105 0.276 0.421 0.135 0.010 187 T 0.006 0.026 0.099 0.188 0.269 0.320 0.093 188 I 0.001 0.001 0.004 0.013 0.091 0.673 0.217 189 E 0.003 0.036 0.176 0.440 0.238 0.071 0.036 190 L 0.001 0.004 0.008 0.014 0.070 0.597 0.306 191 Y 0.004 0.024 0.105 0.307 0.344 0.187 0.029 192 F 0.004 0.010 0.037 0.166 0.450 0.297 0.037 193 E 0.133 0.327 0.354 0.124 0.052 0.009 0.001 194 N 0.469 0.337 0.146 0.039 0.007 0.002 0.001 195 G 0.506 0.295 0.149 0.036 0.011 0.002 0.001 196 L 0.188 0.391 0.223 0.142 0.047 0.009 0.001 197 L 0.059 0.097 0.150 0.293 0.312 0.087 0.002 198 K 0.205 0.300 0.259 0.167 0.057 0.012 0.001 199 N 0.318 0.370 0.169 0.100 0.036 0.007 0.001 200 K 0.243 0.243 0.223 0.187 0.084 0.019 0.001 201 T 0.242 0.228 0.233 0.179 0.095 0.023 0.001 202 Q 0.352 0.304 0.192 0.120 0.028 0.005 0.001 203 K 0.756 0.165 0.062 0.014 0.003 0.001 0.001 204 D 0.710 0.227 0.049 0.011 0.002 0.001 0.001 205 L 0.377 0.218 0.219 0.135 0.046 0.005 0.001 206 E 0.794 0.168 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001