This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA M A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA T A 7 7 NATAA K A 8 8 NATAA N A 9 9 NATAA W A 10 10 NATAA L A 11 11 NATAA L A 12 12 NATAA V A 13 13 NATAA F A 14 14 NATAA L A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA V A 17 17 NATAA T A 18 18 NATAA F A 19 19 NATRO C A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA L A 22 22 NATAA M A 23 23 NATAA L A 24 24 NATAA G A 25 25 NATRO C A 26 26 NATAA Q A 27 27 NATAA S A 28 28 NATAA K A 29 29 NATAA E A 30 30 NATAA D A 31 31 NATAA K A 32 32 NATAA K A 33 33 NATAA G A 34 34 NATAA G A 35 35 NATAA T A 36 36 NATAA K A 37 37 NATRO P A 38 38 NATAA S A 39 39 NATAA N A 40 40 NATAA E A 41 41 NATAA A A 42 42 NATAA A A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA T A 45 45 NATAA K A 46 46 NATAA T A 47 47 NATAA E A 48 48 NATAA N A 49 49 NATAA L A 50 50 NATAA D A 51 51 NATAA F A 52 52 NATAA R A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA S A 55 55 NATAA F A 56 56 NATAA N A 57 57 NATAA K A 58 58 NATAA I A 59 59 NATAA K A 60 60 NATAA V A 61 61 NATAA T A 62 62 NATAA T A 63 63 NATAA D A 64 64 NATAA Q A 65 65 NATAA N A 66 66 NATAA H A 67 67 NATAA F A 68 68 NATAA S A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA G A 71 71 NATAA T A 72 72 NATAA S A 73 73 NATAA I A 74 74 NATAA E A 75 75 NATAA Q A 76 76 NATAA L A 77 77 NATAA K A 78 78 NATAA Q A 79 79 NATAA W A 80 80 NATAA F A 81 81 NATAA G A 82 82 NATAA D A 83 83 NATRO P A 84 84 NATAA N A 85 85 NATAA K A 86 86 NATAA S A 87 87 NATAA E A 88 88 NATAA Q A 89 89 NATAA R A 90 90 NATAA N A 91 91 NATAA A A 92 92 NATAA G A 93 93 NATAA N A 94 94 NATAA I A 95 95 NATAA T A 96 96 NATAA L A 97 97 NATAA D A 98 98 NATAA S A 99 99 NATAA Y A 100 100 NATAA T A 101 101 NATAA W A 102 102 NATAA V A 103 103 NATAA K A 104 104 NATAA D A 105 105 NATAA G A 106 106 NATAA A A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA N A 110 110 NATAA A A 111 111 NATAA Q A 112 112 NATAA L A 113 113 NATAA Y A 114 114 NATAA K A 115 115 NATAA N A 116 116 NATAA S A 117 117 NATAA T A 118 118 NATAA V A 119 119 NATAA A A 120 120 NATAA R A 121 121 NATAA S A 122 122 NATAA I A 123 123 NATAA S A 124 124 NATAA N A 125 125 NATAA F A 126 126 NATAA S A 127 127 NATAA F A 128 128 NATAA S A 129 129 NATAA R A 130 130 NATAA E A 131 131 NATAA A A 132 132 NATAA K A 133 133 NATAA I A 134 134 NATAA G A 135 135 NATAA K A 136 136 NATAA E A 137 137 NATAA D A 138 138 NATAA Y A 139 139 NATAA D A 140 140 NATAA E A 141 141 NATAA L A 142 142 NATAA K A 143 143 NATAA I A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA E A 146 146 NATAA S A 147 147 NATAA Y A 148 148 NATAA K A 149 149 NATAA K A 150 150 NATAA V A 151 151 NATAA V A 152 152 NATAA E A 153 153 NATAA K A 154 154 NATAA L A 155 155 NATAA G A 156 156 NATAA E A 157 157 NATRO P A 158 158 NATAA D A 159 159 NATAA V A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA S A 162 162 NATAA Q A 163 163 NATAA S A 164 164 NATAA M A 165 165 NATAA S A 166 166 NATAA S A 167 167 NATAA D A 168 168 NATAA K A 169 169 NATAA E A 170 170 NATAA E A 171 171 NATAA M A 172 172 NATAA Q A 173 173 NATAA T A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA W A 176 176 NATAA S A 177 177 NATAA S A 178 178 NATAA G A 179 179 NATAA I A 180 180 NATAA K A 181 181 NATAA T A 182 182 NATAA K A 183 183 NATAA S A 184 184 NATAA S A 185 185 NATAA S A 186 186 NATAA A A 187 187 NATAA T A 188 188 NATAA I A 189 189 NATAA E A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA Y A 192 192 NATAA F A 193 193 NATAA E A 194 194 NATAA N A 195 195 NATAA G A 196 196 NATAA L A 197 197 NATAA L A 198 198 NATAA K A 199 199 NATAA N A 200 200 NATAA K A 201 201 NATAA T A 202 202 NATAA Q A 203 203 NATAA K A 204 204 NATAA D A 205 205 NATAA L A 206 206 NATAA E