# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.029 0.130 0.111 0.115 0.010 0.090 0.082 0.003 0.001 0.004 0.004 0.009 0.005 0.065 0.014 0.096 0.058 0.052 0.092 0.002 2 S 0.029 0.033 0.073 0.109 0.237 0.007 0.070 0.071 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.023 0.024 0.074 0.047 0.077 0.105 0.002 3 M 0.033 0.035 0.067 0.070 0.225 0.008 0.061 0.087 0.004 0.002 0.003 0.003 0.008 0.004 0.050 0.019 0.112 0.066 0.071 0.071 0.002 4 K 0.023 0.021 0.128 0.120 0.091 0.013 0.102 0.111 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.056 0.008 0.119 0.039 0.058 0.090 0.001 5 K 0.015 0.018 0.050 0.061 0.197 0.009 0.196 0.053 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.003 0.022 0.016 0.138 0.068 0.062 0.077 0.001 6 T 0.014 0.015 0.073 0.078 0.084 0.003 0.105 0.041 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.043 0.019 0.091 0.099 0.155 0.166 0.001 7 K 0.009 0.010 0.070 0.071 0.105 0.002 0.057 0.039 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.028 0.021 0.386 0.033 0.044 0.113 0.001 8 N 0.032 0.048 0.068 0.057 0.157 0.006 0.238 0.087 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.007 0.036 0.023 0.081 0.058 0.031 0.051 0.003 9 W 0.072 0.096 0.065 0.061 0.158 0.005 0.081 0.144 0.003 0.001 0.009 0.008 0.021 0.017 0.055 0.021 0.089 0.037 0.031 0.022 0.004 10 L 0.106 0.142 0.085 0.084 0.120 0.003 0.025 0.201 0.003 0.001 0.010 0.010 0.032 0.026 0.061 0.019 0.026 0.013 0.012 0.010 0.009 11 L 0.223 0.214 0.030 0.047 0.115 0.004 0.014 0.175 0.004 0.001 0.012 0.010 0.026 0.030 0.035 0.016 0.016 0.007 0.010 0.005 0.005 12 V 0.157 0.198 0.036 0.097 0.073 0.004 0.016 0.207 0.006 0.002 0.011 0.009 0.041 0.031 0.060 0.011 0.022 0.004 0.005 0.003 0.008 13 F 0.164 0.202 0.020 0.058 0.083 0.005 0.032 0.230 0.009 0.002 0.011 0.008 0.023 0.027 0.036 0.021 0.028 0.016 0.013 0.007 0.004 14 L 0.126 0.120 0.041 0.057 0.052 0.006 0.036 0.300 0.010 0.002 0.006 0.005 0.019 0.022 0.058 0.014 0.074 0.022 0.015 0.013 0.003 15 T 0.080 0.093 0.014 0.031 0.083 0.006 0.039 0.409 0.010 0.001 0.004 0.003 0.013 0.015 0.021 0.018 0.078 0.039 0.020 0.019 0.002 16 V 0.062 0.057 0.018 0.024 0.033 0.004 0.023 0.451 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.031 0.006 0.211 0.023 0.022 0.012 0.001 17 T 0.044 0.047 0.011 0.026 0.030 0.005 0.032 0.592 0.006 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 0.014 0.005 0.147 0.008 0.007 0.008 0.001 18 F 0.074 0.058 0.006 0.013 0.024 0.006 0.031 0.635 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.003 0.100 0.016 0.011 0.003 0.001 19 C 0.039 0.039 0.005 0.012 0.013 0.005 0.016 0.777 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.002 0.054 0.008 0.006 0.003 0.001 20 F 0.071 0.060 0.005 0.010 0.020 0.011 0.020 0.706 0.006 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.007 0.002 0.043 0.011 0.010 0.003 0.001 21 L 0.037 0.053 0.011 0.023 0.024 0.012 0.048 0.623 0.028 0.007 0.003 0.002 0.010 0.009 0.012 0.005 0.069 0.008 0.009 0.005 0.002 22 M 0.030 0.048 0.018 0.046 0.047 0.015 0.128 0.265 0.120 0.038 0.006 0.003 0.012 0.014 0.024 0.013 0.106 0.030 0.022 0.013 0.003 23 L 0.025 0.033 0.031 0.043 0.038 0.010 0.257 0.106 0.055 0.014 0.004 0.003 0.010 0.013 0.032 0.015 0.144 0.048 0.039 0.077 0.003 24 G 0.022 0.029 0.026 0.032 0.096 0.011 0.143 0.065 0.015 0.006 0.003 0.002 0.007 0.007 0.019 0.027 0.076 0.252 0.069 0.091 0.002 25 C 0.010 0.016 0.037 0.036 0.077 0.007 0.060 0.059 0.006 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.037 0.031 0.187 0.131 0.160 0.130 0.002 26 Q 0.012 0.017 0.124 0.072 0.088 0.007 0.068 0.057 0.007 0.002 0.003 0.003 0.007 0.005 0.058 0.018 0.145 0.056 0.077 0.172 0.001 27 S 0.016 0.015 0.029 0.060 0.201 0.004 0.048 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.025 0.097 0.050 0.156 0.225 0.001 28 K 0.006 0.007 0.035 0.074 0.063 0.005 0.034 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.011 0.410 0.053 0.061 0.116 0.001 29 E 0.007 0.009 0.048 0.042 0.079 0.016 0.213 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.010 0.265 0.046 0.046 0.064 0.001 30 D 0.009 0.009 0.040 0.032 0.069 0.012 0.208 0.119 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.007 0.093 0.139 0.140 0.092 0.001 31 K 0.004 0.004 0.065 0.059 0.100 0.006 0.092 0.046 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.013 0.286 0.068 0.082 0.141 0.001 32 K 0.001 0.002 0.038 0.048 0.040 0.003 0.259 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.289 0.043 0.068 0.159 0.001 33 G 0.002 0.002 0.025 0.018 0.066 0.004 0.301 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.016 0.123 0.126 0.074 0.215 0.001 34 G 0.002 0.002 0.062 0.036 0.057 0.003 0.056 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.020 0.064 0.280 0.151 0.233 0.001 35 T 0.003 0.003 0.047 0.014 0.235 0.002 0.042 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.035 0.046 0.096 0.111 0.187 0.163 0.001 36 K 0.001 0.001 0.098 0.056 0.020 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.014 0.024 0.019 0.174 0.519 0.001 37 P 0.001 0.001 0.008 0.025 0.127 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.049 0.170 0.029 0.168 0.398 0.001 38 S 0.001 0.001 0.034 0.062 0.023 0.002 0.055 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 0.029 0.326 0.039 0.103 0.257 0.001 39 N 0.003 0.003 0.034 0.024 0.076 0.005 0.190 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.036 0.119 0.077 0.100 0.244 0.001 40 E 0.006 0.007 0.043 0.038 0.080 0.007 0.163 0.126 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.027 0.015 0.334 0.035 0.034 0.068 0.001 41 A 0.018 0.019 0.056 0.042 0.069 0.014 0.282 0.258 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.004 0.022 0.009 0.085 0.041 0.028 0.035 0.001 42 A 0.053 0.066 0.071 0.070 0.127 0.012 0.140 0.237 0.003 0.002 0.006 0.005 0.013 0.004 0.024 0.008 0.069 0.028 0.035 0.025 0.002 43 L 0.049 0.056 0.073 0.091 0.154 0.012 0.110 0.180 0.009 0.003 0.007 0.006 0.016 0.005 0.028 0.012 0.071 0.034 0.037 0.044 0.003 44 T 0.035 0.038 0.073 0.093 0.105 0.012 0.127 0.124 0.007 0.003 0.005 0.004 0.009 0.005 0.027 0.013 0.128 0.033 0.065 0.092 0.002 45 K 0.021 0.027 0.041 0.075 0.170 0.008 0.112 0.082 0.004 0.003 0.003 0.003 0.008 0.003 0.021 0.021 0.137 0.067 0.075 0.117 0.004 46 T 0.019 0.019 0.053 0.059 0.099 0.008 0.087 0.070 0.005 0.003 0.003 0.002 0.004 0.003 0.027 0.017 0.152 0.082 0.150 0.135 0.001 47 E 0.007 0.007 0.071 0.082 0.079 0.007 0.117 0.042 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.030 0.017 0.297 0.043 0.064 0.121 0.001 48 N 0.014 0.019 0.040 0.036 0.144 0.008 0.293 0.034 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.022 0.024 0.055 0.119 0.082 0.090 0.002 49 L 0.014 0.015 0.099 0.101 0.087 0.003 0.044 0.036 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.057 0.040 0.160 0.054 0.108 0.157 0.004 50 D 0.041 0.051 0.080 0.062 0.252 0.006 0.087 0.047 0.004 0.001 0.008 0.008 0.018 0.016 0.059 0.041 0.080 0.038 0.037 0.061 0.006 51 F 0.079 0.087 0.122 0.115 0.133 0.008 0.071 0.044 0.003 0.001 0.012 0.011 0.026 0.025 0.077 0.036 0.048 0.023 0.042 0.031 0.007 52 R 0.080 0.111 0.065 0.093 0.257 0.005 0.045 0.040 0.003 0.001 0.013 0.014 0.033 0.028 0.067 0.033 0.024 0.030 0.027 0.017 0.012 53 L 0.118 0.115 0.155 0.111 0.127 0.005 0.028 0.026 0.005 0.001 0.017 0.018 0.032 0.030 0.077 0.026 0.020 0.015 0.027 0.036 0.010 54 S 0.078 0.106 0.060 0.102 0.326 0.003 0.027 0.021 0.003 0.001 0.007 0.010 0.023 0.019 0.044 0.044 0.020 0.018 0.031 0.046 0.012 55 F 0.073 0.115 0.062 0.107 0.194 0.003 0.033 0.023 0.004 0.002 0.012 0.012 0.025 0.018 0.105 0.034 0.075 0.024 0.032 0.036 0.010 56 N 0.062 0.070 0.179 0.162 0.100 0.005 0.084 0.027 0.003 0.003 0.007 0.007 0.015 0.013 0.098 0.024 0.039 0.016 0.027 0.054 0.005 57 K 0.061 0.101 0.041 0.063 0.315 0.005 0.140 0.017 0.002 0.002 0.009 0.009 0.015 0.015 0.039 0.037 0.035 0.042 0.024 0.022 0.007 58 I 0.081 0.088 0.147 0.120 0.125 0.004 0.050 0.020 0.002 0.002 0.010 0.010 0.023 0.019 0.107 0.036 0.023 0.043 0.040 0.038 0.013 59 K 0.096 0.109 0.112 0.124 0.266 0.003 0.018 0.013 0.002 0.001 0.009 0.009 0.021 0.015 0.050 0.040 0.019 0.019 0.031 0.030 0.012 60 V 0.097 0.116 0.070 0.090 0.306 0.003 0.017 0.010 0.002 0.001 0.011 0.011 0.028 0.022 0.065 0.043 0.018 0.019 0.028 0.028 0.014 61 T 0.062 0.066 0.099 0.168 0.156 0.003 0.019 0.012 0.003 0.001 0.011 0.011 0.024 0.025 0.112 0.034 0.029 0.026 0.064 0.067 0.008 62 T 0.034 0.037 0.069 0.115 0.231 0.002 0.022 0.011 0.002 0.001 0.005 0.007 0.014 0.013 0.056 0.066 0.084 0.030 0.063 0.132 0.006 63 D 0.038 0.039 0.060 0.074 0.181 0.004 0.066 0.021 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.010 0.076 0.037 0.093 0.062 0.085 0.131 0.003 64 Q 0.017 0.017 0.071 0.083 0.109 0.006 0.089 0.023 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.006 0.058 0.022 0.284 0.043 0.055 0.097 0.002 65 N 0.020 0.024 0.073 0.043 0.126 0.011 0.297 0.032 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.035 0.017 0.113 0.068 0.052 0.066 0.001 66 H 0.022 0.021 0.090 0.063 0.131 0.007 0.157 0.025 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.004 0.040 0.016 0.114 0.096 0.092 0.101 0.002 67 F 0.018 0.018 0.097 0.077 0.162 0.004 0.068 0.014 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.004 0.031 0.019 0.135 0.052 0.102 0.180 0.002 68 S 0.010 0.011 0.058 0.065 0.102 0.003 0.099 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.029 0.018 0.240 0.035 0.091 0.212 0.002 69 G 0.015 0.018 0.057 0.050 0.145 0.005 0.180 0.014 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.004 0.029 0.022 0.142 0.094 0.072 0.133 0.002