# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.040 0.157 0.543 0.004 0.029 0.009 0.011 0.005 0.002 0.032 0.031 0.047 0.001 0.011 0.009 2 S 0.013 0.063 0.171 0.230 0.018 0.346 0.011 0.007 0.007 0.005 0.011 0.038 0.059 0.004 0.002 0.017 3 M 0.029 0.042 0.046 0.292 0.031 0.099 0.012 0.020 0.004 0.002 0.321 0.018 0.066 0.006 0.005 0.006 4 K 0.009 0.167 0.065 0.221 0.008 0.089 0.005 0.030 0.013 0.004 0.036 0.263 0.063 0.003 0.012 0.010 5 K 0.031 0.067 0.093 0.228 0.016 0.100 0.024 0.012 0.025 0.009 0.081 0.051 0.185 0.004 0.006 0.070 6 T 0.041 0.039 0.159 0.098 0.037 0.205 0.047 0.016 0.007 0.004 0.084 0.059 0.169 0.013 0.007 0.014 7 K 0.018 0.134 0.092 0.104 0.005 0.114 0.010 0.060 0.008 0.004 0.164 0.094 0.145 0.004 0.030 0.011 8 N 0.024 0.235 0.077 0.199 0.001 0.060 0.004 0.005 0.047 0.008 0.035 0.123 0.104 0.001 0.007 0.070 9 W 0.098 0.053 0.298 0.312 0.001 0.025 0.003 0.001 0.004 0.001 0.021 0.027 0.123 0.001 0.002 0.030 10 L 0.014 0.042 0.610 0.252 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.040 0.001 0.001 0.004 11 L 0.003 0.011 0.157 0.752 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.015 0.044 0.873 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.035 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.016 0.024 0.747 0.011 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.078 0.001 0.001 0.001 14 L 0.002 0.053 0.017 0.697 0.002 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.015 0.145 0.001 0.001 0.001 15 T 0.001 0.036 0.023 0.538 0.002 0.101 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.018 0.259 0.001 0.001 0.004 16 V 0.004 0.015 0.033 0.266 0.004 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.040 0.497 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.050 0.022 0.327 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.069 0.478 0.001 0.001 0.002 18 F 0.001 0.008 0.011 0.238 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.697 0.001 0.001 0.003 19 C 0.002 0.008 0.035 0.128 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.792 0.001 0.001 0.004 20 F 0.002 0.004 0.018 0.205 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.742 0.003 0.001 0.005 21 L 0.002 0.011 0.035 0.191 0.007 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.706 0.003 0.003 0.008 22 M 0.001 0.004 0.009 0.062 0.255 0.016 0.069 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.155 0.406 0.001 0.006 23 L 0.007 0.019 0.015 0.064 0.006 0.015 0.006 0.253 0.002 0.001 0.014 0.007 0.109 0.007 0.472 0.005 24 G 0.005 0.024 0.016 0.054 0.006 0.016 0.009 0.004 0.119 0.102 0.008 0.014 0.067 0.008 0.006 0.543 25 C 0.764 0.011 0.036 0.043 0.002 0.025 0.005 0.004 0.003 0.002 0.016 0.012 0.052 0.003 0.008 0.015 26 Q 0.013 0.194 0.443 0.131 0.004 0.047 0.007 0.006 0.005 0.004 0.026 0.030 0.046 0.004 0.009 0.029 27 S 0.017 0.035 0.036 0.122 0.005 0.599 0.005 0.006 0.004 0.002 0.022 0.054 0.079 0.003 0.004 0.007 28 K 0.011 0.103 0.064 0.077 0.008 0.061 0.009 0.005 0.003 0.001 0.455 0.035 0.140 0.005 0.004 0.020 29 E 0.020 0.169 0.051 0.182 0.005 0.026 0.013 0.014 0.005 0.002 0.050 0.320 0.102 0.011 0.019 0.011 30 D 0.014 0.040 0.167 0.080 0.018 0.105 0.061 0.010 0.015 0.003 0.024 0.043 0.321 0.017 0.025 0.056 31 K 0.014 0.019 0.056 0.029 0.199 0.022 0.258 0.012 0.002 0.003 0.088 0.011 0.092 0.170 0.009 0.016 32 K 0.014 0.045 0.036 0.036 0.037 0.018 0.071 0.375 0.008 0.004 0.018 0.036 0.026 0.062 0.211 0.005 33 G 0.013 0.026 0.063 0.060 0.002 0.014 0.017 0.029 0.277 0.057 0.011 0.005 0.030 0.002 0.083 0.311 34 G 0.599 0.014 0.094 0.092 0.003 0.016 0.008 0.003 0.040 0.024 0.013 0.016 0.019 0.004 0.004 0.051 35 T 0.211 0.085 0.375 0.255 0.003 0.015 0.003 0.007 0.005 0.001 0.007 0.014 0.008 0.001 0.004 0.007 36 K 0.013 0.024 0.199 0.480 0.037 0.191 0.011 0.004 0.005 0.003 0.006 0.010 0.010 0.001 0.001 0.005 37 P 0.014 0.056 0.078 0.363 0.070 0.256 0.010 0.045 0.002 0.002 0.076 0.011 0.013 0.002 0.002 0.002 38 S 0.005 0.163 0.013 0.276 0.011 0.226 0.004 0.056 0.027 0.010 0.100 0.084 0.014 0.001 0.005 0.005 39 N 0.023 0.080 0.020 0.126 0.006 0.163 0.006 0.010 0.036 0.013 0.219 0.219 0.061 0.002 0.003 0.016 40 E 0.050 0.109 0.093 0.100 0.004 0.041 0.005 0.011 0.008 0.003 0.168 0.267 0.120 0.003 0.008 0.011 41 A 0.019 0.045 0.184 0.161 0.003 0.051 0.005 0.007 0.006 0.002 0.048 0.189 0.251 0.004 0.011 0.015 42 A 0.018 0.072 0.156 0.250 0.003 0.043 0.008 0.003 0.004 0.001 0.018 0.031 0.324 0.003 0.007 0.058 43 L 0.019 0.032 0.215 0.365 0.013 0.046 0.032 0.004 0.003 0.002 0.014 0.017 0.205 0.008 0.004 0.022 44 T 0.014 0.071 0.198 0.312 0.008 0.148 0.017 0.013 0.003 0.001 0.013 0.012 0.163 0.003 0.008 0.016 45 K 0.013 0.111 0.092 0.317 0.017 0.130 0.013 0.016 0.014 0.008 0.072 0.021 0.120 0.005 0.004 0.049 46 T 0.034 0.047 0.059 0.108 0.052 0.272 0.058 0.010 0.007 0.004 0.088 0.093 0.104 0.049 0.007 0.008 47 E 0.013 0.177 0.074 0.083 0.004 0.052 0.008 0.095 0.005 0.002 0.205 0.068 0.122 0.004 0.074 0.015 48 N 0.021 0.126 0.064 0.128 0.008 0.076 0.023 0.006 0.084 0.015 0.034 0.151 0.095 0.017 0.011 0.139 49 L 0.212 0.030 0.253 0.136 0.001 0.026 0.011 0.009 0.004 0.002 0.059 0.035 0.178 0.002 0.022 0.020 50 D 0.017 0.162 0.320 0.201 0.004 0.092 0.015 0.003 0.009 0.002 0.010 0.047 0.077 0.004 0.003 0.034 51 F 0.043 0.025 0.111 0.608 0.003 0.043 0.004 0.005 0.002 0.001 0.045 0.011 0.089 0.001 0.004 0.006 52 R 0.007 0.079 0.227 0.494 0.018 0.056 0.009 0.003 0.005 0.002 0.007 0.035 0.043 0.004 0.001 0.012 53 L 0.017 0.018 0.056 0.724 0.022 0.041 0.005 0.013 0.002 0.001 0.030 0.009 0.054 0.001 0.004 0.004 54 S 0.005 0.074 0.068 0.259 0.167 0.226 0.028 0.019 0.010 0.007 0.015 0.039 0.048 0.022 0.001 0.013 55 F 0.028 0.053 0.026 0.226 0.056 0.111 0.028 0.121 0.009 0.005 0.204 0.017 0.056 0.015 0.040 0.005 56 N 0.011 0.305 0.047 0.158 0.003 0.067 0.004 0.050 0.075 0.023 0.027 0.105 0.040 0.002 0.029 0.053 57 K 0.187 0.109 0.126 0.292 0.002 0.014 0.008 0.002 0.052 0.008 0.015 0.013 0.028 0.002 0.005 0.137 58 I 0.071 0.010 0.669 0.215 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.001 0.002 0.003 59 K 0.006 0.032 0.341 0.564 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 60 V 0.004 0.014 0.028 0.888 0.010 0.043 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 61 T 0.002 0.070 0.031 0.477 0.045 0.331 0.005 0.011 0.002 0.001 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 62 T 0.006 0.120 0.020 0.420 0.026 0.147 0.004 0.060 0.006 0.004 0.154 0.014 0.013 0.001 0.004 0.003 63 D 0.007 0.101 0.021 0.115 0.037 0.338 0.012 0.026 0.036 0.016 0.081 0.155 0.034 0.008 0.004 0.009 64 Q 0.035 0.102 0.058 0.100 0.017 0.039 0.015 0.046 0.014 0.007 0.324 0.071 0.102 0.012 0.045 0.015 65 N 0.022 0.110 0.114 0.115 0.009 0.052 0.017 0.035 0.036 0.015 0.036 0.211 0.123 0.017 0.047 0.041 66 H 0.082 0.059 0.193 0.124 0.014 0.041 0.044 0.010 0.026 0.008 0.035 0.018 0.182 0.008 0.025 0.131 67 F 0.032 0.022 0.167 0.073 0.178 0.055 0.251 0.012 0.004 0.007 0.031 0.016 0.067 0.067 0.007 0.012 68 S 0.025 0.105 0.109 0.121 0.045 0.055 0.061 0.259 0.010 0.007 0.033 0.018 0.045 0.011 0.085 0.011 69 G 0.015 0.029 0.035 0.126 0.055 0.088 0.033 0.049 0.143 0.170 0.083 0.034 0.047 0.012 0.017 0.064