# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.111 0.003 0.017 0.042 0.060 0.102 0.006 0.001 0.059 0.546 2 S 0.040 0.070 0.006 0.020 0.035 0.080 0.100 0.004 0.002 0.173 0.470 3 M 0.050 0.070 0.005 0.023 0.039 0.046 0.108 0.005 0.002 0.097 0.555 4 K 0.107 0.086 0.009 0.020 0.043 0.041 0.098 0.005 0.001 0.152 0.437 5 K 0.060 0.108 0.005 0.015 0.017 0.033 0.098 0.005 0.001 0.066 0.592 6 T 0.103 0.271 0.004 0.010 0.011 0.023 0.075 0.005 0.001 0.042 0.455 7 K 0.033 0.276 0.003 0.024 0.022 0.047 0.082 0.004 0.001 0.050 0.459 8 N 0.020 0.310 0.004 0.031 0.040 0.116 0.072 0.002 0.001 0.092 0.312 9 W 0.021 0.345 0.003 0.069 0.071 0.153 0.044 0.003 0.001 0.098 0.195 10 L 0.019 0.295 0.003 0.134 0.105 0.187 0.034 0.003 0.001 0.081 0.138 11 L 0.012 0.084 0.003 0.108 0.122 0.247 0.030 0.002 0.001 0.269 0.121 12 V 0.018 0.166 0.003 0.252 0.132 0.170 0.032 0.003 0.001 0.093 0.130 13 F 0.020 0.135 0.005 0.090 0.173 0.159 0.035 0.003 0.001 0.255 0.125 14 L 0.011 0.271 0.007 0.104 0.143 0.137 0.050 0.004 0.001 0.091 0.182 15 T 0.021 0.694 0.002 0.021 0.030 0.055 0.022 0.005 0.001 0.053 0.097 16 V 0.018 0.830 0.003 0.010 0.017 0.020 0.013 0.005 0.001 0.020 0.064 17 T 0.009 0.845 0.003 0.005 0.015 0.035 0.012 0.002 0.001 0.035 0.038 18 F 0.019 0.895 0.003 0.004 0.006 0.018 0.006 0.003 0.001 0.011 0.033 19 C 0.063 0.766 0.006 0.019 0.017 0.037 0.013 0.008 0.001 0.026 0.043 20 F 0.090 0.267 0.051 0.038 0.056 0.165 0.036 0.020 0.016 0.101 0.160 21 L 0.200 0.138 0.013 0.065 0.095 0.154 0.046 0.009 0.004 0.059 0.219 22 M 0.127 0.114 0.007 0.045 0.091 0.100 0.056 0.010 0.002 0.055 0.392 23 L 0.033 0.049 0.006 0.048 0.108 0.112 0.107 0.006 0.002 0.095 0.434 24 G 0.029 0.058 0.006 0.060 0.084 0.111 0.093 0.006 0.002 0.082 0.469 25 C 0.039 0.065 0.003 0.030 0.085 0.064 0.102 0.009 0.001 0.054 0.549 26 Q 0.041 0.114 0.005 0.023 0.073 0.069 0.094 0.011 0.002 0.102 0.465 27 S 0.127 0.265 0.004 0.008 0.013 0.025 0.060 0.013 0.002 0.048 0.435 28 K 0.233 0.196 0.007 0.013 0.009 0.017 0.067 0.015 0.003 0.065 0.374 29 E 0.116 0.049 0.039 0.024 0.014 0.032 0.100 0.020 0.014 0.084 0.510 30 D 0.412 0.013 0.013 0.015 0.016 0.025 0.063 0.009 0.005 0.047 0.381 31 K 0.297 0.004 0.004 0.011 0.011 0.012 0.068 0.004 0.002 0.033 0.555 32 K 0.026 0.003 0.001 0.014 0.015 0.020 0.112 0.001 0.001 0.019 0.788 33 G 0.022 0.002 0.001 0.012 0.012 0.023 0.118 0.001 0.001 0.017 0.791 34 G 0.003 0.001 0.001 0.012 0.043 0.047 0.183 0.001 0.001 0.014 0.697 35 T 0.009 0.004 0.001 0.040 0.041 0.044 0.114 0.001 0.001 0.043 0.703 36 K 0.088 0.038 0.001 0.032 0.032 0.028 0.117 0.005 0.001 0.044 0.615 37 P 0.134 0.132 0.001 0.022 0.008 0.013 0.102 0.004 0.001 0.041 0.542 38 S 0.038 0.267 0.002 0.030 0.007 0.018 0.065 0.004 0.001 0.033 0.536 39 N 0.097 0.451 0.002 0.020 0.009 0.029 0.059 0.009 0.001 0.048 0.275 40 E 0.091 0.091 0.005 0.029 0.021 0.042 0.070 0.005 0.001 0.437 0.208 41 A 0.041 0.177 0.006 0.052 0.053 0.080 0.092 0.005 0.002 0.142 0.352 42 A 0.062 0.118 0.007 0.032 0.055 0.111 0.073 0.010 0.002 0.188 0.342 43 L 0.038 0.040 0.007 0.034 0.072 0.100 0.115 0.006 0.003 0.123 0.461 44 T 0.057 0.055 0.009 0.021 0.078 0.099 0.079 0.003 0.002 0.109 0.487 45 K 0.065 0.060 0.004 0.024 0.039 0.047 0.093 0.008 0.001 0.043 0.616 46 T 0.254 0.073 0.007 0.012 0.019 0.022 0.109 0.007 0.002 0.070 0.425 47 E 0.030 0.070 0.002 0.016 0.021 0.034 0.117 0.002 0.001 0.025 0.681 48 N 0.060 0.174 0.003 0.017 0.009 0.026 0.073 0.004 0.001 0.044 0.589 49 L 0.076 0.174 0.002 0.025 0.044 0.064 0.122 0.006 0.001 0.049 0.438 50 D 0.037 0.105 0.004 0.040 0.039 0.100 0.086 0.004 0.001 0.161 0.423 51 F 0.036 0.088 0.003 0.054 0.109 0.178 0.079 0.004 0.001 0.068 0.381 52 R 0.070 0.063 0.007 0.068 0.103 0.133 0.067 0.004 0.001 0.175 0.309 53 L 0.024 0.036 0.009 0.048 0.193 0.197 0.071 0.004 0.002 0.055 0.361 54 S 0.163 0.087 0.008 0.039 0.086 0.162 0.062 0.008 0.002 0.049 0.334 55 F 0.134 0.022 0.005 0.030 0.059 0.099 0.088 0.008 0.002 0.053 0.501 56 N 0.040 0.019 0.002 0.057 0.118 0.180 0.103 0.002 0.001 0.033 0.446 57 K 0.013 0.004 0.001 0.047 0.066 0.177 0.111 0.001 0.001 0.053 0.526 58 I 0.003 0.002 0.001 0.099 0.206 0.185 0.137 0.001 0.001 0.044 0.323 59 K 0.012 0.009 0.001 0.176 0.142 0.216 0.069 0.002 0.001 0.055 0.318 60 V 0.011 0.005 0.001 0.078 0.117 0.120 0.109 0.002 0.001 0.039 0.518 61 T 0.045 0.011 0.003 0.148 0.105 0.128 0.084 0.003 0.001 0.121 0.350 62 T 0.037 0.017 0.002 0.090 0.075 0.094 0.100 0.003 0.001 0.063 0.519 63 D 0.158 0.038 0.002 0.049 0.030 0.050 0.109 0.008 0.001 0.051 0.503 64 Q 0.090 0.013 0.003 0.025 0.036 0.050 0.127 0.004 0.001 0.067 0.584 65 N 0.039 0.012 0.005 0.056 0.050 0.094 0.113 0.003 0.001 0.077 0.550 66 H 0.073 0.006 0.003 0.026 0.047 0.077 0.114 0.003 0.001 0.057 0.592 67 F 0.074 0.004 0.001 0.025 0.067 0.082 0.137 0.002 0.001 0.040 0.567 68 S 0.034 0.005 0.001 0.015 0.029 0.053 0.100 0.001 0.001 0.026 0.734 69 G 0.024 0.005 0.001 0.019 0.032 0.051 0.131 0.001 0.001 0.024 0.712