# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.028 0.025 0.028 0.043 0.062 0.008 0.749 2 S 0.045 0.026 0.025 0.043 0.063 0.163 0.010 0.626 3 M 0.091 0.040 0.036 0.047 0.085 0.092 0.011 0.598 4 K 0.053 0.073 0.034 0.057 0.088 0.181 0.009 0.505 5 K 0.107 0.052 0.030 0.044 0.056 0.153 0.019 0.541 6 T 0.130 0.168 0.038 0.049 0.088 0.099 0.016 0.411 7 K 0.064 0.103 0.044 0.060 0.094 0.074 0.013 0.548 8 N 0.044 0.070 0.031 0.058 0.086 0.186 0.018 0.507 9 W 0.166 0.067 0.063 0.093 0.129 0.120 0.030 0.333 10 L 0.056 0.109 0.092 0.230 0.226 0.083 0.008 0.195 11 L 0.013 0.090 0.124 0.245 0.313 0.041 0.004 0.170 12 V 0.014 0.105 0.088 0.237 0.403 0.017 0.004 0.132 13 F 0.017 0.133 0.073 0.195 0.416 0.014 0.004 0.148 14 L 0.014 0.112 0.054 0.326 0.366 0.017 0.005 0.107 15 T 0.017 0.127 0.045 0.196 0.350 0.044 0.007 0.214 16 V 0.025 0.178 0.046 0.149 0.357 0.034 0.007 0.206 17 T 0.018 0.256 0.036 0.102 0.290 0.078 0.007 0.212 18 F 0.034 0.357 0.046 0.084 0.207 0.071 0.011 0.190 19 C 0.022 0.598 0.040 0.074 0.129 0.027 0.005 0.104 20 F 0.015 0.694 0.028 0.055 0.112 0.014 0.004 0.078 21 L 0.021 0.628 0.049 0.080 0.140 0.009 0.007 0.066 22 M 0.031 0.573 0.056 0.077 0.168 0.008 0.011 0.075 23 L 0.058 0.436 0.060 0.125 0.167 0.019 0.022 0.113 24 G 0.106 0.173 0.062 0.094 0.135 0.045 0.052 0.332 25 C 0.131 0.090 0.098 0.085 0.163 0.056 0.026 0.350 26 Q 0.049 0.055 0.045 0.058 0.086 0.186 0.013 0.509 27 S 0.044 0.034 0.019 0.029 0.065 0.152 0.010 0.647 28 K 0.079 0.063 0.021 0.032 0.078 0.092 0.008 0.627 29 E 0.033 0.037 0.008 0.019 0.022 0.209 0.008 0.665 30 D 0.169 0.078 0.016 0.035 0.043 0.159 0.025 0.473 31 K 0.171 0.260 0.023 0.029 0.045 0.075 0.018 0.379 32 K 0.106 0.161 0.032 0.026 0.048 0.162 0.035 0.430 33 G 0.311 0.051 0.046 0.022 0.032 0.074 0.080 0.383 34 G 0.226 0.028 0.080 0.050 0.043 0.117 0.038 0.417 35 T 0.038 0.011 0.080 0.039 0.042 0.118 0.012 0.658 36 K 0.037 0.005 0.102 0.043 0.077 0.117 0.004 0.615 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 S 0.010 0.002 0.048 0.031 0.104 0.174 0.003 0.628 39 N 0.123 0.010 0.025 0.014 0.031 0.078 0.007 0.712 40 E 0.097 0.031 0.021 0.023 0.037 0.124 0.008 0.660 41 A 0.090 0.043 0.030 0.038 0.047 0.340 0.010 0.401 42 A 0.176 0.118 0.036 0.058 0.078 0.174 0.014 0.346 43 L 0.137 0.234 0.040 0.079 0.156 0.049 0.013 0.293 44 T 0.081 0.273 0.031 0.084 0.132 0.046 0.015 0.338 45 K 0.078 0.145 0.030 0.079 0.118 0.050 0.022 0.479 46 T 0.061 0.156 0.035 0.082 0.111 0.112 0.019 0.424 47 E 0.068 0.081 0.047 0.049 0.057 0.139 0.020 0.539 48 N 0.110 0.121 0.046 0.033 0.061 0.180 0.030 0.419 49 L 0.195 0.108 0.083 0.049 0.075 0.094 0.027 0.368 50 D 0.059 0.073 0.065 0.059 0.074 0.161 0.016 0.494 51 F 0.063 0.047 0.075 0.080 0.106 0.103 0.014 0.512 52 R 0.050 0.055 0.105 0.139 0.210 0.126 0.009 0.305 53 L 0.048 0.055 0.108 0.156 0.181 0.086 0.010 0.357 54 S 0.028 0.061 0.117 0.161 0.270 0.085 0.009 0.268 55 F 0.042 0.055 0.125 0.129 0.250 0.054 0.011 0.334 56 N 0.028 0.037 0.081 0.144 0.177 0.183 0.018 0.332 57 K 0.126 0.020 0.063 0.075 0.105 0.136 0.042 0.432 58 I 0.103 0.048 0.123 0.161 0.187 0.094 0.014 0.269 59 K 0.030 0.015 0.128 0.177 0.234 0.095 0.007 0.313 60 V 0.020 0.011 0.091 0.179 0.285 0.048 0.005 0.360 61 T 0.010 0.006 0.110 0.213 0.400 0.054 0.003 0.205 62 T 0.013 0.009 0.048 0.113 0.167 0.085 0.006 0.559 63 D 0.015 0.011 0.062 0.051 0.112 0.266 0.009 0.474 64 Q 0.060 0.013 0.042 0.030 0.054 0.243 0.023 0.536 65 N 0.103 0.027 0.027 0.023 0.032 0.391 0.029 0.368 66 H 0.225 0.036 0.040 0.032 0.048 0.188 0.033 0.398 67 F 0.123 0.078 0.050 0.047 0.073 0.198 0.016 0.415 68 S 0.086 0.042 0.031 0.047 0.084 0.152 0.017 0.540 69 G 0.090 0.028 0.026 0.028 0.066 0.080 0.017 0.665