# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.360 0.127 0.124 0.128 0.111 0.070 0.037 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 S 0.382 0.174 0.133 0.122 0.083 0.048 0.032 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 M 0.169 0.084 0.121 0.163 0.180 0.129 0.075 0.041 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 4 K 0.463 0.187 0.124 0.094 0.061 0.034 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.322 0.203 0.164 0.127 0.085 0.049 0.027 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 T 0.198 0.143 0.141 0.154 0.145 0.100 0.062 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 7 K 0.215 0.187 0.171 0.160 0.111 0.076 0.040 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 N 0.285 0.211 0.145 0.115 0.090 0.062 0.045 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 9 W 0.064 0.045 0.070 0.116 0.171 0.168 0.132 0.112 0.064 0.029 0.015 0.008 0.004 0.001 10 L 0.060 0.041 0.053 0.087 0.130 0.146 0.155 0.132 0.085 0.057 0.031 0.013 0.006 0.003 11 L 0.078 0.048 0.058 0.079 0.109 0.124 0.123 0.131 0.096 0.072 0.044 0.023 0.011 0.005 12 V 0.081 0.050 0.057 0.077 0.099 0.118 0.117 0.122 0.102 0.076 0.053 0.029 0.013 0.007 13 F 0.060 0.038 0.050 0.082 0.118 0.144 0.146 0.135 0.093 0.059 0.041 0.021 0.008 0.005 14 L 0.057 0.045 0.052 0.079 0.113 0.141 0.154 0.141 0.094 0.060 0.035 0.018 0.007 0.005 15 T 0.064 0.066 0.090 0.133 0.154 0.155 0.128 0.098 0.054 0.030 0.016 0.007 0.003 0.002 16 V 0.043 0.039 0.059 0.095 0.139 0.159 0.166 0.128 0.083 0.047 0.023 0.011 0.005 0.002 17 T 0.063 0.067 0.106 0.140 0.168 0.164 0.123 0.082 0.047 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 18 F 0.057 0.037 0.057 0.085 0.122 0.157 0.161 0.134 0.089 0.052 0.027 0.014 0.006 0.003 19 C 0.058 0.043 0.052 0.078 0.120 0.152 0.161 0.136 0.089 0.057 0.031 0.014 0.006 0.004 20 F 0.080 0.056 0.073 0.093 0.124 0.133 0.119 0.114 0.085 0.056 0.034 0.021 0.009 0.005 21 L 0.068 0.047 0.059 0.080 0.113 0.133 0.143 0.127 0.087 0.065 0.039 0.022 0.010 0.005 22 M 0.063 0.054 0.078 0.113 0.145 0.145 0.125 0.115 0.073 0.045 0.024 0.012 0.005 0.003 23 L 0.083 0.056 0.070 0.097 0.137 0.141 0.131 0.113 0.073 0.052 0.026 0.013 0.006 0.003 24 G 0.116 0.121 0.148 0.164 0.136 0.118 0.089 0.054 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 25 C 0.061 0.046 0.082 0.128 0.182 0.170 0.133 0.102 0.048 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 26 Q 0.218 0.178 0.166 0.167 0.111 0.075 0.046 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 27 S 0.341 0.170 0.154 0.125 0.087 0.058 0.037 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.440 0.188 0.124 0.103 0.068 0.038 0.023 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.577 0.187 0.101 0.066 0.037 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.581 0.184 0.096 0.068 0.036 0.018 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.456 0.154 0.122 0.109 0.075 0.042 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.513 0.185 0.111 0.082 0.048 0.029 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.357 0.162 0.147 0.116 0.091 0.058 0.039 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.282 0.169 0.150 0.142 0.106 0.070 0.043 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.242 0.127 0.143 0.129 0.142 0.096 0.062 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 36 K 0.258 0.163 0.139 0.140 0.123 0.079 0.047 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 P 0.263 0.144 0.134 0.129 0.128 0.086 0.053 0.030 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 38 S 0.278 0.169 0.131 0.129 0.108 0.075 0.054 0.026 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 39 N 0.234 0.152 0.140 0.139 0.124 0.087 0.056 0.032 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 40 E 0.255 0.173 0.128 0.130 0.120 0.078 0.051 0.029 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 41 A 0.148 0.101 0.117 0.137 0.149 0.123 0.084 0.063 0.040 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 42 A 0.125 0.100 0.120 0.157 0.169 0.121 0.084 0.059 0.036 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 43 L 0.083 0.061 0.088 0.129 0.174 0.149 0.110 0.086 0.058 0.033 0.017 0.008 0.004 0.001 44 T 0.237 0.162 0.153 0.145 0.116 0.079 0.055 0.025 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 45 K 0.192 0.167 0.156 0.156 0.129 0.086 0.055 0.029 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 46 T 0.241 0.167 0.138 0.133 0.129 0.082 0.054 0.027 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 47 E 0.364 0.225 0.147 0.113 0.070 0.039 0.021 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.314 0.211 0.143 0.112 0.090 0.053 0.039 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.107 0.066 0.100 0.140 0.183 0.154 0.113 0.070 0.035 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 50 D 0.259 0.213 0.148 0.132 0.107 0.055 0.044 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 F 0.090 0.043 0.064 0.107 0.157 0.157 0.118 0.115 0.071 0.037 0.021 0.012 0.005 0.001 52 R 0.153 0.127 0.129 0.171 0.156 0.102 0.075 0.043 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 53 L 0.095 0.042 0.058 0.099 0.144 0.145 0.114 0.113 0.084 0.049 0.030 0.019 0.007 0.002 54 S 0.154 0.120 0.132 0.159 0.142 0.110 0.091 0.044 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 55 F 0.075 0.046 0.070 0.109 0.149 0.149 0.120 0.104 0.078 0.049 0.026 0.015 0.006 0.002 56 N 0.291 0.175 0.124 0.121 0.089 0.070 0.060 0.029 0.020 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 57 K 0.168 0.136 0.135 0.152 0.135 0.097 0.067 0.046 0.032 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 58 I 0.046 0.033 0.053 0.074 0.127 0.151 0.174 0.146 0.083 0.052 0.032 0.020 0.008 0.002 59 K 0.114 0.115 0.134 0.170 0.178 0.105 0.074 0.055 0.030 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 60 V 0.075 0.038 0.058 0.097 0.142 0.147 0.123 0.127 0.086 0.054 0.031 0.014 0.006 0.002 61 T 0.153 0.127 0.128 0.160 0.141 0.113 0.084 0.046 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 62 T 0.204 0.121 0.138 0.138 0.125 0.100 0.073 0.044 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 63 D 0.348 0.191 0.116 0.116 0.091 0.055 0.040 0.019 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.343 0.173 0.139 0.122 0.091 0.057 0.035 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 N 0.422 0.175 0.120 0.103 0.075 0.044 0.029 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 H 0.260 0.139 0.139 0.144 0.119 0.086 0.050 0.029 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 67 F 0.115 0.068 0.106 0.134 0.171 0.158 0.118 0.066 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 68 S 0.272 0.163 0.139 0.128 0.109 0.075 0.053 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 69 G 0.421 0.167 0.112 0.092 0.076 0.050 0.037 0.019 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001