# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.016 0.414 0.012 0.015 0.098 0.002 0.001 0.022 0.054 0.015 0.262 0.066 2 S 0.022 0.015 0.393 0.013 0.022 0.131 0.003 0.001 0.022 0.042 0.036 0.048 0.253 3 M 0.020 0.016 0.205 0.014 0.069 0.399 0.003 0.001 0.015 0.055 0.055 0.070 0.080 4 K 0.014 0.010 0.161 0.015 0.064 0.424 0.003 0.001 0.011 0.057 0.097 0.062 0.081 5 K 0.012 0.016 0.211 0.005 0.058 0.295 0.002 0.001 0.008 0.063 0.143 0.050 0.135 6 T 0.007 0.011 0.362 0.017 0.043 0.223 0.001 0.001 0.008 0.095 0.107 0.049 0.077 7 K 0.008 0.006 0.202 0.023 0.052 0.239 0.001 0.001 0.004 0.161 0.222 0.036 0.046 8 N 0.016 0.008 0.171 0.033 0.047 0.182 0.002 0.001 0.006 0.150 0.266 0.036 0.083 9 W 0.083 0.006 0.149 0.021 0.021 0.307 0.008 0.004 0.019 0.084 0.055 0.069 0.174 10 L 0.191 0.004 0.066 0.036 0.006 0.263 0.029 0.012 0.030 0.032 0.017 0.156 0.156 11 L 0.398 0.002 0.014 0.025 0.005 0.194 0.061 0.030 0.020 0.005 0.006 0.071 0.169 12 V 0.445 0.001 0.006 0.037 0.005 0.287 0.056 0.028 0.012 0.003 0.006 0.064 0.051 13 F 0.440 0.001 0.005 0.020 0.007 0.326 0.041 0.015 0.008 0.004 0.009 0.034 0.090 14 L 0.407 0.001 0.016 0.024 0.007 0.290 0.024 0.008 0.011 0.008 0.019 0.087 0.098 15 T 0.351 0.002 0.033 0.036 0.010 0.308 0.015 0.003 0.008 0.016 0.033 0.052 0.134 16 V 0.176 0.002 0.069 0.017 0.009 0.455 0.004 0.001 0.008 0.035 0.024 0.090 0.108 17 T 0.119 0.002 0.052 0.034 0.014 0.529 0.004 0.001 0.006 0.034 0.043 0.052 0.110 18 F 0.083 0.001 0.018 0.008 0.013 0.770 0.003 0.001 0.003 0.015 0.020 0.022 0.043 19 C 0.072 0.001 0.011 0.016 0.013 0.801 0.004 0.002 0.003 0.009 0.021 0.023 0.025 20 F 0.130 0.001 0.011 0.006 0.015 0.713 0.008 0.005 0.004 0.005 0.020 0.022 0.060 21 L 0.110 0.002 0.014 0.012 0.019 0.738 0.008 0.004 0.005 0.005 0.019 0.037 0.026 22 M 0.153 0.004 0.025 0.018 0.040 0.561 0.008 0.005 0.009 0.015 0.045 0.036 0.082 23 L 0.071 0.006 0.078 0.035 0.039 0.335 0.005 0.002 0.011 0.061 0.220 0.065 0.070 24 G 0.025 0.009 0.177 0.010 0.025 0.132 0.002 0.001 0.011 0.142 0.358 0.035 0.074 25 C 0.012 0.016 0.473 0.005 0.026 0.111 0.001 0.001 0.010 0.147 0.084 0.049 0.066 26 Q 0.010 0.025 0.362 0.004 0.035 0.136 0.001 0.001 0.014 0.138 0.106 0.100 0.067 27 S 0.005 0.031 0.372 0.005 0.065 0.178 0.001 0.001 0.006 0.146 0.111 0.014 0.066 28 K 0.002 0.017 0.334 0.008 0.072 0.188 0.001 0.001 0.005 0.144 0.191 0.027 0.011 29 E 0.004 0.025 0.234 0.005 0.113 0.176 0.001 0.001 0.003 0.081 0.317 0.009 0.033 30 D 0.003 0.029 0.302 0.006 0.135 0.126 0.001 0.001 0.003 0.103 0.249 0.019 0.023 31 K 0.004 0.019 0.256 0.007 0.115 0.100 0.001 0.001 0.004 0.159 0.286 0.020 0.029 32 K 0.003 0.021 0.233 0.006 0.071 0.058 0.001 0.001 0.003 0.144 0.421 0.013 0.026 33 G 0.002 0.014 0.248 0.005 0.038 0.027 0.001 0.001 0.003 0.224 0.400 0.019 0.017 34 G 0.003 0.026 0.453 0.002 0.015 0.016 0.001 0.001 0.008 0.247 0.170 0.030 0.028 35 T 0.004 0.066 0.586 0.002 0.009 0.011 0.002 0.001 0.009 0.188 0.050 0.022 0.050 36 K 0.002 0.036 0.697 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.008 0.153 0.025 0.037 0.025 37 P 0.002 0.025 0.533 0.004 0.022 0.045 0.001 0.001 0.005 0.157 0.156 0.008 0.043 38 S 0.001 0.017 0.330 0.009 0.050 0.082 0.001 0.001 0.002 0.210 0.267 0.018 0.012 39 N 0.003 0.013 0.306 0.006 0.080 0.188 0.001 0.001 0.002 0.188 0.174 0.014 0.025 40 E 0.009 0.015 0.181 0.004 0.133 0.455 0.001 0.001 0.003 0.059 0.091 0.016 0.033 41 A 0.020 0.015 0.121 0.008 0.159 0.483 0.002 0.001 0.004 0.033 0.073 0.030 0.049 42 A 0.039 0.015 0.122 0.009 0.130 0.444 0.003 0.001 0.007 0.030 0.075 0.047 0.077 43 L 0.048 0.014 0.132 0.020 0.100 0.411 0.004 0.001 0.006 0.038 0.089 0.042 0.095 44 T 0.031 0.014 0.177 0.017 0.063 0.296 0.003 0.001 0.006 0.072 0.170 0.086 0.064 45 K 0.019 0.016 0.212 0.007 0.050 0.256 0.002 0.001 0.006 0.094 0.165 0.043 0.130 46 T 0.013 0.011 0.333 0.014 0.066 0.223 0.001 0.001 0.005 0.099 0.119 0.041 0.073 47 E 0.008 0.007 0.150 0.018 0.074 0.216 0.001 0.001 0.005 0.128 0.295 0.065 0.033 48 N 0.010 0.015 0.191 0.012 0.061 0.164 0.002 0.001 0.008 0.099 0.326 0.016 0.096 49 L 0.017 0.013 0.321 0.020 0.036 0.171 0.002 0.001 0.015 0.162 0.087 0.103 0.051 50 D 0.039 0.015 0.301 0.030 0.028 0.122 0.006 0.002 0.023 0.079 0.065 0.093 0.198 51 F 0.100 0.015 0.151 0.019 0.038 0.136 0.013 0.005 0.030 0.045 0.041 0.138 0.271 52 R 0.139 0.013 0.124 0.079 0.036 0.139 0.019 0.006 0.028 0.035 0.040 0.156 0.185 53 L 0.156 0.012 0.109 0.020 0.029 0.079 0.023 0.007 0.041 0.032 0.027 0.171 0.295 54 S 0.089 0.011 0.203 0.072 0.024 0.059 0.012 0.004 0.024 0.051 0.056 0.151 0.245 55 F 0.084 0.008 0.193 0.056 0.054 0.066 0.010 0.004 0.023 0.082 0.123 0.087 0.210 56 N 0.045 0.008 0.178 0.125 0.044 0.054 0.007 0.002 0.022 0.131 0.164 0.151 0.069 57 K 0.090 0.013 0.183 0.020 0.036 0.059 0.015 0.006 0.055 0.061 0.081 0.093 0.288 58 I 0.090 0.013 0.275 0.038 0.014 0.035 0.020 0.013 0.083 0.050 0.021 0.132 0.216 59 K 0.111 0.013 0.140 0.020 0.007 0.028 0.025 0.014 0.093 0.027 0.014 0.383 0.124 60 V 0.098 0.023 0.133 0.012 0.010 0.023 0.027 0.017 0.115 0.025 0.013 0.063 0.439 61 T 0.053 0.025 0.276 0.047 0.012 0.027 0.017 0.010 0.101 0.064 0.026 0.250 0.092 62 T 0.018 0.024 0.327 0.012 0.019 0.028 0.006 0.005 0.055 0.125 0.083 0.055 0.243 63 D 0.008 0.021 0.425 0.018 0.041 0.047 0.002 0.002 0.016 0.147 0.151 0.045 0.076 64 Q 0.007 0.012 0.207 0.014 0.113 0.074 0.001 0.001 0.006 0.159 0.349 0.025 0.032 65 N 0.007 0.020 0.233 0.009 0.168 0.080 0.001 0.001 0.005 0.144 0.279 0.019 0.035 66 H 0.012 0.033 0.275 0.006 0.154 0.090 0.002 0.002 0.008 0.149 0.196 0.027 0.045 67 F 0.015 0.040 0.396 0.006 0.055 0.053 0.003 0.003 0.013 0.177 0.140 0.040 0.059 68 S 0.006 0.034 0.400 0.009 0.031 0.032 0.002 0.001 0.007 0.207 0.193 0.033 0.044 69 G 0.003 0.019 0.416 0.006 0.015 0.016 0.001 0.001 0.005 0.288 0.182 0.027 0.022