# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.133 0.016 0.046 0.053 0.092 0.051 0.528 2 S 0.050 0.070 0.013 0.043 0.056 0.053 0.425 0.289 3 M 0.054 0.125 0.010 0.024 0.036 0.093 0.206 0.453 4 K 0.058 0.078 0.017 0.049 0.062 0.104 0.167 0.465 5 K 0.067 0.081 0.009 0.021 0.025 0.094 0.060 0.643 6 T 0.136 0.269 0.009 0.011 0.026 0.074 0.091 0.385 7 K 0.058 0.313 0.020 0.026 0.053 0.104 0.053 0.373 8 N 0.029 0.388 0.023 0.040 0.116 0.059 0.085 0.259 9 W 0.008 0.370 0.045 0.108 0.163 0.043 0.080 0.184 10 L 0.007 0.287 0.055 0.160 0.318 0.026 0.070 0.077 11 L 0.007 0.110 0.068 0.189 0.216 0.018 0.315 0.077 12 V 0.009 0.294 0.045 0.229 0.232 0.016 0.125 0.050 13 F 0.008 0.218 0.049 0.098 0.211 0.024 0.297 0.095 14 L 0.004 0.397 0.032 0.188 0.201 0.017 0.113 0.047 15 T 0.011 0.643 0.018 0.059 0.134 0.014 0.077 0.044 16 V 0.011 0.750 0.014 0.058 0.057 0.010 0.061 0.039 17 T 0.012 0.759 0.017 0.038 0.073 0.014 0.056 0.032 18 F 0.017 0.703 0.035 0.036 0.045 0.016 0.082 0.067 19 C 0.023 0.616 0.063 0.070 0.087 0.021 0.065 0.055 20 F 0.056 0.245 0.173 0.091 0.110 0.039 0.131 0.155 21 L 0.120 0.210 0.087 0.115 0.108 0.070 0.081 0.210 22 M 0.136 0.065 0.078 0.060 0.089 0.067 0.065 0.440 23 L 0.045 0.031 0.038 0.053 0.085 0.119 0.063 0.566 24 G 0.042 0.039 0.036 0.062 0.110 0.106 0.070 0.534 25 C 0.074 0.040 0.015 0.035 0.049 0.121 0.033 0.633 26 Q 0.055 0.051 0.021 0.054 0.062 0.115 0.053 0.588 27 S 0.095 0.098 0.010 0.014 0.019 0.090 0.042 0.632 28 K 0.183 0.114 0.023 0.030 0.029 0.098 0.097 0.426 29 E 0.081 0.037 0.030 0.026 0.030 0.118 0.091 0.588 30 D 0.291 0.024 0.017 0.016 0.024 0.081 0.076 0.471 31 K 0.223 0.007 0.011 0.015 0.019 0.101 0.046 0.579 32 K 0.029 0.003 0.009 0.012 0.032 0.112 0.024 0.778 33 G 0.017 0.002 0.011 0.018 0.052 0.102 0.021 0.778 34 G 0.016 0.002 0.021 0.068 0.089 0.139 0.033 0.632 35 T 0.019 0.004 0.023 0.049 0.060 0.121 0.039 0.684 36 K 0.073 0.023 0.021 0.039 0.038 0.144 0.030 0.631 37 P 0.089 0.071 0.011 0.013 0.016 0.095 0.016 0.688 38 S 0.090 0.285 0.018 0.011 0.016 0.072 0.034 0.474 39 N 0.135 0.634 0.006 0.007 0.012 0.028 0.034 0.142 40 E 0.083 0.158 0.026 0.032 0.041 0.058 0.382 0.221 41 A 0.066 0.281 0.018 0.044 0.059 0.085 0.130 0.318 42 A 0.083 0.074 0.023 0.047 0.111 0.085 0.168 0.409 43 L 0.031 0.042 0.015 0.041 0.077 0.136 0.137 0.522 44 T 0.046 0.051 0.027 0.051 0.081 0.088 0.178 0.477 45 K 0.148 0.050 0.008 0.024 0.034 0.106 0.044 0.587 46 T 0.226 0.057 0.016 0.015 0.020 0.091 0.086 0.489 47 E 0.058 0.063 0.014 0.017 0.029 0.160 0.023 0.637 48 N 0.034 0.063 0.024 0.010 0.031 0.074 0.049 0.715 49 L 0.065 0.130 0.037 0.068 0.053 0.107 0.067 0.473 50 D 0.038 0.061 0.078 0.058 0.089 0.073 0.235 0.368 51 F 0.029 0.108 0.056 0.098 0.118 0.063 0.138 0.390 52 R 0.020 0.032 0.141 0.125 0.224 0.070 0.106 0.282 53 L 0.033 0.025 0.094 0.148 0.147 0.076 0.087 0.390 54 S 0.150 0.072 0.052 0.093 0.144 0.059 0.074 0.356 55 F 0.075 0.022 0.043 0.043 0.090 0.083 0.047 0.597 56 N 0.040 0.017 0.036 0.101 0.189 0.088 0.046 0.483 57 K 0.015 0.004 0.037 0.078 0.169 0.078 0.079 0.541 58 I 0.006 0.004 0.051 0.167 0.214 0.095 0.096 0.367 59 K 0.006 0.005 0.066 0.216 0.297 0.066 0.041 0.302 60 V 0.015 0.005 0.046 0.102 0.126 0.081 0.029 0.595 61 T 0.064 0.018 0.081 0.154 0.147 0.075 0.134 0.326 62 T 0.115 0.031 0.040 0.052 0.073 0.107 0.084 0.499 63 D 0.135 0.030 0.023 0.036 0.054 0.104 0.053 0.564 64 Q 0.056 0.012 0.021 0.038 0.060 0.120 0.066 0.627 65 N 0.034 0.013 0.025 0.050 0.114 0.135 0.089 0.541 66 H 0.070 0.006 0.025 0.050 0.090 0.126 0.046 0.586 67 F 0.067 0.005 0.022 0.075 0.085 0.116 0.043 0.586 68 S 0.025 0.006 0.016 0.029 0.077 0.099 0.028 0.720 69 G 0.039 0.010 0.021 0.049 0.114 0.110 0.041 0.615