# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.306 0.105 0.068 0.102 0.092 0.085 0.101 0.062 0.041 0.026 0.013 2 S 0.182 0.243 0.094 0.183 0.120 0.063 0.057 0.026 0.018 0.011 0.004 3 M 0.035 0.032 0.031 0.070 0.072 0.127 0.221 0.148 0.133 0.078 0.054 4 K 0.274 0.159 0.165 0.182 0.104 0.045 0.035 0.017 0.010 0.006 0.003 5 K 0.114 0.143 0.134 0.215 0.142 0.099 0.085 0.033 0.019 0.010 0.005 6 T 0.056 0.058 0.054 0.103 0.102 0.118 0.171 0.110 0.106 0.072 0.051 7 K 0.089 0.096 0.087 0.178 0.176 0.144 0.130 0.048 0.029 0.015 0.007 8 N 0.124 0.113 0.210 0.237 0.142 0.078 0.052 0.021 0.013 0.007 0.003 9 W 0.010 0.015 0.030 0.065 0.092 0.151 0.224 0.160 0.131 0.076 0.048 10 L 0.004 0.008 0.022 0.038 0.045 0.067 0.157 0.176 0.201 0.167 0.117 11 L 0.002 0.009 0.047 0.054 0.067 0.098 0.163 0.167 0.173 0.138 0.083 12 V 0.002 0.009 0.058 0.053 0.056 0.094 0.164 0.175 0.172 0.136 0.082 13 F 0.004 0.008 0.033 0.039 0.039 0.065 0.148 0.159 0.192 0.190 0.125 14 L 0.004 0.006 0.019 0.023 0.026 0.055 0.131 0.189 0.209 0.203 0.137 15 T 0.018 0.046 0.099 0.152 0.139 0.127 0.142 0.092 0.084 0.071 0.032 16 V 0.007 0.008 0.020 0.028 0.034 0.069 0.144 0.163 0.206 0.194 0.127 17 T 0.036 0.060 0.086 0.171 0.163 0.129 0.139 0.074 0.069 0.052 0.021 18 F 0.010 0.018 0.036 0.053 0.060 0.086 0.163 0.163 0.178 0.140 0.092 19 C 0.005 0.009 0.025 0.034 0.037 0.061 0.138 0.145 0.211 0.186 0.150 20 F 0.006 0.013 0.044 0.050 0.051 0.070 0.147 0.147 0.194 0.159 0.118 21 L 0.004 0.010 0.042 0.049 0.049 0.096 0.182 0.162 0.180 0.138 0.088 22 M 0.008 0.015 0.044 0.062 0.064 0.090 0.178 0.152 0.172 0.131 0.083 23 L 0.010 0.014 0.030 0.041 0.054 0.093 0.196 0.192 0.167 0.135 0.069 24 G 0.093 0.112 0.142 0.217 0.150 0.085 0.087 0.045 0.033 0.026 0.010 25 C 0.014 0.015 0.024 0.038 0.045 0.075 0.174 0.181 0.184 0.152 0.098 26 Q 0.092 0.205 0.116 0.184 0.136 0.071 0.081 0.045 0.033 0.027 0.010 27 S 0.116 0.122 0.098 0.147 0.118 0.109 0.137 0.068 0.042 0.029 0.015 28 K 0.320 0.158 0.124 0.157 0.091 0.059 0.046 0.022 0.013 0.008 0.004 29 E 0.334 0.170 0.102 0.148 0.094 0.053 0.054 0.023 0.012 0.007 0.003 30 D 0.120 0.104 0.088 0.147 0.126 0.113 0.133 0.074 0.048 0.031 0.016 31 K 0.101 0.108 0.126 0.174 0.146 0.125 0.117 0.049 0.030 0.017 0.008 32 K 0.291 0.181 0.183 0.150 0.083 0.046 0.036 0.016 0.008 0.004 0.002 33 G 0.354 0.161 0.085 0.110 0.086 0.071 0.069 0.031 0.018 0.010 0.005 34 G 0.256 0.135 0.058 0.113 0.101 0.086 0.105 0.058 0.045 0.028 0.015 35 T 0.192 0.150 0.080 0.130 0.116 0.093 0.104 0.055 0.042 0.025 0.013 36 K 0.226 0.184 0.109 0.146 0.112 0.074 0.070 0.035 0.023 0.014 0.007 37 P 0.230 0.127 0.065 0.117 0.107 0.099 0.111 0.065 0.040 0.025 0.014 38 S 0.264 0.213 0.074 0.137 0.099 0.069 0.064 0.034 0.022 0.016 0.007 39 N 0.142 0.117 0.059 0.136 0.127 0.128 0.137 0.075 0.043 0.025 0.012 40 E 0.249 0.126 0.103 0.182 0.121 0.081 0.065 0.033 0.021 0.013 0.005 41 A 0.078 0.060 0.088 0.156 0.136 0.148 0.152 0.079 0.054 0.033 0.014 42 A 0.038 0.065 0.095 0.160 0.146 0.126 0.155 0.086 0.066 0.044 0.019 43 L 0.008 0.015 0.038 0.052 0.063 0.093 0.187 0.178 0.166 0.125 0.075 44 T 0.062 0.090 0.250 0.195 0.149 0.080 0.076 0.039 0.027 0.023 0.008 45 K 0.086 0.128 0.162 0.191 0.141 0.102 0.103 0.038 0.024 0.017 0.007 46 T 0.163 0.093 0.067 0.128 0.113 0.118 0.132 0.073 0.056 0.037 0.021 47 E 0.345 0.188 0.099 0.134 0.090 0.053 0.048 0.020 0.012 0.007 0.003 48 N 0.219 0.197 0.121 0.193 0.114 0.063 0.047 0.022 0.014 0.008 0.004 49 L 0.027 0.022 0.026 0.046 0.061 0.125 0.203 0.168 0.148 0.101 0.074 50 D 0.158 0.218 0.167 0.245 0.116 0.045 0.027 0.011 0.007 0.005 0.002 51 F 0.018 0.021 0.041 0.052 0.063 0.113 0.176 0.163 0.155 0.117 0.080 52 R 0.087 0.111 0.122 0.243 0.184 0.090 0.073 0.033 0.028 0.021 0.009 53 L 0.020 0.025 0.045 0.057 0.064 0.098 0.167 0.152 0.161 0.132 0.078 54 S 0.062 0.163 0.158 0.228 0.153 0.081 0.073 0.033 0.024 0.017 0.007 55 F 0.031 0.032 0.035 0.069 0.071 0.118 0.180 0.146 0.142 0.109 0.068 56 N 0.243 0.170 0.130 0.197 0.111 0.059 0.043 0.019 0.013 0.009 0.004 57 K 0.091 0.132 0.077 0.258 0.180 0.110 0.084 0.031 0.021 0.011 0.005 58 I 0.017 0.012 0.015 0.027 0.034 0.054 0.123 0.156 0.215 0.180 0.166 59 K 0.075 0.161 0.121 0.291 0.212 0.063 0.044 0.016 0.010 0.006 0.002 60 V 0.015 0.028 0.057 0.062 0.054 0.084 0.143 0.134 0.176 0.141 0.106 61 T 0.104 0.136 0.088 0.208 0.176 0.089 0.093 0.041 0.032 0.023 0.011 62 T 0.181 0.181 0.081 0.135 0.108 0.080 0.095 0.057 0.041 0.027 0.014 63 D 0.308 0.188 0.080 0.165 0.107 0.056 0.043 0.023 0.015 0.010 0.005 64 Q 0.190 0.123 0.057 0.154 0.125 0.109 0.113 0.058 0.040 0.021 0.011 65 N 0.273 0.154 0.077 0.155 0.124 0.065 0.066 0.038 0.025 0.015 0.007 66 H 0.108 0.090 0.069 0.160 0.145 0.123 0.131 0.073 0.053 0.032 0.016 67 F 0.062 0.054 0.048 0.074 0.063 0.093 0.148 0.124 0.143 0.107 0.083 68 S 0.172 0.230 0.080 0.178 0.134 0.075 0.064 0.031 0.020 0.012 0.006 69 G 0.538 0.125 0.049 0.075 0.056 0.043 0.043 0.028 0.021 0.014 0.008