# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.042 0.009 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.138 0.016 0.100 0.588 2 S 0.037 0.043 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.089 0.013 0.124 0.658 3 M 0.085 0.072 0.008 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.005 0.003 0.137 0.013 0.059 0.585 4 K 0.049 0.127 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.017 0.009 0.003 0.002 0.118 0.012 0.202 0.436 5 K 0.119 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.025 0.119 0.562 6 T 0.088 0.314 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.016 0.080 0.367 7 K 0.097 0.144 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.031 0.065 0.584 8 N 0.084 0.091 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.033 0.143 0.571 9 W 0.237 0.110 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.046 0.093 0.316 10 L 0.072 0.160 0.014 0.003 0.006 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.021 0.088 0.188 11 L 0.015 0.153 0.013 0.001 0.025 0.013 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.472 0.011 0.072 0.197 12 V 0.015 0.116 0.005 0.001 0.005 0.015 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.666 0.010 0.028 0.105 13 F 0.012 0.173 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.589 0.006 0.031 0.168 14 L 0.014 0.157 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.653 0.009 0.028 0.123 15 T 0.021 0.132 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.016 0.081 0.335 16 V 0.044 0.160 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.016 0.070 0.323 17 T 0.043 0.183 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.019 0.074 0.346 18 F 0.046 0.311 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.020 0.058 0.322 19 C 0.062 0.430 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.022 0.029 0.227 20 F 0.044 0.555 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.267 0.009 0.016 0.099 21 L 0.044 0.595 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.015 0.012 0.073 22 M 0.056 0.537 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.024 0.017 0.111 23 L 0.090 0.428 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.244 0.045 0.020 0.146 24 G 0.139 0.147 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.185 0.073 0.059 0.349 25 C 0.142 0.075 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.005 0.007 0.003 0.119 0.035 0.072 0.435 26 Q 0.080 0.050 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.183 0.022 0.115 0.505 27 S 0.103 0.042 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.003 0.004 0.005 0.003 0.003 0.053 0.019 0.131 0.600 28 K 0.117 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.006 0.005 0.004 0.002 0.098 0.019 0.078 0.601 29 E 0.058 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.220 0.647 30 D 0.190 0.059 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.189 0.423 31 K 0.289 0.093 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.062 0.496 32 K 0.070 0.086 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.020 0.292 0.482 33 G 0.416 0.039 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.107 0.057 0.312 34 G 0.317 0.033 0.071 0.008 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.050 0.025 0.147 0.323 35 T 0.033 0.011 0.043 0.007 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.008 0.227 0.589 36 K 0.027 0.010 0.004 0.004 0.007 0.026 0.015 0.004 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.118 0.005 0.128 0.632 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.970 38 S 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.004 0.211 0.634 39 N 0.192 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.013 0.080 0.581 40 E 0.169 0.088 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.007 0.139 0.525 41 A 0.086 0.105 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.012 0.255 0.451 42 A 0.187 0.252 0.007 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.018 0.114 0.326 43 L 0.104 0.403 0.012 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.098 0.022 0.052 0.283 44 T 0.110 0.396 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.006 0.003 0.002 0.084 0.032 0.054 0.279 45 K 0.130 0.270 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.032 0.036 0.403 46 T 0.064 0.274 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.112 0.025 0.099 0.373 47 E 0.094 0.125 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.036 0.081 0.522 48 N 0.120 0.088 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.040 0.150 0.490 49 L 0.329 0.058 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.025 0.087 0.291 50 D 0.038 0.047 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.012 0.170 0.499 51 F 0.061 0.034 0.020 0.003 0.019 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.200 0.017 0.099 0.516 52 R 0.066 0.065 0.005 0.002 0.003 0.008 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.011 0.006 0.005 0.388 0.014 0.116 0.280 53 L 0.048 0.064 0.007 0.001 0.003 0.002 0.006 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.013 0.008 0.004 0.003 0.349 0.012 0.080 0.386 54 S 0.030 0.065 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.017 0.011 0.005 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.486 0.011 0.078 0.273 55 F 0.031 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.437 0.008 0.070 0.368 56 N 0.031 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.017 0.127 0.370 57 K 0.114 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.029 0.112 0.398 58 I 0.121 0.016 0.021 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.364 0.017 0.127 0.312 59 K 0.012 0.010 0.002 0.002 0.009 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.014 0.006 0.591 0.006 0.065 0.255 60 V 0.009 0.009 0.004 0.002 0.021 0.008 0.014 0.005 0.002 0.002 0.004 0.003 0.012 0.019 0.027 0.012 0.297 0.005 0.070 0.475 61 T 0.009 0.010 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.013 0.010 0.014 0.005 0.038 0.030 0.018 0.013 0.608 0.005 0.053 0.158 62 T 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.022 0.005 0.005 0.004 0.003 0.003 0.241 0.005 0.111 0.553 63 D 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.011 0.013 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.248 0.011 0.143 0.503 64 Q 0.076 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.020 0.241 0.503 65 N 0.093 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.049 0.038 0.384 0.403 66 H 0.211 0.024 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.108 0.053 0.137 0.430 67 F 0.083 0.053 0.016 0.005 0.011 0.012 0.005 0.003 0.012 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.084 0.016 0.294 0.392 68 S 0.044 0.037 0.006 0.003 0.022 0.013 0.012 0.003 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.146 0.021 0.154 0.520 69 G 0.078 0.025 0.004 0.002 0.002 0.007 0.011 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 0.023 0.105 0.625