# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.030 0.004 0.026 0.047 0.081 0.105 0.001 0.001 0.004 0.647 2 S 0.040 0.029 0.003 0.026 0.036 0.070 0.161 0.002 0.001 0.005 0.628 3 M 0.085 0.055 0.004 0.038 0.040 0.095 0.065 0.002 0.001 0.004 0.612 4 K 0.043 0.109 0.003 0.030 0.055 0.074 0.184 0.002 0.001 0.006 0.495 5 K 0.097 0.105 0.003 0.018 0.030 0.038 0.146 0.004 0.001 0.007 0.553 6 T 0.155 0.242 0.007 0.021 0.039 0.083 0.074 0.007 0.001 0.003 0.367 7 K 0.128 0.145 0.008 0.026 0.043 0.079 0.066 0.004 0.001 0.007 0.493 8 N 0.090 0.149 0.013 0.022 0.038 0.045 0.135 0.005 0.001 0.007 0.494 9 W 0.185 0.192 0.014 0.033 0.071 0.085 0.102 0.003 0.001 0.007 0.307 10 L 0.062 0.303 0.008 0.063 0.174 0.194 0.066 0.002 0.001 0.003 0.124 11 L 0.024 0.225 0.006 0.064 0.226 0.284 0.036 0.001 0.001 0.002 0.132 12 V 0.014 0.190 0.002 0.069 0.336 0.290 0.015 0.001 0.001 0.001 0.082 13 F 0.012 0.234 0.002 0.050 0.285 0.312 0.017 0.002 0.001 0.001 0.085 14 L 0.011 0.219 0.002 0.048 0.294 0.330 0.012 0.002 0.001 0.001 0.082 15 T 0.018 0.218 0.004 0.046 0.204 0.277 0.049 0.003 0.001 0.002 0.180 16 V 0.031 0.281 0.007 0.046 0.180 0.212 0.029 0.003 0.001 0.003 0.209 17 T 0.021 0.334 0.005 0.035 0.124 0.172 0.081 0.002 0.001 0.003 0.222 18 F 0.056 0.383 0.009 0.031 0.098 0.103 0.048 0.003 0.001 0.004 0.265 19 C 0.031 0.546 0.004 0.031 0.109 0.131 0.024 0.003 0.001 0.001 0.120 20 F 0.025 0.613 0.004 0.025 0.130 0.106 0.013 0.002 0.001 0.001 0.081 21 L 0.028 0.566 0.003 0.036 0.162 0.114 0.008 0.004 0.001 0.001 0.078 22 M 0.039 0.567 0.006 0.028 0.160 0.112 0.011 0.008 0.001 0.001 0.068 23 L 0.097 0.403 0.009 0.040 0.108 0.142 0.017 0.020 0.001 0.002 0.162 24 G 0.125 0.138 0.022 0.043 0.065 0.123 0.050 0.040 0.001 0.005 0.390 25 C 0.194 0.088 0.083 0.052 0.063 0.092 0.059 0.013 0.001 0.004 0.353 26 Q 0.047 0.053 0.018 0.040 0.066 0.094 0.154 0.006 0.001 0.007 0.515 27 S 0.045 0.032 0.012 0.025 0.025 0.044 0.146 0.004 0.001 0.004 0.663 28 K 0.074 0.042 0.004 0.021 0.026 0.064 0.066 0.003 0.001 0.008 0.692 29 E 0.050 0.034 0.005 0.011 0.012 0.023 0.315 0.003 0.001 0.005 0.543 30 D 0.230 0.075 0.005 0.017 0.029 0.042 0.179 0.007 0.001 0.014 0.402 31 K 0.266 0.158 0.009 0.032 0.034 0.052 0.090 0.010 0.001 0.011 0.338 32 K 0.098 0.123 0.015 0.023 0.031 0.033 0.297 0.008 0.001 0.009 0.364 33 G 0.285 0.072 0.008 0.026 0.033 0.051 0.070 0.014 0.001 0.066 0.375 34 G 0.267 0.032 0.070 0.025 0.019 0.031 0.108 0.013 0.001 0.011 0.424 35 T 0.073 0.005 0.028 0.025 0.016 0.034 0.137 0.004 0.001 0.003 0.676 36 K 0.067 0.004 0.005 0.046 0.063 0.115 0.103 0.001 0.001 0.002 0.594 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.981 38 S 0.019 0.004 0.001 0.024 0.037 0.111 0.149 0.001 0.001 0.002 0.654 39 N 0.092 0.018 0.001 0.019 0.016 0.031 0.111 0.001 0.001 0.011 0.701 40 E 0.113 0.050 0.003 0.017 0.028 0.050 0.193 0.001 0.001 0.011 0.535 41 A 0.127 0.140 0.002 0.017 0.048 0.049 0.269 0.001 0.001 0.011 0.334 42 A 0.132 0.323 0.003 0.016 0.069 0.096 0.091 0.004 0.001 0.005 0.261 43 L 0.149 0.370 0.008 0.020 0.048 0.099 0.047 0.009 0.001 0.003 0.247 44 T 0.111 0.340 0.011 0.023 0.088 0.107 0.052 0.013 0.001 0.003 0.251 45 K 0.081 0.185 0.010 0.025 0.054 0.081 0.036 0.019 0.001 0.004 0.504 46 T 0.086 0.141 0.019 0.035 0.065 0.109 0.083 0.012 0.001 0.004 0.446 47 E 0.127 0.076 0.009 0.042 0.045 0.058 0.143 0.009 0.001 0.011 0.479 48 N 0.116 0.058 0.015 0.032 0.032 0.048 0.179 0.010 0.001 0.008 0.502 49 L 0.214 0.065 0.014 0.066 0.052 0.100 0.094 0.004 0.001 0.010 0.380 50 D 0.058 0.036 0.010 0.057 0.039 0.052 0.241 0.003 0.001 0.013 0.491 51 F 0.074 0.036 0.009 0.064 0.079 0.101 0.131 0.002 0.001 0.008 0.496 52 R 0.056 0.060 0.004 0.092 0.107 0.167 0.162 0.002 0.001 0.005 0.344 53 L 0.054 0.066 0.004 0.076 0.160 0.182 0.094 0.002 0.001 0.004 0.357 54 S 0.030 0.080 0.003 0.068 0.176 0.238 0.081 0.004 0.001 0.003 0.318 55 F 0.074 0.053 0.003 0.072 0.135 0.240 0.044 0.003 0.001 0.005 0.370 56 N 0.052 0.056 0.004 0.058 0.143 0.200 0.173 0.005 0.001 0.009 0.300 57 K 0.211 0.022 0.006 0.061 0.052 0.089 0.121 0.005 0.001 0.025 0.409 58 I 0.098 0.053 0.027 0.108 0.122 0.143 0.149 0.004 0.001 0.007 0.287 59 K 0.042 0.016 0.005 0.175 0.180 0.212 0.082 0.003 0.001 0.010 0.275 60 V 0.018 0.013 0.011 0.097 0.108 0.127 0.047 0.003 0.001 0.002 0.576 61 T 0.026 0.008 0.001 0.135 0.182 0.426 0.046 0.001 0.001 0.002 0.173 62 T 0.023 0.008 0.001 0.073 0.056 0.105 0.086 0.001 0.001 0.003 0.644 63 D 0.019 0.009 0.001 0.062 0.033 0.083 0.150 0.001 0.001 0.006 0.636 64 Q 0.117 0.012 0.002 0.045 0.015 0.032 0.425 0.001 0.001 0.019 0.331 65 N 0.204 0.036 0.003 0.026 0.014 0.019 0.372 0.004 0.001 0.025 0.295 66 H 0.259 0.057 0.014 0.038 0.027 0.042 0.157 0.007 0.001 0.024 0.374 67 F 0.144 0.078 0.037 0.056 0.056 0.077 0.178 0.006 0.001 0.009 0.358 68 S 0.044 0.039 0.007 0.027 0.042 0.079 0.154 0.006 0.001 0.010 0.593 69 G 0.096 0.028 0.007 0.026 0.038 0.075 0.064 0.009 0.001 0.020 0.638