# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.374 0.239 0.163 0.110 0.052 0.027 0.013 0.002 0.017 0.002 0.001 2 S 0.287 0.188 0.218 0.123 0.071 0.054 0.029 0.004 0.024 0.003 0.001 3 M 0.367 0.173 0.236 0.090 0.047 0.041 0.018 0.003 0.021 0.003 0.001 4 K 0.454 0.162 0.230 0.065 0.028 0.028 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 5 K 0.419 0.133 0.185 0.130 0.035 0.058 0.018 0.004 0.015 0.002 0.001 6 T 0.322 0.214 0.204 0.139 0.046 0.036 0.014 0.001 0.021 0.002 0.001 7 K 0.591 0.074 0.130 0.124 0.031 0.016 0.020 0.003 0.007 0.003 0.001 8 N 0.328 0.087 0.097 0.230 0.055 0.034 0.130 0.016 0.018 0.003 0.001 9 W 0.329 0.327 0.163 0.086 0.048 0.021 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 10 L 0.444 0.341 0.148 0.020 0.019 0.019 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 11 L 0.476 0.291 0.137 0.023 0.023 0.037 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 12 V 0.518 0.355 0.051 0.019 0.034 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 13 F 0.672 0.171 0.056 0.017 0.022 0.043 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 14 L 0.798 0.106 0.031 0.021 0.015 0.019 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 15 T 0.774 0.124 0.026 0.022 0.021 0.023 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 16 V 0.763 0.117 0.036 0.028 0.011 0.035 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 17 T 0.788 0.096 0.020 0.045 0.016 0.024 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 18 F 0.700 0.118 0.020 0.077 0.050 0.022 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 19 C 0.628 0.227 0.033 0.039 0.030 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 20 F 0.605 0.219 0.034 0.045 0.041 0.041 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 21 L 0.500 0.279 0.072 0.056 0.024 0.045 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 22 M 0.457 0.263 0.078 0.094 0.023 0.055 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 23 L 0.313 0.172 0.108 0.283 0.044 0.035 0.022 0.001 0.023 0.001 0.001 24 G 0.119 0.020 0.064 0.064 0.169 0.013 0.133 0.230 0.006 0.182 0.001 25 C 0.274 0.146 0.290 0.141 0.067 0.034 0.020 0.002 0.022 0.003 0.001 26 Q 0.265 0.172 0.243 0.176 0.047 0.045 0.023 0.004 0.019 0.005 0.001 27 S 0.247 0.168 0.306 0.135 0.067 0.032 0.016 0.004 0.017 0.006 0.001 28 K 0.596 0.068 0.144 0.099 0.039 0.023 0.012 0.006 0.007 0.004 0.002 29 E 0.462 0.129 0.138 0.179 0.022 0.029 0.015 0.003 0.020 0.002 0.001 30 D 0.348 0.080 0.220 0.166 0.023 0.058 0.053 0.010 0.034 0.007 0.001 31 K 0.575 0.066 0.134 0.138 0.018 0.017 0.027 0.008 0.009 0.008 0.001 32 K 0.235 0.058 0.154 0.440 0.019 0.014 0.056 0.004 0.015 0.004 0.001 33 G 0.013 0.002 0.019 0.020 0.034 0.002 0.128 0.537 0.002 0.245 0.001 34 G 0.059 0.015 0.137 0.036 0.089 0.013 0.073 0.181 0.004 0.394 0.001 35 T 0.108 0.274 0.367 0.119 0.058 0.040 0.007 0.001 0.017 0.006 0.003 36 K 0.025 0.308 0.431 0.007 0.078 0.037 0.005 0.001 0.101 0.006 0.001 37 P 0.212 0.009 0.672 0.026 0.003 0.032 0.002 0.001 0.003 0.001 0.039 38 S 0.454 0.102 0.165 0.152 0.060 0.019 0.012 0.010 0.015 0.010 0.001 39 N 0.451 0.052 0.149 0.165 0.048 0.048 0.042 0.015 0.017 0.009 0.003 40 E 0.662 0.056 0.085 0.120 0.015 0.022 0.024 0.004 0.007 0.003 0.002 41 A 0.724 0.086 0.076 0.070 0.018 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 42 A 0.636 0.106 0.118 0.062 0.020 0.033 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 43 L 0.481 0.124 0.183 0.120 0.013 0.040 0.011 0.001 0.025 0.001 0.001 44 T 0.348 0.204 0.220 0.115 0.052 0.022 0.012 0.001 0.024 0.001 0.001 45 K 0.360 0.143 0.197 0.143 0.049 0.053 0.032 0.008 0.012 0.003 0.001 46 T 0.193 0.305 0.294 0.097 0.039 0.030 0.010 0.001 0.026 0.002 0.001 47 E 0.483 0.118 0.156 0.136 0.044 0.022 0.023 0.005 0.008 0.004 0.001 48 N 0.083 0.122 0.144 0.229 0.072 0.068 0.203 0.026 0.045 0.007 0.001 49 L 0.236 0.350 0.267 0.071 0.028 0.020 0.011 0.002 0.012 0.001 0.001 50 D 0.248 0.218 0.251 0.096 0.042 0.082 0.026 0.003 0.030 0.001 0.003 51 F 0.110 0.478 0.145 0.075 0.120 0.033 0.014 0.003 0.019 0.002 0.001 52 R 0.099 0.515 0.234 0.026 0.046 0.039 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 53 L 0.099 0.494 0.259 0.030 0.046 0.047 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 54 S 0.101 0.548 0.140 0.045 0.105 0.034 0.005 0.001 0.018 0.002 0.001 55 F 0.198 0.364 0.173 0.076 0.115 0.033 0.010 0.003 0.024 0.004 0.001 56 N 0.175 0.190 0.172 0.184 0.085 0.038 0.114 0.013 0.020 0.007 0.001 57 K 0.107 0.365 0.161 0.136 0.084 0.038 0.073 0.012 0.021 0.003 0.001 58 I 0.026 0.694 0.214 0.015 0.026 0.009 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 59 K 0.038 0.415 0.387 0.016 0.038 0.068 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 60 V 0.026 0.705 0.165 0.014 0.037 0.033 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 61 T 0.070 0.481 0.235 0.035 0.076 0.060 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 62 T 0.147 0.430 0.155 0.057 0.151 0.028 0.008 0.002 0.017 0.005 0.001 63 D 0.201 0.144 0.219 0.163 0.067 0.085 0.061 0.013 0.033 0.012 0.002 64 Q 0.421 0.178 0.136 0.147 0.046 0.021 0.023 0.006 0.015 0.006 0.001 65 N 0.276 0.103 0.155 0.264 0.043 0.040 0.076 0.016 0.019 0.007 0.001 66 H 0.198 0.225 0.209 0.164 0.060 0.032 0.061 0.014 0.027 0.009 0.001 67 F 0.214 0.286 0.239 0.121 0.047 0.039 0.024 0.004 0.022 0.004 0.001 68 S 0.135 0.210 0.273 0.208 0.085 0.027 0.033 0.003 0.018 0.007 0.001 69 G 0.058 0.029 0.075 0.021 0.185 0.012 0.063 0.208 0.007 0.341 0.001