# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.292 0.121 0.119 0.123 0.113 0.090 0.057 0.036 0.022 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 2 S 0.289 0.164 0.149 0.136 0.114 0.062 0.040 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 M 0.168 0.086 0.101 0.147 0.156 0.135 0.091 0.055 0.031 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 4 K 0.385 0.202 0.151 0.114 0.077 0.034 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.356 0.166 0.152 0.127 0.092 0.051 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 T 0.250 0.124 0.125 0.147 0.147 0.099 0.050 0.030 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 7 K 0.241 0.148 0.137 0.163 0.133 0.077 0.044 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 8 N 0.300 0.177 0.128 0.125 0.104 0.072 0.042 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 9 W 0.092 0.064 0.078 0.129 0.166 0.162 0.118 0.089 0.051 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 10 L 0.086 0.050 0.063 0.102 0.127 0.157 0.154 0.107 0.071 0.038 0.024 0.013 0.005 0.002 11 L 0.099 0.052 0.060 0.089 0.118 0.140 0.126 0.109 0.087 0.052 0.034 0.021 0.009 0.004 12 V 0.109 0.050 0.058 0.084 0.095 0.119 0.120 0.114 0.095 0.067 0.045 0.026 0.013 0.005 13 F 0.108 0.054 0.060 0.095 0.123 0.140 0.126 0.090 0.084 0.055 0.031 0.020 0.008 0.005 14 L 0.114 0.060 0.068 0.100 0.113 0.134 0.126 0.091 0.081 0.052 0.033 0.018 0.007 0.003 15 T 0.124 0.084 0.089 0.128 0.142 0.140 0.114 0.076 0.052 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 16 V 0.103 0.064 0.076 0.101 0.127 0.146 0.136 0.098 0.069 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 17 T 0.134 0.088 0.103 0.127 0.148 0.135 0.110 0.072 0.043 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 18 F 0.117 0.060 0.075 0.095 0.131 0.137 0.130 0.101 0.069 0.041 0.022 0.013 0.006 0.003 19 C 0.112 0.052 0.064 0.099 0.125 0.140 0.134 0.108 0.077 0.046 0.023 0.013 0.006 0.002 20 F 0.142 0.078 0.086 0.110 0.132 0.123 0.110 0.078 0.062 0.037 0.021 0.013 0.005 0.003 21 L 0.122 0.064 0.074 0.109 0.120 0.126 0.118 0.100 0.070 0.046 0.028 0.014 0.006 0.003 22 M 0.085 0.058 0.072 0.113 0.142 0.146 0.136 0.097 0.073 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 23 L 0.104 0.064 0.080 0.120 0.143 0.149 0.122 0.083 0.060 0.038 0.022 0.010 0.004 0.002 24 G 0.163 0.118 0.119 0.151 0.149 0.108 0.081 0.049 0.035 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 25 C 0.109 0.077 0.098 0.161 0.171 0.148 0.102 0.056 0.040 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 26 Q 0.309 0.180 0.164 0.138 0.096 0.052 0.030 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 S 0.449 0.172 0.137 0.101 0.068 0.035 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.474 0.184 0.123 0.103 0.066 0.027 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.545 0.183 0.114 0.078 0.046 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.564 0.174 0.104 0.077 0.048 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.497 0.167 0.111 0.099 0.067 0.031 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.455 0.169 0.127 0.102 0.075 0.037 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.415 0.151 0.127 0.111 0.090 0.052 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 34 G 0.346 0.148 0.121 0.130 0.112 0.064 0.036 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 35 T 0.298 0.149 0.119 0.137 0.114 0.076 0.048 0.028 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 36 K 0.256 0.153 0.149 0.132 0.114 0.080 0.053 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 37 P 0.229 0.111 0.127 0.127 0.128 0.109 0.071 0.045 0.024 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 38 S 0.240 0.132 0.138 0.127 0.127 0.089 0.057 0.039 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 39 N 0.207 0.113 0.101 0.134 0.141 0.107 0.068 0.055 0.033 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 40 E 0.191 0.145 0.136 0.149 0.136 0.083 0.061 0.042 0.027 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 41 A 0.156 0.092 0.101 0.134 0.126 0.130 0.093 0.070 0.042 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 42 A 0.144 0.107 0.119 0.143 0.154 0.122 0.088 0.056 0.035 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 43 L 0.080 0.053 0.070 0.122 0.154 0.160 0.130 0.101 0.058 0.042 0.018 0.007 0.003 0.001 44 T 0.207 0.151 0.141 0.149 0.132 0.086 0.058 0.037 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 45 K 0.237 0.142 0.149 0.154 0.127 0.081 0.048 0.025 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 46 T 0.267 0.140 0.142 0.139 0.130 0.077 0.044 0.027 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 47 E 0.354 0.161 0.129 0.134 0.095 0.059 0.031 0.019 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 48 N 0.335 0.179 0.140 0.119 0.108 0.051 0.029 0.017 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.140 0.066 0.082 0.144 0.160 0.152 0.099 0.073 0.034 0.030 0.013 0.004 0.002 0.001 50 D 0.290 0.185 0.164 0.123 0.101 0.055 0.038 0.020 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 51 F 0.076 0.034 0.046 0.099 0.140 0.170 0.124 0.115 0.070 0.078 0.028 0.012 0.006 0.002 52 R 0.137 0.129 0.123 0.166 0.165 0.097 0.076 0.043 0.033 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 53 L 0.070 0.041 0.059 0.102 0.116 0.156 0.122 0.118 0.080 0.075 0.038 0.015 0.007 0.002 54 S 0.140 0.107 0.112 0.151 0.155 0.111 0.085 0.053 0.045 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 55 F 0.055 0.043 0.061 0.097 0.129 0.145 0.121 0.121 0.090 0.076 0.038 0.014 0.007 0.002 56 N 0.212 0.130 0.114 0.132 0.121 0.096 0.072 0.048 0.032 0.019 0.014 0.006 0.003 0.001 57 K 0.130 0.110 0.138 0.146 0.156 0.100 0.078 0.051 0.042 0.026 0.015 0.006 0.002 0.001 58 I 0.067 0.034 0.046 0.084 0.126 0.166 0.137 0.124 0.084 0.074 0.033 0.015 0.008 0.002 59 K 0.123 0.125 0.141 0.178 0.160 0.095 0.074 0.047 0.028 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 60 V 0.071 0.039 0.054 0.101 0.137 0.159 0.130 0.116 0.079 0.070 0.026 0.011 0.004 0.001 61 T 0.143 0.113 0.123 0.161 0.160 0.117 0.074 0.047 0.033 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 62 T 0.240 0.125 0.124 0.137 0.124 0.087 0.057 0.044 0.030 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 63 D 0.288 0.162 0.134 0.136 0.113 0.067 0.040 0.024 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 64 Q 0.339 0.181 0.147 0.116 0.081 0.055 0.033 0.020 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 65 N 0.363 0.172 0.133 0.111 0.090 0.057 0.033 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 66 H 0.244 0.133 0.132 0.130 0.131 0.090 0.060 0.039 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 67 F 0.135 0.074 0.082 0.122 0.156 0.153 0.108 0.077 0.043 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 68 S 0.274 0.160 0.137 0.132 0.108 0.072 0.048 0.029 0.018 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 69 G 0.310 0.134 0.130 0.113 0.098 0.079 0.053 0.031 0.023 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001