# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.014 0.067 0.054 0.095 0.007 0.091 0.087 0.004 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.067 0.037 0.164 0.060 0.091 0.130 0.002 2 S 0.010 0.014 0.051 0.058 0.130 0.006 0.067 0.101 0.005 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.038 0.036 0.092 0.062 0.128 0.183 0.002 3 M 0.008 0.010 0.027 0.033 0.145 0.005 0.070 0.095 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.046 0.034 0.311 0.056 0.059 0.083 0.002 4 K 0.009 0.013 0.062 0.058 0.047 0.015 0.174 0.232 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.036 0.013 0.144 0.042 0.054 0.083 0.001 5 K 0.009 0.011 0.025 0.035 0.159 0.011 0.130 0.141 0.007 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.015 0.026 0.169 0.095 0.067 0.084 0.001 6 T 0.010 0.016 0.051 0.055 0.152 0.003 0.085 0.117 0.010 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.041 0.026 0.116 0.059 0.099 0.147 0.001 7 K 0.013 0.015 0.047 0.049 0.087 0.005 0.085 0.108 0.006 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.039 0.015 0.354 0.045 0.035 0.082 0.001 8 N 0.032 0.057 0.049 0.054 0.127 0.020 0.184 0.178 0.013 0.004 0.004 0.003 0.008 0.005 0.020 0.014 0.101 0.059 0.026 0.041 0.003 9 W 0.067 0.097 0.042 0.045 0.207 0.005 0.066 0.186 0.005 0.002 0.007 0.007 0.020 0.016 0.029 0.045 0.052 0.041 0.023 0.030 0.007 10 L 0.123 0.321 0.074 0.058 0.092 0.002 0.014 0.112 0.002 0.001 0.010 0.010 0.029 0.028 0.049 0.016 0.019 0.010 0.007 0.010 0.015 11 L 0.276 0.319 0.023 0.027 0.060 0.002 0.007 0.072 0.002 0.001 0.028 0.021 0.056 0.038 0.015 0.015 0.006 0.003 0.003 0.002 0.023 12 V 0.242 0.460 0.032 0.041 0.028 0.001 0.002 0.034 0.002 0.001 0.017 0.015 0.049 0.033 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 13 F 0.274 0.395 0.010 0.023 0.058 0.001 0.004 0.035 0.002 0.001 0.030 0.026 0.057 0.031 0.011 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.020 14 L 0.253 0.393 0.041 0.052 0.038 0.001 0.004 0.042 0.003 0.001 0.014 0.018 0.045 0.031 0.026 0.008 0.012 0.003 0.002 0.004 0.010 15 T 0.198 0.298 0.021 0.037 0.120 0.003 0.016 0.083 0.007 0.002 0.021 0.019 0.048 0.023 0.018 0.026 0.023 0.010 0.007 0.009 0.012 16 V 0.181 0.208 0.044 0.053 0.094 0.003 0.016 0.159 0.007 0.001 0.011 0.014 0.032 0.022 0.038 0.017 0.047 0.014 0.011 0.019 0.008 17 T 0.088 0.150 0.034 0.035 0.091 0.006 0.023 0.340 0.007 0.002 0.009 0.009 0.025 0.021 0.030 0.022 0.062 0.014 0.009 0.017 0.006 18 F 0.089 0.115 0.018 0.020 0.072 0.008 0.030 0.485 0.006 0.001 0.007 0.007 0.021 0.014 0.018 0.014 0.045 0.010 0.006 0.009 0.006 19 C 0.050 0.094 0.013 0.017 0.052 0.005 0.024 0.612 0.005 0.001 0.006 0.006 0.015 0.019 0.020 0.011 0.030 0.008 0.003 0.006 0.004 20 F 0.065 0.107 0.016 0.018 0.047 0.006 0.031 0.584 0.007 0.002 0.007 0.007 0.015 0.019 0.017 0.010 0.024 0.006 0.003 0.006 0.004 21 L 0.068 0.112 0.019 0.032 0.039 0.016 0.045 0.495 0.023 0.007 0.010 0.007 0.024 0.020 0.016 0.007 0.030 0.010 0.005 0.005 0.008 22 M 0.077 0.081 0.023 0.052 0.067 0.018 0.085 0.184 0.103 0.035 0.016 0.012 0.020 0.017 0.028 0.011 0.104 0.028 0.019 0.012 0.008 23 L 0.048 0.071 0.040 0.048 0.094 0.010 0.130 0.122 0.019 0.006 0.004 0.007 0.010 0.011 0.033 0.024 0.157 0.040 0.034 0.085 0.006 24 G 0.015 0.027 0.033 0.038 0.110 0.012 0.122 0.059 0.013 0.005 0.003 0.003 0.006 0.006 0.027 0.026 0.150 0.164 0.062 0.113 0.004 25 C 0.009 0.010 0.040 0.034 0.120 0.007 0.080 0.054 0.008 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.025 0.044 0.117 0.068 0.155 0.210 0.002 26 Q 0.005 0.004 0.071 0.051 0.071 0.004 0.056 0.034 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.054 0.019 0.164 0.077 0.151 0.224 0.001 27 S 0.002 0.003 0.022 0.024 0.125 0.004 0.049 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 0.088 0.064 0.203 0.328 0.001 28 K 0.002 0.002 0.036 0.031 0.041 0.006 0.060 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.011 0.441 0.053 0.081 0.132 0.001 29 E 0.001 0.002 0.016 0.021 0.065 0.020 0.263 0.204 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.159 0.071 0.050 0.103 0.001 30 D 0.002 0.003 0.028 0.032 0.086 0.013 0.211 0.185 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.074 0.112 0.124 0.097 0.001 31 K 0.003 0.003 0.037 0.054 0.065 0.010 0.105 0.080 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.367 0.051 0.089 0.082 0.001 32 K 0.003 0.004 0.020 0.041 0.087 0.017 0.368 0.033 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.196 0.056 0.051 0.093 0.001 33 G 0.002 0.004 0.027 0.033 0.094 0.011 0.306 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.093 0.168 0.088 0.124 0.001 34 G 0.002 0.003 0.070 0.068 0.089 0.003 0.060 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.014 0.112 0.106 0.198 0.235 0.001 35 T 0.002 0.002 0.035 0.029 0.166 0.002 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.030 0.069 0.067 0.269 0.263 0.001 36 K 0.001 0.001 0.086 0.062 0.028 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.011 0.053 0.015 0.185 0.507 0.001 37 P 0.001 0.001 0.008 0.009 0.174 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.150 0.029 0.115 0.437 0.001 38 S 0.001 0.001 0.041 0.032 0.033 0.001 0.126 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.017 0.214 0.053 0.119 0.253 0.001 39 N 0.001 0.001 0.017 0.016 0.047 0.003 0.116 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.252 0.062 0.113 0.234 0.001 40 E 0.002 0.002 0.021 0.025 0.044 0.009 0.124 0.233 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.322 0.049 0.058 0.077 0.001 41 A 0.004 0.007 0.012 0.015 0.044 0.011 0.193 0.497 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.128 0.022 0.016 0.033 0.001 42 A 0.009 0.014 0.017 0.029 0.058 0.017 0.224 0.444 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.007 0.079 0.038 0.021 0.021 0.001 43 L 0.019 0.032 0.028 0.038 0.172 0.009 0.182 0.239 0.009 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.018 0.014 0.103 0.039 0.035 0.047 0.002 44 T 0.020 0.027 0.065 0.077 0.103 0.007 0.108 0.161 0.009 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.031 0.013 0.110 0.035 0.070 0.150 0.001 45 K 0.009 0.015 0.026 0.031 0.192 0.007 0.112 0.063 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.015 0.259 0.067 0.052 0.109 0.001 46 T 0.006 0.006 0.048 0.053 0.065 0.007 0.121 0.070 0.013 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.032 0.016 0.117 0.059 0.195 0.179 0.001 47 E 0.003 0.004 0.033 0.024 0.086 0.004 0.112 0.034 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.016 0.423 0.067 0.050 0.110 0.001 48 N 0.004 0.006 0.025 0.027 0.068 0.008 0.334 0.031 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.025 0.029 0.058 0.138 0.146 0.087 0.001 49 L 0.009 0.010 0.071 0.056 0.102 0.003 0.045 0.023 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.065 0.047 0.187 0.100 0.104 0.161 0.002 50 D 0.021 0.031 0.080 0.066 0.169 0.009 0.084 0.046 0.003 0.001 0.008 0.005 0.012 0.008 0.073 0.062 0.089 0.056 0.090 0.081 0.005 51 F 0.048 0.057 0.077 0.081 0.203 0.008 0.055 0.058 0.002 0.001 0.009 0.009 0.025 0.018 0.067 0.060 0.060 0.049 0.046 0.057 0.009 52 R 0.059 0.093 0.100 0.101 0.154 0.004 0.034 0.055 0.003 0.001 0.018 0.014 0.026 0.021 0.120 0.050 0.035 0.029 0.043 0.031 0.010 53 L 0.099 0.098 0.091 0.121 0.186 0.005 0.024 0.036 0.003 0.001 0.012 0.014 0.037 0.025 0.054 0.047 0.044 0.017 0.034 0.040 0.011 54 S 0.060 0.094 0.084 0.116 0.232 0.003 0.030 0.033 0.006 0.002 0.010 0.009 0.018 0.015 0.071 0.039 0.042 0.026 0.042 0.063 0.005 55 F 0.051 0.059 0.057 0.104 0.216 0.002 0.054 0.016 0.006 0.003 0.005 0.006 0.015 0.012 0.073 0.038 0.138 0.031 0.048 0.060 0.005 56 N 0.049 0.069 0.097 0.089 0.144 0.007 0.113 0.030 0.004 0.002 0.005 0.005 0.012 0.009 0.055 0.028 0.120 0.039 0.038 0.080 0.005 57 K 0.047 0.071 0.053 0.083 0.186 0.009 0.132 0.019 0.003 0.002 0.008 0.006 0.023 0.014 0.047 0.052 0.071 0.077 0.040 0.043 0.012 58 I 0.077 0.130 0.058 0.045 0.274 0.002 0.034 0.017 0.001 0.001 0.011 0.011 0.026 0.024 0.053 0.094 0.017 0.030 0.041 0.043 0.013 59 K 0.093 0.092 0.209 0.149 0.067 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.022 0.014 0.042 0.035 0.143 0.033 0.014 0.012 0.022 0.018 0.015 60 V 0.116 0.112 0.046 0.056 0.317 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.023 0.023 0.057 0.037 0.039 0.062 0.012 0.010 0.024 0.027 0.021 61 T 0.060 0.065 0.133 0.164 0.096 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.018 0.018 0.031 0.037 0.163 0.042 0.018 0.014 0.048 0.063 0.008 62 T 0.027 0.030 0.048 0.082 0.250 0.002 0.017 0.009 0.002 0.001 0.007 0.008 0.017 0.022 0.080 0.086 0.109 0.036 0.061 0.104 0.004 63 D 0.014 0.016 0.065 0.077 0.120 0.005 0.062 0.029 0.004 0.001 0.005 0.004 0.009 0.009 0.076 0.036 0.112 0.050 0.109 0.194 0.002 64 Q 0.007 0.007 0.039 0.048 0.096 0.007 0.115 0.043 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.005 0.054 0.023 0.330 0.068 0.056 0.085 0.002 65 N 0.009 0.012 0.042 0.041 0.072 0.014 0.282 0.093 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.026 0.014 0.146 0.073 0.057 0.102 0.002 66 H 0.012 0.019 0.061 0.071 0.095 0.022 0.158 0.085 0.008 0.004 0.003 0.002 0.006 0.003 0.026 0.015 0.138 0.115 0.077 0.076 0.002 67 F 0.020 0.021 0.071 0.093 0.144 0.013 0.066 0.056 0.014 0.007 0.005 0.003 0.008 0.004 0.033 0.018 0.181 0.049 0.100 0.092 0.003 68 S 0.016 0.028 0.063 0.079 0.170 0.005 0.118 0.034 0.005 0.003 0.002 0.002 0.006 0.004 0.032 0.017 0.169 0.040 0.053 0.152 0.003 69 G 0.014 0.021 0.046 0.055 0.179 0.007 0.145 0.020 0.004 0.002 0.004 0.003 0.005 0.003 0.037 0.030 0.096 0.109 0.092 0.125 0.003